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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17362 | ||||||||||||
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タイトル | Homotypic interacting B1 fab bound to Chondroitin Sulfate A | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Chondroitin Sulfate A / SUGAR BINDING PROTEIN | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Raghavan SSR / Dagil R / Wang KT / Salanti A | ||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Tumor-agnostic cancer therapy using antibodies targeting oncofetal chondroitin sulfate. 著者: Elena Ethel Vidal-Calvo / Anne Martin-Salazar / Swati Choudhary / Robert Dagil / Sai Sundar Rajan Raghavan / Lara Duvnjak / Mie Anemone Nordmaj / Thomas Mandel Clausen / Ann Skafte / Jan ...著者: Elena Ethel Vidal-Calvo / Anne Martin-Salazar / Swati Choudhary / Robert Dagil / Sai Sundar Rajan Raghavan / Lara Duvnjak / Mie Anemone Nordmaj / Thomas Mandel Clausen / Ann Skafte / Jan Oberkofler / Kaituo Wang / Mette Ø Agerbæk / Caroline Løppke / Amalie Mundt Jørgensen / Daria Ropac / Joana Mujollari / Shona Willis / Agnès Garcias López / Rebecca Louise Miller / Richard Torbjörn Gustav Karlsson / Felix Goerdeler / Yen-Hsi Chen / Ana R Colaço / Yong Wang / Thomas Lavstsen / Agnieszka Martowicz / Irina Nelepcu / Mona Marzban / Htoo Zarni Oo / Maj Sofie Ørum-Madsen / Yuzhuo Wang / Morten A Nielsen / Henrik Clausen / Michael Wierer / Dominik Wolf / Ismail Gögenur / Thor G Theander / Nader Al-Nakouzi / Tobias Gustavsson / Mads Daugaard / Ali Salanti / 要旨: Molecular similarities between embryonic and malignant cells can be exploited to target tumors through specific signatures absent in healthy adult tissues. One such embryonic signature tumors express ...Molecular similarities between embryonic and malignant cells can be exploited to target tumors through specific signatures absent in healthy adult tissues. One such embryonic signature tumors express is oncofetal chondroitin sulfate (ofCS), which supports disease progression and dissemination in cancer. Here, we report the identification and characterization of phage display-derived antibody fragments recognizing two distinct ofCS epitopes. These antibody fragments show binding affinity to ofCS in the low nanomolar range across a broad selection of solid tumor types in vitro and in vivo with minimal binding to normal, inflamed, or benign tumor tissues. Anti-ofCS antibody drug conjugates and bispecific immune cell engagers based on these targeting moieties disrupt tumor progression in animal models of human and murine cancers. Thus, anti-ofCS antibody fragments hold promise for the development of broadly effective therapeutic and diagnostic applications targeting human malignancies. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17362.map.gz | 91.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17362-v30.xml emd-17362.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17362.png | 82.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17362.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_17362_half_map_1.map.gz emd_17362_half_map_2.map.gz | 165.1 MB 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17362 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17362_validation.pdf.gz | 820.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17362_full_validation.pdf.gz | 820.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17362_validation.xml.gz | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17362_validation.cif.gz | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17362 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17362 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17362_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17362_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : B1 fabs bound to chondroitin sulphate A
全体 | 名称: B1 fabs bound to chondroitin sulphate A |
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要素 |
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-超分子 #1: B1 fabs bound to chondroitin sulphate A
超分子 | 名称: B1 fabs bound to chondroitin sulphate A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50 kDa/nm |
-分子 #1: B1 fab light
分子 | 名称: B1 fab light / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.662383 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: MEVQLLESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF TSYAMSWVRQ APGKGLEWVS GISYGSGDTY YADSVKGRFT ISRDNSKNTL YLQMNSLRA EDTAVYYCAR SRGSQTFDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列: MEVQLLESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF TSYAMSWVRQ APGKGLEWVS GISYGSGDTY YADSVKGRFT ISRDNSKNTL YLQMNSLRA EDTAVYYCAR SRGSQTFDYW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSEF |
-分子 #2: B1 fab heavy
分子 | 名称: B1 fab heavy / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.419492 KDa |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
配列 | 文字列: DIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS RSLAWYQQKP GQAPRLLIYG SSNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QRIHTSWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: DIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS RSLAWYQQKP GQAPRLLIYG SSNRATGIPA RFSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QRIHTSWTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEAGKPI PNPLLGLDST GGSAHIVMVD AY KPTK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1250000 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |