+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15632 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Negative stain EM reconstruction of the augmin holocomplex in open conformation | |||||||||
マップデータ | Negative stain EM reconstruction of the augmin holocomplex in open conformation with calibrated pixel size | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Microtubule / Branching / Nucleation / CELL CYCLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HAUS complex / mitotic spindle microtubule / centrosome cycle / spindle assembly / spindle / spindle pole / microtubule / cell division / centrosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 33.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wuertz M / Pfeffer S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: The augmin complex architecture reveals structural insights into microtubule branching. 著者: Erik Zupa / Martin Würtz / Annett Neuner / Thomas Hoffmann / Mandy Rettel / Anna Böhler / Bram J A Vermeulen / Sebastian Eustermann / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer / 要旨: In mitosis, the augmin complex binds to spindle microtubules to recruit the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), the principal microtubule nucleator, for the formation of branched microtubules. Our ...In mitosis, the augmin complex binds to spindle microtubules to recruit the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), the principal microtubule nucleator, for the formation of branched microtubules. Our understanding of augmin-mediated microtubule branching is hampered by the lack of structural information on the augmin complex. Here, we elucidate the molecular architecture and conformational plasticity of the augmin complex using an integrative structural biology approach. The elongated structure of the augmin complex is characterised by extensive coiled-coil segments and comprises two structural elements with distinct but complementary functions in γ-TuRC and microtubule binding, linked by a flexible hinge. The augmin complex is recruited to microtubules via a composite microtubule binding site comprising a positively charged unordered extension and two calponin homology domains. Our study provides the structural basis for augmin function in branched microtubule formation, decisively fostering our understanding of spindle formation in mitosis. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15632.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-15632-v30.xml emd-15632.xml | 27.3 KB 27.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15632.png | 15.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15632.cif.gz | 8.4 KB | ||
