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- EMDB-15531: S-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 7.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15531
タイトルS-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 7.0
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation
    • タンパク質・ペプチド: S-layer protein A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードS-layer / dimer / N-glycosylation / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性: / S-layer / extracellular region / S-layer protein A
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Gambelli L / Isupov MN / Daum B
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)803894European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structure of the two-component S-layer of the archaeon .
著者: Lavinia Gambelli / Mathew McLaren / Rebecca Conners / Kelly Sanders / Matthew C Gaines / Lewis Clark / Vicki A M Gold / Daniel Kattnig / Mateusz Sikora / Cyril Hanus / Michail N Isupov / Bertram Daum /
要旨: Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell ...Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell wall and thus act as the final frontier between the cell and its environment. Therefore, S-layers are crucial for supporting microbial life. Notwithstanding their importance, little is known about archaeal S-layers at the atomic level. Here, we combined single-particle cryo electron microscopy, cryo electron tomography, and Alphafold2 predictions to generate an atomic model of the two-component S-layer of . The outer component of this S-layer (SlaA) is a flexible, highly glycosylated, and stable protein. Together with the inner and membrane-bound component (SlaB), they assemble into a porous and interwoven lattice. We hypothesise that jackknife-like conformational changes in SlaA play important roles in S-layer assembly.
履歴
登録2022年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15531.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15531.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 231. Å		1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 231. Å		1.05 Å/pix.
x 220 pix.
= 231. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.103
最小 - 最大-0.0017919015 - 1.9054083
平均 (標準偏差)0.0021356046 (±0.03313009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 230.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15531_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15531_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation

全体名称: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation
    • タンパク質・ペプチド: S-layer protein A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation

超分子名称: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
細胞中の位置: Surface layer

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分子 #1: S-layer protein A

分子名称: S-layer protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
分子量理論値: 151.078406 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
配列文字列: MNKLVGLLVS SLFLASILIG IAPAITTTAL TPPVSAGGIQ AYLLTGSGAP ASGLVLFVVN VSNIQVSSSN VTNVISTVVS NIQINAKTE NAQTGATTGS VTVRFPTSGY NAYYDSVDKV VFVVVSFLYP YTTTSVNIPL SYLSKYLPGL LTAQPYDETG A QVTSVSST ...文字列:
MNKLVGLLVS SLFLASILIG IAPAITTTAL TPPVSAGGIQ AYLLTGSGAP ASGLVLFVVN VSNIQVSSSN VTNVISTVVS NIQINAKTE NAQTGATTGS VTVRFPTSGY NAYYDSVDKV VFVVVSFLYP YTTTSVNIPL SYLSKYLPGL LTAQPYDETG A QVTSVSST PFGSLIDTST GQQILGTNPV LTSYNSYTTQ ANTNMQEGVV SGTLTSFTLG GQSFSGSTVP VILYAPFIFS NS PYQAGLY NPMQVNGNLG SLSSEAYYHP VIWGRALINT TLIDTYASGS VPFTFQLNYS VPGPLTINMA QLAWIASINN LPT SFTYLS YKFSNGYESF LGIISNSTQL TAGALTINPS GNFTINGKKF YVYLLVVGST NSTTPVEYVT KLVVEYPSST NFLP QGVTV TTSSNKYTLP VYEIGGPAGT TITLTGNWYS TPYTVQITVG STPTLTNYVS QILLKAVAYE GINVSTTQSP YYSTA ILST PPSEISITGS STITAQGKLT ATSASATVNL LTNATLTYEN IPLTQYSFNG IIVTPGYAAI NGTTAMAYVI GALYNK TSD YVLSFAGSQE PMQVMNNNLT EVTTLAPFGL TLLAPSVPAT ETGTSPLQLE FFTVPSTSYI ALVDFGLWGN LTSVTVS AY DTVNNKLSVN LGYFYGIVIP PSISTAPYNY QNFICPNNYV TVTIYDPDAV LDPYPSGSFT TSSLPLKYGN MNITGAVI F PGSSVYNPSG VFGYSNFNKG AAVTTFTYTA QSGPFSPVAL TGNTNYLSQY ADNNPTDNYY FIQTVNGMPV LMGGLSIVA SPVSASLPSS TSSPGFMYLL PSAAQVPSPL PGMATPNYNL NIYITYKIDG ATVGNNMING LYVASQNTLI YVVPNGSFVG SNIKLTYTT TDYAVLHYFY STGQYKVFKT VSVPNVTANL YFPSSTTPLY QLSVPLYLSE PYYGSPLPTY IGLGTNGTSL W NSPNYVLF GVSAVQQYLG FIKSISVTLS NGTTVVIPLT TSNMQTLFPQ LVGQELQACN GTFQFGISIT GLEKLLNLNV QQ LNNSILS VTYHDYVTGE TLTATTKLVA LSTLSLVAKG AGVVEFLLTA YPYTGNITFA PPWFIAENVV KQPFMTYSDL QFA KTNPSA ILSLSTVNIT VVGLGGKASV YYNSTSGQTV ITNIYGQTVA TLSGNVLPTL TELAAGNGTF TGSLQFTIVP NNTV VQIPS SLTKTSFAVY TNGSLAIVLN GKAYSLGPAG LFLLPFVTYT GSAIGANATA IITVSDGVGT STTQVPITAE NFTPI RLAP FQVPAQVPLP NAPKLKYEYN GSIVITPQQQ VLKIYVTSIL PYPQEFQIQA FVYEASQFNV HTGSPTAAPV YFSYSA VRA YPALGIGTSV PNLLVYVQLQ GISNLPAGKY VIVLSAVPFA GGPVLSEYPA QLIFTNVTLT Q

UniProtKB: S-layer protein A

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Grid type: lacey with graphene oxide Blotting paper: Whatman 597.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 59.12 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1016259
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90965
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8an3:
S-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 7.0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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