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- EMDB-16955: SA11 Rotavirus Trypsinized Triple Layered Particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16955
タイトルSA11 Rotavirus Trypsinized Triple Layered Particle
マップデータ
試料
  • ウイルス: Rotavirus A (ロタウイルス A)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Inner capsid protein VP2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRotavirus / dsRNA virus / virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope ...viral intermediate capsid / host cell endoplasmic reticulum lumen / T=2 icosahedral viral capsid / T=13 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral outer capsid / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / structural molecule activity / RNA binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Glycoprotein VP7 / Glycoprotein VP7, domain 1 / Glycoprotein VP7, domain 2 / Glycoprotein VP7 / Virus capsid protein, alpha-helical / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid glycoprotein VP7 / Inner capsid protein VP2 / Intermediate capsid protein VP6
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus (ウイルス) / Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Asensio-Cob D / Perez-Mata C / Gomez-Blanco J / Vargas J / Rodriguez JM / Luque D
資金援助 スペイン, 1件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesISCIII-AESI PI20CIII/00014 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of rotavirus spike proteolytic activation
著者: Asensio-Cob D / Perez-Mata C / Gomez-Blanco J / Vargas J / Rodriguez JM / Luque D
履歴
登録2023年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16955.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 750 pix.
= 1072.5 Å		1.43 Å/pix.
x 750 pix.
= 1072.5 Å		1.43 Å/pix.
x 750 pix.
= 1072.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.006435752 - 0.08554431
平均 (標準偏差)0.00059986906 (±0.0078428965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-375-375-375
サイズ750750750
Spacing750750750
セルA=B=C: 1072.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16955_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_16955_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rotavirus A

全体名称: Rotavirus A (ロタウイルス A)
要素
  • ウイルス: Rotavirus A (ロタウイルス A)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid glycoprotein VP7
    • タンパク質・ペプチド: Intermediate capsid protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Inner capsid protein VP2
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Rotavirus A

超分子名称: Rotavirus A / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: Rotavirus SA11 Trypsinized TLP / NCBI-ID: 28875 / 生物種: Rotavirus A / Sci species strain: SA11 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
分子量理論値: 92 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: TLP / 直径: 1000.0 Å

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分子 #1: Outer capsid glycoprotein VP7

分子名称: Outer capsid glycoprotein VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Outer capsid glycoprotein VP7 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus (ウイルス)
分子量理論値: 37.222602 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MYGIEYTTVL TFLISIILLN YILKSLTRIM DFIIYRFLFI IVILSPFLRA QNYGINLPIT GSMDTAYANS TQEETFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTNIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM ...文字列:
MYGIEYTTVL TFLISIILLN YILKSLTRIM DFIIYRFLFI IVILSPFLRA QNYGINLPIT GSMDTAYANS TQEETFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTNIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM DITLYYYQQT DEANKWISMG SSCTIKVCPL NTQTLGIGCL TTDATTFEEV ATAEKLVITD VVDGVNHKLD VT TATCTIR NCKKLGPREN VAVIQVGGSD ILDITADPTT APQTERMMRI NWKKWWQVFY TVVDYVDQII QVMSKRSRSL NSA AFYYRV

UniProtKB: Outer capsid glycoprotein VP7

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分子 #2: Intermediate capsid protein VP6

分子名称: Intermediate capsid protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Intermediate capsid protein VP6 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus (ウイルス)
分子量理論値: 44.910738 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MDVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIIT MNGNEFQTGG IGNLPIRNWN FNFGLLGTTL LNLDANYVET ARNTIDYFV DFVDNVCMDE MVRESQRNGI APQSDSLRKL SAIKFKRINF DNSSEYIENW NLQNRRQRTG FTFHKPNIFP Y SASFTLNR ...文字列:
MDVLYSLSKT LKDARDKIVE GTLYSNVSDL IQQFNQMIIT MNGNEFQTGG IGNLPIRNWN FNFGLLGTTL LNLDANYVET ARNTIDYFV DFVDNVCMDE MVRESQRNGI APQSDSLRKL SAIKFKRINF DNSSEYIENW NLQNRRQRTG FTFHKPNIFP Y SASFTLNR SQPAHDNLMG TMWLNAGSEI QVAGFDYSCA INAPANIQQF EHIVPLRRVL TTATITLLPD AERFSFPRVI NS ADGATTW FFNPVILRPN NVEVEFLLNG QIINTYQARF GTIVARNFDT IRLSFQLMRP PNMTPAVAVL FPNAQPFEHH ATV GLTLRI ESAVCESVLA DASETLLANV TSVRQEYAIP VGPVFPPGMN WTDLITNYSP SREDNLQRVF TVASIRSMLI K

UniProtKB: Intermediate capsid protein VP6

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分子 #3: Inner capsid protein VP2

分子名称: Inner capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Inner core protein / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rotavirus (ウイルス)
分子量理論値: 102.853406 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: MAYRKRGARR ETNLKQDERM QEKEDSKNIN NDSPKSQLSE KVLSKKEEII TDNQEEVKIS DEVKKSNKEE SKQLLEVLKT KEEHQKEVQ YEILQKTIPT FEPKESILKK LEDIKPEQAK KQTKLFRIFE PKQLPIYRAN GERELRNRWY WKLKRDTLPD G DYDVREYF ...文字列:
MAYRKRGARR ETNLKQDERM QEKEDSKNIN NDSPKSQLSE KVLSKKEEII TDNQEEVKIS DEVKKSNKEE SKQLLEVLKT KEEHQKEVQ YEILQKTIPT FEPKESILKK LEDIKPEQAK KQTKLFRIFE PKQLPIYRAN GERELRNRWY WKLKRDTLPD G DYDVREYF LNLYDQVLME MPDYLLLKDM AVENKNSRDA GKVVDSETAA ICDAIFQDEE TEGAVRRFIA EMRQRVQADR NV VNYPSIL HPIDHAFNEY FLQHQLVEPL NNDIIFNYIP ERIRNDVNYI LNMDRNLPST ARYIRPNLLQ DRLNLHDNFE SLW DTITTS NYILARSVVP DLKELVSTEA QIQKMSQDLQ LEALTIQSET QFLTGINSQA ANDCFKTLIA AMLSQRTMSL DFVT TNYMS LISGMWLLTV IPNDMFIRES LVACQLAIIN TIVYPAFGMQ RMHYRNGDPQ TPFQIAEQQI QNFQVANWLH FVNYN QFRQ VVIDGVLNQV LNDNIRNGHV VNQLMEALMQ LSRQQFPTMP VDYKRSIQRG ILLLSNRLGQ LVDLTRLLSY NYETLM ACI TMNMQHVQTL TTEKLQLTSV TSLCMLIGNA TVIPSPQTLF HYYNVNVNFH SNYNERINDA VAIITAANRL NLYQKKM KS IVEDFLKRLQ IFDVARVPDD QMYRLRDRLR LLPVEIRRLD IFNLIAMNME QIERASDKIA QGVIIAYRDM QLERDEMY G YVNIARNLDG FQQINLEELM RSGDYAQITN MLLNNQPVAL VGALPFITDS SVISLIAKLD ATVFAQIVKL RKVDTLKPI LYKINSDSND FYLVANYDWI PTSTTKVYKQ VPQQFDFRAS MHMLTSNLTF TVYSDLLAFV SADTVEPINA VAFDNMRIMN EL

UniProtKB: Inner capsid protein VP2

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 26 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2368 / 平均電子線量: 39.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 58000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 28427
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2574

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 22394
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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