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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14860 | |||||||||||||||
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タイトル | MVV cleaved synaptic complex (CSC) intasome at 4.5 A resolution (re-refined) | |||||||||||||||
マップデータ | deepEMnhancer map | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Integrase / intasome / MVV / nucleoprotein complex / retrovirus / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral capsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス) / Visna-maedi virus (ウイルス) / Visna lentivirus (strain 1514) (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Ballandras-Colas A / Maskell D / Pye VE / Locke J / Swuec S / Kotecha A / Costa A / Cherepanov P | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: A supramolecular assembly mediates lentiviral DNA integration. 著者: Allison Ballandras-Colas / Daniel P Maskell / Erik Serrao / Julia Locke / Paolo Swuec / Stefán R Jónsson / Abhay Kotecha / Nicola J Cook / Valerie E Pye / Ian A Taylor / Valgerdur ...著者: Allison Ballandras-Colas / Daniel P Maskell / Erik Serrao / Julia Locke / Paolo Swuec / Stefán R Jónsson / Abhay Kotecha / Nicola J Cook / Valerie E Pye / Ian A Taylor / Valgerdur Andrésdóttir / Alan N Engelman / Alessandro Costa / Peter Cherepanov / 要旨: Retroviral integrase (IN) functions within the intasome nucleoprotein complex to catalyze insertion of viral DNA into cellular chromatin. Using cryo-electron microscopy, we now visualize the ...Retroviral integrase (IN) functions within the intasome nucleoprotein complex to catalyze insertion of viral DNA into cellular chromatin. Using cryo-electron microscopy, we now visualize the functional maedi-visna lentivirus intasome at 4.9 angstrom resolution. The intasome comprises a homo-hexadecamer of IN with a tetramer-of-tetramers architecture featuring eight structurally distinct types of IN protomers supporting two catalytically competent subunits. The conserved intasomal core, previously observed in simpler retroviral systems, is formed between two IN tetramers, with a pair of C-terminal domains from flanking tetramers completing the synaptic interface. Our results explain how HIV-1 IN, which self-associates into higher-order multimers, can form a functional intasome, reconcile the bulk of early HIV-1 IN biochemical and structural data, and provide a lentiviral platform for design of HIV-1 IN inhibitors. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14860.map.gz | 92.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14860-v30.xml emd-14860.xml | 26.9 KB 26.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14860_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14860.png | 175.5 KB | ||
マスクデータ | emd_14860_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-14860.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_14860_additional_1.map.gz emd_14860_additional_2.map.gz emd_14860_half_map_1.map.gz emd_14860_half_map_2.map.gz | 51.2 MB 2.8 MB 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14860 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14860_validation.pdf.gz | 716.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14860_full_validation.pdf.gz | 716.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14860_validation.xml.gz | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14860_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14860 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | deepEMnhancer map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.43 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14860_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: original map - no enhancement
ファイル | emd_14860_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | original map - no enhancement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: cryosparc local filter map - to which model...
ファイル | emd_14860_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryosparc local filter map - to which model was fitted and refined against | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_14860_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14860_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Maedi-visna virus (MVV) intasome
全体 | 名称: Maedi-visna virus (MVV) intasome |
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要素 |
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-超分子 #1: Maedi-visna virus (MVV) intasome
超分子 | 名称: Maedi-visna virus (MVV) intasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 542.45 KDa |
-超分子 #2: Intergrase
超分子 | 名称: Intergrase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス) |
-超分子 #3: vDNA
超分子 | 名称: vDNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Visna-maedi virus (ウイルス) |
-分子 #1: Integrase
分子 | 名称: Integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス) / 株: KV1772 |
分子量 | 理論値: 32.368826 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: WIENIPLAEE EHNKWHQDAV SLHLEFGIPR TAAEDIVQQC DVCQENKMPS TLRGSNKRGI DHWQVDYTHY EDKIILVWVE TNSGLIYAE RVKGETGQEF RVQTMKWYAM FAPKSLQSDN GPAFVAESTQ LLMKYLGIEH TTGIPWNPQS QALVERTHQT L KNTLEKLI ...文字列: WIENIPLAEE EHNKWHQDAV SLHLEFGIPR TAAEDIVQQC DVCQENKMPS TLRGSNKRGI DHWQVDYTHY EDKIILVWVE TNSGLIYAE RVKGETGQEF RVQTMKWYAM FAPKSLQSDN GPAFVAESTQ LLMKYLGIEH TTGIPWNPQS QALVERTHQT L KNTLEKLI PMFNAFESAL AGTLITLNIK RKGGLGTSPM DIFIFNKEQQ RIQQQSKSKQ EKIRFCYYRT RKRGHPGEWQ GP TQVLWGG DGAIVVKDRG TDRYLVIANK DVKFIPPPKE IQKE UniProtKB: Gag-Pol polyprotein |
-分子 #2: vDNA, non-transferred strand
分子 | 名称: vDNA, non-transferred strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Visna lentivirus (strain 1514) (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 6.456146 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG) |
-分子 #3: vDNA, transferred strand
分子 | 名称: vDNA, transferred strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Visna-maedi virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 5.815762 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) GENBANK: GENBANK: J04359.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
詳細: 1 M NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5 | ||||||||||||
グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4-ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted ...詳細: To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4-ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s followed by plunging into liquid ethane.. | ||||||||||||
詳細 | A 4 ul drop of freshly prepared intasome in 1 M NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 was applied onto glow-discharged lacey carbon grids coated with ultrathin carbon (product 01824, Ted Pella). The grids were incubated for 30 s under 100% humidity in a Vitrobot Mark IV (FEI) at 20 oC. To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4 ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2, and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s, followed by plunging into liquid ethane. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.5 µm |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 5m0q Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | 5M0Q model was docked to new map (updated relion version and pixel size corrected) in Chimera and refined using phenix.real_space refine and interactively adjusted in coot. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 100 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-7zpp: |