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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus | |||||||||
![]() | Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus | |||||||||
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![]() | D10-symmetry / N-RNA / nucleoprotein / RSV / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Respiratory syncytial virus genome transcription / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Respiratory syncytial virus genome replication / helical viral capsid / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry ...Respiratory syncytial virus genome transcription / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Respiratory syncytial virus genome replication / helical viral capsid / RSV-host interactions / Maturation of hRSV A proteins / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / PKR-mediated signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Gonnin L / Desfosses A / Gutsche I | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural landscape of the respiratory syncytial virus nucleocapsids. 著者: Lorène Gonnin / Ambroise Desfosses / Maria Bacia-Verloop / Didier Chevret / Marie Galloux / Jean-François Éléouët / Irina Gutsche / ![]() 要旨: Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a prevalent cause of severe respiratory infections in children and the elderly. The helical HRSV nucleocapsid is a template for the viral RNA synthesis and ...Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is a prevalent cause of severe respiratory infections in children and the elderly. The helical HRSV nucleocapsid is a template for the viral RNA synthesis and a scaffold for the virion assembly. This cryo-electron microscopy analysis reveals the non-canonical arrangement of the HRSV nucleocapsid helix, composed of 16 nucleoproteins per asymmetric unit, and the resulting systematic variations in the RNA accessibility. We demonstrate that this unique helical symmetry originates from longitudinal interactions by the C-terminal arm of the HRSV nucleoprotein. We explore the polymorphism of the nucleocapsid-like assemblies, report five structures of the full-length particles and two alternative arrangements formed by a C-terminally truncated nucleoprotein mutant, and demonstrate the functional importance of the identified longitudinal interfaces. We put all these findings in the context of the HRSV RNA synthesis machinery and delineate the structural basis for its further investigation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 183.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 301.4 MB 301.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 761 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 760.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8oouMC ![]() 8op1C ![]() 8op2C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.145 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus
ファイル | emd_17031_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus
ファイル | emd_17031_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Double-ring nucleocapsid of the Respiratory Syncytial Virus | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Double ring nucleocapsid of the human Respiratory Syncytial Virus
全体 | 名称: Double ring nucleocapsid of the human Respiratory Syncytial Virus |
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要素 |
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-超分子 #1: Double ring nucleocapsid of the human Respiratory Syncytial Virus
超分子 | 名称: Double ring nucleocapsid of the human Respiratory Syncytial Virus タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Double ring nucleocapsid formed by the nucleoprotein N of the human RSV upon overexpression in insect cells and encapsidation of cellular RNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Nucleoprotein
分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 43.507848 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MALSKVKLND TLNKDQLLSS SKYTIQRSTG DSIDTPNYDV QKHINKLCGM LLITEDANHK FTGLIGMLYA MSRLGREDTI KILRDAGYH VKANGVDVTT HRQDINGKEM KFEVLTLASL TTEIQINIEI ESRKSYKKML KEMGEVAPEY RHDSPDCGMI I LCIAALVI ...文字列: MALSKVKLND TLNKDQLLSS SKYTIQRSTG DSIDTPNYDV QKHINKLCGM LLITEDANHK FTGLIGMLYA MSRLGREDTI KILRDAGYH VKANGVDVTT HRQDINGKEM KFEVLTLASL TTEIQINIEI ESRKSYKKML KEMGEVAPEY RHDSPDCGMI I LCIAALVI TKLAAGDRSG LTAVIRRANN VLKNEMKRYK GLLPKDIANS FYEVFEKHPH FIDVFVHFGI AQSSTRGGSR VE GIFAGLF MNAYGAGQVM LRWGVLAKSV KNIMLGHASV QAEMEQVVEV YEYAQKLGGE AGFYHILNNP KASLLSLTQF PHF SSVVLG NAAGLGIMGE YRGTPRNQDL YDAAKAYAEQ LKENGVINYS VLDLTAEELE AIKHQLNPKD NDVEL UniProtKB: Nucleoprotein |
-分子 #2: RNA (70-mer)
分子 | 名称: RNA (70-mer) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 21.317777 KDa |
配列 | 文字列: CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC CCCCCCCCCC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D10 (2回x10回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47212 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |