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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Consensus reconstruction of the dextran utilisation system | ||||||||||||
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![]() | Membrane protein transporter / glycan transporter / SusCD / utilisome / TonB dependent transporter / TBDT / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | White JBR / Silale A / Ranson NA / van den Berg B | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Outer membrane utilisomes mediate glycan uptake in gut Bacteroidetes. 著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van ...著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van den Berg / Neil A Ranson / ![]() 要旨: Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria ...Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria is mediated by SusCD protein complexes, comprising a membrane-embedded barrel and a lipoprotein lid, which is thought to open and close to facilitate substrate binding and transport. However, surface-exposed glycan-binding proteins and glycoside hydrolases also play critical roles in the capture, processing and transport of large glycan chains. The interactions between these components in the outer membrane are poorly understood, despite being crucial for nutrient acquisition by our colonic microbiota. Here we show that for both the levan and dextran utilization systems of Bacteroides thetaiotaomicron, the additional outer membrane components assemble on the core SusCD transporter, forming stable glycan-utilizing machines that we term utilisomes. Single-particle cryogenic electron microscopy structures in the absence and presence of substrate reveal concerted conformational changes that demonstrate the mechanism of substrate capture, and rationalize the role of each component in the utilisome. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 13.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 139.9 MB 140.5 MB 140.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 824.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 824.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8aa4MC ![]() 7znrC ![]() 7znsC ![]() 8a9yC ![]() 8aa0C ![]() 8aa1C ![]() 8aa2C ![]() 8aa3C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_15293_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15293_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15293_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Dextran utilisation machinery (utilisome)
全体 | 名称: Dextran utilisation machinery (utilisome) |
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要素 |
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-超分子 #1: Dextran utilisation machinery (utilisome)
超分子 | 名称: Dextran utilisation machinery (utilisome) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Sample for EM experiments was the purified dextran utilisome (Bt3088-Bt3090). Only SusC components were of sufficient resolution for model building and refinement. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: SusC homolog
分子 | 名称: SusC homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 |
分子量 | 理論値: 110.591242 KDa |
配列 | 文字列: MEQSIKSKGF EHRLLLIMWG LLLSLSAFAQ QITVKGHVVD ATGEPVIGAS VIEGKSTNGT ITDIDGNFSL NVSANSALTI SFVGYKTQT VSVNGKTALK VTLQEDTEVL DEVVVVGYGT MKKSDLTGAV SSVGVKDIKD SPVANIGQAM QGKVSGVQII D AGKPGDNV ...文字列: MEQSIKSKGF EHRLLLIMWG LLLSLSAFAQ QITVKGHVVD ATGEPVIGAS VIEGKSTNGT ITDIDGNFSL NVSANSALTI SFVGYKTQT VSVNGKTALK VTLQEDTEVL DEVVVVGYGT MKKSDLTGAV SSVGVKDIKD SPVANIGQAM QGKVSGVQII D AGKPGDNV TIKIRGLGTI NNSNPLVVID GIPTDLGLSS LNMADVERVD VLKDASATAI YGSRGANGVV MITSKRGAEG AG KVTVNAN WAIQNATKVP DMLNAAQYAA LSNDMLSNND DNTNPYWADP SSLGKGTNWL DEMLRTGVKQ SYSVSYSGGT EKA HYYVSG GFLDQSGIVK SVNYRRFNFQ ANSDAQVNKW LKFTTNLTFS TDVKEGGTYS IGDAMKALPT QPVKNDDGSW SGPG QEAQW YGSIRNPIGT LHMMTNETKG YNFLANITGE ITFTKWLKLK STFGYDAKFW FADNFTPAYD WKPNPVEESS RYKSD NKSF TYLWDNYFVF DHTFAKKHRV GVMAGSSAQW NNYDYLNAQK NIFMFDNIHE MDNGEKMYSL GGSQSDWALL SLMARL NYS YEDKYLLTAT VRRDGSSRFG KNNRWGTFPS VSLAWRVSQE DWFPKDNFLM NDLKLRVGYG VTGNQEIGNY GFVASYN TG VYPFGNNNST ALVSTTLSNP NIHWEEVRQA NFGVDMSLFD SRVSLSLDAY IKNTNDMLVK ASIPITSGFE DTTETFTN A GKMRNKGVEM TLRTINLKGI FSWESALTAT YNKNEILDLN SETPMFINQI GNSYVTMLKA GYPINVFYGY VTDGLFQNW GEVNRHATQP GAAPGDIRFR DLNNDGVIND EDRTILGNPN PNWFFSLSNN LSYKGWELSV FLQGVAGNKI YNANNVDNEG MAAAYNQTT AVLNRWTGEG TSYSMPRAIW GDPNQNCRVS DRFVENGSYL RLKNITLSYT LPKKWLQKIQ LENARISFSC E NVATITRY SGFDPEVDVN GIDSSRYPIS RTFSMGLNFN F |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 38.78 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |