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- EMDB-17226: Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromer... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17226
タイトルCryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to a centromeric CENP-A nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA
    • DNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
キーワードkinetochore / point centromere / CENP-A nucleosome / topological entrapment / centromeric DNA / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Cbf1-Met4-Met28 complex / positive regulation of sulfate assimilation / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / positive regulation of inositol biosynthetic process / 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion ...Cbf1-Met4-Met28 complex / positive regulation of sulfate assimilation / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / positive regulation of inositol biosynthetic process / 2-micrometer circle DNA / 2-micrometer plasmid partitioning / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / PKMTs methylate histone lysines / meiotic sister chromatid segregation / HDMs demethylate histones / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / negative regulation of ceramide biosynthetic process / HATs acetylate histones / ascospore formation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / centromeric DNA binding / CENP-A containing chromatin assembly / HDACs deacetylate histones / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / cellular response to methionine / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / replication fork protection complex / protein localization to kinetochore / RMTs methylate histone arginines / Oxidative Stress Induced Senescence / postreplication repair / spindle pole body / prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / RNA Polymerase I Promoter Escape / mitotic sister chromatid segregation / Estrogen-dependent gene expression / rRNA transcription / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / Ub-specific processing proteases / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / nucleosomal DNA binding / meiotic cell cycle / chromosome segregation / heterochromatin formation / kinetochore / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / structural constituent of chromatin / nucleosome / peroxisome / chromatin organization / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / cell division / DNA repair / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N ...: / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Isoprenoid synthase domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B.1 / Polyprenyl synthatase / Histone H2A.1 / Centromere-binding protein 1 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit CNN1 / Inner kinetochore subunit MCM22 ...Histone H2B.1 / Polyprenyl synthatase / Histone H2A.1 / Centromere-binding protein 1 / Histone H3-like centromeric protein CSE4 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit CNN1 / Inner kinetochore subunit MCM22 / Inner kinetochore subunit OKP1 / Inner kinetochore subunit CTF19 / Inner kinetochore subunit NKP2 / Inner kinetochore subunit MCM21 / Inner kinetochore subunit MCM16 / Inner kinetochore subunit NKP1 / Inner kinetochore subunit CTF3 / Inner kinetochore subunit WIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Dendooven TD / Zhang Z / Yang J / McLaughlin S / Schwabb J / Scheres S / Yatskevich S / Barford D
資金援助 英国, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_ A025_1013 英国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the complete inner kinetochore of the budding yeast point centromere.
著者: Tom Dendooven / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / Johannes Schwab / Sjors H W Scheres / Stanislau Yatskevich / David Barford /
要旨: The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) ...The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) complex and the microtubule-binding outer kinetochore KNL1-MIS12-NDC80 (KMN) network. The budding yeast inner kinetochore also contains the DNA binding centromere-binding factor 1 (CBF1) and CBF3 complexes. We determined the cryo-electron microscopy structure of the yeast inner kinetochore assembled onto the centromere-specific centromere protein A nucleosomes (CENP-A). This revealed a central CENP-A with extensively unwrapped DNA ends. These free DNA duplexes bind two CCAN protomers, one of which entraps DNA topologically, positioned on the centromere DNA element I (CDEI) motif by CBF1. The two CCAN protomers are linked through CBF3 forming an arch-like configuration. With a structural mechanism for how CENP-A can also be linked to KMN involving only CENP-QU, we present a model for inner kinetochore assembly onto a point centromere and how it organizes the outer kinetochore for chromosome attachment to the mitotic spindle.
履歴
登録2023年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_17226.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17226.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 307.08 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 307.08 Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 307.08 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.853 Å
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表面レベル登録者による: 0.149
最小 - 最大-0.63788563 - 0.97546124
平均 (標準偏差)0.0008011289 (±0.0661623)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 307.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_17226_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17226_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17226_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA

全体名称: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA
要素
  • 複合体: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA
    • DNA: C0N3 DNA
    • DNA: C0N3 DNA
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3-like centromeric protein CSE4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.1
    • タンパク質・ペプチド: Centromere-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM16
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CTF3
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM22
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit IML3
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CHL4
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit MCM21
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CTF19
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit OKP1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit CNN1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit AME1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit WIP1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit NKP1
    • タンパク質・ペプチド: Inner kinetochore subunit NKP2

+
超分子 #1: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA

超分子名称: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: C0N3 DNA

分子名称: C0N3 DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 47.239277 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
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+
分子 #2: C0N3 DNA

分子名称: C0N3 DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 47.194199 KDa
配列文字列: (DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC) (DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DG) ...文字列:
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+
分子 #3: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 11.39539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KILRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEEVRAVLK SFLESVIRDS VTYTEHAKRK TVTSLDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Polyprenyl synthatase

+
分子 #4: Histone H2B.1

分子名称: Histone H2B.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.280362 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAKAEKKPA SKAPAEKKPA AKKTSTSTDG KKRSKARKET YSSYIYKVLK QTHPDTGISQ KSMSILNSFV NDIFERIATE ASKLAAYNK KSTISAREIQ TAVRLILPGE LAKHAVSEGT RAVTKYSSST QA

UniProtKB: Histone H2B.1

+
分子 #5: Histone H3-like centromeric protein CSE4

分子名称: Histone H3-like centromeric protein CSE4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 26.885434 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSKQQWVSS AIQSDSSGRS LSNVNRLAGD QQSINDRALS LLQRTRATKN LFPRREERRR YESSKSDLDI ETDYEDQAGN LEIETENEE EAEMETEVPA PVRTHSYALD RYVRQKRREK QRKQSLKRVE KKYTPSELAL YEIRKYQRST DLLISKIPFA R LVKEVTDE ...文字列:
MSSKQQWVSS AIQSDSSGRS LSNVNRLAGD QQSINDRALS LLQRTRATKN LFPRREERRR YESSKSDLDI ETDYEDQAGN LEIETENEE EAEMETEVPA PVRTHSYALD RYVRQKRREK QRKQSLKRVE KKYTPSELAL YEIRKYQRST DLLISKIPFA R LVKEVTDE FTTKDQDLRW QSMAIMALQE ASEAYLVGLL EHTNLLALHA KRITIMKKDM QLARRIRGQF I

UniProtKB: Histone H3-like centromeric protein CSE4

+
分子 #6: Histone H2A.1

分子名称: Histone H2A.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.013177 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGGKGGKAG SAAKASQSRS AKAGLTFPVG RVHRLLRRGN YAQRIGSGAP VYLTAVLEYL AAEILELAGN AARDNKKTRI IPRHLQLAI RNDDELNKLL GNVTIAQGGV LPNIHQNLLP KKSAKATKAS QEL

UniProtKB: Histone H2A.1

+
分子 #7: Centromere-binding protein 1

分子名称: Centromere-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.444715 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNSLANNNKL STEDEEIHSA RKRGYNEEQN YSEARKKQRD QGLLSQESND GNIDSALLSE GATLKGTQSQ YESGLTSNKD EKGSDDEDA SVAEAAVAAT VNYTDLIQGQ EDSSDAHTSN QTNANGEHKD SLNGERAITP SNEGVKPNTS LEGMTSSPME S TQQSKNDM ...文字列:
MNSLANNNKL STEDEEIHSA RKRGYNEEQN YSEARKKQRD QGLLSQESND GNIDSALLSE GATLKGTQSQ YESGLTSNKD EKGSDDEDA SVAEAAVAAT VNYTDLIQGQ EDSSDAHTSN QTNANGEHKD SLNGERAITP SNEGVKPNTS LEGMTSSPME S TQQSKNDM LIPLAEHDRG PEHQQDDEDN DDADIDLKKD ISMQPGRRGR KPTTLATTDE WKKQRKDSHK EVERRRRENI NT AINVLSD LLPVRESSKA AILACAAEYI QKLKETDEAN IEKWTLQKLL SEQNASQLAS ANEKLQEELG NAYKEIEYMK RVL RKEGIE YEDMHTHKKQ ENERKSTRSD NPHEA

