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- EMDB-16892: Cryo-EM KSB domain of RhiE from Burkholderia rhizoxinica -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16892
タイトルCryo-EM KSB domain of RhiE from Burkholderia rhizoxinica
マップデータ
試料
  • 複合体: Homodimeric complex of RhiE KSB domains
    • タンパク質・ペプチド: RhiE protein,Polyketide synthase domain protein RhiE
キーワードPolyketide / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RhiE branching domain / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / CurL-like, PKS C-terminal / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH ...: / RhiE branching domain / : / RhiE-like, KS-MAT linker domain / CurL-like, PKS C-terminal / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / : / : / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RhiE protein / Polyketide synthase domain protein RhiE
類似検索 - 構成要素
生物種Mycetohabitans rhizoxinica (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Capper MJ / Koehnke J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W003090/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Analysis of a Chain-Branching Polyketide Synthase Module
著者: Dell M / Tran MA / Capper MJ / Sundaram S / Fiedler J / Koehnke J / Hellmich U / Hertwick C
履歴
登録2023年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16892.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16892.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.84 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.84 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 259.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.015 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.178
最小 - 最大-0.3736496 - 0.878157
平均 (標準偏差)-0.0010179159 (±0.025903016)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 259.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16892_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_16892_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16892_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16892_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homodimeric complex of RhiE KSB domains

全体名称: Homodimeric complex of RhiE KSB domains
要素
  • 複合体: Homodimeric complex of RhiE KSB domains
    • タンパク質・ペプチド: RhiE protein,Polyketide synthase domain protein RhiE

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超分子 #1: Homodimeric complex of RhiE KSB domains

超分子名称: Homodimeric complex of RhiE KSB domains / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycetohabitans rhizoxinica (バクテリア)
分子量理論値: 230 KDa

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分子 #1: RhiE protein,Polyketide synthase domain protein RhiE

分子名称: RhiE protein,Polyketide synthase domain protein RhiE
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycetohabitans rhizoxinica (バクテリア)
分子量理論値: 115.527039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MKHHHHHHHH GGLVPRGSHG GSSGERVEDN ELANYIAVIG LGGYYPGADS IDELWQNLAN GVDCMSDFPA DRWDHSKIYY KNRKVLGKT TCINGSFIKD VDKFDYSYFK MPKVYADHMS PEVRLFLQVA VHTFEDAGYS KETLLSRYNG DVGVLLGTMS N DYHYYGFE ...文字列:
MKHHHHHHHH GGLVPRGSHG GSSGERVEDN ELANYIAVIG LGGYYPGADS IDELWQNLAN GVDCMSDFPA DRWDHSKIYY KNRKVLGKT TCINGSFIKD VDKFDYSYFK MPKVYADHMS PEVRLFLQVA VHTFEDAGYS KETLLSRYNG DVGVLLGTMS N DYHYYGFE SNVFRGSMAS GSGMATIPMT VSYFYGLTGP SLFIDTMCSS SSTCIHTACQ MLKHDETKMV LAGGLNLMYH PY TTVNTSQ GNFTSITSES VNSYGVGADG TVIGEGIGAV LLKRLDRAIA DRDQIYGVIK GSAMTNAGER NGFNVPNPDL QTL AIRQAM DQAKVHPSSI SYIEGHGSGT KLGDPIEVLG LNNAFRWATD DKQFCYLGSI KSNIGHLLAA SGIAGLTKTL LQFK HKQIA PSIHSSQLNQ DIDFADTPFV VPQQLIEWRQ PERIINGRKQ VFPRRAGLTS IAAGGMNAHM IVEEYPEPAD SAGQI SEDQ LVFVFSVHKL ALLAQNLTSF RDWLASSEAP LAQIAYTLQV GKNNLRNRLA IRCRTRQALS RALNACIDGH YQSSAD SKI FYRFQESDAV QPLESDLNDP LAPLLTQWLN GDSQVDWASL YAQPPVRISL PAYRFEKTRC WYTEEGYESS IVNPLMF KN KLHPLVAKNC STPQPGAIFR TDFVEDELLD YVYSGRGGRR LSAFNFADVA LAMPALASRF DGRTLSVSCA FEHYIADW T TVTGLEYRLF EIDSEQLELE FDFRRSGEQP THLGFAVINP LTSDEPPLPQ QWLDDARELL NRQALQAGRQ LSAAEVSQR LAQAGYDFAP YLDHDGELTI GRSGLVLKGR PPVNRHNHYA DNVQLSPYLA TTIDKALYLL LDELGLPQGR VIVRNIERLC CYHTPAGGF SVVLSGIGLN DNELSLSLLV LDEREQICVK LDKVSLYLGK QEVASVDRKH SLLTGEERMA EFKQEAKPQA D DSEAGFGE KILAFIQQEL QDKLGFAADI GESTQVHDLG LDSIMVVQLT DSVNKRFGTK LMPDLFYEKQ QLGELVARLE AA A

UniProtKB: RhiE protein, Polyketide synthase domain protein RhiE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 名称: Tris-HCl / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Monodisperse sample in minimal buffer

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3579 / 平均電子線量: 53.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3300635
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393352
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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