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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of crescentin filaments (wildtype, C2 symmetry and small box) | |||||||||
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![]() | cytoskeleton / cell shape / intermediate filaments / coiled coil / assembly / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
![]() | Liu Y / Lowe J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Filament structure and subcellular organization of the bacterial intermediate filament-like protein crescentin. 著者: Yue Liu / Fusinita van den Ent / Jan Löwe / ![]() 要旨: The protein crescentin is required for the crescent shape of the freshwater bacterium (). Crescentin forms a filamentous structure on the inner, concave side of the curved cells. It shares features ...The protein crescentin is required for the crescent shape of the freshwater bacterium (). Crescentin forms a filamentous structure on the inner, concave side of the curved cells. It shares features with eukaryotic intermediate filament (IF) proteins, including the formation of static filaments based on long and parallel coiled coils, the protein's length, structural roles in cell and organelle shape determination and the presence of a coiled coil discontinuity called the "stutter." Here, we have used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine the structure of the full-length protein and its filament, exploiting a crescentin-specific nanobody. The filament is formed by two strands, related by twofold symmetry, that each consist of two dimers, resulting in an octameric assembly. Crescentin subunits form longitudinal contacts head-to-head and tail-to-tail, making the entire filament non-polar. Using in vivo site-directed cysteine cross-linking, we demonstrated that contacts observed in the in vitro filament structure exist in cells. Electron cryotomography (cryo-ET) of cells expressing crescentin showed filaments on the concave side of the curved cells, close to the inner membrane, where they form a band. When comparing with current models of IF proteins and their filaments, which are also built from parallel coiled coil dimers and lack overall polarity, it emerges that IF proteins form head-to-tail longitudinal contacts in contrast to crescentin and hence several inter-dimer contacts in IFs have no equivalents in crescentin filaments. Our work supports the idea that intermediate filament-like proteins achieve their shared polymerization and mechanical properties through a variety of filament architectures. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 53 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 63.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 55.3 MB 55.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 754 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 753.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8afmMC ![]() 8afeC ![]() 8afhC ![]() 8aflC ![]() 8ahlC ![]() 8aiaC ![]() 8aixC ![]() 8ajbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.728 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15402_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15402_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Crescentin filaments in complex with megabodies
全体 | 名称: Crescentin filaments in complex with megabodies |
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要素 |
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-超分子 #1: Crescentin filaments in complex with megabodies
超分子 | 名称: Crescentin filaments in complex with megabodies / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Crescentin
分子 | 名称: Crescentin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 49.918559 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRLLSKNSRE TKNGKPTVLG DEARAEAMQH QIESTQAIGQ RYETIHGGLD SIGRVMEHLK AIEPLIAEIR GPVSQEFEAR RAEHAELIA VRANLDQAQR QIALIQAEER EVSARLAAAE TALGESDARR QTQDAALEDN ALEIDRLRNA LLQSDLKVSS L DASLRDAT ...文字列: MRLLSKNSRE TKNGKPTVLG DEARAEAMQH QIESTQAIGQ RYETIHGGLD SIGRVMEHLK AIEPLIAEIR GPVSQEFEAR RAEHAELIA VRANLDQAQR QIALIQAEER EVSARLAAAE TALGESDARR QTQDAALEDN ALEIDRLRNA LLQSDLKVSS L DASLRDAT ARIEHLVQDV EGLRVQAQDI DARRGDAEAA LARANQDNAL LGEEAATLKK RVDQAGLDLA RLSRIETDLE AQ LAAERAR VQAVENALAA HQADSGRTIR GLESQVEANR AEISALQTRL ETATGRADKL EEMNGQISAR LADSSAQQKA VER RAGDLN VALERALDRI RALEEEADGL RQRHAGVDTA RATAIERADQ LAKSAVAQEK ALKRAEERAQ QLRARLDAMQ EAQD QVRRD HEAKIAELQA TIERLTSEAA LAEGALEAAR RDRSRLQMAL LGASDGDVAA SA UniProtKB: UNIPROTKB: A0A8F8EC09 |
-分子 #2: Crescentin-specific megabody MB13
分子 | 名称: Crescentin-specific megabody MB13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 101.79018 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EVQLQESGGG LVYKEETQSG LNNYARVVEK GQYDSLEIPA QVAASWESGR DDAAVFGFID KEQLDKYVAN GGKRSDWTVK FAENRSQDG TLLGYSLLQE SVDQASYMYS DNHYLAEMAT ILGKPEEAKR YRQLAQQLAD YINTCMFDPT TQFYYDVRIE D KPLANGCA ...文字列: EVQLQESGGG LVYKEETQSG LNNYARVVEK GQYDSLEIPA QVAASWESGR DDAAVFGFID KEQLDKYVAN GGKRSDWTVK FAENRSQDG TLLGYSLLQE SVDQASYMYS DNHYLAEMAT ILGKPEEAKR YRQLAQQLAD YINTCMFDPT TQFYYDVRIE D KPLANGCA GKPIVERGKG PEGWSPLFNG AATQANADAV VKVMLDPKEF NTFVPLGTAA LTNPAFGADI YWRGRVWVDQ FW FGLKGME RYGYRDDALK LADTFFRHAK GLTADGPIQE NYNPLTGAQQ GAPNFSWSAA HLYMLYNDFF RKQASGGGSG GGG SGGGGS GNADNYKNVI NRTGAPQYMK DYDYDDHQRF NPFFDLGAWH GHLLPDGPNT MGGFPGVALL TEEYINFMAS NFDR LTVWQ DGKKVDFTLE AYSIPGALVQ KLTAKDVQVE MTLRFATPRT SLLETKITSN KPLDLVWDGE LLEKLEAKEG KPLSD KTIA GEYPDYQRKI SATRDGLKVT FGKVRATWDL LTSGESEYQV HKSLPVQTEI NGNRFTSKAH INGSTTLYTT YSHLLT AQE VSKEQMQIRD ILARPAFYLT ASQQRWEEYL KKGLTNPDAT PEQTRVAVKA IETLNGNWRS PGGAVKFNTV TPSVTGR WF SGNQTWPWDT WKQAFAMAHF NPDIAKENIR AVFSWQIQPG DSVRPQDVGF VPDLIAWNLS PERGGDGGNW NERNTKPS L AAWSVMEVYN VTQDKTWVAE MYPKLVAYHD WWLRNRDHNG NGVPEYGATR DKAHNTESGE MLFTVKKDSL RLSCASSRS IDGINIMRWY RQAPGKQRGM VAVVTGWGST NYVDSVKGRF IISRDSAKDT VYLQMNNLKP EDTAVYSCNA IYRGSEYWGQ GTQVTVSSG ENLYFQGSHH HHHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: PIPES 25mM, 0.05% CHAPS, pH 6.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8afm: |