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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | S-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 4.0 | |||||||||
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![]() | S-layer / dimer / N-glycosylation / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | : / S-layer / extracellular region / S-layer protein A![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Gambelli L / Isupov MN / Daum B | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the two-component S-layer of the archaeon . 著者: Lavinia Gambelli / Mathew McLaren / Rebecca Conners / Kelly Sanders / Matthew C Gaines / Lewis Clark / Vicki A M Gold / Daniel Kattnig / Mateusz Sikora / Cyril Hanus / Michail N Isupov / Bertram Daum / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell ...Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell wall and thus act as the final frontier between the cell and its environment. Therefore, S-layers are crucial for supporting microbial life. Notwithstanding their importance, little is known about archaeal S-layers at the atomic level. Here, we combined single-particle cryo electron microscopy, cryo electron tomography, and Alphafold2 predictions to generate an atomic model of the two-component S-layer of . The outer component of this S-layer (SlaA) is a flexible, highly glycosylated, and stable protein. Together with the inner and membrane-bound component (SlaB), they assemble into a porous and interwoven lattice. We hypothesise that jackknife-like conformational changes in SlaA play important roles in S-layer assembly. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 38.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 52 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 33.1 MB 33.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14635_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14635_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation
全体 | 名称: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation |
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要素 |
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-超分子 #1: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation
超分子 | 名称: Monomeric S-layer protein SlaA with N-glycosylation / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 細胞中の位置: Surface layer |
-分子 #1: S-layer protein A
分子 | 名称: S-layer protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770 |
分子量 | 理論値: 151.078406 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNKLVGLLVS SLFLASILIG IAPAITTTAL TPPVSAGGIQ AYLLTGSGAP ASGLVLFVVN VSNIQVSSSN VTNVISTVVS NIQINAKTE NAQTGATTGS VTVRFPTSGY NAYYDSVDKV VFVVVSFLYP YTTTSVNIPL SYLSKYLPGL LTAQPYDETG A QVTSVSST ...文字列: MNKLVGLLVS SLFLASILIG IAPAITTTAL TPPVSAGGIQ AYLLTGSGAP ASGLVLFVVN VSNIQVSSSN VTNVISTVVS NIQINAKTE NAQTGATTGS VTVRFPTSGY NAYYDSVDKV VFVVVSFLYP YTTTSVNIPL SYLSKYLPGL LTAQPYDETG A QVTSVSST PFGSLIDTST GQQILGTNPV LTSYNSYTTQ ANTNMQEGVV SGTLTSFTLG GQSFSGSTVP VILYAPFIFS NS PYQAGLY NPMQVNGNLG SLSSEAYYHP VIWGRALINT TLIDTYASGS VPFTFQLNYS VPGPLTINMA QLAWIASINN LPT SFTYLS YKFSNGYESF LGIISNSTQL TAGALTINPS GNFTINGKKF YVYLLVVGST NSTTPVEYVT KLVVEYPSST NFLP QGVTV TTSSNKYTLP VYEIGGPAGT TITLTGNWYS TPYTVQITVG STPTLTNYVS QILLKAVAYE GINVSTTQSP YYSTA ILST PPSEISITGS STITAQGKLT ATSASATVNL LTNATLTYEN IPLTQYSFNG IIVTPGYAAI NGTTAMAYVI GALYNK TSD YVLSFAGSQE PMQVMNNNLT EVTTLAPFGL TLLAPSVPAT ETGTSPLQLE FFTVPSTSYI ALVDFGLWGN LTSVTVS AY DTVNNKLSVN LGYFYGIVIP PSISTAPYNY QNFICPNNYV TVTIYDPDAV LDPYPSGSFT TSSLPLKYGN MNITGAVI F PGSSVYNPSG VFGYSNFNKG AAVTTFTYTA QSGPFSPVAL TGNTNYLSQY ADNNPTDNYY FIQTVNGMPV LMGGLSIVA SPVSASLPSS TSSPGFMYLL PSAAQVPSPL PGMATPNYNL NIYITYKIDG ATVGNNMING LYVASQNTLI YVVPNGSFVG SNIKLTYTT TDYAVLHYFY STGQYKVFKT VSVPNVTANL YFPSSTTPLY QLSVPLYLSE PYYGSPLPTY IGLGTNGTSL W NSPNYVLF GVSAVQQYLG FIKSISVTLS NGTTVVIPLT TSNMQTLFPQ LVGQELQACN GTFQFGISIT GLEKLLNLNV QQ LNNSILS VTYHDYVTGE TLTATTKLVA LSTLSLVAKG AGVVEFLLTA YPYTGNITFA PPWFIAENVV KQPFMTYSDL QFA KTNPSA ILSLSTVNIT VVGLGGKASV YYNSTSGQTV ITNIYGQTVA TLSGNVLPTL TELAAGNGTF TGSLQFTIVP NNTV VQIPS SLTKTSFAVY TNGSLAIVLN GKAYSLGPAG LFLLPFVTYT GSAIGANATA IITVSDGVGT STTQVPITAE NFTPI RLAP FQVPAQVPLP NAPKLKYEYN GSIVITPQQQ VLKIYVTSIL PYPQEFQIQA FVYEASQFNV HTGSPTAAPV YFSYSA VRA YPALGIGTSV PNLLVYVQLQ GISNLPAGKY VIVLSAVPFA GGPVLSEYPA QLIFTNVTLT Q UniProtKB: S-layer protein A |
-分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #9: 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: YZT |
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分子量 | 理論値: 244.22 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-YZT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 3.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Grid type: lacey with graphene oxide Blotting paper: Whatman 597. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 59.12 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-7zcx: |