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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16917 | ||||||||||||
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タイトル | Human apo pseudouridine synthase 3 (PUS3) | ||||||||||||
マップデータ | human full-legnth apo PUS3 | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA modification / pseudouridylation / tRNA / homodimer / RNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA pseudouridine38/39 synthase / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lin T-Y / Glatt S / Koziej L | ||||||||||||
資金援助 | ポーランド, European Union, スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: The molecular basis of tRNA selectivity by human pseudouridine synthase 3. 著者: Ting-Yu Lin / Leon Kleemann / Jakub Jeżowski / Dominika Dobosz / Michał Rawski / Paulina Indyka / Grzegorz Ważny / Rahul Mehta / Andrzej Chramiec-Głąbik / Łukasz Koziej / Tristan Ranff ...著者: Ting-Yu Lin / Leon Kleemann / Jakub Jeżowski / Dominika Dobosz / Michał Rawski / Paulina Indyka / Grzegorz Ważny / Rahul Mehta / Andrzej Chramiec-Głąbik / Łukasz Koziej / Tristan Ranff / Christian Fufezan / Mateusz Wawro / Jakub Kochan / Joanna Bereta / Sebastian A Leidel / Sebastian Glatt / 要旨: Pseudouridine (Ψ), the isomer of uridine, is ubiquitously found in RNA, including tRNA, rRNA, and mRNA. Human pseudouridine synthase 3 (PUS3) catalyzes pseudouridylation of position 38/39 in tRNAs. ...Pseudouridine (Ψ), the isomer of uridine, is ubiquitously found in RNA, including tRNA, rRNA, and mRNA. Human pseudouridine synthase 3 (PUS3) catalyzes pseudouridylation of position 38/39 in tRNAs. However, the molecular mechanisms by which it recognizes its RNA targets and achieves site specificity remain elusive. Here, we determine single-particle cryo-EM structures of PUS3 in its apo form and bound to three tRNAs, showing how the symmetric PUS3 homodimer recognizes tRNAs and positions the target uridine next to its active site. Structure-guided and patient-derived mutations validate our structural findings in complementary biochemical assays. Furthermore, we deleted PUS1 and PUS3 in HEK293 cells and mapped transcriptome-wide Ψ sites by Pseudo-seq. Although PUS1-dependent sites were detectable in tRNA and mRNA, we found no evidence that human PUS3 modifies mRNAs. Our work provides the molecular basis for PUS3-mediated tRNA modification in humans and explains how its tRNA modification activity is linked to intellectual disabilities. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16917.map.gz | 30.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16917-v30.xml emd-16917.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16917_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16917.png | 26.8 KB | ||
マスクデータ | emd_16917_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16917.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_16917_half_map_1.map.gz emd_16917_half_map_2.map.gz | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16917 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16917 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16917_validation.pdf.gz | 672.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16917_full_validation.pdf.gz | 672.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16917_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16917_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16917 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16917 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16917.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | human full-legnth apo PUS3 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16917_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: human full-legnth apo PUS3 half map A
ファイル | emd_16917_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | human full-legnth apo PUS3 half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: human full-legnth apo PUS3 half map B
ファイル | emd_16917_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | human full-legnth apo PUS3 half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : homodimer of PUS3
全体 | 名称: homodimer of PUS3 |
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要素 |
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-超分子 #1: homodimer of PUS3
超分子 | 名称: homodimer of PUS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 550 KDa |
-分子 #1: pseudouridine syntase 3
分子 | 名称: pseudouridine syntase 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA pseudouridine38/39 synthase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: AMADNDTDRN QTEKLLKRVR ELEQEVQRLK KEQAKNKEDS NIRENSAGAG KTKRAFDFSA HGRRHVALRI AYMGWGYQGF ASQENTNNTI EEKLFEALTK TRLVESRQTS NYHRCGRTAK GVSAFGQVIS LDLRSQFPRG RDSEDFNVKE EANAAAEEIR YTHILNRVLP ...文字列: AMADNDTDRN QTEKLLKRVR ELEQEVQRLK KEQAKNKEDS NIRENSAGAG KTKRAFDFSA HGRRHVALRI AYMGWGYQGF ASQENTNNTI EEKLFEALTK TRLVESRQTS NYHRCGRTAK GVSAFGQVIS LDLRSQFPRG RDSEDFNVKE EANAAAEEIR YTHILNRVLP PDIRILAWAP VEPSFSARFS CLERTYRYFF PRADLDIVTM DYAAQKYVGT HDFRNLCKMD VANGVINFQR TILSAQVQLV GQSPGEGRWQ EPFQLCQFEV TGQAFLYHQV RCMMAILFLI GQGMEKPEII DELLNIEKNP QKPQYSMAVE FPLVLYDCKF ENVKWIYDQE AQEFNITHLQ QLWANHAVKT HMLYSMLQGL DTVPVPCGIG PKMDGMTEWG NVKPSVIKQT SAFVEGVKMR TYKPLMDRPK CQGLESRIQH FVRRGRIEHP HLFHEEETKA KRDCNDTLEE ENTNLETPTK RVCVDTEIKS II UniProtKB: tRNA pseudouridine(38/39) synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 8 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7353 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 3.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |