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万見- EMDB-14793: Ketosynthase domain of module 4 from Brevibacillus Brevis orphan BGC11 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14793 | |||||||||
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タイトル | Ketosynthase domain of module 4 from Brevibacillus Brevis orphan BGC11 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Ketosynthase / polyketide synthase / thiolase fold / Claisen Condensation / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Brevibacillus brevis NBRC 100599 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Tittes YU / Herbst DA / Jakob RP / Maier T | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: The structure of a polyketide synthase bimodule core. 著者: Yves U Tittes / Dominik A Herbst / Solène F X Martin / Hugo Munoz-Hernandez / Roman P Jakob / Timm Maier / 要旨: Polyketide synthases (PKSs) are predominantly microbial biosynthetic enzymes. They assemble highly potent bioactive natural products from simple carboxylic acid precursors. The most versatile ...Polyketide synthases (PKSs) are predominantly microbial biosynthetic enzymes. They assemble highly potent bioactive natural products from simple carboxylic acid precursors. The most versatile families of PKSs are organized as assembly lines of functional modules. Each module performs one round of precursor extension and optional modification, followed by directed transfer of the intermediate to the next module. While enzymatic domains and even modules of PKSs are well understood, the higher-order modular architecture of PKS assembly lines remains elusive. Here, we visualize a PKS bimodule core using cryo-electron microscopy and resolve a two-dimensional meshwork of the bimodule core formed by homotypic interactions between modules. The sheet-like organization provides the framework for efficient substrate transfer and for sequestration of trans-acting enzymes required for polyketide production. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14793.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14793-v30.xml emd-14793.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14793.png | 104.1 KB | ||
マスクデータ | emd_14793_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-14793.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_14793_half_map_1.map.gz emd_14793_half_map_2.map.gz | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14793 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14793_validation.pdf.gz | 963 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14793_full_validation.pdf.gz | 962.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14793_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14793_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14793 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14793_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14793_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14793_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ketosynthase domain 4 of Brevibacillus Brevis BGC 11
全体 | 名称: Ketosynthase domain 4 of Brevibacillus Brevis BGC 11 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ketosynthase domain 4 of Brevibacillus Brevis BGC 11
超分子 | 名称: Ketosynthase domain 4 of Brevibacillus Brevis BGC 11 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Brevibacillus brevis NBRC 100599 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: Putative polyketide synthase
分子 | 名称: Putative polyketide synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Brevibacillus brevis NBRC 100599 (バクテリア) 株: 47 / JCM 6285 / NBRC 100599 |
分子量 | 理論値: 187.424781 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GSPSSVVRDV AIIGLSGRYP QAKNVDEFWN RLKEGKNCIS EIPKDRWDWQ SFFDEEKGKK ESMYTKWGGF IDDMDKFDPL FFQISPKEA EEMDPQERLF LQEAYASIED AGYTPTTLCE SRKVGVFVGV MNGNYPTGAT YWSIANRLSY LLNFQGPSVA V DTACSASL ...文字列: GSPSSVVRDV AIIGLSGRYP QAKNVDEFWN RLKEGKNCIS EIPKDRWDWQ SFFDEEKGKK ESMYTKWGGF IDDMDKFDPL FFQISPKEA EEMDPQERLF LQEAYASIED AGYTPTTLCE SRKVGVFVGV MNGNYPTGAT YWSIANRLSY LLNFQGPSVA V DTACSASL TAIHFALESL YSGTSECAIA GGVNLIVDPV HYMKLSALTM LSPSNQCKSF GDQADGFVDG EGVGAIVLKP LD KAIADGD HIYGVIKGSM MNAGGKTNGY TVPNPQAQAQ LVADALQRAN VHARTVSYLE AHGTGTELGD PIEVAGLTRA FEK DTQDKQ FCALGSAKSN IGHCESAAGI AGVTKILLQL KHAQLVPSLH SRTLNPNIDF TKTPFVVQQE LAEWRRPIVE INGT TNEYP RIAGISSFGA GGSNAHVIIE EYIPEEQKQS SLKITPQNPA IFVLSAKNAE RLYEIVQQLL AFIQEHSLSD EHLAD MAYT LQVGRVAMEE RIAVIAGTMK ELQQKLTAYV KGQEHIADLY RGQVNRNQEM LDILTSDDEL EETIARWMER GKYSKL LDL WVKGLSIDWN KLYQEEQPGR ISLPTYPFAK ESYWTHARSV SSSTGVGVIH PFLHQNTSDF MEQRFSSMFT GQEFFLS DH VIKGQRVLPS AAYLEMARAA IQQATGGLDS ERELEGLRFK NVVWTQPLAV GPEPVQAHIE LYPEANGEIV FEIYSDSK Q DRDQTTEIVH SQGSAVLCSI PDIPSFDLSV LQEQCSLRTL SAEQCYDAFK KMGVDYGPAH RGIEQILIGQ EQVLAKLSL PSSVVKTQGQ FGLHPSLLDA ALQSSLGLMM ATSDFSLILP FALEEMVIVG DCSSSMWALI RYREGSKAGD RVEKFDIDLC DENGNVQVR MKGFSTRKIA NVSVRSEVEV PKASVPLEEE KAIDSSSLME QATPYFKKLL SSVIKLPANK MEADASLEKY G VDSIVAMQ MTKELEKQFG SLPKTLFFEY QTIKELTGYF LENYRENLMH ILGMRENAEA SLTQESEATM VDEVKAQTER RS KKRKSQR FASLRMETQP PKGALDIAII GISGRYPQAR NIHDFWKNLR DGKDCITEIP KDRWDHSLYF DEAKDKLGKS YSK WGGFID GVDQFDPLFF HISPREAELM DPQERLFLQC VYETIEDAGY TRETLGKHEG LGGNVGVYVG VMYEEYQLYA SAEQ ALGRA LAIAGSPASI ANRVSYFCNF HGPSMAVDTM CSSSLTGIHL ACHSLQRGEC EVAIAGGVNV SIHPNKYLYL SQGKF ASSK GRCESFGEGG DGYVPGEGVG AVLLKPLARA IADGDHIYGV IKGSAINHGG KTNGYTVPNP HSQSRVIRRA FEEAGI HPR TVSYIEAHGT GTSLGDPIEI AGLTKTFQEY TKENQFCAIG SAKSNIGHGE SAAGIAGLTK ILLQMKYKRL VPSLHSR TL NPNIDFSKTP FVVQQELAEW KRPVIEIDGV TREYARIAGI SSFGAGGANA HLVIEEYIEA EHRPPSSISS KNPAVIVL S AKNKDRLREQ VQRLLSAIRE QVLTDNDLAE IAYTLQVGRE AMEERFAVIV KSISELEAKL TYYLKDEADS PDLFTGQVK RNKETMDVFA ADEDLQQAID TWITKGKYAK ILQMWVQGLI FDWNKLYGDT KPRRISLPAY PFARERYWLP KVESQAIGLT AGEPAYLHP L UniProtKB: Putative polyketide synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.18 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio calculated in cryosparc |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 171149 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |