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- EMDB-17435: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17435
タイトルPhotorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin with the C-terminal deletion in complex with Arf3
マップデータPostprocessed map that was used for model building
試料
  • 複合体: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin with the C-terminal deletion in complex with Arf3
    • 複合体: Toxin protein
      • タンパク質・ペプチド: Toxin protein
    • 複合体: ADP-ribosylation factor 3
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードBacterial toxin / Arf / TOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm ...Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor 1-5 / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-ribosylation factor 3 / Toxin protein
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å
データ登録者Belyy A / Heilen P / Hofnagel O / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure and activation mechanism of the Makes caterpillars floppy 1 toxin.
著者: Alexander Belyy / Philipp Heilen / Philine Hagel / Oliver Hofnagel / Stefan Raunser /
要旨: The bacterial Makes caterpillars floppy 1 (Mcf1) toxin promotes apoptosis in insects, leading to loss of body turgor and death. The molecular mechanism underlying Mcf1 intoxication is poorly ...The bacterial Makes caterpillars floppy 1 (Mcf1) toxin promotes apoptosis in insects, leading to loss of body turgor and death. The molecular mechanism underlying Mcf1 intoxication is poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of Mcf1 from Photorhabdus luminescens, revealing a seahorse-like shape with a head and tail. While the three head domains contain two effectors, as well as an activator-binding domain (ABD) and an autoprotease, the tail consists of two putative translocation and three putative receptor-binding domains. Rearrangement of the tail moves the C-terminus away from the ABD and allows binding of the host cell ADP-ribosylation factor 3, inducing conformational changes that position the cleavage site closer to the protease. This distinct activation mechanism that is based on a hook-loop interaction results in three autocleavage reactions and the release of two toxic effectors. Unexpectedly, the BH3-like domain containing ABD is not an active effector. Our findings allow us to understand key steps of Mcf1 intoxication at the molecular level.
履歴
登録2023年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17435.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map that was used for model building
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.44433203 - 1.0567577
平均 (標準偏差)0.0026045567 (±0.030464437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17435_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Second half map

ファイルemd_17435_half_map_1.map
注釈Second half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: First half map

ファイルemd_17435_half_map_2.map
注釈First half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin wi...

全体名称: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin with the C-terminal deletion in complex with Arf3
要素
  • 複合体: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin with the C-terminal deletion in complex with Arf3
    • 複合体: Toxin protein
      • タンパク質・ペプチド: Toxin protein
    • 複合体: ADP-ribosylation factor 3
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor 3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin wi...

超分子名称: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin with the C-terminal deletion in complex with Arf3
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Toxin protein

超分子名称: Toxin protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)

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超分子 #3: ADP-ribosylation factor 3

超分子名称: ADP-ribosylation factor 3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Toxin protein

分子名称: Toxin protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 325.211562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASISKDFTN LLNTLIDGQI GAASRQTEWF NMSPDERTDY IKQVDERLQE MQQSTLSVLA AQHFQMQDN PVSVGDQLQT LQKRRQQMTD VPGTPAINAY KQQLDRDILL YRRQQTAMTH FDSTWRKVLV MLGPDDSKPL N ATTLRENA ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASISKDFTN LLNTLIDGQI GAASRQTEWF NMSPDERTDY IKQVDERLQE MQQSTLSVLA AQHFQMQDN PVSVGDQLQT LQKRRQQMTD VPGTPAINAY KQQLDRDILL YRRQQTAMTH FDSTWRKVLV MLGPDDSKPL N ATTLRENA VDKQAKLDTE IKRLEQQLTI QVADSTFSQK YVTLFSELQA YKDVNARYNA LLKASATEEA AALGALTKVP QA SDDLPVN ISLLMMEERP GYIRMNVALV NASTDGRFKD FFLENGRLVV LTDGVLNFSF GTAARSLAWQ QQYRLKSEPP SFR SPTYTP IRSVLVKTEF VEKYFANYLV SESTLRGGFK AQLLGNGRKM LLTSVDRKVP NQIGIQVSGQ APNTTITREV PLAS ALSDL INQNADIASF RTIGLEGFRQ SSYHPDRDGL FVNIHELERS VGFAGRQYLL EMPQDNDYLS ATPFGVMSVD GDKVS SSHL SKAQTDTLYQ YNAAFFEKLE QLRSGGMKAS RLFEGSIERT AFVQQLVRLL ERNHITPAGV LAPEYPRDNM RDIKGN NLN KVLWEQAFAA SVWRSRDNDP LLFRLATRLV KNPAVVKVLQ NGYVQSDIAQ ARELLAPLYE QWRTRAVEAE TQRVASA NA AQHPSNPKVH VFDQAEVERS LDDKLLILLL TGPQSLEGTD VQLRPMVEAA LLSNEGRSLR KQILFHALRP VADSFSKA A APVNPHAELG VGKIMINNRL NQPDPYLILN TSSEEQAYRD GSYLIKDDKY RSYNQFRPDF KNDATRYMND LDTPFVGGI SGTTQTVSNV LTELFGGALS VKQYWQFQMA NAAFMIRNGY HSFFETFYVA ARYEPEGADS IGKEMLQMFD KYRVEGSKKA LQGKLYDGV MARVLPIINQ GLSAADEFHP PRFTRIGPRP ALLGQAVKDL ELKAGLTSVG DGFEPRQGSA DIHQFVTDPV L FAKTHTVS AEALVRSGRL PAEGSAQLVK VGSGLYELEY TEQSANDISS SSIPAYFLGY NGPNQANAVP AYVDIPKRTI AG NFLFTGT LSGGSLVVTS LDANTFRVYH DGRVNSSLLY DNVVMAVDYK DYQIAGTAEG LAAAYMQYVN HEWQLVLQRQ EYQ RDGQML RLRLRDDEEP LSIQVADSQV VERNQAQFVA YREQIHQQLK KVATQFEVSI SGVSDGVYTE GEFSPDHPAI AAWA KLCAE VYDRINADTK QLVDKRNKLY ENRRNTIRRD LINQQIKQLN ITLEYYKAQY DTVLREAGFV EQSWLWQQIK AKNGS AAVV RIDDTAIQGG GKQRTDSVGE RYAISEAYQR GARGTGFSDG LRNFREIEIP GVDDKMSALE MKRLFLEGKL TSEQQG ALS GRITETSRAE YIDKVLRQTA VFSEDFHDAG SVFDRLVPQD FYLSLVGDRS GGRAYPLVRA MTVALASGGE AGINSLV QK LFFASADPQA GSSTLLRNSL IKLHSNVEAV QASTELGQFG LSEVVSRLAA TTGTSMFALN TQNHSMMVGS TVTTEGRR Y YFYDPNVGIF AFDNTKSLSR AMEQHLVGRR LAVHYGSFGS KSAPAFNLIE IDTGKMAEVP VGNGLNVADL TRFEELSSV IGQRRQVEQV MSAQERITED LQLSTALQAF DAEQWGARFE AASTRLAQEH QLDSRWLPII ATTEEQGEGR YRVQFINRDQ PEQTRWLDT DDSTFVEFRR FVDEHMSVLN EHFTLESGRM RPRGGVGEAA PVDGLNAGFA VQALIQWFSD KNRHDAANGM A SPDLATAL KVHSYLNFVQ MVHGGVQDVI KVTALVRTAL RGEVVAAQTS FKEFALSLGH TVNEGVGVLF GGAMIGLDAY EL AHAENDV QKAVFGTQLA FDSASFVTGA AGIGAGLVGA STAGAVLGGA GVILGGLAVG FTALAQAFGA VAEDAKAVGR YFD TVDKAY KGNGYRYDNE KQVLVPLAGA VIKTLDLSKN QIDFDSQYIY RTHSGSTGSG KINYFFWVGD FPRMVHDRGQ AIEV RSGIG YKDVSRPLEH GDSNVVILPG TPKSYISYEY MLLPGATTRH DAGFDVIRRL EEDKRFDYDF YIFPGEETIR RIHHE YVDT PIEVVLDQRN RQLVAPELPK ELHGFLCYEI KGAGGEYLIG LNEGAKVNLT SDVASTWIID SSQLASDSIS VSKDQL LVG EKGKEVVVKL YLAQNSQVLV VNGKGEVRKV DFTSLTAQVI SEDASKWQVP GQQIEQHLSD LAKAHQLHGQ YVVVENY RH QGRDVGRAFY DVTKDRMLFT DTTNEQAKRA QLGAVMGDYA YFYDADNAVA WRVDIATGQV DAQFEPWFNQ NAGHISRF W QEGDVVYLAR RYRLKEREAE LGYRIIGDRM ELVSAVGDDA LLQLSARIGR HGDELEAILQ GYRSNSTQRG TLMYTLGAR LIQPTSAALV TVFGVDAAGV PHRYWIRTSD GTLIKPNLAP PADQTLHFEA HEQTRSAWQI PADLVLAGSM PLLGGKEVFF FYSKEQKTL FRQEGPGQEV LDANQPSALR VTTPALTNVI NLNGHLVVVT EDGRVARLDA LGQLSYAAVN EHWLKGRIHW W QDLTSVTD GRATLAVFGV KDTDGKSLLP VWYHNGQVVV ASAALQDKHP QFLGFEVDGS SARLFEPASG KLYRQPAMTA DA LAAAFGT DEVLEASAQL PAANELEPEL HLKAAEQVDA GLRLTTVKGE ILLRTHDGKL QLVAVDKDWQ QDNLVRLSQA LAE VAGQWR VKGVLTLQGD DTQGWFDVGS GQVFSIGGIP ATDNLRFIGI AVGKKGAYVY NPTDQMLYQV KESGAQKLNH YADV ERIGS SLLLQDGGKG DLSPMLIAGV DSVVLHGGAG SDTYRLSQTM WSYYRTVVID NDDPNQVLDR LIILAVDAEK IFVSR HEDD LMLTDSVNGT VLVIRKVFGS QAVTHRHLQI DLEGSSSVIS VDHLVKGFTR

UniProtKB: Toxin protein

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分子 #2: ADP-ribosylation factor 3

分子名称: ADP-ribosylation factor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.935895 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MRILMVGLDA AGKTTILYKL KLGEIVTTIP TIGFNVETVE YKNISFTVWD VGGLDKIRPL WRHYFQNTQ GLIFVVDSND RERVNEAREE LMRMLAEDEL RDAVLLVFAN KQDLPNAMNA AEITDKLGLH SLRHRNWYIQ A TCATSGDG LYEGLDWLAN QLKNKK

UniProtKB: ADP-ribosylation factor 3

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分子 #3: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 18671 / 平均電子線量: 62.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 101942
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ii6


Chain - Chain ID: C / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8p50:
Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin with the C-terminal deletion in complex with Arf3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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