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万見
- EMDB-15521: Cryo-EM structure of ASCC3 in complex with ASC1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15521
タイトルCryo-EM structure of ASCC3 in complex with ASC1
マップデータ
試料
  • 複合体: ASCC3-ASC1
    • タンパク質・ペプチド: Activating signal cointegrator 1
    • タンパク質・ペプチド: Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


activating signal cointegrator 1 complex / ALKBH3 mediated reversal of alkylation damage / regulation of myoblast differentiation / DNA alkylation repair / ribosome disassembly / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA duplex unwinding / histone acetyltransferase binding / 3'-5' DNA helicase activity / ubiquitin-like protein ligase binding ...activating signal cointegrator 1 complex / ALKBH3 mediated reversal of alkylation damage / regulation of myoblast differentiation / DNA alkylation repair / ribosome disassembly / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA duplex unwinding / histone acetyltransferase binding / 3'-5' DNA helicase activity / ubiquitin-like protein ligase binding / intracellular estrogen receptor signaling pathway / rescue of stalled ribosome / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / neuromuscular junction / ヘリカーゼ / protease binding / cell population proliferation / transcription coactivator activity / nuclear body / nuclear speck / 中心体 / regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2HC5-type / Activating signal cointegrator 1-like / Putative zinc finger motif, C2HC5-type / ASCH / ASCH domain / ASCH domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / PUA-like superfamily ...Zinc finger, C2HC5-type / Activating signal cointegrator 1-like / Putative zinc finger motif, C2HC5-type / ASCH / ASCH domain / ASCH domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / PUA-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Activating signal cointegrator 1 / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jia J / Hilal T / Loll B / Wahl MC
資金援助 ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)INST 130/1064-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK 2473 ドイツ
German Research Foundation (DFG)501_BIS-CryoFac ドイツ
German Research Foundation (DFG)BO3442/1-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of ASCC3 in complex with ASC1
著者: Jia J / Hilal T / Loll B / Wahl MC
履歴
登録2022年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15521.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15521.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.157
最小 - 最大0.0 - 1.6571364
平均 (標準偏差)0.0057553123 (±0.04354681)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15521_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15521_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ASCC3-ASC1

全体名称: ASCC3-ASC1
要素
  • 複合体: ASCC3-ASC1
    • タンパク質・ペプチド: Activating signal cointegrator 1
    • タンパク質・ペプチド: Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: ASCC3-ASC1

超分子名称: ASCC3-ASC1 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Protein complex was produced in baculovirus-insect system.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 270 KDa

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分子 #1: Activating signal cointegrator 1

分子名称: Activating signal cointegrator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 66.650656 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAEFMAVAGA VSGEPLVHWC TQQLRKTFGL DVSEEIIQYV LSIESAEEIR EYVTDLLQGN EGKKGQFIEE LITKWQKNDQ ELISDPLQQ CFKKDEILDG QKSGDHLKRG RKKGRNRQEV PAFTEPDTTA EVKTPFDLAK AQENSNSVKK KTKFVNLYTR E GQDRLAVL ...文字列:
GAEFMAVAGA VSGEPLVHWC TQQLRKTFGL DVSEEIIQYV LSIESAEEIR EYVTDLLQGN EGKKGQFIEE LITKWQKNDQ ELISDPLQQ CFKKDEILDG QKSGDHLKRG RKKGRNRQEV PAFTEPDTTA EVKTPFDLAK AQENSNSVKK KTKFVNLYTR E GQDRLAVL LPGRHPCDCL GQKHKLINNC LICGRIVCEQ EGSGPCLFCG TLVCTHEEQD ILQRDSNKSQ KLLKKLMSGV EN SGKVDIS TKDLLPHQEL RIKSGLEKAI KHKDKLLEFD RTSIRRTQVI DDESDYFASD SNQWLSKLER ETLQKREEEL REL RHASRL SKKVTIDFAG RKILEEENSL AEYHSRLDET IQAIANGTLN QPLTKLDRSS EEPLGVLVNP NMYQSPPQWV DHTG AASQK KAFRSSGFGL EFNSFQHQLR IQDQEFQEGF DGGWCLSVHQ PWASLLVRGI KRVEGRSWYT PHRGRLWIAA TAKKP SPQE VSELQATYRL LRGKDVEFPN DYPSGCLLGC VDLIDCLSQK QFKEQFPDIS QESDSPFVFI CKNPQEMVVK FPIKGN PKI WKLDSKIHQG AKKGLMKQNK AV

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分子 #2: Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3

分子名称: Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 206.276094 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GAEFHYPHVY DSQAEAMKTS AFIAGAKMIL PEGIQRENNK LYEEVRIPYS EPMPLSFEEK PVYIQDLDEI GQLAFKGMKR LNRIQSIVF ETAYNTNENM LICAPTGAGK TNIAMLTVLH EIRQHFQQGV IKKNEFKIVY VAPMKALAAE MTDYFSRRLE P LGIIVKEL ...文字列:
GAEFHYPHVY DSQAEAMKTS AFIAGAKMIL PEGIQRENNK LYEEVRIPYS EPMPLSFEEK PVYIQDLDEI GQLAFKGMKR LNRIQSIVF ETAYNTNENM LICAPTGAGK TNIAMLTVLH EIRQHFQQGV IKKNEFKIVY VAPMKALAAE MTDYFSRRLE P LGIIVKEL TGDMQLSKSE ILRTQMLVTT PEKWDVVTRK SVGDVALSQI VRLLILDEVH LLHEDRGPVL ESIVARTLRQ VE STQSMIR ILGLSATLPN YLDVATFLHV NPYIGLFFFD GRFRPVPLGQ TFLGIKCANK MQQLNNMDEV CYENVLKQVK AGH QVMVFV HARNATVRTA MSLIERAKNC GHIPFFFPTQ GHDYVLAEKQ VQRSRNKQVR ELFPDGFSIH HAGMLRQDRN LVEN LFSNG HIKVLVCTAT LAWGVNLPAH AVIIKGTQIY AAKRGSFVDL GILDVMQIFG RAGRPQFDKF GEGIIITTHD KLSHY LTLL TQRNPIESQF LESLADNLNA EIALGTVTNV EEAVKWISYT YLYVRMRANP LAYGISHKAY QIDPTLRKHR EQLVIE VGR KLDKAQMIRF EERTGYFSST DLGRTASHYY IKYNTIETFN ELFDAHKTEG DIFAIVSKAE EFDQIKVREE EIEELDT LL SNFCELSTPG GVENSYGKIN ILLQTYISRG EMDSFSLISD SAYVAQNAAR IVRALFEIAL RKRWPTMTYR LLNLSKVI D KRLWGWASPL RQFSILPPHI LTRLEEKKLT VDKLKDMRKD EIGHILHHVN IGLKVKQCVH QIPSVMMEAS IQPITRTVL RVTLSIYADF TWNDQVHGTV GEPWWIWVED PTNDHIYHSE YFLALKKQVI SKEAQLLVFT IPIFEPLPSQ YYIRAVSDRW LGAEAVCII NFQHLILPER HPPHTELLDL QPLPITALGC KAYEALYNFS HFNPVQTQIF HTLYHTDCNV LLGAPTGSGK T VAAELAIF RVFNKYPTSK AVYIAPLKAL VRERMDDWKV RIEEKLGKKV IELTGDVTPD MKSIAKADLI VTTPEKWDGV SR SWQNRNY VQQVTILIID EIHLLGEERG PVLEVIVSRT NFISSHTEKP VRIVGLSTAL ANARDLADWL NIKQMGLFNF RPS VRPVPL EVHIQGFPGQ HYCPRMASMN KPAFQAIRSH SPAKPVLIFV SSRRQTRLTA LELIAFLATE EDPKQWLNMD EREM ENIIA TVRDSNLKLT LAFGIGMHHA GLHERDRKTV EELFVNCKVQ VLIATSTLAW GVNFPAHLVI IKGTEYYDGK TRRYV DFPI TDVLQMMGRA GRPQFDDQGK AVILVHDIKK DFYKKFLYEP FPVESSLLGV LSDHLNAEIA GGTITSKQDA LDYITW TYF FRRLIMNPSY YNLGDVSHDS VNKFLSHLIE KSLIELELSY CIEIGEDNRS IEPLTYGRIA SYYYLKHQTV KMFKDRL KP ECSTEELLSI LSDAEEYTDL PVRHNEDHMN SELAKCLPIE SNPHSFDSPH TKAHLLLQAH LSRAMLPCPD YDTDTKTV L DQALRVCQAM LDVAANQGWL VTVLNITNLI QMVIQGRWLK DSSLLTLPNI ENHHLHLFKK WKPIMKGPHA RGRTSIESL PELIHACGGK DHVFSSMVES ELHAAKTKQA WNFLSHLPVI NVGISVKGSW DDLVEGHNEL SVSTLTADKR DDNKWIKLHA DQEYVLQVS LQRVHFGFHK GKPESCAVTP RFPKSKDEGW FLILGEVDKR ELIALKRVGY IRNHHVASLS FYTPEIPGRY I YTLYFMSD CYLGLDQQYD IYLNVTQASL SAQVNTKVSD SLTDLALK

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
20.0 mMHEPES-NaOH4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
1.0 mMDTTDithiothreitolジチオトレイトール
0.1 mg/mlDDMn-dodecyl-B-maltoside

詳細: Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6267 / 平均露光時間: 40.57 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 244064
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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