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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17107 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of human rho1 GABAA receptor in complex with inhibitor TPMPA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | GABAA receptor / rho1 / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / chloride transmembrane transport ...GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / GABA-ergic synapse / chloride transmembrane transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / modulation of chemical synaptic transmission / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / protein domain specific binding / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen F / Victor T / John C / Rebecca JH / Erik L | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Neuron / 年: 2023 タイトル: Structure and dynamics of differential ligand binding in the human ρ-type GABA receptor. 著者: John Cowgill / Chen Fan / Nandan Haloi / Victor Tobiasson / Yuxuan Zhuang / Rebecca J Howard / Erik Lindahl / 要旨: The neurotransmitter γ-aminobutyric acid (GABA) drives critical inhibitory processes in and beyond the nervous system, partly via ionotropic type-A receptors (GABARs). Pharmacological properties of ...The neurotransmitter γ-aminobutyric acid (GABA) drives critical inhibitory processes in and beyond the nervous system, partly via ionotropic type-A receptors (GABARs). Pharmacological properties of ρ-type GABARs are particularly distinctive, yet the structural basis for their specialization remains unclear. Here, we present cryo-EM structures of a lipid-embedded human ρ1 GABAR, including a partial intracellular domain, under apo, inhibited, and desensitized conditions. An apparent resting state, determined first in the absence of modulators, was recapitulated with the specific inhibitor (1,2,5,6-tetrahydropyridin-4-yl)methylphosphinic acid and blocker picrotoxin and provided a rationale for bicuculline insensitivity. Comparative structures, mutant recordings, and molecular simulations with and without GABA further explained the sensitized but slower activation of ρ1 relative to canonical subtypes. Combining GABA with picrotoxin also captured an apparent uncoupled intermediate state. This work reveals structural mechanisms of gating and modulation with applications to ρ-specific pharmaceutical design and to our biophysical understanding of ligand-gated ion channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17107.map.gz | 23.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17107-v30.xml emd-17107.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17107_fsc.xml | 14.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17107.png | 195.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17107.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_17107_half_map_1.map.gz emd_17107_half_map_2.map.gz | 225.5 MB 225.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17107 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17107 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17107_validation.pdf.gz | 750.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17107_full_validation.pdf.gz | 750 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17107_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17107_validation.cif.gz | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17107 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17107 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17107.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6725 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17107_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17107_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : human rho1 GABAA receptor
+超分子 #1: human rho1 GABAA receptor
+分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit rho-1
+分子 #2: methyl(1,2,3,6-tetrahydropyridin-4-yl)phosphinic acid
+分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #4: HEXANE
+分子 #5: N-OCTANE
+分子 #6: DODECANE
+分子 #7: DECANE
+分子 #8: CHLORIDE ION
+分子 #9: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 46.12 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |