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万見
- EMDB-17269: Rat alpha5beta1 integrin, headpiece -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17269
タイトルRat alpha5beta1 integrin, headpiece
マップデータSharpened map of alpha5beta1 integrin headpiece
試料
  • 複合体: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus
    • タンパク質・ペプチド: Integrin subunit alpha 5
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードintegrin / glycoprotein / membrane protein / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic membrane adhesion to extracellular matrix / Elastic fibre formation / Fibronectin matrix formation / Molecules associated with elastic fibres / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / MET interacts with TNS proteins / protein transport within lipid bilayer / response to gonadotropin / Laminin interactions / MET activates PTK2 signaling ...synaptic membrane adhesion to extracellular matrix / Elastic fibre formation / Fibronectin matrix formation / Molecules associated with elastic fibres / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / MET interacts with TNS proteins / protein transport within lipid bilayer / response to gonadotropin / Laminin interactions / MET activates PTK2 signaling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of cell projection organization / Integrin cell surface interactions / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / Syndecan interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / ECM proteoglycans / Basigin interactions / Cell surface interactions at the vascular wall / GPER1 signaling / RAC2 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / integrin alpha9-beta1 complex / regulation of collagen catabolic process / cardiac cell fate specification / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha4-beta1 complex / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha1-beta1 complex / hemidesmosome / establishment of Sertoli cell barrier / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / reactive gliosis / formation of radial glial scaffolds / response to transforming growth factor beta / Signal transduction by L1 / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / myelin sheath abaxonal region / CD40 signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / integrin alphav-beta1 complex / regulation of synapse pruning / basement membrane organization / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / cardiac muscle cell myoblast differentiation / maintenance of postsynaptic specialization structure / bicellular tight junction assembly / tissue homeostasis / cellular response to vitamin D / leukocyte tethering or rolling / cardiac muscle cell differentiation / germ cell migration / cell projection organization / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / myoblast fusion / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / mesodermal cell differentiation / glycinergic synapse / cell-substrate junction assembly / myoblast differentiation / cell migration involved in sprouting angiogenesis / axon extension / positive regulation of cell-substrate adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of fibroblast migration / heterotypic cell-cell adhesion / regulation of spontaneous synaptic transmission / epidermal growth factor receptor binding / lamellipodium assembly / sarcomere organization / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / muscle organ development / positive regulation of wound healing / dendrite morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of neuron differentiation / negative regulation of Rho protein signal transduction / cell-substrate adhesion / response to muscle activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / endodermal cell differentiation / alpha-actinin binding / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of endocytosis / fibronectin binding
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin subunit alpha 5 / Integrin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Roderer D / Dransart E / Shafaq-Zadah M / Bartels R / Johannes L
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dynamic N-glycan rearrangement nucleates galectin-3 oligomers to determine endocytic fate
著者: Shafaq-Zadah M / Dransart E / Wunder C / Chambon V / Valades-Cruz CA / Leconte L / Sarangi NK / Robinson J / Bai S-K / Regmi R / Di Cicco A / Hovasse A / Bartels R / Nilsson UJ / Cianferani- ...著者: Shafaq-Zadah M / Dransart E / Wunder C / Chambon V / Valades-Cruz CA / Leconte L / Sarangi NK / Robinson J / Bai S-K / Regmi R / Di Cicco A / Hovasse A / Bartels R / Nilsson UJ / Cianferani-Sanglier S / Leffler H / Keyes TE / Levy D / Raunser S / Roderer D / Johannes L
履歴
登録2023年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月13日-
マップ公開2024年11月13日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17269.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map of alpha5beta1 integrin headpiece
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.00173627 - 2.05627
平均 (標準偏差)0.0011465721 (±0.024609797)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17269_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Non-sharpened map

ファイルemd_17269_additional_1.map
注釈Non-sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B, Cryosparc local refinement

ファイルemd_17269_half_map_1.map
注釈Half map B, Cryosparc local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A, Cryosparc local refinement

ファイルemd_17269_half_map_2.map
注釈Half map A, Cryosparc local refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus

全体名称: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus
要素
  • 複合体: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus
    • タンパク質・ペプチド: Integrin subunit alpha 5
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus

超分子名称: Alpha5beta1 integrin from Rattus norvegicus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Purified from rat liver and desialated
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Liver

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分子 #1: Integrin subunit alpha 5

分子名称: Integrin subunit alpha 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: headpiece, residues 94 - 691 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Liver / 組織: Liver
分子量理論値: 119.567656 KDa
配列文字列: MPPRQPTRRP GGGPSRELGK LLPALSHSPL GGLGSGSGSV APGQGRTGAM GSWTPRSPRS PLHAVLLRWG PRRLPPLLPL LLLLWPPPL QVGGFNLDAE APAVLSGPPG SLFGFSVEFY RPGRDGVSVL VGAPKANTSQ PGVLQGGAVY VCPWGTSPIQ C STIQFDSK ...文字列:
MPPRQPTRRP GGGPSRELGK LLPALSHSPL GGLGSGSGSV APGQGRTGAM GSWTPRSPRS PLHAVLLRWG PRRLPPLLPL LLLLWPPPL QVGGFNLDAE APAVLSGPPG SLFGFSVEFY RPGRDGVSVL VGAPKANTSQ PGVLQGGAVY VCPWGTSPIQ C STIQFDSK GSRILESSLY SEEPVEYKSL QWFGATVRAH GSSILACAPL YSWRTEKDPQ NDPVGTCYLS TENFTRILEY AP CRSDFGS AAGQGYCQGG FSAEFTKTGR VVLGGPGSYF WQGQILSATQ EQISESYYPQ YLINPVQGQL QTRQASSVYD DSY LGYSVA VGEFSGDDTE DFVAGVPKGN LTYGYVTVLN GSDIHSLYNV SGEQMASYFG YAVAATDTNG DGLDDLLVGA PLLM ERTAD GRPQEVGRVY IYLQHPEGIE PTPSLTLTGQ DEFGRFGSSL TPLGDLDQDG YNDVAIGAPF GGEAQQGVVF IFPGG PGGL NTKPSQVLQP LWAAGHTPDF FGSALRGGRD LDGNGYPDLI VGSFGVDKAL VYRGRPIISA SASLTIFPSM FNPEER SCS LEGNPVSCIN LSFCLNASGK HVPNSIGFEV ELQLDWQKQK GGVRRALFLA SKQATLTQTL LIQNGAREDC REMKIYL RN ESEFRDKLSP IHIALNFSLD PKAPMDSHGL RPVLHYQSKS RIEDKAQILL DCGEDNICVP DLQLAVYGEK KHVYLGDK N ALNLTFLAQN LGEGGAYEAE LRVTAPLEAE YSGLVRHPGN FSSLSCDYFA VNQSRQLVCD LGNPMKAGTS IWGGLRFTV PHLQDTKKTI QFDFQILSKN LNNSQSNMVS FPLSVEAQAQ VSLNGVSKPE AVIFPVSDWN PQDQPQKEGD LGPAVHHVYE LINQGPSSI SQGVLEISCP QALEGQQLLY VTKVTGLNNC TSNYTPNSQG LELDPEVSPH HLQRREAPGR SSTTSGTQVL K CPEAKCFR LRCEFGPLHR QESRSLQLHF RVWAKTFLQQ EYQPFSLQCE ALYEALKMPY QILPRQLPQK KLQVATAVQW TK AEGSNGV PLWIIILAIL FGLLLLGLLI YVLYKLGFFK RSLPYGTAME KAQLKPPATS DA

UniProtKB: Integrin subunit alpha 5

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分子 #2: Integrin beta-1

分子名称: Integrin beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Liver / 組織: Liver
分子量理論値: 88.594602 KDa
配列文字列: MNLQLVFWIG LISLICSVFG QTDKNRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN TTFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCHPSDI ENPRGSQTI KKNKNVTNRS KGMAEKLRPE DITQIQPQQL LLKLRSGEPQ KFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL E NVKSLGTD ...文字列:
MNLQLVFWIG LISLICSVFG QTDKNRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN TTFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCHPSDI ENPRGSQTI KKNKNVTNRS KGMAEKLRPE DITQIQPQQL LLKLRSGEPQ KFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL E NVKSLGTD LMNEMRRITS DFRIGFGSFV EKTVMPYIST TPAKLRNPCT SEQNCTSPFS YKNVLSLTDR GEFFNELVGQ QR ISGNLDS PEGGFDAIMQ VAVCGSLIGW RNVTRLLVFS TDAGFHFAGD GKLGGIVLPN DGQCHLENNV YTMSHYYDYP SAI HLVQKL SENNIQTIFA VTEEFQPVYK ELKNLIPKSA VGTLSGNSSN VIQLIIDAYN SLSSEVILEN SKLPDGVTIN YKSY CKNGV NGTGENGRKC SNISIGDEVQ FEISITANKC PNKESENQLK LNPLGFTEEV EVVLQFICKC NCQSHGIPAS PKCHE GNGT FECGACRCNE GRVGRHCECS TDEVNSEDMD AYCRKENSSE ICSNNGECVC GQCVCRKREN TNEIYSGKFC ECDNFN CDR SNGLICGGNG VCRCRVCECY PNYTGSACDC SLDTVPCVAT NGQICNGRGI CECGACKCTD PKFQGPTCET CQTCLGV CA EHKECVQCRA FNKGEKKDTC AQECSHFNLT KVESREKLPQ PVQVDPVTHC KEKDIDDCWF YFTYSVNSKG EAHVHVVE T PDCPTGPDII PIVAGVVAGI VLIGLALLLI WKLLMIIHDR REFAKFEKEK MNAKWDTGEN PIYKSAVTTV VNPKYEGK

UniProtKB: Integrin beta-1

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Vitrified immeadiately after elution from NiNTA beads

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1444502
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Initial model generated in CryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.03) / 使用した粒子像数: 101740
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.03)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Modeller / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Homology model generated from PDB 7NXD
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 144 / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-8oxz:
Rat alpha5beta1 integrin, headpiece

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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