その他 | emd_15632_half_map_1.map.gz emd_15632_half_map_2.map.gz | 49.8 MB 49.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15632 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15632 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15632_validation.pdf.gz | 594.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_15632_full_validation.pdf.gz | 593.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15632_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15632_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15632 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15632 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Negative stain EM reconstruction of the augmin holocomplex in open conformation with calibrated pixel size | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Negative stain EM reconstruction of the augmin holocomplex...
ファイル | emd_15632_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Negative stain EM reconstruction of the augmin holocomplex in open conformation half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Negative stain EM reconstruction of the augmin holocomplex...
ファイル | emd_15632_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Negative stain EM reconstruction of the augmin holocomplex in open conformation half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Augmin octameric holocomplex
全体 | 名称: Augmin octameric holocomplex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Augmin octameric holocomplex
超分子 | 名称: Augmin octameric holocomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 435 KDa |
-分子 #1: HAUS augmin-like complex subunit 1
分子 | 名称: HAUS augmin-like complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 32.684684 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MDEKSTKIIM WLKKMFGDKP LPPYEVNTRT MEILYQLAEW NEARDKDLSL VTEDLKLKSA EVKAEAKYLQ DLLTEGLGPS YTNLSRMGN NYLNQIVDSC LALELKNSSL SSYIPAVNDL SSELVAIELN NQEMEAELTS LRKKLTEALV LEKSLERDLK K AEEQCNFE ...文字列: MDEKSTKIIM WLKKMFGDKP LPPYEVNTRT MEILYQLAEW NEARDKDLSL VTEDLKLKSA EVKAEAKYLQ DLLTEGLGPS YTNLSRMGN NYLNQIVDSC LALELKNSSL SSYIPAVNDL SSELVAIELN NQEMEAELTS LRKKLTEALV LEKSLERDLK K AEEQCNFE KAKVEIRSQN MKKLKDKSEE YKYKIHAAKD QLSSAGMEEP LTHRSLVSLS ETLTELKAQS MAAKEKLNSY LD LAPNPSL VKVKIEEAKR ELKATEVELT TKVNMMEFVV PEPSKRRLK UniProtKB: LOC495502 protein |
-分子 #2: HAUS augmin-like complex subunit 3
分子 | 名称: HAUS augmin-like complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 68.11225 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MSGGDRFVQT LQKLNYPKGA QLDGEDFDWL FEAVDLKPFL DWFCSAASEQ NVVPDEKLQA FNTLKESGKP VLDEKALDEV LKTFSISKV PAIEEVAIEK LEEEVKALQK QKNLHIRRRN KLQMVESGNR QMCLKSKDKE EETGRAFQEV LHLLRVTNKK L NHELQSIV ...文字列: MSGGDRFVQT LQKLNYPKGA QLDGEDFDWL FEAVDLKPFL DWFCSAASEQ NVVPDEKLQA FNTLKESGKP VLDEKALDEV LKTFSISKV PAIEEVAIEK LEEEVKALQK QKNLHIRRRN KLQMVESGNR QMCLKSKDKE EETGRAFQEV LHLLRVTNKK L NHELQSIV NGVQTLMSFF STPETACELS SQPIFLSQLL LDKYLSLEEQ STAALTSFTK EHFFEGMSKF VEGSDENFQL VQ LNVNSFG EDGTTEDKCK EMMRLQLAYI CAKHKLIQMK AKSASLKVGL QWAENNASVV QDKASQKEEN LKVRITSLKN ETL QIENHT NSISNEKLPG LVRDNAQLLN MPIVKGDYDL QMAHQTSCSS RQDLVCDHLM KQKASFELLQ LGYELELRKH RDVY RELGS IVQELKESGD KLEERLTMLS DVNLLSASKP RSNIDSKDLT SHRLYQLLDG DNTQKLFRTY DGLESVAQKL SQDIA SMRD QLEVSEQEHS LLLSKLDSHL KELRDFMYPE GNTLMLTTPE LSGEFHQLGS QLEKLNHITV EILGDLQLKR KMLESN KLQ QIEKQLYVYF FQNEEQLKSI VGKLEAQTGG GSSA UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 3 |
-分子 #3: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog
分子 | 名称: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 41.256438 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MAQTLQYVSS RLSMLQIDEE DLERNAQFGK VLIELCPLLG PNGGSANLNR ELEETRRELL LQRKMWMRSE VIYQLVQEML LDLQVRKLE GSLTEEERKF QDGLQQCMLV SECSRLLTAD SVPPSDSTSI LGLDKQDLLD LLPPNMLVLW VRDRLQKQLE E ALKKKCFT ...文字列: MAQTLQYVSS RLSMLQIDEE DLERNAQFGK VLIELCPLLG PNGGSANLNR ELEETRRELL LQRKMWMRSE VIYQLVQEML LDLQVRKLE GSLTEEERKF QDGLQQCMLV SECSRLLTAD SVPPSDSTSI LGLDKQDLLD LLPPNMLVLW VRDRLQKQLE E ALKKKCFT FLSFHQPETD EEGDVLRAAK VLRLASTLED EKRRLQNEQE KHQEMRALLE KQQEIYPHVL LRCLSLLRQA AS ELRLRAQ SDIDRINAEY LEAKSNALFL KLRMEELQVL TDCYTPEKVL VHRQIRDTLE AGVKKEKQEL STSRQILSSY EFL GPEFEG LVQEYTRLKD KIKDNRWMLQ ELSKSLP UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 4 L homeolog |
-分子 #4: HAUS augmin-like complex subunit 5
分子 | 名称: HAUS augmin-like complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 77.357281 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MERRSLAQEL KKWAVEEMGL PAQKAPSEEM LQRLFIGQCG DIWKFIIRHI HSHRTVRKIE GNLLWYQQLQ HTEAQRTAEE EQQQRRKQL CKEILELRAE LHHLQEQIQT AEREIVGQDL NCERAQDLCR RSLLLRAFNK KREEECEALC QSNKKIQYRC E QLQEIRRA ...文字列: MERRSLAQEL KKWAVEEMGL PAQKAPSEEM LQRLFIGQCG DIWKFIIRHI HSHRTVRKIE GNLLWYQQLQ HTEAQRTAEE EQQQRRKQL CKEILELRAE LHHLQEQIQT AEREIVGQDL NCERAQDLCR RSLLLRAFNK KREEECEALC QSNKKIQYRC E QLQEIRRA SQREVMFSAV DPDLSSSTFL EPEVLRDVRE VCKLRFKFLR SLHDDSISSS VHPGKEDLRS LSHQQWMSMA EK VWNTHTP NHILAALERL TLNSTQELKK LQFSQAADLS KGPSCQLKEF SEPITQSRSC NESTHLDPQE TLPSFHSLIQ EGW ANSVKV SSELRRVQSQ AQALSEHLAE RIQEIHKKLS DGSEVSVLTR AAFDAELRCV ILRGCRDALM QECRMLQEEA AGKK QEMKL LQQQQQNIQE ACLLLDKKQK HIQILIKGNS SSKSQIRRSS VEAQKYVQDK LLPWPQEIIQ ESQRLQDSIQ KEVKH FSAI CLPALLKVST DGFNLLPSRE LSINRMSNTH APYYGIFKGI YESVRLPLYK APESVLSHVA DMKKQLFFLR SQLSSR SEA ISKTQRALQK NTNPDTDALL KSLSDHYSLE LDEMVPKMQR LIQQCEKHQE YGKEVQATVM DWWEQPVQLC LPSEERG GL TLRQWRERWT VAVTALQRAT GSRS UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 5 |
-分子 #5: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog
分子 | 名称: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 25.135715 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MMAANPWSPV QPSAASLLLE KCLAAGVLSQ NALDQAQLEA PCFSHAEELQ RITEIKAEIN QKSLELELLR LEKETADITH PLYLGQKHQ ALQAMNSHLE AVLREKRSLR QRLAQPVCQE NLPIEASYHR FTAELLPLAV NFIEKLEIYI KTIQTIPKIP D CASNMDNA ...文字列: MMAANPWSPV QPSAASLLLE KCLAAGVLSQ NALDQAQLEA PCFSHAEELQ RITEIKAEIN QKSLELELLR LEKETADITH PLYLGQKHQ ALQAMNSHLE AVLREKRSLR QRLAQPVCQE NLPIEASYHR FTAELLPLAV NFIEKLEIYI KTIQTIPKIP D CASNMDNA LMRMESLEAE MEEVTEQILT WREQQKTAFQ MNSDANSSCI TAQTSYLSIE NLHP UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 2 L homeolog |
-分子 #6: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog
分子 | 名称: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 110.863484 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MQSGSRPHLA WQREHMWLAL QGLGFESGAE AANAGKTLVH VTFGVNMFDK PNKDAFYVVF HFLFGKLDNV RCKEVFRYCW PPLDKKRDA EFRKACCEWL KKISDEVGAG FPQVVASIFL SPGGPKFVHL LYHFARYVML QHIKRDADAG NVFISEALQS K IQDPQKAL ...文字列: MQSGSRPHLA WQREHMWLAL QGLGFESGAE AANAGKTLVH VTFGVNMFDK PNKDAFYVVF HFLFGKLDNV RCKEVFRYCW PPLDKKRDA EFRKACCEWL KKISDEVGAG FPQVVASIFL SPGGPKFVHL LYHFARYVML QHIKRDADAG NVFISEALQS K IQDPQKAL ARNKLARQKY LKVLQKENLV IEEYQRKAQL LIKQIRDMRS EHVALQNQQK LAEKVDRKIS DKDENIQKTR CM WNTIMQM LKEMEKEVDV VDAVVRGNID QYCLDGTNAT LNIPNLLISR IESEMHRLQM DNVYEAGKVN LITVVQLLNE ALK LVSGER SLYDCKGVRL DLQYLHGKAK FESEVLTRLR NMRHKIKRED LVSIEKIIAD REREWERKWE KILGKCPFSL LKGL NPALE LNPPMAPFSF DPASEEVLKS SVFCHYPASL QEYSHKEKPL KDFNQDHSGE LVQRLIGATV LTRSGRKSTS SLGMA TPNR RRMSLNEREF QTPTMNDRIG FQRTPSSAVQ KRRADVSWKT AANSPLPCTP TPYKQDPKNM ARQQLAQQVA DYIVSE SPR SSGGRGMELD DLLGVLSSDP FLSRKEIPRT PENLISDIRS SWRKAIQSEE SLVVASPVAA PCMDSTAELE SAHCSQI DL SMACFLSTSH ASDQNDCSGT RIPHNTGGNK ASSLHSDVVH HESIDMKSEI DSSQPEDLSL PIKENEPADK LINLLDDK K ESENADTLTN PVEFIFSNQP ISKLMDKTMF ISVSGQENLS AHTTLSWNSS NMITSDSSSD THEIIQFGIL HETLPENAG NVSLNSTLSL GGNEEPFEKS ELSDHDFTFD RKEHSSRSME GKMDINSIRS RYEALKRTLT SLTDEEYHGD PDTSNMRFTK HKSESSLIL GSDVYSPVEK VLSLDLEYLT TPSPKDRKLS LPQLISFSPE TIRSEKQEDL LDVFESQDFV NPNKTFDFTS S GLDLQKST DEGPEQLIKL UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 6 L homeolog |
-分子 #7: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog
分子 | 名称: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 39.379605 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MTGGKELGAA VELYERLQML SCPCLEGVYL TDPQSIYELL CTPSSHRLDI LQWLCSRIYP PVQEQLSSLK ESQTDTKVKE IAKLCFDLM LCHFDDLDLI RGHASPFKQI SFIGQLLDVI QYPDTISSNV ILESLSHSTE KNVVTCIREN EELLKELFSS P HFQATLSP ...文字列: MTGGKELGAA VELYERLQML SCPCLEGVYL TDPQSIYELL CTPSSHRLDI LQWLCSRIYP PVQEQLSSLK ESQTDTKVKE IAKLCFDLM LCHFDDLDLI RGHASPFKQI SFIGQLLDVI QYPDTISSNV ILESLSHSTE KNVVTCIREN EELLKELFSS P HFQATLSP ECNPWPADFK PLLNAEESLQ KRATQSSKGK DMSNSVEALL EISSSLKALK EECVDLCSSV TDGDKVIQSL RL ALTDFHQ LTIAFNQIYA NEFQEHCGHP APHMSPMGPF FQFVHQSLST CFKELESIAQ FTETSENIVD VVRERHQSKE KWA GSTIST LCEKMKELRQ SYEAFQQSSL QD UniProtKB: HAUS augmin like complex subunit 7 S homeolog |
-分子 #8: HAUS augmin-like complex subunit 8
分子 | 名称: HAUS augmin-like complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 理論値: 41.144852 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MSEAGVAPIE DGSQNSSGGS SGDAALKKSK GGAKVVKSRY MQIGRSKVSK NSLANTTVCS GGKVPERGSG GTPTRRSLAP HKAKITAAV PLPALDGSIF TKEDLQSTLL DGHRIARPDL DLSVINDRTL QKITPRPVVT SEQKKPKRDT TPVNLVPEDM V EMIESQTL ...文字列: MSEAGVAPIE DGSQNSSGGS SGDAALKKSK GGAKVVKSRY MQIGRSKVSK NSLANTTVCS GGKVPERGSG GTPTRRSLAP HKAKITAAV PLPALDGSIF TKEDLQSTLL DGHRIARPDL DLSVINDRTL QKITPRPVVT SEQKKPKRDT TPVNLVPEDM V EMIESQTL LLTYLTIKMQ KNLFRLEEKA ERNLLLVNDQ KDQLQETIHM MKRDLTLLQR EERLRDLIEK QDEVLTPVVT SK DPFKDNY TTFATALDST RHQLAIKNIH ITGNRHRYLE ELQKHLAITK SLLEEIMPSH ASENAESFDT IKDLENIVLK TDE ELARSF RQILDLSFKV NKEISLQSQK AVEETCESAL VRQWYFDGSL P UniProtKB: HAUS augmin-like complex subunit 8 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER/PALLADIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TALOS L120C |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 583 / 平均電子線量: 101.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
実験機器 | モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-8at3: |