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万見
- EMDB-17339: Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17339
タイトルStructure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Human Commander Complex coiled coil region, partial Retriever subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil domain-containing protein 93
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil domain-containing protein 22
    • タンパク質・ペプチド: DENN domain-containing protein 10
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
    • タンパク質・ペプチド: VPS35 endosomal protein-sorting factor-like
キーワードCoiled-coil / DENND domain / alpha solenoid / calponin homology / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


retromer, cargo-selective complex / WNT ligand biogenesis and trafficking / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / retromer complex / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / Golgi to plasma membrane transport / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of early endosome to late endosome transport ...retromer, cargo-selective complex / WNT ligand biogenesis and trafficking / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / retromer complex / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / Golgi to plasma membrane transport / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of early endosome to late endosome transport / cullin family protein binding / ficolin-1-rich granule membrane / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / intracellular protein transport / small GTPase binding / protein transport / late endosome / Neddylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / endosome membrane / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / Neutrophil degranulation / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DENN domain-containing protein 10 / Stabilization of polarity axis / Tripartite DENN domain / Tripartite DENN domain profile. / Coiled-coil domain-containing protein 22 / CCDC93, coiled-coil domain / Coiled-coil domain-containing protein 93 / : / : / : ...DENN domain-containing protein 10 / Stabilization of polarity axis / Tripartite DENN domain / Tripartite DENN domain profile. / Coiled-coil domain-containing protein 22 / CCDC93, coiled-coil domain / Coiled-coil domain-containing protein 93 / : / : / : / CCDC22 protein coiled-coil region / CCDC93 coiled-coil domain / CCDC93 protein N-terminal domain / CCDC22 protein N-terminal domain / VPS35 endosomal protein sorting factor-like / Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / Phosphodiesterase MJ0936/Vps29 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, lpxH-type / Calcineurin-like phosphoesterase superfamily domain / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Coiled-coil domain-containing protein 22 / Coiled-coil domain-containing protein 93 / VPS35 endosomal protein-sorting factor-like / DENN domain-containing protein 10 / Vacuolar protein sorting-associated protein 29
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Kumpula EP / Laulumaa S / Huiskonen JT
資金援助 フィンランド, 4件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland288475 フィンランド
Academy of Finland319303 フィンランド
Academy of Finland336470 フィンランド
Academy of Finland314669 フィンランド
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2018
タイトル: UCSF ChimeraX: Meeting modern challenges in visualization and analysis.
著者: Thomas D Goddard / Conrad C Huang / Elaine C Meng / Eric F Pettersen / Gregory S Couch / John H Morris / Thomas E Ferrin /
要旨: UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and ...UCSF ChimeraX is next-generation software for the visualization and analysis of molecular structures, density maps, 3D microscopy, and associated data. It addresses challenges in the size, scope, and disparate types of data attendant with cutting-edge experimental methods, while providing advanced options for high-quality rendering (interactive ambient occlusion, reliable molecular surface calculations, etc.) and professional approaches to software design and distribution. This article highlights some specific advances in the areas of visualization and usability, performance, and extensibility. ChimeraX is free for noncommercial use and is available from http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ for Windows, Mac, and Linux.
履歴
登録2023年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17339.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8464 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.25703073 - 0.39233682
平均 (標準偏差)-0.00028528617 (±0.005444495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 473.984 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17339_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17339_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_17339_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Commander Complex coiled coil region, partial Retriever sub...

全体名称: Human Commander Complex coiled coil region, partial Retriever subcomplex
要素
  • 複合体: Human Commander Complex coiled coil region, partial Retriever subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil domain-containing protein 93
    • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil domain-containing protein 22
    • タンパク質・ペプチド: DENN domain-containing protein 10
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
    • タンパク質・ペプチド: VPS35 endosomal protein-sorting factor-like

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超分子 #1: Human Commander Complex coiled coil region, partial Retriever sub...

超分子名称: Human Commander Complex coiled coil region, partial Retriever subcomplex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 560 KDa

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分子 #1: Coiled-coil domain-containing protein 93

分子名称: Coiled-coil domain-containing protein 93 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.319734 KDa
配列文字列: MGLPRGPEGQ GLPEVETRED EEQNVKLTEI LELLVAAGYF RARIKGLSPF DKVVGGMTWC ITTCNFDVDV DLLFQENSTI GQKIALSEK IVSVLPRMKC PHQLEPHQIQ GMDFIHIFPV VQWLVKRAIE TKEEMGDYIR SYSVSQFQKT YSLPEDDDFI K RKEKAIKT ...文字列:
MGLPRGPEGQ GLPEVETRED EEQNVKLTEI LELLVAAGYF RARIKGLSPF DKVVGGMTWC ITTCNFDVDV DLLFQENSTI GQKIALSEK IVSVLPRMKC PHQLEPHQIQ GMDFIHIFPV VQWLVKRAIE TKEEMGDYIR SYSVSQFQKT YSLPEDDDFI K RKEKAIKT VVDLSEVYKP RRKYKRHQGA EELLDEESRI HATLLEYGRR YGFSRQSKME KAEDKKTALP AGLSATEKAD AH EEDELRA AEEQRIQSLM TKMTAMANEE SRLTASSVGQ IVGLCSAEIK QIVSEYAEKQ SELSAEESPE KLGTSQLHRR KVI SLNKQI AQKTKHLEEL RASHTSLQAR YNEAKKTLTE LKTYSEKLDK EQAALEKIES KADPSILQNL RALVAMNENL KSQE QEFKA HCREEMTRLQ QEIENLKAER APRGDEKTLS SGEPPGTLTS AMTHDEDLDR RYNMEKEKLY KIRLLQARRN REIAI LHRK IDEVPSRAEL IQYQKRFIEL YRQISAVHKE TKQFFTLYNT LDDKKVYLEK EISLLNSIHE NFSQAMASPA ARDQFL RQM EQIVEGIKQS RMKMEKKKQE NKMRRDQLND QYLELLEKQR LYFKTVKEFK EEGRKNEMLL SKVKAKAS

UniProtKB: Coiled-coil domain-containing protein 93

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分子 #2: Coiled-coil domain-containing protein 22

分子名称: Coiled-coil domain-containing protein 22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.856555 KDa
配列文字列: MEEADRILIH SLRQAGTAVP PDVQTLRAFT TELVVEAVVR CLRVINPAVG SGLSPLLPLA MSARFRLAMS LAQACMDLGY PLELGYQNF LYPSEPDLRD LLLFLAERLP TDASEDADQP AGDSAILLRA IGSQIRDQLA LPWVPPHLRT PKLQHLQGSA L QKPFHASR ...文字列:
MEEADRILIH SLRQAGTAVP PDVQTLRAFT TELVVEAVVR CLRVINPAVG SGLSPLLPLA MSARFRLAMS LAQACMDLGY PLELGYQNF LYPSEPDLRD LLLFLAERLP TDASEDADQP AGDSAILLRA IGSQIRDQLA LPWVPPHLRT PKLQHLQGSA L QKPFHASR LVVPELSSRG EPREFQASPL LLPVPTQVPQ PVGRVASLLE HHALQLCQQT GRDRPGDEDW VHRTSRLPPQ ED TRAQRQR LQKQLTEHLR QSWGLLGAPI QARDLGELLQ AWGAGAKTGA PKGSRFTHSE KFTFHLEPQA QATQVSDVPA TSR RPEQVT WAAQEQELES LREQLEGVNR SIEEVEADMK TLGVSFVQAE SECRHSKLST AEREQALRLK SRAVELLPDG TANL AKLQL VVENSAQRVI HLAGQWEKHR VPLLAEYRHL RKLQDCRELE SSRRLAEIQE LHQSVRAAAE EARRKEEVYK QLMSE LETL PRDVSRLAYT QRILEIVGNI RKQKEEITKI LSDTKELQKE INSLSGKLDR TFAVTDELVF KDAKKDDAVR KAYKYL AAL HENCSQLIQT IEDTGTIMRE VRDLEEQIET ELGKKTLSNL EKIREDYRAL RQENAGLLGR VREA

UniProtKB: Coiled-coil domain-containing protein 22

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分子 #3: DENN domain-containing protein 10

分子名称: DENN domain-containing protein 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.562992 KDa
配列文字列: MAAAEVADTQ LMLGVGLIEK DTNGEVLWVW CYPSTTATLR NLLLRKCCLT DENKLLHPFV FGQYRRTWFY ITTIEVPDSS ILKKVTHFS IVLTAKDFNP EKYAAFTRIL CRMYLKHGSP VKMMESYIAV LTKGICQSEE NGSFLSKDFD ARKAYLAGSI K DIVSQFGM ...文字列:
MAAAEVADTQ LMLGVGLIEK DTNGEVLWVW CYPSTTATLR NLLLRKCCLT DENKLLHPFV FGQYRRTWFY ITTIEVPDSS ILKKVTHFS IVLTAKDFNP EKYAAFTRIL CRMYLKHGSP VKMMESYIAV LTKGICQSEE NGSFLSKDFD ARKAYLAGSI K DIVSQFGM ETVILHTALM LKKRIVVYHP KIEAVQEFTR TLPALVWHRQ DWTILHSYVH LNADELEALQ MCTGYVAGFV DL EVSNRPD LYDVFVNLAE SEITIAPLAK EAMAMGKLHK EMGQLIVQSA EDPEKSESHV IQDIALKTRE IFTNLAPFSE VSA DGEKRV LNLEALKQKR FPPATENFLY HLAAAEQMLK I

UniProtKB: DENN domain-containing protein 10

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分子 #4: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.531705 KDa
配列文字列:
MLVLVLGDLH IPHRCNSLPA KFKKLLVPGK IQHILCTGNL CTKESYDYLK TLAGDVHIVR GDFDENLNYP EQKVVTVGQF KIGLIHGHQ VIPWGDMASL ALLQRQFDVD ILISGHTHKF EAFEHENKFY INPGSATGAY NALETNIIPS FVLMDIQAST V VTYVYQLI GDDVKVERIE YKKP

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 29

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分子 #5: VPS35 endosomal protein-sorting factor-like

分子名称: VPS35 endosomal protein-sorting factor-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.700453 KDa
配列文字列: MAVFPWHSRN RNYKAEFASC RLEAVPLEFG DYHPLKPITV TESKTKKVNR KGSTSSTSSS SSSSVVDPLS SVLDGTDPLS MFAATADPA ALAAAMDSSR RKRDRDDNSV VGSDFEPWTN KRGEILARYT TTEKLSINLF MGSEKGKAGT ATLAMSEKVR T RLEELDDF ...文字列:
MAVFPWHSRN RNYKAEFASC RLEAVPLEFG DYHPLKPITV TESKTKKVNR KGSTSSTSSS SSSSVVDPLS SVLDGTDPLS MFAATADPA ALAAAMDSSR RKRDRDDNSV VGSDFEPWTN KRGEILARYT TTEKLSINLF MGSEKGKAGT ATLAMSEKVR T RLEELDDF EEGSQKELLN LTQQDYVNRI EELNQSLKDA WASDQKVKAL KIVIQCSKLL SDTSVIQFYP SKFVLITDIL DT FGKLVYE RIFSMCVDSR SVLPDHFSPE NANDTAKETC LNWFFKIASI RELIPRFYVE ASILKCNKFL SKTGISECLP RLT CMIRGI GDPLVSVYAR AYLCRVGMEV APHLKETLNK NFFDFLLTFK QIHGDTVQNQ LVVQGVELPS YLPLYPPAMD WIFQ CISYH APEALLTEMM ERCKKLGNNA LLLNSVMSAF RAEFIATRSM DFIGMIKECD ESGFPKHLLF RSLGLNLALA DPPES DRLQ ILNEAWKVIT KLKNPQDYIN CAEVWVEYTC KHFTKREVNT VLADVIKHMT PDRAFEDSYP QLQLIIKKVI AHFHDF SVL FSVEKFLPFL DMFQKESVRV EVCKCIMDAF IKHQQEPTKD PVILNALLHV CKTMHDSVNA LTLEDEKRML SYLINGF IK MVSFGRDFEQ QLSFYVESRS MFCNLEPVLV QLIHSVNRLA METRKVMKGN HSRKTAAFVR ACVAYCFITI PSLAGIFT R LNLYLHSGQV ALANQCLSQA DAFFKAAISL VPEVPKMINI DGKMRPSESF LLEFLCNFFS TLLIVPDHPE HGVLFLVRE LLNVIQDYTW EDNSDEKIRI YTCVLHLLSA MSQETYLYHI DKVDSNDSLY GGDSKFLAEN NKLCETVMAQ ILEHLKTLAK DEALKRQSS LGLSFFNSIL AHGDLRNNKL NQLSVNLWHL AQRHGCADTR TMVKTLEYIK KQSKQPDMTH LTELALRLPL Q TRT

UniProtKB: VPS35 endosomal protein-sorting factor-like

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 0.107 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 55769 / 平均電子線量: 59.0 e/Å2
詳細: Two datasets were collected from identical grids prepared in the same session. Dataset 1: 20675 movies 50 frames / movie 59 e-/A2 total dose Dataset 2: 35084 movies 45 frames / movie 56 e-/A2 total dose
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 7700000
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / 使用した粒子像数: 125000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8p0v:
Structure of the human Commander complex coiled coils, DENND10 and partial Retriever subcomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る