+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14628 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76 | |||||||||
マップデータ | sharped | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Chaves-Sanjuan A / Bolognesi M | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Ther / 年: 2023 タイトル: Spike mutation resilient scFv76 antibody counteracts SARS-CoV-2 lung damage upon aerosol delivery. 著者: Ferdinando M Milazzo / Antonio Chaves-Sanjuan / Olga Minenkova / Daniela Santapaola / Anna M Anastasi / Gianfranco Battistuzzi / Caterina Chiapparino / Antonio Rosi / Emilio Merlo Pich / ...著者: Ferdinando M Milazzo / Antonio Chaves-Sanjuan / Olga Minenkova / Daniela Santapaola / Anna M Anastasi / Gianfranco Battistuzzi / Caterina Chiapparino / Antonio Rosi / Emilio Merlo Pich / Claudio Albertoni / Emanuele Marra / Laura Luberto / Cécile Viollet / Luigi G Spagnoli / Anna Riccio / Antonio Rossi / M Gabriella Santoro / Federico Ballabio / Cristina Paissoni / Carlo Camilloni / Martino Bolognesi / Rita De Santis / 要旨: The uneven worldwide vaccination coverage against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and emergence of variants escaping immunity call for broadly effective and easily ...The uneven worldwide vaccination coverage against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and emergence of variants escaping immunity call for broadly effective and easily deployable therapeutic agents. We have previously described the human single-chain scFv76 antibody, which recognizes SARS-CoV-2 Alpha, Beta, Gamma and Delta variants. We now show that scFv76 also neutralizes the infectivity and fusogenic activity of the Omicron BA.1 and BA.2 variants. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) analysis reveals that scFv76 binds to a well-conserved SARS-CoV-2 spike epitope, providing the structural basis for its broad-spectrum activity. We demonstrate that nebulized scFv76 has therapeutic efficacy in a severe hACE2 transgenic mouse model of coronavirus disease 2019 (COVID-19) pneumonia, as shown by body weight and pulmonary viral load data. Counteraction of infection correlates with inhibition of lung inflammation, as observed by histopathology and expression of inflammatory cytokines and chemokines. Biomarkers of pulmonary endothelial damage were also significantly reduced in scFv76-treated mice. The results support use of nebulized scFv76 for COVID-19 induced by any SARS-CoV-2 variants that have emerged so far. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14628.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-14628-v30.xml emd-14628.xml | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14628.png | 126.4 KB | ||
マスクデータ | emd_14628_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14628_additional_1.map.gz emd_14628_half_map_1.map.gz emd_14628_half_map_2.map.gz | 121.3 MB 226.8 MB 226.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14628 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14628 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14628_validation.pdf.gz | 752.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_14628_full_validation.pdf.gz | 752.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14628_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14628_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14628 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14628 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zceMC 7zcfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharped | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.889 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14628_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharped
ファイル | emd_14628_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharped | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half a
ファイル | emd_14628_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half a | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half b
ファイル | emd_14628_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half b | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragmen...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragmen...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76 タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
分子量 | 理論値: 510 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 Spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: scFv76 single chain fragment
超分子 | 名称: scFv76 single chain fragment / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin
分子 | 名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: SARS-CoV-2 Spike HexaPro version. It contain six mutations: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 142.427438 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSA WSHP QFEK |
-分子 #2: scFv76 single chain fragment
分子 | 名称: scFv76 single chain fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.040947 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RTMEEVQLLQ SAGGLVQPGG SLRLSCAASG FTVSANYMSW VRQAPGKGLE WVSVIYPGGS TFYADSVKGR FTISRDNSKN TLYLQMNSL RVEDTAVYYC ARDLSVAGAF DIWGQGTLVT VSSGGGGSGG GGSGGGGSEI VLTQSPGTLS LSPGERATLS C RASQSVSS ...文字列: RTMEEVQLLQ SAGGLVQPGG SLRLSCAASG FTVSANYMSW VRQAPGKGLE WVSVIYPGGS TFYADSVKGR FTISRDNSKN TLYLQMNSL RVEDTAVYYC ARDLSVAGAF DIWGQGTLVT VSSGGGGSGG GGSGGGGSEI VLTQSPGTLS LSPGERATLS C RASQSVSS SYLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASSRATGIPD RFSGSGSGTD FTLTISRLEP EDFAVYYCQQ YGSSPYTFGQ GT KLEIKRA AAGDYKDDDD KHHHHHH |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 27 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4211 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |