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- EMDB-15981: Human apo TRPM8 in a closed state (composite map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15981
タイトルHuman apo TRPM8 in a closed state (composite map)
マップデータcomposite map created by combining consensus map with four copies of focused pre-MHR MHR1/2 map
試料
  • 複合体: Human TRPM8 in apo form
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: UNDECANE
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードcalcium ion channel / cold temperature sensor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated calcium channel activity / thermoception / TRP channels / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / membrane raft / external side of plasma membrane ...ligand-gated calcium channel activity / thermoception / TRP channels / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / membrane raft / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Palchevskyi S / Czarnocki-Cieciura M / Vistoli G / Gervasoni S / Nowak E / Beccari AR / Nowotny M / Talarico C
資金援助 ポーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Other government ポーランド
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of human TRPM8 channel.
著者: Sergii Palchevskyi / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Giulio Vistoli / Silvia Gervasoni / Elżbieta Nowak / Andrea R Beccari / Marcin Nowotny / Carmine Talarico /
要旨: TRPM8 is a non-selective cation channel permeable to both monovalent and divalent cations that is activated by multiple factors, such as temperature, voltage, pressure, and changes in osmolality. It ...TRPM8 is a non-selective cation channel permeable to both monovalent and divalent cations that is activated by multiple factors, such as temperature, voltage, pressure, and changes in osmolality. It is a therapeutic target for anticancer drug development, and its modulators can be utilized for several pathological conditions. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of a human TRPM8 channel in the closed state that was solved at 2.7 Å resolution. Our structure comprises the most complete model of the N-terminal pre-melastatin homology region. We also visualized several lipids that are bound by the protein and modeled how the human channel interacts with icilin. Analyses of pore helices in available TRPM structures showed that all these structures can be grouped into different closed, desensitized and open state conformations based on the register of the pore helix S6 which positions particular amino acid residues at the channel constriction.
履歴
登録2022年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15981.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map created by combining consensus map with four copies of focused pre-MHR MHR1/2 map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大0.0 - 5.208554
平均 (標準偏差)0.007377137 (±0.07505462)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 344.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: raw consensus map

ファイルemd_15981_additional_1.map
注釈raw consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human TRPM8 in apo form

全体名称: Human TRPM8 in apo form
要素
  • 複合体: Human TRPM8 in apo form
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: UNDECANE
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: Human TRPM8 in apo form

超分子名称: Human TRPM8 in apo form / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 510 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.904719 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SNSFRAARLS MRNRRNDTLD STRTLYSSAS RSTDLSYSES DLVNFIQANF KKRECVFFTK DSKATENVCK CGYAQSQHME GTQINQSEK WNYKKHTKEF PTDAFGDIQF ETLGKKGKYI RLSCDTDAEI LYELLTQHWH LKTPNLVISV TGGAKNFALK P RMRKIFSR ...文字列:
SNSFRAARLS MRNRRNDTLD STRTLYSSAS RSTDLSYSES DLVNFIQANF KKRECVFFTK DSKATENVCK CGYAQSQHME GTQINQSEK WNYKKHTKEF PTDAFGDIQF ETLGKKGKYI RLSCDTDAEI LYELLTQHWH LKTPNLVISV TGGAKNFALK P RMRKIFSR LIYIAQSKGA WILTGGTHYG LMKYIGEVVR DNTISRSSEE NIVAIGIAAW GMVSNRDTLI RNCDAEGYFL AQ YLMDDFT RDPLYILDNN HTHLLLVDNG CHGHPTVEAK LRNQLEKYIS ERTIQDSNYG GKIPIVCFAQ GGGKETLKAI NTS IKNKIP CVVVEGSGQI ADVIASLVEV EDALTSSAVK EKLVRFLPRT VSRLPEEETE SWIKWLKEIL ECSHLLTVIK MEEA GDEIV SNAISYALYK AFSTSEQDKD NWNGQLKLLL EWNQLDLAND EIFTNDRRWE SADLQEVMFT ALIKDRPKFV RLFLE NGLN LRKFLTHDVL TELFSNHFST LVYRNLQIAK NSYNDALLTF VWKLVANFRR GFRKEDRNGR DEMDIELHDV SPITRH PLQ ALFIWAILQN KKELSKVIWE QTRGCTLAAL GASKLLKTLA KVKNDINAAG ESEELANEYE TRAVELFTEC YSSDEDL AE QLLVYSCEAW GGSNCLELAV EATDQHFIAQ PGVQNFLSKQ WYGEISRDTK NWKIILCLFI IPLVGCGFVS FRKKPVDK H KKLLWYYVAF FTSPFVVFSW NVVFYIAFLL LFAYVLLMDF HSVPHPPELV LYSLVFVLFC DEVRQWYVNG VNYFTDLWN VMDTLGLFYF IAGIVFRLHS SNKSSLYSGR VIFCLDYIIF TLRLIHIFTV SRNLGPKIIM LQRMLIDVFF FLFLFAVWMV AFGVARQGI LRQNEQRWRW IFRSVIYEPY LAMFGQVPSD VDGTTYDFAH CTFTGNESKP LCVELDEHNL PRFPEWITIP L VCIYMLST NILLVNLLVA MFGYTVGTVQ ENNDQVWKFQ RYFLVQEYCS RLNIPFPFIV FAYFYMVVKK CFKCCCKEKN ME SSVCCFK NEDNETLAWE GVMKENYLVK INTKANDTSE EMRHRFRQLD TKLNDLKGLL KEIANKIK

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #4: UNDECANE

分子名称: UNDECANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: UND
分子量理論値: 156.308 Da
Chemical component information

ChemComp-UND:
UNDECANE / ウンデカン

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分子 #5: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: The grid was glow-discharged from both sides prior to vitrification
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細protein solubilized by LMNG

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 7918 / 平均電子線量: 41.42 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1239855
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC Ab-Initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
詳細: composite map created by combining consensus map with four copies of focused pre-MHR + MHR1/2 map
使用した粒子像数: 110176
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8bdc:
Human apo TRPM8 in a closed state (composite map)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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