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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16098 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor, the contracted sheath shell. | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Contractile injection system | ||||||||||||
機能・相同性 | Phage tail sheath protein, beta-sandwich domain / Phage tail sheath protein beta-sandwich domain / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Phage tail sheath protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Casu B / Sallmen JW / Schlimpert S / Pilhofer M | ||||||||||||
資金援助 | スイス, European Union, 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023 タイトル: Cytoplasmic contractile injection systems mediate cell death in Streptomyces. 著者: Bastien Casu / Joseph W Sallmen / Susan Schlimpert / Martin Pilhofer / 要旨: Contractile injection systems (CIS) are bacteriophage tail-like structures that mediate bacterial cell-cell interactions. While CIS are highly abundant across diverse bacterial phyla, representative ...Contractile injection systems (CIS) are bacteriophage tail-like structures that mediate bacterial cell-cell interactions. While CIS are highly abundant across diverse bacterial phyla, representative gene clusters in Gram-positive organisms remain poorly studied. Here we characterize a CIS in the Gram-positive multicellular model organism Streptomyces coelicolor and show that, in contrast to most other CIS, S. coelicolor CIS (CIS) mediate cell death in response to stress and impact cellular development. CIS are expressed in the cytoplasm of vegetative hyphae and are not released into the medium. Our cryo-electron microscopy structure enabled the engineering of non-contractile and fluorescently tagged CIS assemblies. Cryo-electron tomography showed that CIS contraction is linked to reduced cellular integrity. Fluorescence light microscopy furthermore revealed that functional CIS mediate cell death upon encountering different types of stress. The absence of functional CIS had an impact on hyphal differentiation and secondary metabolite production. Finally, we identified three putative effector proteins, which when absent, phenocopied other CIS mutants. Our results provide new functional insights into CIS in Gram-positive organisms and a framework for studying novel intracellular roles, including regulated cell death and life-cycle progression in multicellular bacteria. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16098.map.gz | 115.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16098-v30.xml emd-16098.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16098.png | 143.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16098.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_16098_half_map_1.map.gz emd_16098_half_map_2.map.gz | 96.7 MB 96.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16098 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16098_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16098_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16098_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16098_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16098 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16098 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8bkyMC 8bl4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16098.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16098_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16098_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The sheath structure of a contractile injection system in Strepto...
全体 | 名称: The sheath structure of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor |
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要素 |
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-超分子 #1: The sheath structure of a contractile injection system in Strepto...
超分子 | 名称: The sheath structure of a contractile injection system in Streptomyces coelicolor タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) |
-分子 #1: Phage tail sheath protein
分子 | 名称: Phage tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 57.009609 KDa |
配列 | 文字列: MPSYLSPGVY VEEVASGSRP IEGVGTSVAA FVGLAPTGPL NEPTLVTNWT QYVAAFGDFT GGYYLAHSVY GFFNNGGSAA YVVRVGGSA EDAAADGSVN GAAAPAAVTG STAKALPAAE PKQLGTFAVT ATAAGQSGPL TVEVADPEGE GPAERFKLIV K DGDKPVET ...文字列: MPSYLSPGVY VEEVASGSRP IEGVGTSVAA FVGLAPTGPL NEPTLVTNWT QYVAAFGDFT GGYYLAHSVY GFFNNGGSAA YVVRVGGSA EDAAADGSVN GAAAPAAVTG STAKALPAAE PKQLGTFAVT ATAAGQSGPL TVEVADPEGE GPAERFKLIV K DGDKPVET FDVSAKKGNR SYVVTQVKER SKLITVTEAA PSAQLVRPEN QSLTLPAPPS AAPAVPAGQA ESAHPGPAQY LG DSSDRTG FGGLEAIDEI SMVAVPDLMA AYQRGAIDLE AVKAVQLGLI AHCELMGDRV AIIDPPPNQN ARQIRVWRQE TAG YDSKYA ALYYPWIKSF DPATGQSRLV PPSGHVAGIW ARNDSERGVH KAPANEVVRG AVDLELQITR GEQDLLNPIG VNCI RSFPG RGIRVWGART LSSDPAWRYL NIRRYFNYLE ESILIGTQWV VFEPNDHNLW ARIRRNVSAF LVNEWRNGAL FGQSP DQAY YVKCDEETNP PESVDLGRVV CEIGIAPVKP AEFVIFRLAQ FSSGGGELDE UniProtKB: Phage tail sheath protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 38.5 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 23.10 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C6 (6回回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4854 |
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初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8bky: |