UniProtKB: Centromere-binding protein 1

+
分子 #8: Inner kinetochore subunit MCM16

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 21.1661 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MTNSSEKQWE RIQQLEKEHV EVYRELLITL DRLYLIRKHN HAVILSHTQQ RLLEIRHQLQ INLEKTALLI RLLEKPDNTN VLFTKLQNL LEESNSLDYE LLQSLGAQSS LHKQLIESRA ERDELMSKLI ELSSKFPKPT IPPDDSDTAG KQVEVEKENE T IQELMIAL QIHSGYTNIS YTI

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM16

+
分子 #9: Inner kinetochore subunit CTF3

分子名称: Inner kinetochore subunit CTF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 84.345633 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSLILDDIIL SLTNANERTP PQALKTTLSL LYEKSKQYGL SSPQLQALVR LLCETSIIDT VTKVYIVENC FLPDGYLTKE LLLEIINHL GTPTVFSRYR IQTPPVLQSA LCKWLVHVYF LFPVHSEREH NISSSIWLHL WQFSFLQKWI TPLVIWQATT P VDVKPWKL ...文字列:
MSLILDDIIL SLTNANERTP PQALKTTLSL LYEKSKQYGL SSPQLQALVR LLCETSIIDT VTKVYIVENC FLPDGYLTKE LLLEIINHL GTPTVFSRYR IQTPPVLQSA LCKWLVHVYF LFPVHSEREH NISSSIWLHL WQFSFLQKWI TPLVIWQATT P VDVKPWKL SIIKRCAMHP GYRDAPGSAT LILQRFQCLV GASSQITESI ITINCNRKTL KSHRNLKLDA HFLSILKRIL SR AHPANFP ADTVQNTIDM YLSEIHQLGA DSIYPLRLQS LPEYVPSDST VSLWDVTSLE QLAQNWPQLH IPNDVDYMMK PSL NSNVLL PRKVMSRDSL KHLYSSIILI KNSRDESSSP YEWCIWQLKR CFAHQIETPQ EVIPIIISVS SMDNKLSSRI IQTF CNLKY LKLDELTLKK VCGGILPLWK PELISGTREF FVKFMASIFM WSTRDGHDNN CTFSETCFYV LQMITNWVLD DKLIA LGLT LLHDMQSLLT LDKIFNNATS NRFSTMAFIS SLDILTQLSK QTKSDYAIQY LIVGPDIMNK VFSSDDPLLL SAACRY LVA TKNKLMQYPS TNKFVRMQNQ YIMDLTNYLY RNKVLSSKSL FGVSPDFFKQ ILENLYIPTA DFKNAKFFTI TGIPALS YI CIIILRRLET AENTKIKFTS GIINEETFNN FFRVHHDEIG QHGWIKGVNN IHDLRVKILM HLSNTANPYR DIAAFLFT Y LKSLSKYSVQ NS

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CTF3

+
分子 #10: Inner kinetochore subunit MCM22

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.602541 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDVEKDVLDV YIKNLENQIG NKRYFLKQAQ GAIDEITKRS LDTEGKPVNS EVFTELLRKP MFFSERADPI GFSLTSNFLS LRAQSSSEW LSLMNDQSVD QKAMLLLQNN INSDLKELLR KLQHQMTIMD SKKQDHAHIR TRKARNKELW DSLADFLKGY L VPNLDDND ...文字列:
MDVEKDVLDV YIKNLENQIG NKRYFLKQAQ GAIDEITKRS LDTEGKPVNS EVFTELLRKP MFFSERADPI GFSLTSNFLS LRAQSSSEW LSLMNDQSVD QKAMLLLQNN INSDLKELLR KLQHQMTIMD SKKQDHAHIR TRKARNKELW DSLADFLKGY L VPNLDDND ESIDSLTNEV MLLMKRLIEH DLNLTLNDFS SKTIPIYRLL LRANIITVIE GSTNPGTKYI KLIDFNETSL T

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM22

+
分子 #11: Inner kinetochore subunit IML3

分子名称: Inner kinetochore subunit IML3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.093223 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPYTWKFLGI SKQLSLENGI AKLNQLLNLE VDLDIQTIRV PSDPDGGTAA DEYIRYEMRL DISNLDEGTY SKFIFLGNSK MEVPMFLCY CGTDNRNEVV LQWLKAEYGV IMWPIKFEQK TMIKLADASI VHVTKENIEQ ITWFSSKLYF EPETQDKNLR Q FSIEIPRE ...文字列:
MPYTWKFLGI SKQLSLENGI AKLNQLLNLE VDLDIQTIRV PSDPDGGTAA DEYIRYEMRL DISNLDEGTY SKFIFLGNSK MEVPMFLCY CGTDNRNEVV LQWLKAEYGV IMWPIKFEQK TMIKLADASI VHVTKENIEQ ITWFSSKLYF EPETQDKNLR Q FSIEIPRE SCEGLALGYG NTMHPYNDAI VPYIYNETGM AVERLPLTSV ILAGHTKIMR ESIVTSTRSL RNRVLAVVLQ SI QFTSE

UniProtKB: Inner kinetochore subunit IML3

+
分子 #12: Inner kinetochore subunit CHL4

分子名称: Inner kinetochore subunit CHL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.743723 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSNELRLEDN YVPTSDTLVV FKQLMKLPVT VLYDLTLSWF AKFGGSFDGD IYLLTETLDL LIEKGVRRNV IVNRILYVYW PDGLNVFQL AEIDCHLMIS KPEKFKWLPS KALRGDGKPY VVKLQPAKFI ENLQTDLAKI YHCHVYMFKH PSLPVLITRI Q LFDSNNLF ...文字列:
MSNELRLEDN YVPTSDTLVV FKQLMKLPVT VLYDLTLSWF AKFGGSFDGD IYLLTETLDL LIEKGVRRNV IVNRILYVYW PDGLNVFQL AEIDCHLMIS KPEKFKWLPS KALRGDGKPY VVKLQPAKFI ENLQTDLAKI YHCHVYMFKH PSLPVLITRI Q LFDSNNLF LSTPNIGSIN KESLYNKLDK FQGKPLISRR PYYVAFPLNS PIIFHSVDKD IYARLVLQSI SRTISERETI IF KPVQKIP VKSIHNIMTL LGPSRFAESM GPWECYASAN FERSPLHDYK KHQGLTGKKV MVREFDDSFL NDDENFYGKE EPE IRRLRL EKNMIKFKGS ANGVMDQKYN DLKEFNEHVH NIRNGKKNED SGEPVYISRY SSLVPIEKVG FTLKNEINSR IITI KLKFN GNDIFGGLHE LCDKNLINID KVPGWLAGEN GSFSGTIMNG DFQREQVAKG GLL

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CHL4

+
分子 #13: Inner kinetochore subunit MCM21

分子名称: Inner kinetochore subunit MCM21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 43.028879 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSRIDDLQQD IESLLSEINS LEESREKLKA KIKDKRKNEE SANPIVQEFE DLFDQFPQLN NFLFNEHPEL EETDDKDISR AQADIPATP IPYEPKKRAK LENEEILPEQ EWVLKTQPMV QHQMFDPGVA DLLDTDILTS PSKRKRKLKI DDISTSDRSE L EDYIVLEN ...文字列:
MSRIDDLQQD IESLLSEINS LEESREKLKA KIKDKRKNEE SANPIVQEFE DLFDQFPQLN NFLFNEHPEL EETDDKDISR AQADIPATP IPYEPKKRAK LENEEILPEQ EWVLKTQPMV QHQMFDPGVA DLLDTDILTS PSKRKRKLKI DDISTSDRSE L EDYIVLEN VYRMFGITFF PLVDPIDLKI KDASGEIFVD REMLGIRLEV FSERTSQFEK PHYVLLKKRI KSNSWFLFKH TI PSFIDVQ GIFDDTNGGL VISHDDAYLF AKRVFLQLVE VQKRRQIFKD LEAKKIIHDL DLDLESSMVS FFVKDIKVEL FVK QNEIVS CSILDDIHDF SQNNKSKWEI ALLGSLDDLE LKLNHSFATI FK

