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- EMDB-14712: Polymerase module of yeast CPF in complex with Mpe1, the yPIM of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14712
タイトルPolymerase module of yeast CPF in complex with Mpe1, the yPIM of Cft2 and the pre-cleaved CYC1 RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: polymerase module-Mpe1-yPIM-RNA
    • タンパク質・ペプチド: Protein CFT1
    • タンパク質・ペプチド: mRNA 3'-end-processing protein YTH1
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage factor two protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Polyadenylation factor subunit 2
    • RNA: pre-cleaved CYC1
    • タンパク質・ペプチド: MPE1 isoform 1
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Intronless Pre-mRNAs / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / intracellular organelle / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / : / 転写後修飾 / ubiquitin protein ligase activity / nucleic acid binding ...Processing of Intronless Pre-mRNAs / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / intracellular organelle / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / : / 転写後修飾 / ubiquitin protein ligase activity / nucleic acid binding / ミトコンドリア / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 family / DWNN domain / DWNN domain / DWNN domain profile. / DWNN / Cleavage and polyadenylation specificity factor 2, C-terminal / CPSF2, metallo-hydrolase domain / Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / CPSF complex subunit CPSF4-like ...E3 ubiquitin-protein ligase RBBP6 family / DWNN domain / DWNN domain / DWNN domain profile. / DWNN / Cleavage and polyadenylation specificity factor 2, C-terminal / CPSF2, metallo-hydrolase domain / Cleavage and polyadenylation factor 2 C-terminal / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 / CPSF complex subunit CPSF4-like / RNA-binding, Nab2-type zinc finger / Pre-mRNA 3' end processing protein Pfs2-like / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / ジンクフィンガー / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MPE1 isoform 1 / mRNA 3'-end-processing protein / Polyadenylation factor subunit 2 / Protein CFT1 / Cleavage factor two protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Rodriguez-Molina JB / Passmore LA
資金援助European Union, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)725685European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105192715 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Mpe1 senses the binding of pre-mRNA and controls 3' end processing by CPF.
著者: Juan B Rodríguez-Molina / Francis J O'Reilly / Holly Fagarasan / Eleanor Sheekey / Sarah Maslen / J Mark Skehel / Juri Rappsilber / Lori A Passmore /
要旨: Most eukaryotic messenger RNAs (mRNAs) are processed at their 3' end by the cleavage and polyadenylation specificity factor (CPF/CPSF). CPF mediates the endonucleolytic cleavage of the pre-mRNA and ...Most eukaryotic messenger RNAs (mRNAs) are processed at their 3' end by the cleavage and polyadenylation specificity factor (CPF/CPSF). CPF mediates the endonucleolytic cleavage of the pre-mRNA and addition of a polyadenosine (poly(A)) tail, which together define the 3' end of the mature transcript. The activation of CPF is highly regulated to maintain the fidelity of RNA processing. Here, using cryo-EM of yeast CPF, we show that the Mpe1 subunit directly contacts the polyadenylation signal sequence in nascent pre-mRNA. The region of Mpe1 that contacts RNA also promotes the activation of CPF endonuclease activity and controls polyadenylation. The Cft2 subunit of CPF antagonizes the RNA-stabilized configuration of Mpe1. In vivo, the depletion or mutation of Mpe1 leads to widespread defects in transcription termination by RNA polymerase II, resulting in transcription interference on neighboring genes. Together, our data suggest that Mpe1 plays a major role in accurate 3' end processing, activating CPF, and ensuring timely transcription termination.
履歴
登録2022年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年7月20日-
現状2022年7月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14712.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14712.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.016
最小 - 最大-0.029737283 - 0.06973583
平均 (標準偏差)3.2639957e-05 (±0.0019224613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14712_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14712_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : polymerase module-Mpe1-yPIM-RNA

全体名称: polymerase module-Mpe1-yPIM-RNA
要素
  • 複合体: polymerase module-Mpe1-yPIM-RNA
    • タンパク質・ペプチド: Protein CFT1
    • タンパク質・ペプチド: mRNA 3'-end-processing protein YTH1
    • タンパク質・ペプチド: Cleavage factor two protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Polyadenylation factor subunit 2
    • RNA: pre-cleaved CYC1
    • タンパク質・ペプチド: MPE1 isoform 1
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: polymerase module-Mpe1-yPIM-RNA

超分子名称: polymerase module-Mpe1-yPIM-RNA / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Protein CFT1

