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万見
- EMDB-1710: Cryo-EM 3D model of the icosahedral particle composed of Rous sar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1710
タイトルCryo-EM 3D model of the icosahedral particle composed of Rous sarcoma virus capsid protein pentamers
マップデータThis is a 3D reconstruction of the icosahedral particle composed of Rous sarcoma virus capsid protein pentamers
試料
  • 試料: Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein
  • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p27
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane ...host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral capsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / viral translational frameshifting / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic ...Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.3 Å
データ登録者Hyun JK / Radjainia M / Kingston RL / Mitra AK
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: Proton-driven assembly of the Rous Sarcoma virus capsid protein results in the formation of icosahedral particles.
著者: Jae-Kyung Hyun / Mazdak Radjainia / Richard L Kingston / Alok K Mitra /
要旨: In a mature and infectious retroviral particle, the capsid protein (CA) forms a shell surrounding the genomic RNA and the replicative machinery of the virus. The irregular nature of this capsid shell ...In a mature and infectious retroviral particle, the capsid protein (CA) forms a shell surrounding the genomic RNA and the replicative machinery of the virus. The irregular nature of this capsid shell precludes direct atomic resolution structural analysis. CA hexamers and pentamers are the fundamental building blocks of the capsid, however the pentameric state, in particular, remains poorly characterized. We have developed an efficient in vitro protocol for studying the assembly of Rous sarcoma virus (RSV) CA that involves mild acidification and produces structures modeling the authentic viral capsid. These structures include regular spherical particles with T = 1 icosahedral symmetry, built from CA pentamers alone. These particles were subject to cryoelectron microscopy (cryo-EM) and image processing, and a pseudo-atomic model of the icosahedron was created by docking atomic structures of the constituent CA domains into the cryo-EM-derived three-dimensional density map. The N-terminal domain (NTD) of CA forms pentameric turrets, which decorate the surface of the icosahedron, while the C-terminal domain (CTD) of CA is positioned underneath, linking the pentamers. Biophysical analysis of the icosahedral particle preparation reveals that CA monomers and icosahedra are the only detectable species and that these exist in reversible equilibrium at pH 5. These same acidic conditions are known to promote formation of a RSV CA CTD dimer, present within the icosahedral particle, which facilitates capsid assembly. The results are consistent with a model in which RSV CA assembly is a nucleation-limited process driven by very weak protein-protein interactions.
履歴
登録2010年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年4月9日-
マップ公開2010年4月9日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 164.272806409
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 164.272806409
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2x8q
  • 表面レベル: 164.272806409
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2x8q
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

map_EMD-1710...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 3D reconstruction of the icosahedral particle composed of Rous sarcoma virus capsid protein pentamers
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å		2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å		2.5 Å/pix.
x 160 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 162.0 / ムービー #1: 164.2728064
最小 - 最大-397.634999999999991 - 686.375999999999976
平均 (標準偏差)5.10931 (±72.627799999999993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 400 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-61-61-60
NX/NY/NZ122122122
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-397.635686.3765.109

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein

全体名称: Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein
要素
  • 試料: Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein
  • タンパク質・ペプチド: Capsid protein p27

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超分子 #1000: Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein

超分子名称: Icosahedral particles composed of Rous sarcoma virus capsid protein
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The icosahedral particles were assembled in vitro, by transferring recombinant Rous sarcoma virus capsid protein monomers into high salt, mildly acidic buffer
集合状態: Icosahedral particle containing 12 CA pentamers (i.e. 60 monomers)
Number unique components: 1
分子量理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: Capsid protein p27

分子名称: Capsid protein p27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Capsid protein p27 / コピー数: 60
集合状態: Icosahedral particle composed of 12 protein pentamers
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rous sarcoma virus - Prague C (ラウス肉腫ウイルス)
分子量理論値: 1.53 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 5
詳細: 0.1M citric acid, 5mM MOPS/KOH, 725mM NaCl, 0.25mM Na azide, 0.125mM TCEP-HCl
グリッド詳細: Holey carbon 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark IV / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
温度平均: 103 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 60,000 - 140,000 times magnification using live fft
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 10.5 µm / 実像数: 21 / 平均電子線量: 18 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Bsoft, PFT2, EM3DR2
詳細: The digitized micrographs were processed using Bsoft. Orientation and origin search of the particles and 3D reconstruction were performed using PFT2 and EM3DR, respectively
使用した粒子像数: 1310

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1em9

,

3g21

)
ソフトウェア名称: Chimera,Sculptor
詳細Protocol: Rigid body. The domain structures were manually fitted into the 3D reconstruction, and then the fitting was refined using Sculptor
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation
得られたモデル

PDB-2x8q:
Cryo-EM 3D model of the icosahedral particle composed of Rous sarcoma virus capsid protein pentamers

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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