UniProtKB: Inner kinetochore subunit MCM21

+
分子 #14: Inner kinetochore subunit CTF19

分子名称: Inner kinetochore subunit CTF19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 42.841113 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDFTSDTTNS HDTSNSHLSL EDAVGTHHAG EADVNIDGDE KQQLSLLDDD QVRALKLQEE KDALLTRRNT LLQEIQTYQN ILMKENNSK TKNGDILQND ITQDFLNLIS ISSSNPNSAI SDRKRVERIN GLTNLQKELV TKYDTLPLLN MNLRLSYLRD H TYPHLQVS ...文字列:
MDFTSDTTNS HDTSNSHLSL EDAVGTHHAG EADVNIDGDE KQQLSLLDDD QVRALKLQEE KDALLTRRNT LLQEIQTYQN ILMKENNSK TKNGDILQND ITQDFLNLIS ISSSNPNSAI SDRKRVERIN GLTNLQKELV TKYDTLPLLN MNLRLSYLRD H TYPHLQVS VQSRDRVHND GIEVLVVNYK FCRNTMNPFE IQFKMFYKFE DSTLLKWEIL RISTNVRLKA KQLLATRNFQ KC LLSLYEF DKIKSKKTGI FQNLINLLKR KTRCYLMNNS DSLIVERVIR EGRLTTIKLQ INFIITMPGE RGKPRNCFLP MSK ISIALW KGGERFNQID LDEICYGLIK EYGVKTGLKE ICNVCLFPDM YAR

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CTF19

+
分子 #15: Inner kinetochore subunit OKP1

分子名称: Inner kinetochore subunit OKP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 47.427246 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAADRDNFLQ NIENDSINNG QAMDLSPNRS SSESDSSILM NVNDIKTLRL DVAPEAKSTQ SKKSLFYENS DDAEEGEIEE RTNKEEGQY HHKGSKQLRF EVGKESTGKL QSHLSDGSAT SGEGNVRPWE FRKVIQAEYR ERLPRNYELK HWKKPSKIMI G SILRLLET ...文字列:
MAADRDNFLQ NIENDSINNG QAMDLSPNRS SSESDSSILM NVNDIKTLRL DVAPEAKSTQ SKKSLFYENS DDAEEGEIEE RTNKEEGQY HHKGSKQLRF EVGKESTGKL QSHLSDGSAT SGEGNVRPWE FRKVIQAEYR ERLPRNYELK HWKKPSKIMI G SILRLLET NTVSALDSVF EKYEKEMNQM THGDNNEVKR IYSKKERLLE IILTKIKKKL RQAKFPSRIS ERDLDIEYIY SK RQFIQNR YSQELQNNER LEAILSREQN LLEETRKLCM NLKTNNKKRL TEKLIQKDLH PVLNKAMEYT YGLESTNGFM HPD GPVTFR NDSHELNLML NDPIKSTADV RLDKEEVLSL LPSLKEYTKK SKELKETMGQ MISDSHEEEI KEVFVPHHES HQDK TEEDI H

UniProtKB: Inner kinetochore subunit OKP1

+
分子 #16: Inner kinetochore subunit CNN1

分子名称: Inner kinetochore subunit CNN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 41.359785 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSTPRKAAGN NENTEVSEIR TPFRERALEE QRLKDEVLIR NTPGYRKLLS ASTKSHDILN KDPNEVRSFL QDLSQVLARK SQGNDTTTN KTQARNLIDE LAYEESQPEE NELLRSRSEK LTDNNIGNET QPDYTSLSQT VFAKLQERDK GLKSRKIDPI I IQDVPTTG ...文字列:
MSTPRKAAGN NENTEVSEIR TPFRERALEE QRLKDEVLIR NTPGYRKLLS ASTKSHDILN KDPNEVRSFL QDLSQVLARK SQGNDTTTN KTQARNLIDE LAYEESQPEE NELLRSRSEK LTDNNIGNET QPDYTSLSQT VFAKLQERDK GLKSRKIDPI I IQDVPTTG HEDELTVHSP DKANSISMEV LRTSPSIGMD QVDEPPVRDP VPISITQQEE PLSEDLPSDD KEETEEAENE DY SFENTSD ENLDDIGNDP IRLNVPAVRR SSIKPLQIMD LKHLTRQFLN ENRIILPKQT WSTIQEESLN IMDFLKQKIG TLQ KQELVD SFIDMGIINN VDDMFELAHE LLPLELQSRI ESYLF

UniProtKB: Inner kinetochore subunit CNN1

+
分子 #17: Inner kinetochore subunit AME1

分子名称: Inner kinetochore subunit AME1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 37.506723 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDRDTKLAFR LRGSHSRRTD DIDDDVIVFK TPNAVYREEN SPIQSPVQPI LSSPKLANSF EFPITTNNVN AQDRHEHGYQ PLDAEDYPM IDSENKSLIS ESPQNVRNDE DLTTRYNFDD IPIRQLSSSI TSVTTIDVLS SLFINLFEND LIPQALKDFN K SDDDQFRK ...文字列:
MDRDTKLAFR LRGSHSRRTD DIDDDVIVFK TPNAVYREEN SPIQSPVQPI LSSPKLANSF EFPITTNNVN AQDRHEHGYQ PLDAEDYPM IDSENKSLIS ESPQNVRNDE DLTTRYNFDD IPIRQLSSSI TSVTTIDVLS SLFINLFEND LIPQALKDFN K SDDDQFRK LLYKLDLRLF QTISDQMTRD LKDILDINVS NNELCYQLKQ VLARKEDLNQ QIISVRNEIQ ELKAGKDWHD LQ NEQAKLN DKVKLNKRLN DLTSTLLGKY EGDRKIMSQD SEDDSIRDDS NILDIAHFVD LMDPYNGLLK KINKINENLS NEL QPSL

UniProtKB: Inner kinetochore subunit AME1

+
分子 #18: Inner kinetochore subunit WIP1

分子名称: Inner kinetochore subunit WIP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.255458 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDTEALANYL LRQLSLDAEE NKLEDLLQRQ NEDQESSQEY NKKLLLACGF QAILRKILLD ARTRATAEGL REVYPYHIEA ATQAFLDSQ

UniProtKB: Inner kinetochore subunit WIP1

+
分子 #19: Inner kinetochore subunit NKP1

分子名称: Inner kinetochore subunit NKP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.006451 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTDTYNSISN FIENELTALL SSDDYLMDDL AGELPNEVCR LLKAQVIEKR KDAMSRGKQD LLSKEIYDNE SELRASQSQQ IMELVGDIP KYSLGSELRN RVEGEPQSTS IERLIEDVLK LPQMEVADEE EVEVENDLKV LSEYSNLRKD LILKCQALQI G ESKLSDIL ...文字列:
MTDTYNSISN FIENELTALL SSDDYLMDDL AGELPNEVCR LLKAQVIEKR KDAMSRGKQD LLSKEIYDNE SELRASQSQQ IMELVGDIP KYSLGSELRN RVEGEPQSTS IERLIEDVLK LPQMEVADEE EVEVENDLKV LSEYSNLRKD LILKCQALQI G ESKLSDIL SQTNSINSLT TSIKEASEDD DISEYFATYN GKLVVALEEM KLLLEEAVKT FGNSPEKREK IKKILSELKK

UniProtKB: Inner kinetochore subunit NKP1

+
分子 #20: Inner kinetochore subunit NKP2

分子名称: Inner kinetochore subunit NKP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.877033 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MNSEQLLHNY VSDSLLTTLI SFQEFKQQLQ SYTSDEQQLQ HWYELLQARD ARVTSELEAR IKQFFITLRS RLLRFLESEQ LSHSLSLET LIDALYKIND LLQQRLQILD DAIQEKTSEL AEFENMVRSP SAGDNAIPGL LQIIQSYINL LEEN

UniProtKB: Inner kinetochore subunit NKP2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 100311
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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