分子名称: Protein CFT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 153.577156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNVYDDVLDA TVVSHSLATH FTTSDYEELL VVRTNILSVY RPTRDGKLYL TDEFKFHGLI TDIGLIPQKD SPLSCLLLCT GVAKISILK FNTLTNSIDT LSLHYYEGKF KGKSLVELAK ISTLRMDPGS SCALLFNNDI IAFLPFHVNK NDDDEEEEDE D ENIDDSEL ...文字列:
MNVYDDVLDA TVVSHSLATH FTTSDYEELL VVRTNILSVY RPTRDGKLYL TDEFKFHGLI TDIGLIPQKD SPLSCLLLCT GVAKISILK FNTLTNSIDT LSLHYYEGKF KGKSLVELAK ISTLRMDPGS SCALLFNNDI IAFLPFHVNK NDDDEEEEDE D ENIDDSEL IHSMNQKSQG TNTFNKRKRT KLGDKFTAPS VVLVASELYE GAKNIIDIQF LKNFTKPTIA LLYQPKLVWA GN TTISKLP TQYVILTLNI QPAESATKIE STTIAFVKEL PWDLHTIVPV SNGAIIVGTN ELAFLDNTGV LQSTVLLNSF ADK ELQKTK IINNSSLEIM FREKNTTSIW IPSSKSKNGG SNNDETLLLM DLKSNIYYIQ MEAEGRLLIK FDIFKLPIVN DLLK ENSNP KCITRLNATN SNKNMDLFIG FGSGNALVLR LNNLKSTIET REAHNPSSGT NSLMDINDDD DEEMDDLYAD EAPEN GLTT NDSKGTVETV QPFDIELLSS LRNVGPITSL TVGKVSSIDD VVKGLPNPNK NEYSLVATSG NGSGSHLTVI QTSVQP EIE LALKFISITQ IWNLKIKGRD RYLITTDSTK SRSDIYESDN NFKLHKGGRL RRDATTVYIS MFGEEKRIIQ VTTNHLY LY DTHFRRLTTI KFDYEVIHVS VMDPYILVTV SRGDIKIFEL EEKNKRKLLK VDLPEILNEM VITSGLILKS NMCNEFLI G LSKSQEEQLL FTFVTADNQI IFFTKDHNDR IFQLNGVDQL NESLYISTYQ LGDEIVPDPS IKQVMINKLG HDNKEEYLT ILTFGGEIYQ YRKLPQRRSR FYRNVTRNDL AITGAPDNAY AKGVSSIERI MHYFPDYNGY SVIFVTGSVP YILIKEDDST PKIFKFGNI PLVSVTPWSE RSVMCVDDIK NARVYTLTTD NMYYGNKLPL KQIKISNVLD DYKTLQKLVY HERAQLFLVS Y CKRVPYEA LGEDGEKVIG YDENVPHAEG FQSGILLINP KSWKVIDKID FPKNSVVNEM RSSMIQINSK TKRKREYIIA GV ANATTED TPPTGAFHIY DVIEVVPEPG KPDTNYKLKE IFQEEVSGTV STVCEVSGRF MISQSQKVLV RDIQEDNSVI PVA FLDIPV FVTDSKSFGN LLIIGDAMQG FQFIGFDAEP YRMISLGRSM SKFQTMSLEF LVNGGDMYFA ATDADRNVHV LKYA PDEPN SLSGQRLVHC SSFTLHSTNS CMMLLPRNEE FGSPQVPSFQ NVGGQVDGSV FKIVPLSEEK YRRLYVIQQQ IIDRE LQLG GLNPRMERLA NDFYQMGHSM RPMLDFNVIR RFCGLAIDRR KSIAQKAGRH AHFEAWRDII NIEFSMRSLC QGK

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分子 #2: mRNA 3'-end-processing protein YTH1

分子名称: mRNA 3'-end-processing protein YTH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.594498 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSLIHPDTAK YPFKFEPFLR QEYSFSLDPD RPICEFYNSR EGPKSCPRGP LCPKKHVLPI FQNKIVCRHW LRGLCKKNDQ CEYLHEYNL RKMPECVFFS KNGYCTQSPD CQYLHIDPAS KIPKCENYEM GFCPLGSSCP RRHIKKVFCQ RYMTGFCPLG K DECDMEHP ...文字列:
MSLIHPDTAK YPFKFEPFLR QEYSFSLDPD RPICEFYNSR EGPKSCPRGP LCPKKHVLPI FQNKIVCRHW LRGLCKKNDQ CEYLHEYNL RKMPECVFFS KNGYCTQSPD CQYLHIDPAS KIPKCENYEM GFCPLGSSCP RRHIKKVFCQ RYMTGFCPLG K DECDMEHP QFIIPDEGSK LRIKRDDEIN TRKMDEEKER RLNAIINGEV

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分子 #3: Cleavage factor two protein 2

分子名称: Cleavage factor two protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 80.993055 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTYKYNCCDD GSGTTVGSVV RFDNVTLLID PGWNPSKVSY EQCIKYWEKV IPEIDVIILS QPTIECLGAH SLLYYNFTSH FISRIQVYA TLPVINLGRV STIDSYASAG VIGPYDTNKL DLEDIEISFD HIVPLKYSQL VDLRSRYDGL TLLAYNAGVC P GGSIWCIS ...文字列:
MTYKYNCCDD GSGTTVGSVV RFDNVTLLID PGWNPSKVSY EQCIKYWEKV IPEIDVIILS QPTIECLGAH SLLYYNFTSH FISRIQVYA TLPVINLGRV STIDSYASAG VIGPYDTNKL DLEDIEISFD HIVPLKYSQL VDLRSRYDGL TLLAYNAGVC P GGSIWCIS TYSEKLVYAK RWNHTRDNIL NAASILDATG KPLSTLMRPS AIITTLDRFG SSQPFKKRSK IFKDTLKKGL SS DGSVIIP VDMSGKFLDL FTQVHELLFE STKINAHTQV PVLILSYARG RTLTYAKSML EWLSPSLLKT WENRNNTSPF EIG SRIKII APNELSKYPG SKICFVSEVG ALINEVIIKV GNSEKTTLIL TKPSFECASS LDKILEIVEQ DERNWKTFPE DGKS FLCDN YISIDTIKEE PLSKEETEAF KVQLKEKKRD RNKKILLVKR ESKKLANGNA IIDDTNGERA MRNQDILVEN VNGVP PIDH IMGGDEDDDE EEENDNLLNL LKDNSEKSAA KKNTEVPVDI IIQPSAASKH KMFPFNPAKI KKDDYGTVVD FTMFLP DDS DNVNQNSRKR PLKDGAKTTS PVNEEDNKNE EEDGYNMSDP ISKRSKHRAS RYSGFSGTGE AENFDNLDYL KIDKTLS KR TISTVNVQLK CSVVILNLQS LVDQRSASII WPSLKSRKIV LSAPKQIQNE EITAKLIKKN IEVVNMPLNK IVEFSTTI

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分子 #4: Polyadenylation factor subunit 2

分子名称: Polyadenylation factor subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 53.211117 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDGHNQNQYQ NQNQIQQSQQ PPLKKYVTQR RSVDVSSPYI NLYYNRRHGL PNLVVEPETS YTIDIMPPNA YRGRDRVINL PSKFTHLSS NKVKHVIPAI QWTPEGRRLV VATYSGEFSL WNASSFTFET LMQAHDSAVT TMKYSHDSDW MISGDADGMI K IWQPNFSM ...文字列:
MDGHNQNQYQ NQNQIQQSQQ PPLKKYVTQR RSVDVSSPYI NLYYNRRHGL PNLVVEPETS YTIDIMPPNA YRGRDRVINL PSKFTHLSS NKVKHVIPAI QWTPEGRRLV VATYSGEFSL WNASSFTFET LMQAHDSAVT TMKYSHDSDW MISGDADGMI K IWQPNFSM VKEIDAAHTE SIRDMAFSSN DSKFVTCSDD NILKIWNFSN GKQERVLSGH HWDVKSCDWH PEMGLIASAS KD NLVKLWD PRSGNCISSI LKFKHTVLKT RFQPTKGNLL MAISKDKSCR VFDIRYSMKE LMCVRDETDY MTLEWHPINE SMF TLACYD GSLKHFDLLQ NLNEPILTIP YAHDKCITSL SYNPVGHIFA TAAKDRTIRF WTRARPIDPN AYDDPTYNNK KING WFFGI NNDINAVREK SEFGAAPPPP ATLEPHALPN MNGFINKKPR QEIPGIDSNI KSSTLPGLSI

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分子 #6: MPE1 isoform 1

分子名称: MPE1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 49.711848 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSSTIFYRFK SQRNTSRILF DGTGLTVFDL KREIIQENKL GDGTDFQLKI YNPDTEEEYD DDAFVIPRST SVIVKRSPAI KSFSVHSRL KGNVGAAALG NATRYVTGRP RVLQKRQHTA TTTANVSGTT EEERIASMFA TQENQWEQTQ EEMSAATPVF F KSQTNKNS ...文字列:
MSSTIFYRFK SQRNTSRILF DGTGLTVFDL KREIIQENKL GDGTDFQLKI YNPDTEEEYD DDAFVIPRST SVIVKRSPAI KSFSVHSRL KGNVGAAALG NATRYVTGRP RVLQKRQHTA TTTANVSGTT EEERIASMFA TQENQWEQTQ EEMSAATPVF F KSQTNKNS AQENEGPPPP GYMCYRCGGR DHWIKNCPTN SDPNFEGKRI RRTTGIPKKF LKSIEIDPET MTPEEMAQRK IM ITDEGKF VVQVEDKQSW EDYQRKRENR QIDGDETIWR KGHFKDLPDD LKCPLTGGLL RQPVKTSKCC NIDFSKEALE NAL VESDFV CPNCETRDIL LDSLVPDQDK EKEVETFLKK QEELHGSSKD GNQPETKKMK LMDPTGTAGL NNNTSLPTSV NNGG TPVPP VPLPFGIPPF PMFPMPFMPP TATITNPHQA DASPKK

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分子 #5: pre-cleaved CYC1

分子名称: pre-cleaved CYC1 / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 13.329796 KDa
配列文字列:
UUUAUAGUUA UGUUAGUAUU AAGAACGUUA UUUAUAUUUC AA

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES pH 8, 50 mM NaCl, 0.5 mM TCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 19524 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 13905256
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3908

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 846349

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

7zgp

,

1zgq

)
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7zgr:
Polymerase module of yeast CPF in complex with Mpe1, the yPIM of Cft2 and the pre-cleaved CYC1 RNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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