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- EMDB-15785: CryoEM structure of bacterial RNaseE.RapZ.GlmZ complex central to... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15785
タイトルCryoEM structure of bacterial RNaseE.RapZ.GlmZ complex central to the control of cell envelope biogenesis
マップデータ
試料
  • 複合体: RapZ tetramer, GlmZ stem loops I & II
    • タンパク質・ペプチド: RNase adapter protein RapZ
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease E
    • RNA: GlmZ small RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / RNA destabilization / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / carbohydrate derivative binding / 7S RNA binding ...regulation of RNA helicase activity / rRNA 5'-end processing / ribonuclease E / ribonuclease E activity / bacterial degradosome / RNA destabilization / endoribonuclease complex / DEAD/H-box RNA helicase binding / carbohydrate derivative binding / 7S RNA binding / RNA catabolic process / tRNA processing / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA processing / RNA endonuclease activity / cytoplasmic side of plasma membrane / rRNA processing / protein complex oligomerization / protein homotetramerization / tRNA binding / molecular adaptor activity / rRNA binding / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RapZ-like family / RapZ-like N-terminal domain / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / Ribonuclease E/G family ...RapZ-like family / RapZ-like N-terminal domain / Polyribonucleotide phosphorylase C-terminal / Polyribonucleotide phosphorylase C terminal / : / RNase E/G, Thioredoxin-like domain / Ribonuclease E/G / RNA-binding protein AU-1/Ribonuclease E/G / Ribonuclease E / Ribonuclease E/G family / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNase adapter protein RapZ / Ribonuclease E
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Islam MS / Hardwick HW / Chirgadze DY / Luisi BF
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200873/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Structure of a bacterial ribonucleoprotein complex central to the control of cell envelope biogenesis.
著者: Md Saiful Islam / Steven W Hardwick / Laura Quell / Svetlana Durica-Mitic / Dimitri Y Chirgadze / Boris Görke / Ben F Luisi /
要旨: Biogenesis of the essential precursor of the bacterial cell envelope, glucosamine-6-phosphate (GlcN6P), is controlled by intricate post-transcriptional networks mediated by GlmZ, a small regulatory ...Biogenesis of the essential precursor of the bacterial cell envelope, glucosamine-6-phosphate (GlcN6P), is controlled by intricate post-transcriptional networks mediated by GlmZ, a small regulatory RNA (sRNA). GlmZ stimulates translation of the mRNA encoding GlcN6P synthtase in Escherichia coli, but when bound by RapZ protein, the sRNA becomes inactivated through cleavage by the endoribonuclease RNase E. Here, we report the cryoEM structure of the RapZ:GlmZ complex, revealing a complementary match of the RapZ tetrameric quaternary structure to structural repeats in the sRNA. The nucleic acid is contacted by RapZ mostly through a highly conserved domain that shares an evolutionary relationship with phosphofructokinase and suggests links between metabolism and riboregulation. We also present the structure of a precleavage intermediate formed between the binary RapZ:GlmZ complex and RNase E that reveals how GlmZ is presented and recognised by the enzyme. The structures provide a framework for understanding how other encounter complexes might guide recognition and action of endoribonucleases on target transcripts, and how structured substrates in polycistronic precursors may be recognised for processing by RNase E.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structure of a bacterial ribonucleoprotein complex central to the control of cell envelope biogenesis
著者: Islam MS / Hardwick SW / Quell L / Chirgadze DY / Gorke B / Luisi BF
履歴
登録2022年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月5日-
マップ公開2022年10月5日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15785.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15785.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.652 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.19288382 - 0.3094711
平均 (標準偏差)9.110374e-05 (±0.008958419)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 299.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15785_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15785_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RapZ tetramer, GlmZ stem loops I & II

全体名称: RapZ tetramer, GlmZ stem loops I & II
要素
  • 複合体: RapZ tetramer, GlmZ stem loops I & II
    • タンパク質・ペプチド: RNase adapter protein RapZ
    • タンパク質・ペプチド: Ribonuclease E
    • RNA: GlmZ small RNA

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超分子 #1: RapZ tetramer, GlmZ stem loops I & II

超分子名称: RapZ tetramer, GlmZ stem loops I & II / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: In vitro reconstituted RapZ and GlmZ complex
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: RNase adapter protein RapZ

