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- EMDB-15362: Cryo-EM structure of Darobactin 22 bound BAM complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15362
タイトルCryo-EM structure of Darobactin 22 bound BAM complex
マップデータ
試料
  • 複合体: E.coli BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
  • タンパク質・ペプチド: Darobactin 22
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family ...Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Yuan B / Marlovits TC
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)INST152/772-1 ドイツ
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2023
タイトル: Darobactins Exhibiting Superior Antibiotic Activity by Cryo-EM Structure Guided Biosynthetic Engineering.
著者: Carsten E Seyfert / Christoph Porten / Biao Yuan / Selina Deckarm / Fabian Panter / Chantal D Bader / Janetta Coetzee / Felix Deschner / Kamaleddin H M E Tehrani / Paul G Higgins / Harald ...著者: Carsten E Seyfert / Christoph Porten / Biao Yuan / Selina Deckarm / Fabian Panter / Chantal D Bader / Janetta Coetzee / Felix Deschner / Kamaleddin H M E Tehrani / Paul G Higgins / Harald Seifert / Thomas C Marlovits / Jennifer Herrmann / Rolf Müller /
要旨: Over recent decades, the pipeline of antibiotics acting against Gram-negative bacteria is running dry, as most discovered candidate antibiotics suffer from insufficient potency, pharmacokinetic ...Over recent decades, the pipeline of antibiotics acting against Gram-negative bacteria is running dry, as most discovered candidate antibiotics suffer from insufficient potency, pharmacokinetic properties, or toxicity. The darobactins, a promising new small peptide class of drug candidates, bind to novel antibiotic target BamA, an outer membrane protein. Previously, we reported that biosynthetic engineering in a heterologous host generated novel darobactins with enhanced antibacterial activity. Here we utilize an optimized purification method and present cryo-EM structures of the Bam complex with darobactin 9 (D9), which served as a blueprint for the biotechnological generation of twenty new darobactins including halogenated analogs. The newly engineered darobactin 22 binds more tightly to BamA and outperforms the favorable activity profile of D9 against clinically relevant pathogens such as carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii up to 32-fold, without observing toxic effects.
履歴
登録2022年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年1月11日-
現状2023年1月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15362.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15362.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å		0.85 Å/pix.
x 360 pix.
= 306. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-2.381543 - 3.0405667
平均 (標準偏差)0.0012008437 (±0.050703783)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15362_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15362_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E.coli BAM complex

全体名称: E.coli BAM complex
要素
  • 複合体: E.coli BAM complex
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamB
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamC
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamD
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein assembly factor BamE
  • タンパク質・ペプチド: Darobactin 22

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超分子 #1: E.coli BAM complex

超分子名称: E.coli BAM complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Outer membrane protein assembly factor BamA

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 90.918711 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSMAMKKLL IASLLFSSAT VYGAEGFVVK DIHFEGLQRV AVGAALLSMP VRTGDTVNDE DISNTIRALF ATGNFEDVRV LRDGDTLLV QVKERPTIAS ITFSGNKSVK DDMLKQNLEA SGVRVGESLD RTTIADIEKG LEDFYYSVGK YSASVKAVVT P LPRNRVDL ...文字列:
MGSMAMKKLL IASLLFSSAT VYGAEGFVVK DIHFEGLQRV AVGAALLSMP VRTGDTVNDE DISNTIRALF ATGNFEDVRV LRDGDTLLV QVKERPTIAS ITFSGNKSVK DDMLKQNLEA SGVRVGESLD RTTIADIEKG LEDFYYSVGK YSASVKAVVT P LPRNRVDL KLVFQEGVSA EIQQINIVGN HAFTTDELIS HFQLRDEVPW WNVVGDRKYQ KQKLAGDLET LRSYYLDRGY AR FNIDSTQ VSLTPDKKGI YVTVNITEGD QYKLSGVEVS GNLAGHSAEI EQLTKIEPGE LYNGTKVTKM EDDIKKLLGR YGY AYPRVQ SMPEINDADK TVKLRVNVDA GNRFYVRKIR FEGNDTSKDA VLRREMRQME GAWLGSDLVD QGKERLNRLG FFET VDTDT QRVPGSPDQV DVVYKVKERN TGSFNFGIGY GTESGVSFQA GVQQDNWLGT GYAVGINGTK NDYQTYAELS VTNPY FTVD GVSLGGRLFY NDFQADDADL SDYTNKSYGT DVTLGFPINE YNSLRAGLGY VHNSLSNMQP QVAMWRYLYS MGEHPS TSD QDNSFKTDDF TFNYGWTYNK LDRGYFPTDG SRVNLTGKVT IPGSDNEYYK VTLDTATYVP IDDDHKWVVL GRTRWGY GD GLGGKEMPFY ENFYAGGSST VRGFQSNTIG PKAVYFPHQA SNYDPDYDYE CATQDGAKDL CKSDDAVGGN AMAVASLE F ITPTPFISDK YANSVRTSFF WDMGTVWDTN WDSSQYSGYP DYSDPSNIRM SAGIALQWMS PLGPLVFSYA QPFKKYDGD KAEQFQFNIG KTW

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分子 #2: Outer membrane protein assembly factor BamB

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 43.47875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSMQLRKLL LPGLLSVTLL SGCSLFNSEE DVVKMSPLPT VENQFTPTTA WSTSVGSGIG NFYSNLHPAL ADNVVYAADR AGLVKALNA DDGKEIWSVS LAEKDGWFSK EPALLSGGVT VSGGHVYIGS EKAQVYALNT SDGTVAWQTK VAGEALSRPV V SDGLVLIH ...文字列:
MGSMQLRKLL LPGLLSVTLL SGCSLFNSEE DVVKMSPLPT VENQFTPTTA WSTSVGSGIG NFYSNLHPAL ADNVVYAADR AGLVKALNA DDGKEIWSVS LAEKDGWFSK EPALLSGGVT VSGGHVYIGS EKAQVYALNT SDGTVAWQTK VAGEALSRPV V SDGLVLIH TSNGQLQALN EADGAVKWTV NLDMPSLSLR GESAPTTAFG AAVVGGDNGR VSAVLMEQGQ MIWQQRISQA TG STEIDRL SDVDTTPVVV NGVVFALAYN GNLTALDLRS GQIMWKRELG SVNDFIVDGN RIYLVDQNDR VMALTIDGGV TLW TQSDLL HRLLTSPVLY NGNLVVGDSE GYLHWINVED GRFVAQQKVD SSGFQTEPVA ADGKLLIQAK DGTVYSITRK LWSH PQFEK

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分子 #3: Outer membrane protein assembly factor BamC

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 37.150602 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSMAYSVQK SRLAKVAGVS LVLLLAACSS DSRYKRQVSG DEAYLEAAPL AELHAPAGMI LPVTSGDYAI PVTNGSGAVG KALDIRPPA QPLALVSGAR TQFTGDTASL LVENGRGNTL WPQVVSVLQA KNYTITQRDD AGQTLTTDWV QWNRLDEDEQ Y RGRYQISV ...文字列:
MGSMAYSVQK SRLAKVAGVS LVLLLAACSS DSRYKRQVSG DEAYLEAAPL AELHAPAGMI LPVTSGDYAI PVTNGSGAVG KALDIRPPA QPLALVSGAR TQFTGDTASL LVENGRGNTL WPQVVSVLQA KNYTITQRDD AGQTLTTDWV QWNRLDEDEQ Y RGRYQISV KPQGYQQAVT VKLLNLEQAG KPVADAASMQ RYSTEMMNVI SAGLDKSATD AANAAQNRAS TTMDVQSAAD DT GLPMLVV RGPFNVVWQR LPAALEKVGM KVTDSTRSQG NMAVTYKPLS DSDWQELGAS DPGLASGDYK LQVGDLDNRS SLQ FIDPKG HTLTQSQNDA LVAVFQAAFS K

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分子 #4: Outer membrane protein assembly factor BamD

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 28.133678 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSMTRMKYL VAAATLSLFL AGCSGSKEEV PDNPPNEIYA TAQQKLQDGN WRQAITQLEA LDNRYPFGPY SQQVQLDLIY AYYKNADLP LAQAAIDRFI RLNPTHPNID YVMYMRGLTN MALDDSALQG FFGVDRSDRD PQHARAAFSD FSKLVRGYPN S QYTTDATK ...文字列:
MGSMTRMKYL VAAATLSLFL AGCSGSKEEV PDNPPNEIYA TAQQKLQDGN WRQAITQLEA LDNRYPFGPY SQQVQLDLIY AYYKNADLP LAQAAIDRFI RLNPTHPNID YVMYMRGLTN MALDDSALQG FFGVDRSDRD PQHARAAFSD FSKLVRGYPN S QYTTDATK RLVFLKDRLA KYEYSVAEYY TERGAWVAVV NRVEGMLRDY PDTQATRDAL PLMENAYRQM QMNAQAEKVA KI IAANSSN T

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分子 #5: Outer membrane protein assembly factor BamE

分子名称: Outer membrane protein assembly factor BamE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 13.657521 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGSMRCKTLT AAAAVLLMLT AGCSTLERVV YRPDINQGNY LTANDVSKIR VGMTQQQVAY ALGTPLMSDP FGTNTWFYVF RQQPGHEGV TQQTLTLTFN SSGVLTNIDN KPALSGNKLH HHHHH

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分子 #6: Darobactin 22

分子名称: Darobactin 22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.094225 KDa
配列文字列:
WN(UX8)TKRW

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7nri

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 499389
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る