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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15867 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of cytochrome c oxidase dimer (complex IV) from respiratory supercomplex of Tetrahymena thermophila | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiosulfate transmembrane transporter activity / oxaloacetate transmembrane transporter activity / malate transmembrane transporter activity / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / succinate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / phosphate ion transmembrane transport / : / cytochrome-c oxidase ...thiosulfate transmembrane transporter activity / oxaloacetate transmembrane transporter activity / malate transmembrane transporter activity / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / succinate transmembrane transporter activity / sulfate transmembrane transporter activity / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / phosphate ion transmembrane transport / : / cytochrome-c oxidase / antiporter activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / Golgi organization / transmembrane transporter activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / protein transport / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / DNA-binding transcription factor activity / heme binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) / Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Muhleip A / Kock Flygaard R / Amunts A | |||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by the I-II-III-IV supercomplex. 著者: Alexander Mühleip / Rasmus Kock Flygaard / Rozbeh Baradaran / Outi Haapanen / Thomas Gruhl / Victor Tobiasson / Amandine Maréchal / Vivek Sharma / Alexey Amunts / 要旨: Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes ...Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes to membrane curvature induction in ciliates. We report cryo-electron microscopy and cryo-tomography structures of the supercomplex that comprises 150 different proteins and 311 bound lipids, forming a stable 5.8-MDa assembly. Owing to subunit acquisition and extension, complex I associates with a complex IV dimer, generating a wedge-shaped gap that serves as a binding site for complex II. Together with a tilted complex III dimer association, it results in a curved membrane region. Using molecular dynamics simulations, we demonstrate that the divergent supercomplex actively contributes to the membrane curvature induction and tubulation of cristae. Our findings highlight how the evolution of protein subunits of respiratory complexes has led to the I-II-III-IV supercomplex that contributes to the shaping of the bioenergetic membrane, thereby enabling its functional specialization. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by I-II-III2-IV2 supercomplex 著者: Muhleip A / Flygaard RK / Haapanen O / Baradaran R / Gruhl T / Tobiasson V / Marechal A / Sharma V / Amunts A | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15867.map.gz | 391.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15867-v30.xml emd-15867.xml | 74.1 KB 74.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15867_fsc.xml | 19.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15867.png | 94.8 KB | ||
マスクデータ | emd_15867_msk_1.map | 421.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_15867_half_map_1.map.gz emd_15867_half_map_2.map.gz | 391.2 MB 391.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15867 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15867 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15867_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15867_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15867_validation.xml.gz | 24.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15867_validation.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15867 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15867 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2519 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15867_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15867_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15867_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cytochrome c oxidase dimer (complex-IV) from respiratory supercom...
+超分子 #1: Cytochrome c oxidase dimer (complex-IV) from respiratory supercom...
+分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1
+分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2
+分子 #3: Ymf68
+分子 #4: Cytochrome C oxidase subunit Vb protein
+分子 #5: Transmembrane protein, putative
+分子 #6: Structural protein
+分子 #7: Transmembrane protein, putative
+分子 #8: Transmembrane protein, putative
+分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mito...
+分子 #10: Transmembrane protein, putative
+分子 #11: CTF/NF-I domain-containing protein
+分子 #12: Transmembrane protein, putative
+分子 #13: Ymf67
+分子 #14: Protein phosphatase 2C, putative
+分子 #15: SURF1-like protein
+分子 #16: TraB family protein
+分子 #17: Transmembrane protein, putative
+分子 #18: Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
+分子 #19: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8, mit...
+分子 #20: Carrier protein
+分子 #21: 2-oxoglutarate/malate carrier protein
+分子 #22: SURF1-like protein
+分子 #23: COXTT9
+分子 #24: COXTT10
+分子 #25: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
+分子 #26: COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein
+分子 #27: Transmembrane protein, putative
+分子 #28: COXTT27
+分子 #29: Ymf75
+分子 #30: Mobilization protein
+分子 #31: Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
+分子 #32: COXTT28
+分子 #33: Transmembrane protein, putative
+分子 #34: Transmembrane protein
+分子 #35: Decapping nuclease
+分子 #36: Complex III subunit VII
+分子 #37: Transmembrane protein, putative
+分子 #38: Transmembrane protein, putative
+分子 #39: COXTT22
+分子 #40: Transmembrane protein, putative
+分子 #41: Phage protein
+分子 #42: Transmembrane protein, putative
+分子 #43: Lysozyme
+分子 #44: Ymf70
+分子 #45: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
+分子 #46: ABC transporter
+分子 #47: YflT domain-containing protein
+分子 #48: Cullin domain-containing protein
+分子 #49: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
+分子 #50: Annexin
+分子 #51: Transposase
+分子 #52: Tim10/DDP family zinc finger protein
+分子 #53: COXBP,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chrom...
+分子 #54: HEME-A
+分子 #55: COPPER (II) ION
+分子 #56: MAGNESIUM ION
+分子 #57: CARDIOLIPIN
+分子 #58: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #59: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
+分子 #60: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
+分子 #61: CALCIUM ION
+分子 #62: DINUCLEAR COPPER ION
+分子 #63: ZINC ION
+分子 #64: POTASSIUM ION
+分子 #65: Ubiquinone-8
+分子 #66: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #67: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #68: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 25.66 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |