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- EMDB-16555: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16555
タイトルMouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922
マップデータ
試料
  • 複合体: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-piperazin-1-yl-pyrrolo[3,2-c]quinoline
キーワードIon channel / Receptor / pLGIC / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / cleavage furrow / transmembrane transporter complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain ...5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lopez-Sanchez U / Nury H
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)PentaBrainEuropean Union
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2023
タイトル: Superiority of the Triple-Acting 5-HTR/5-HTR Antagonist and MAO-B Reversible Inhibitor over 5-HTR Antagonist Intepirdine in Alleviation of Cognitive Deficits in Rats.
著者: Katarzyna Grychowska / Uriel López-Sánchez / Mathieu Vitalis / Geoffrey Canet / Grzegorz Satała / Agnieszka Olejarz-Maciej / Joanna Gołębiowska / Rafał Kurczab / Wojciech Pietruś / ...著者: Katarzyna Grychowska / Uriel López-Sánchez / Mathieu Vitalis / Geoffrey Canet / Grzegorz Satała / Agnieszka Olejarz-Maciej / Joanna Gołębiowska / Rafał Kurczab / Wojciech Pietruś / Monika Kubacka / Christophe Moreau / Maria Walczak / Klaudia Blicharz-Futera / Ophélie Bento / Xavier Bantreil / Gilles Subra / Andrzej J Bojarski / Frédéric Lamaty / Carine Becamel / Charleine Zussy / Séverine Chaumont-Dubel / Piotr Popik / Hugues Nury / Philippe Marin / Laurent Givalois / Paweł Zajdel /
要旨: The multifactorial origin and neurochemistry of Alzheimer's disease (AD) call for the development of multitarget treatment strategies. We report a first-in-class triple acting compound that targets ...The multifactorial origin and neurochemistry of Alzheimer's disease (AD) call for the development of multitarget treatment strategies. We report a first-in-class triple acting compound that targets serotonin type 6 and 3 receptors (5-HT-Rs) and monoamine oxidase type B (MAO-B) as an approach for treating AD. The key structural features required for MAO-B inhibition and 5-HTR antagonism and interaction with 5-HTR were determined using molecular dynamic simulations and cryo-electron microscopy, respectively. Bioavailable reversed scopolamine-induced cognitive deficits in the novel object recognition test. Furthermore, it displayed superior pro-cognitive properties compared to intepirdine (a 5-HTR antagonist) in the AD model, which involved intracerebroventricular injection of an oligomeric solution of amyloid-β peptide (oAβ) in the T-maze test in rats. , but not intepirdine, restored levels of biomarkers characteristic of the debilitating effects of oAβ. These data support the potential of a multitarget approach involving the joint modulation of 5-HTR/5-HTR/MAO-B in AD.
履歴
登録2023年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16555.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16555.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 293.12 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 293.12 Å		1.15 Å/pix.
x 256 pix.
= 293.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.145 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.299
最小 - 最大-1.848916 - 2.8822012
平均 (標準偏差)0.0002078484 (±0.064954914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 293.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16555_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16555_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16555_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922

全体名称: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922
要素
  • 複合体: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-piperazin-1-yl-pyrrolo[3,2-c]quinoline

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超分子 #1: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922

超分子名称: Mouse serotonin 5-HT3A receptor in complex with PZ-1922
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 3A

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 63.682719 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRLCIPQVLL ALFLSMLTGP GEGSRRRWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWS HPQFEKENLY FQGSGATQAR DTTQPALLRL SDHLLANYKK GVRPVRDWRK PTTVSIDVIM YAILNVDEKN Q VLTTYIWY ...文字列:
MRLCIPQVLL ALFLSMLTGP GEGSRRRWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWS HPQFEKENLY FQGSGATQAR DTTQPALLRL SDHLLANYKK GVRPVRDWRK PTTVSIDVIM YAILNVDEKN Q VLTTYIWY RQYWTDEFLQ WTPEDFDNVT KLSIPTDSIW VPDILINEFV DVGKSPNIPY VYVHHRGEVQ NYKPLQLVTA CS LDIYNFP FDVQNCSLTF TSWLHTIQDI NITLWRSPEE VRSDKSIFIN QGEWELLEVF PQFKEFSIDI SNSYAEMKFY VII RRRPLF YAVSLLLPSI FLMVVDIVGF CLPPDSGERV SFKITLLLGY SVFLIIVSDT LPATAIGTPL IGVYFVVCMA LLVI SLAET IFIVRLVHKQ DLQRPVPDWL RHLVLDRIAW ILCLGEQPMA HRPPATFQAN KTDDCSGSDL LPAMGNHCSH VGGPQ DLEK TPRGRGSPLP PPREASLAVR GLLQELSSIR HFLEKRDEMR EVARDWLRVG YVLDRLLFRI YLLAVLAYSI TLVTLW SIW HSS

UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 3A

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: 1-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-piperazin-1-yl-pyrrolo[3,2-c]quinoline

分子名称: 1-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-piperazin-1-yl-pyrrolo[3,2-c]quinoline
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: U9L
分子量理論値: 376.882 Da
Chemical component information

ChemComp-U9L:
1-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-piperazin-1-yl-pyrrolo[3,2-c]quinoline

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6y1z

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 125060
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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