分子名称: RNase adapter protein RapZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 32.53832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MVLMIVSGRS GSGKSVALRA LEDMGFYCVD NLPVVLLPDL ARTLADREIS AAVSIDVRNM PESPEIFEQA MSNLPDAFSP QLLFLDADR NTLIRRYSDT RRLHPLSSKN LSLESAIDKE SDLLEPLRSR ADLIVDTSEM SVHELAEMLR TRLLGKRERE L TMVFESFG ...文字列:
MVLMIVSGRS GSGKSVALRA LEDMGFYCVD NLPVVLLPDL ARTLADREIS AAVSIDVRNM PESPEIFEQA MSNLPDAFSP QLLFLDADR NTLIRRYSDT RRLHPLSSKN LSLESAIDKE SDLLEPLRSR ADLIVDTSEM SVHELAEMLR TRLLGKRERE L TMVFESFG FKHGIPIDAD YVFDVRFLPN PHWDPKLRPM TGLDKPVAAF LDRHTEVHNF IYQTRSYLEL WLPMLETNNR SY LTVAIGC TGGKHRSVYI AEQLADYFRS RGKNVQSRHR TLEKRKP

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分子 #2: Ribonuclease E

分子名称: Ribonuclease E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease E
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 64.518363 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MKRMLINATQ QEELRVALVD GQRLYDLDIE SPGHEQKKAN IYKGKITRIE PSLEAAFVDY GAERHGFLPL KEIAREYFPA NYSAHGRPN IKDVLREGQE VIVQIDKEER GNKGAALTTF ISLAGSYLVL MPNNPRAGGI SRRIEGDDRT ELKEALASLE L PEGMGLIV ...文字列:
MKRMLINATQ QEELRVALVD GQRLYDLDIE SPGHEQKKAN IYKGKITRIE PSLEAAFVDY GAERHGFLPL KEIAREYFPA NYSAHGRPN IKDVLREGQE VIVQIDKEER GNKGAALTTF ISLAGSYLVL MPNNPRAGGI SRRIEGDDRT ELKEALASLE L PEGMGLIV RTAGVGKSAE ALQWDLSFRL KHWEAIKKAA ESRPAPFLIH QESNVIVRAF RDYLRQDIGE ILIDNPKVLE LA RQHIAAL GRPDFSSKIK LYTGEIPLFS HYQIESQIES AFQREVRLPS GGSIVIDSTE ALTAIDINSA RATRGGDIEE TAF NTNLEA ADEIARQLRL RDLGGLIVIC FIDMTPVRHQ RAVENRLREA VRQDRARIQI SHISRFGLLE MSRQRLSPSL GESS HHVCP RCSGTGTVRD NESLSLSILR LIEEEALKEN TQEVHAIVPV PIASYLLNEK RSAVNAIETR QDGVRCVIVP NDQME TPHY HVLRVRKGEE TPTLSYMLPK LHEEAMALPS EEEFAERKRP EQPALATFAM PDVPPAPTPA EPAAPVVAPA PKAAPA TPA APAGGEETKP TEQPAPKA

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分子 #3: GlmZ small RNA

分子名称: GlmZ small RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 66.061859 KDa
配列文字列: GUAGAUGCUC AUUCCAUCUC UUAUGUUCGC CUUAGUGCCU CAUAAACUCC GGAAUGACGC AGAGCCGUUU ACGGUGCUUA UCGUCCACU GACAGAUGUC GCUUAUGCCU CAUCAGACAC CAUGGACACA ACGUUGAGUG AAGCACCCAC UUGUUGUCAU A CAGACCUG ...文字列:
GUAGAUGCUC AUUCCAUCUC UUAUGUUCGC CUUAGUGCCU CAUAAACUCC GGAAUGACGC AGAGCCGUUU ACGGUGCUUA UCGUCCACU GACAGAUGUC GCUUAUGCCU CAUCAGACAC CAUGGACACA ACGUUGAGUG AAGCACCCAC UUGUUGUCAU A CAGACCUG UUUUAACGCC UGCUCCGUUA AUAAGAGCAG GCGUUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 300 KCl, and 1 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 47.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 286172
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5o5q

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 33595
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8b0j:
CryoEM structure of bacterial RNaseE.RapZ.GlmZ complex central to the control of cell envelope biogenesis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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