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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Ku heterodimer bound to DNA and PAXX | |||||||||
![]() | Ku70/80 heterodimer bound to DNA and PAXX | |||||||||
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![]() | NHEJ / Ku70 / Ku80 / DNA damage / DNA BINDING PROTEIN / PAXX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / cellular response to X-ray / nonhomologous end joining complex / DNA ligation ...Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / DNA-dependent protein kinase complex / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / cellular response to X-ray / nonhomologous end joining complex / DNA ligation / regulation of smooth muscle cell proliferation / nuclear telomere cap complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / IRF3-mediated induction of type I IFN / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / U3 snoRNA binding / positive regulation of neurogenesis / cellular response to fatty acid / hematopoietic stem cell proliferation / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular hyperosmotic salinity response / telomeric DNA binding / positive regulation of catalytic activity / 2-LTR circle formation / site of DNA damage / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA polymerase binding / DNA helicase activity / : / enzyme activator activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / activation of innate immune response / telomere maintenance / cyclin binding / neurogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / protein-DNA complex / small-subunit processome / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / scaffold protein binding / double-stranded DNA binding / secretory granule lumen / DNA recombination / ficolin-1-rich granule lumen / transcription regulator complex / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Hardwick SW / Kefala-Stavridi A / Chirgadze DY / Blundell TL / Chaplin AK | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: PAXX binding to the NHEJ machinery explains functional redundancy with XLF. 著者: Murielle Seif-El-Dahan / Antonia Kefala-Stavridi / Philippe Frit / Steven W Hardwick / Dima Y Chirgadze / Taiana Maia De Oliviera / Jessica Andreani / Sébastien Britton / Nadia Barboule / ...著者: Murielle Seif-El-Dahan / Antonia Kefala-Stavridi / Philippe Frit / Steven W Hardwick / Dima Y Chirgadze / Taiana Maia De Oliviera / Jessica Andreani / Sébastien Britton / Nadia Barboule / Madeleine Bossaert / Arun Prasad Pandurangan / Katheryn Meek / Tom L Blundell / Virginie Ropars / Patrick Calsou / Jean-Baptiste Charbonnier / Amanda K Chaplin / ![]() ![]() ![]() 要旨: Nonhomologous end joining is a critical mechanism that repairs DNA double-strand breaks in human cells. In this work, we address the structural and functional role of the accessory protein PAXX ...Nonhomologous end joining is a critical mechanism that repairs DNA double-strand breaks in human cells. In this work, we address the structural and functional role of the accessory protein PAXX [paralog of x-ray repair cross-complementing protein 4 (XRCC4) and XRCC4-like factor (XLF)] in this mechanism. Here, we report high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) and x-ray crystallography structures of the PAXX C-terminal Ku-binding motif bound to Ku70/80 and cryo-EM structures of PAXX bound to two alternate DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) end-bridging dimers, mediated by either Ku80 or XLF. We identify residues critical for the Ku70/PAXX interaction in vitro and in cells. We demonstrate that PAXX and XLF can bind simultaneously to the Ku heterodimer and act as structural bridges in alternate forms of DNA-PK dimers. Last, we show that engagement of both proteins provides a complementary advantage for DNA end synapsis and end joining in cells. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 194.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.6 KB 21.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 58.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 194.5 MB 194.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 982.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 982.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ku70/80 heterodimer bound to DNA and PAXX | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14995_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14995_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ku70/80 heterodimer bound to DNA and PAXX
全体 | 名称: Ku70/80 heterodimer bound to DNA and PAXX |
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要素 |
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-超分子 #1: Ku70/80 heterodimer bound to DNA and PAXX
超分子 | 名称: Ku70/80 heterodimer bound to DNA and PAXX / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: X-ray repair cross-complementing protein 6
分子 | 名称: X-ray repair cross-complementing protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 69.945039 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSGWESYYKT EGDEEAEEEQ EENLEASGDY KYSGRDSLIF LVDASKAMFE SQSEDELTPF DMSIQCIQSV YISKIISSDR DLLAVVFYG TEKDKNSVNF KNIYVLQELD NPGAKRILEL DQFKGQQGQK RFQDMMGHGS DYSLSEVLWV CANLFSDVQF K MSHKRIML ...文字列: MSGWESYYKT EGDEEAEEEQ EENLEASGDY KYSGRDSLIF LVDASKAMFE SQSEDELTPF DMSIQCIQSV YISKIISSDR DLLAVVFYG TEKDKNSVNF KNIYVLQELD NPGAKRILEL DQFKGQQGQK RFQDMMGHGS DYSLSEVLWV CANLFSDVQF K MSHKRIML FTNEDNPHGN DSAKASRART KAGDLRDTGI FLDLMHLKKP GGFDISLFYR DIISIAEDED LRVHFEESSK LE DLLRKVR AKETRKRALS RLKLKLNKDI VISVGIYNLV QKALKPPPIK LYRETNEPVK TKTRTFNTST GGLLLPSDTK RSQ IYGSRQ IILEKEETEE LKRFDDPGLM LMGFKPLVLL KKHHYLRPSL FVYPEESLVI GSSTLFSALL IKCLEKEVAA LCRY TPRRN IPPYFVALVP QEEELDDQKI QVTPPGFQLV FLPFADDKRK MPFTEKIMAT PEQVGKMKAI VEKLRFTYRS DSFEN PVLQ QHFRNLEALA LDLMEPEQAV DLTLPKVEAM NKRLGSLVDE FKELVYPPDY NPEGKVTKRK HDNEGSGSKR PKVEYS EEE LKTHISKGTL GKFTVPMLKE ACRAYGLKSG LKKQELLEAL TKHFQD UniProtKB: X-ray repair cross-complementing protein 6 |
-分子 #2: X-ray repair cross-complementing protein 5
分子 | 名称: X-ray repair cross-complementing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 82.812438 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLSG GDQYQNITVH RHLMLPDFD LLEDIESKIQ PGSQQADFLD ALIVSMDVIQ HETIGKKFEK RHIEIFTDLS SRFSKSQLDI IIHSLKKCDI S LQFFLPFS ...文字列: MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLSG GDQYQNITVH RHLMLPDFD LLEDIESKIQ PGSQQADFLD ALIVSMDVIQ HETIGKKFEK RHIEIFTDLS SRFSKSQLDI IIHSLKKCDI S LQFFLPFS LGKEDGSGDR GDGPFRLGGH GPSFPLKGIT EQQKEGLEIV KMVMISLEGE DGLDEIYSFS ESLRKLCVFK KI ERHSIHW PCRLTIGSNL SIRIAAYKSI LQERVKKTWT VVDAKTLKKE DIQKETVYCL NDDDETEVLK EDIIQGFRYG SDI VPFSKV DEEQMKYKSE GKCFSVLGFC KSSQVQRRFF MGNQVLKVFA ARDDEAAAVA LSSLIHALDD LDMVAIVRYA YDKR ANPQV GVAFPHIKHN YECLVYVQLP FMEDLRQYMF SSLKNSKKYA PTEAQLNAVD ALIDSMSLAK KDEKTDTLED LFPTT KIPN PRFQRLFQCL LHRALHPREP LPPIQQHIWN MLNPPAEVTT KSQIPLSKIK TLFPLIEAKK KDQVTAQEIF QDNHED GPT AKKLKTEQGG AHFSVSSLAE GSVTSVGSVN PAENFRVLVK QKKASFEEAS NQLINHIEQF LDTNETPYFM KSIDCIR AF REEAIKFSEE QRFNNFLKAL QEKVEIKQLN HFWEIVVQDG ITLITKEEAS GSSVTAEEAK KFLAPKDKPS GDTAAVFE E GGDVDDLLDM I UniProtKB: X-ray repair cross-complementing protein 5 |
-分子 #3: Protein PAXX
分子 | 名称: Protein PAXX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 21.663498 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDPLSPPLCT LPPGPEPPRF VCYCEGEESG EGDRGGFNLY VTDAAELWST CFTPDSLAAL KARFGLSAAE DITPRFRAAC EQQAVALTL QEDRASLTLS GGPSALAFDL SKVPGPEAAP RLRALTLGLA KRVWSLERRL AAAEETAVSP RKSPRPAGPQ L FLPDPDPQ ...文字列: MDPLSPPLCT LPPGPEPPRF VCYCEGEESG EGDRGGFNLY VTDAAELWST CFTPDSLAAL KARFGLSAAE DITPRFRAAC EQQAVALTL QEDRASLTLS GGPSALAFDL SKVPGPEAAP RLRALTLGLA KRVWSLERRL AAAEETAVSP RKSPRPAGPQ L FLPDPDPQ RGGPGPGVRR RCPGESLINP GFKSKKPAGG VDFDET UniProtKB: Protein PAXX |
-分子 #4: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*T)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*TP*AP*T)-3') タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4.543972 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DT)(DA)(DT) |
-分子 #5: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*AP*TP*CP*TP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*C)-3') タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4.96224 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC) |
-分子 #6: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PO4: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6924 / 平均露光時間: 1.25 sec. / 平均電子線量: 44.39 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |