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- EMDB-15855: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1-W779 full capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15855
タイトルRosellinia necatrix megabirnavirus 1-W779 full capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein A
キーワードviruses / dsRNA / capsid / cryo-EM / fungus / Megabirnaviridae / mycoviruses / VIRUS
機能・相同性Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang H / Okamoto K / Miyazaki N / Suzuki N
資金援助 スウェーデン, 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council スウェーデン
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Capsid structure of a fungal dsRNA megabirnavirus reveals its previously unidentified surface architecture.
著者: Han Wang / Lakha Salaipeth / Naoyuki Miyazaki / Nobuhiro Suzuki / Kenta Okamoto /
要旨: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1-W779 (RnMBV1) is a non-enveloped icosahedral double-stranded (ds)RNA virus that infects the ascomycete fungus Rosellinia necatrix, a causative agent that induces ...Rosellinia necatrix megabirnavirus 1-W779 (RnMBV1) is a non-enveloped icosahedral double-stranded (ds)RNA virus that infects the ascomycete fungus Rosellinia necatrix, a causative agent that induces a lethal plant disease white root rot. Herein, we have first resolved the atomic structure of the RnMBV1 capsid at 3.2 Å resolution using cryo-electron microscopy (cryo-EM) single-particle analysis. Compared with other non-enveloped icosahedral dsRNA viruses, the RnMBV1 capsid protein structure exhibits an extra-long C-terminal arm and a surface protrusion domain. In addition, the previously unrecognized crown proteins are identified in a symmetry-expanded cryo-EM model and are present over the 3-fold axes. These exclusive structural features of the RnMBV1 capsid could have been acquired for playing essential roles in transmission and/or particle assembly of the megabirnaviruses. Our findings, therefore, will reinforce the understanding of how the structural and molecular machineries of the megabirnaviruses influence the virulence of the disease-related ascomycete fungus.
履歴
登録2022年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15855.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15855.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 744.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 580 pix.
= 649.6 Å		1.12 Å/pix.
x 580 pix.
= 649.6 Å		1.12 Å/pix.
x 580 pix.
= 649.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.117
最小 - 最大-0.23526236 - 0.41076756
平均 (標準偏差)0.0016008583 (±0.024353076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-290-290-290
サイズ580580580
Spacing580580580
セルA=B=C: 649.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15855_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15855_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779

全体名称: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein A

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超分子 #1: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779

超分子名称: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 658904 / 生物種: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein A

分子名称: Major capsid protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1/W779 (ウイルス)
株: isolate -/Japan/W779/2001
分子量理論値: 136.084953 KDa
配列文字列: MSGDNGVYSG SAAYNTATAP KVPVSRATFF QNTKSKDFDF KFADGADAIA NVLQQMEHGV AQHQLGDMNV RTDGLATVSA VLNGRKRKI ANQYMMHFDL FGRAARSTVR MESRIQSFGE GKDVDNFMAK FHNQLSGVYE RRSEGVANFG RILATDTDLG G TSGLSVVF ...文字列:
MSGDNGVYSG SAAYNTATAP KVPVSRATFF QNTKSKDFDF KFADGADAIA NVLQQMEHGV AQHQLGDMNV RTDGLATVSA VLNGRKRKI ANQYMMHFDL FGRAARSTVR MESRIQSFGE GKDVDNFMAK FHNQLSGVYE RRSEGVANFG RILATDTDLG G TSGLSVVF NGLLRGLHHV STVPTPNVAN LPIRNNRDGA GAVVGRGDMP GREFMDSSRI LPPRSSRWYG APGQPIVPPA PN NPPAHVA PMETVMAGLQ KTVMNELNRV IVSIADVPKL PAHRIRNLIA VLAAVSKPNL GFDANRLEDH SCFTKGWLGF NDI LLFPLT VDLFDRVVAN EAGVNDAGFI VPNAAPPQFL QNTNQQVIDF RGVGVGQAGD IPALRLAQSW SDAIGFLLDT IGGE AQLAM GLNDMVAQCF HMHGAQTTML STPIISRADF GVYHNVVTNM YRRLAYMYTR LIRTNAAAGG GAMLDRQHYQ WPTHA KVGF HDDTAVNAAA AAARIHDGLR QPLLDEAFGA GVVQPGNMDL VGAGIDFTRD LTSSLGKAYP EHRPIGADDN KRDLGD FTA GTVDAAASGY EWDNYVYRLF GNMSAMRSKA EFDRLLATFP SSTLSELFIW MGNVGFADTW EERWGYDAAP LCSIPIP AG HDRSMLRNWS WVNVHNVHSV TGTSENVVLA GYVGLSRTHD YIMDTRSTPA TSQGRRLAAM FYYTNADKML SLTFGLAG Q LRAAADTTVA KFQICPHTIA RAQGYIMTDN DPLSDELKGT DFVTEQFSLA GLTNLYLGYF DGLATRLGIY DLRYTYSEY AECRVELHGI QRNFLTDRLD AFVSYKCLHP IMFEYYMCGA NISGGILNGD KAYEQVEMGN IRAYDAMFDT SAARDFNFVG VRGASQQIA AVGGFHIQYK MEVEIQRPGD GTEASRFNVY ERYLNNYLRM SDCAPTSVLN AVSPLFWMAG TTRVVLCEAA N GYKPMAYD ISQTSFWNRE NGLWAFTWGE SEKTHRPNAI PHGTRRLGNS EVLMNSRFSK ILDKKGITKL ETRVGGRKRG DN NDDFVAA DTRMFIIQDV AGGEHAAYSS LRDPGFALVR AAHTWDTFVQ NPRMLLLERG YGNTGFTDTY SAAGIRRTNG HIS LRLSAL TDDFEFTMHP LARAEYKETS RVSLTSMIYV GTAGKDLSLP TGTVEDIIGA VDGMRRVVRT IGGQTIKTAP VVPP TEQRD MVQEERVGTP VKNAGNANPA ADSDNATEGV VEPKN

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12230
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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