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- EMDB-15591: BA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15591
タイトルBA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local)
マップデータb2
試料
  • 複合体: SARS-COV2 BA.2.12.1 bound to mouse ACE2
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA.2.12.1 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
    • 複合体: Mouse ACE2
      • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2,Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSARS-COV2 / omicron / Spike / RBD / mouse / ACE2 / ANTIVIRAL PROTEIN / BA2.12.1 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / transporter activator activity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / positive regulation of type IIa hypersensitivity / transporter activator activity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / angiotensin-mediated drinking behavior / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of endocytosis / positive regulation of gap junction assembly / regulation of proteolysis / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / complement activation, classical pathway / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / antigen binding / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / positive regulation of phagocytosis / metallocarboxypeptidase activity / multivesicular body / positive regulation of cardiac muscle contraction / response to bacterium / brush border membrane / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of immune response / virion component / virus receptor activity / endopeptidase activity / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / cilium / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / : / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. ...Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / : / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 2A / Spike glycoprotein / Fibritin / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Lau K / Ni D / Beckert B / Nazarov S / Myasnikov A / Pojer F / Stahlberg H / Uchikawa E
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationNCCR transcure スイス
引用
ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range.
著者: Dongchun Ni / Priscilla Turelli / Bertrand Beckert / Sergey Nazarov / Emiko Uchikawa / Alexander Myasnikov / Florence Pojer / Didier Trono / Henning Stahlberg / Kelvin Lau /
要旨: Investigation of potential hosts of the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is crucial to understanding future risks of spillover and spillback. SARS-CoV-2 has been reported ...Investigation of potential hosts of the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is crucial to understanding future risks of spillover and spillback. SARS-CoV-2 has been reported to be transmitted from humans to various animals after requiring relatively few mutations. There is significant interest in describing how the virus interacts with mice as they are well adapted to human environments, are used widely as infection models and can be infected. Structural and binding data of the mouse ACE2 receptor with the Spike protein of newly identified SARS-CoV-2 variants are needed to better understand the impact of immune system evading mutations present in variants of concern (VOC). Previous studies have developed mouse-adapted variants and identified residues critical for binding to heterologous ACE2 receptors. Here we report the cryo-EM structures of mouse ACE2 bound to trimeric Spike ectodomains of four different VOC: Beta, Omicron BA.1, Omicron BA.2.12.1 and Omicron BA.4/5. These variants represent the oldest to the newest variants known to bind the mouse ACE2 receptor. Our high-resolution structural data complemented with bio-layer interferometry (BLI) binding assays reveal a requirement for a combination of mutations in the Spike protein that enable binding to the mouse ACE2 receptor.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures and binding of mouse and human ACE2 to SARS-CoV-2 variants of concern indicate that mutations enabling immune escape could expand host range
著者: Ni D / Turelli P / Beckert B / Nazarov S / Uchikawa E / Myasnikov A / Pojer F / Trono D / Stahlberg H / Lau K
履歴
登録2022年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15591.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈b2
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 365.184 Å		1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 365.184 Å		1.01 Å/pix.
x 360 pix.
= 365.184 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0144 Å
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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.134
最小 - 最大-1.1156366 - 1.5602524
平均 (標準偏差)-0.00041178128 (±0.026490794)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 365.184 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: b2

ファイルemd_15591_additional_1.map
注釈b2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: b2

ファイルemd_15591_half_map_1.map
注釈b2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: b2

ファイルemd_15591_half_map_2.map
注釈b2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-COV2 BA.2.12.1 bound to mouse ACE2

全体名称: SARS-COV2 BA.2.12.1 bound to mouse ACE2
要素
  • 複合体: SARS-COV2 BA.2.12.1 bound to mouse ACE2
    • 複合体: SARS-CoV-2 BA.2.12.1 spike protein
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein,Fibritin
    • 複合体: Mouse ACE2
      • タンパク質・ペプチド: Processed angiotensin-converting enzyme 2,Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-COV2 BA.2.12.1 bound to mouse ACE2

超分子名称: SARS-COV2 BA.2.12.1 bound to mouse ACE2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 430 KDa

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超分子 #2: SARS-CoV-2 BA.2.12.1 spike protein

超分子名称: SARS-CoV-2 BA.2.12.1 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: Mouse ACE2

超分子名称: Mouse ACE2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Processed angiotensin-converting enzyme 2,Ig gamma-2A chain C reg...

分子名称: Processed angiotensin-converting enzyme 2,Ig gamma-2A chain C region, membrane-bound form
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 101.892125 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGTLSAPPCT QRIKWKGLLL TASLLNFWNL PTTASLTEEN AKTFLNNFNQ EAEDLSYQSS LASWNYNTNI TEENAQKMSE AAAKWSAFY EEQSKTAQSF SLQEIQTPII KRQLQALQQS GSSALSADKN KQLNTILNTM STIYSTGKVC NPKNPQECLL L EPGLDEIM ...文字列:
MGTLSAPPCT QRIKWKGLLL TASLLNFWNL PTTASLTEEN AKTFLNNFNQ EAEDLSYQSS LASWNYNTNI TEENAQKMSE AAAKWSAFY EEQSKTAQSF SLQEIQTPII KRQLQALQQS GSSALSADKN KQLNTILNTM STIYSTGKVC NPKNPQECLL L EPGLDEIM ATSTDYNSRL WAWEGWRAEV GKQLRPLYEE YVVLKNEMAR ANNYNDYGDY WRGDYEAEGA DGYNYNRNQL IE DVERTFA EIKPLYEHLH AYVRRKLMDT YPSYISPTGC LPAHLLGDMW GRFWTNLYPL TVPFAQKPNI DVTDAMMNQG WDA ERIFQE AEKFFVSVGL PHMTQGFWAN SMLTEPADGR KVVCHPTAWD LGHGDFRIKM CTKVTMDNFL TAHHEMGHIQ YDMA YARQP FLLRNGANEG FHEAVGEIMS LSAATPKHLK SIGLLPSDFQ EDSETEINFL LKQALTIVGT LPFTYMLEKW RWMVF RGEI PKEQWMKKWW EMKREIVGVV EPLPHDETYC DPASLFHVSN DYSFIRYYTR TIYQFQFQEA LCQAAKYNGS LHKCDI SNS TEAGQKLLKM LSLGNSEPWT KALENVVGAR NMDVKPLLNY FQPLFDWLKE QNRNSFVGWN TEWSPYADTG LEVLFQG PM DEPRGPTIKP CPPCKCPAPN LLGGPSVFIF PPKIKDVLMI SLSPIVTCVV VDVSEDDPDV QISWFVNNVE VHTAQTQT H REDYNSTLRV VSALPIQHQD WMSGKEFKCK VNNKDLPAPI ERTISKPKGS VRAPQVYVLP PPEEEMTKKQ VTLTCMVTD FMPEDIYVEW TNNGKTELNY KNTEPVLDSD GSYFMYSKLR VEKKNWVERN SYSCSVVHEG LHNHHTTKSF SRTPGKHHHH HHHHHH

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2, Immunoglobulin heavy constant gamma 2A

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分子 #2: Spike glycoprotein,Fibritin

分子名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 142.428719 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPV LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYYHKNNKSW MESEFRVYSS A NNCTFEYV ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPV LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYYHKNNKSW MESEFRVYSS A NNCTFEYV SQPFLMDLEG KQGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPIN LGRDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LA LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NFAPFFAFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GNEVS QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVGGN YNYQYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGV AGFN CYFPLRSYGF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHGSAS SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSFIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGA ALQIPFAMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTA SALGKLQDVV NHNAQALNTL V KQLSSKFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG RSLEVLFQGP GHHHHHHHHS AWSHPQFEKG GGSGGGGSGG SAWSH PQFE K

UniProtKB: Spike glycoprotein, Fibritin

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE
詳細SARS-CoV-2 BA.2.12.1 bound to mouse ACE2

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80674
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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