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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the dimeric form of the anaerobic ribonucleotide reductase from Prevotella copri produced in the presence of dATP and CTP | |||||||||||||||
![]() | Map post-processed using DeepEMhancer | |||||||||||||||
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![]() | ribonucleotide reductase glycyl radical enzyme allosteric regulation nucleotide biosynthesis / OXIDOREDUCTASE / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | Ribonucleoside-triphosphate reductase, anaerobic / Anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase / ribonucleoside-triphosphate reductase (thioredoxin) activity / ATP-cone domain / ATP cone domain / ATP-cone domain profile. / DNA replication / ATP binding / Anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.59 Å | |||||||||||||||
![]() | Banerjee I / Bimai O / Sjoberg BM / Logan DT | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Activity modulation in anaerobic ribonucleotide reductase: nucleotide binding to the ATP-cone mediates long-range order-disorder transitions in the active site 著者: Bimai O / Banerjee I / Rozman Grinberg I / Huang P / Lundin D / Sjoberg BM / Logan DT | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 90.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.2 KB 25.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 69.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 51.8 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 683.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 682.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map post-processed using DeepEMhancer | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8464 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map from the non-uniform refinement in cryoSPARC
ファイル | emd_17361_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map from the non-uniform refinement in cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A from the non-uniform refinement in cryoSPARC
ファイル | emd_17361_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A from the non-uniform refinement in cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B from the non-uniform refinement in cryoSPARC
ファイル | emd_17361_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B from the non-uniform refinement in cryoSPARC | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Anaerobic ribonucleotide reductase from Prevotella copri produced...
全体 | 名称: Anaerobic ribonucleotide reductase from Prevotella copri produced in the presence of dATP and CTP |
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要素 |
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-超分子 #1: Anaerobic ribonucleotide reductase from Prevotella copri produced...
超分子 | 名称: Anaerobic ribonucleotide reductase from Prevotella copri produced in the presence of dATP and CTP タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 336.8 KDa |
-分子 #1: Anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase
分子 | 名称: Anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: MIQTVVKRDGRIVGFNEQKIMAAIRKAMLHTDKGEDTTLIEQITDHISYRGKSQMSVEAI QDAIEMELMKSARKDVAQKYIAYRNQRNIARKAKTRDVFMSIVNAKNNDITRENANMNAD TPAGMMMKFASETTKPFVDDYLLSEDVRDAVMHNYIHIHDKDYYPTKSLTCVQHPLDVIL ...詳細: MIQTVVKRDGRIVGFNEQKIMAAIRKAMLHTDKGEDTTLIEQITDHISYRGKSQMSVEAI QDAIEMELMKSARKDVAQKYIAYRNQRNIARKAKTRDVFMSIVNAKNNDITRENANMNAD TPAGMMMKFASETTKPFVDDYLLSEDVRDAVMHNYIHIHDKDYYPTKSLTCVQHPLDVIL NHGFTAGHGSSRPAKRIETAAVLACISLETCQNEMHGGQAIPAFDFYLAPYVRMSYQEEV KNLEKLTGEDLSNLYDAPIDDYIEKPLDGLQGRERLEQHAINKTVNRVHQAMEAFIHNMN TIHSRGGNQVVFSSINYGTDTSAEGRCIMREILQSTYQGVGNGETAIFPIQIWKKKRGVN YLPEDRNYDLYKLACKVTARRFFPNFLNLDATFNQNEKWRADDPERYKWEIATMGCRTRV FEDRWGEKTSIARGNLSFSTINIVKLAIECMGIENEKQRIDMFFAKLDNILDITAKQLDE RFQFQKTAMAKQFPLLMKYLWVGAENLKPEETIESVINHGTLGIGFIGLAECLVALIGKH HGESEKAQELGLKIITYMRDRANEFSEQYHHNYSILATPAEGLSGKFTKKDRKQFGVIPG VTDRDYYTNSNHVPVYYKCTALKKAQIEAPYHDLTRGGHIFYVEIDGDATHNPSVIESVV DMMDKYNMGYGSVNHNRNRCLDCGYENADAHLEVCPKCGSHHIDKLQRITGYLVGTTDRW NSGKLAELHDRVTHIGGEK コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 84.636055 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPGSMIQTVV KRDGRIVGFN EQKIMAAIRK AMLHTDKGED TTLIEQITDH ISYRGKSQMS VEAIQDAIEM ELMKSARKDV AQKYIAYRN QRNIARKAKT RDVFMSIVNA KNNDITRENA NMNADTPAGM MMKFASETTK PFVDDYLLSE DVRDAVMHNY I HIHDKDYY ...文字列: GPGSMIQTVV KRDGRIVGFN EQKIMAAIRK AMLHTDKGED TTLIEQITDH ISYRGKSQMS VEAIQDAIEM ELMKSARKDV AQKYIAYRN QRNIARKAKT RDVFMSIVNA KNNDITRENA NMNADTPAGM MMKFASETTK PFVDDYLLSE DVRDAVMHNY I HIHDKDYY PTKSLTCVQH PLDVILNHGF TAGHGSSRPA KRIETAAVLA CISLETCQNE MHGGQAIPAF DFYLAPYVRM SY QEEVKNL EKLTGEDLSN LYDAPIDDYI EKPLDGLQGR ERLEQHAINK TVNRVHQAME AFIHNMNTIH SRGGNQVVFS SIN YGTDTS AEGRCIMREI LQSTYQGVGN GETAIFPIQI WKKKRGVNYL PEDRNYDLYK LACKVTARRF FPNFLNLDAT FNQN EKWRA DDPERYKWEI ATMGCRTRVF EDRWGEKTSI ARGNLSFSTI NIVKLAIECM GIENEKQRID MFFAKLDNIL DITAK QLDE RFQFQKTAMA KQFPLLMKYL WVGAENLKPE ETIESVINHG TLGIGFIGLA ECLVALIGKH HGESEKAQEL GLKIIT YMR DRANEFSEQY HHNYSILATP AEGLSGKFTK KDRKQFGVIP GVTDRDYYTN SNHVPVYYKC TALKKAQIEA PYHDLTR GG HIFYVEIDGD ATHNPSVIES VVDMMDKYNM GYGSVNHNRN RCLDCGYENA DAHLEVCPKC GSHHIDKLQR ITGYLVGT T DRWNSGKLAE LHDRVTHIGG EK UniProtKB: Anaerobic ribonucleoside-triphosphate reductase |
-分子 #2: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: DTP |
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分子量 | 理論値: 491.182 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-DTP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 1, 5s blot time. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11780 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Manual fitting was done using Coot and automatic real space refinement used phenix.refine |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 45 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
得られたモデル | ![]() PDB-8p2d: |