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万見
- EMDB-14528: Cryo-EM structure of the whole photosynthetic complex from the gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14528
タイトルCryo-EM structure of the whole photosynthetic complex from the green sulfur bacteria
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem P840 reaction center
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 9種
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid / bacteriochlorophyll binding / iron-sulfur cluster binding / photosynthesis / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein ...Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c / Bacteriochlorophyll a protein / Photosystem P840 reaction center, large subunit / Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein / P840 reaction center 17 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Xie H / Tsiotis G
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the whole photosynthetic reaction center apparatus from the green sulfur bacterium .
著者: Hao Xie / Alexandros Lyratzakis / Radhika Khera / Myrto Koutantou / Sonja Welsch / Hartmut Michel / Georgios Tsiotis /
要旨: Light energy absorption and transfer are very important processes in photosynthesis. In green sulfur bacteria light is absorbed primarily by the chlorosomes and its energy is transferred via the ...Light energy absorption and transfer are very important processes in photosynthesis. In green sulfur bacteria light is absorbed primarily by the chlorosomes and its energy is transferred via the Fenna-Matthews-Olson (FMO) proteins to a homodimeric reaction center (RC). Here, we report the cryogenic electron microscopic structure of the intact FMO-RC apparatus from at 2.5 Å resolution. The FMO-RC apparatus presents an asymmetric architecture and contains two FMO trimers that show different interaction patterns with the RC core. Furthermore, the two permanently bound transmembrane subunits PscC, which donate electrons to the special pair, interact only with the two large PscA subunits. This structure fills an important gap in our understanding of the transfer of energy from antenna to the electron transport chain of this RC and the transfer of electrons from reduced sulfur compounds to the special pair.
履歴
登録2022年3月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14528.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 301.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.34
最小 - 最大-2.014262 - 3.1874905
平均 (標準偏差)0.0038456935 (±0.08036218)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 301.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_14528_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_14528_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem P840 reaction center

全体名称: Photosystem P840 reaction center
要素
  • 複合体: Photosystem P840 reaction center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem P840 reaction center, large subunit
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c
    • タンパク質・ペプチド: P840 reaction center 17 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriochlorophyll a protein
  • リガンド: Bacteriochlorophyll A isomer
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Photosystem P840 reaction center

超分子名称: Photosystem P840 reaction center / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
分子量理論値: 490 KDa

+
分子 #1: Photosystem P840 reaction center, large subunit

分子名称: Photosystem P840 reaction center, large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 81.784641 KDa
配列文字列: MAEQVKPAGV KPKGTVPPPK GNAPAPKANG APGGASVIKE QDAAKMRRFL FQRTETRSTK WYQIFDTEKL DDEQVVGGHL ALLGVLGFI MGIYYISGIQ VFPWGAPGFH DNWFYLTIKP RMVSLGIDTY STKTADLEAA GARLLGWAAF HFLVGSVLIF G GWRHWTHN ...文字列:
MAEQVKPAGV KPKGTVPPPK GNAPAPKANG APGGASVIKE QDAAKMRRFL FQRTETRSTK WYQIFDTEKL DDEQVVGGHL ALLGVLGFI MGIYYISGIQ VFPWGAPGFH DNWFYLTIKP RMVSLGIDTY STKTADLEAA GARLLGWAAF HFLVGSVLIF G GWRHWTHN LTNPFTGRCG NFRDFRFLGK FGDVVFNGTS AKSYKEALGP HAVYMSLLFL GWGIVMWAIL GFAPIPDFQT IN SETFMSF VFAVIFFALG IYWWNNPPNA AIHLNDDMKA AFSVHLTAIG YINIALGCIA FVAFQQPSFA PYYKELDKLV FYL YGEPFN RVSFNFVEQG GKVISGAKEF ADFPAYAILP KSGEAFGMAR VVTNLIVFNH IICGVLYVFA GVYHGGQYLL KIQL NGMYN QIKSIWITKG RDQEVQVKIL GTVMALCFAT MLSVYAVIVW NTICELNIFG TNITMSFYWL KPLPIFQWMF ADPSI NDWV MAHVITAGSL FSLIALVRIA FFAHTSPLWD DLGLKKNSYS FPCLGPVYGG TCGVSIQDQL WFAMLWGIKG LSAVCW YID GAWIASMMYG VPAADAKAWD SIAHLHHHYT SGIFYYFWTE TVTIFSSSHL STILMIGHLV WFISFAVWFE DRGSRLE GA DIQTRTIRWL GKKFLNRDVN FRFPVLTISD SKLAGTFLYF GGTFMLVFLF LANGFYQTNS PLPPPVSHAA VSGQQMLA Q LVDTLMKMIA

+
分子 #2: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

分子名称: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 23.540289 KDa
配列文字列: MAEPVENKNQ APAPGAKVPP KGAPAAPKAG APAAPKGPVA PKAGAPAAKT GASAAKQAGK PRLASLGVTL GRSGVRQESA LPYVKPKAV PPPKPAAPAA KGAPAPKGAP AAPAAKAAPG APVAKAAPKA KKHYFIIENL CVGCGLCLDK CPPKVNAIGY K FYGDVQEG ...文字列:
MAEPVENKNQ APAPGAKVPP KGAPAAPKAG APAAPKGPVA PKAGAPAAKT GASAAKQAGK PRLASLGVTL GRSGVRQESA LPYVKPKAV PPPKPAAPAA KGAPAPKGAP AAPAAKAAPG APVAKAAPKA KKHYFIIENL CVGCGLCLDK CPPKVNAIGY K FYGDVQEG GFRCYIDQAA CISCSACFSG DECPSGALIE VLPDGEVLDF SYTPPERLDF DLRFLHRFHR EAR

+
分子 #3: Cytochrome c

分子名称: Cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 22.741779 KDa
配列文字列: MDKNSNGKLI ALAVGGAVLM GALFFSVSFL TGYIPAPNHS AILTPLRSFM GWFLLIFCAS IIIMGLGKMS SAISDKWFLS FPLSIFVIV MVMFLSLRVY WEKGRTTTVD GKYIRTTAEL KEFLNKPAAT SDVPPAPAGF DFDAAKKLVD VRCNKCHTLD S VADLFRTK ...文字列:
MDKNSNGKLI ALAVGGAVLM GALFFSVSFL TGYIPAPNHS AILTPLRSFM GWFLLIFCAS IIIMGLGKMS SAISDKWFLS FPLSIFVIV MVMFLSLRVY WEKGRTTTVD GKYIRTTAEL KEFLNKPAAT SDVPPAPAGF DFDAAKKLVD VRCNKCHTLD S VADLFRTK YKKTGQVNLI VKRMQGFPGS GISDDDAKTI GIWLHEKF

+
分子 #4: P840 reaction center 17 kDa protein

分子名称: P840 reaction center 17 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 16.633195 KDa
配列文字列:
MQPQLSRPQT ASNQVRKAVS GPWSGNAVHK AEKYFITSAK RDRDGKLQIE LVPASGRRKL SPTPEMIRRL IDGEIEIYIL TTQPDIAID MNKEIIDMEN RYVIDFDKRG VKWTMREIPV FYHEGKGLCV ELHNKIYTLD QFFK

+
分子 #5: Bacteriochlorophyll a protein

分子名称: Bacteriochlorophyll a protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 40.34343 KDa
配列文字列: MALFGSNDVT TAHSDYEIVL EGGSSSWGKV KARAKVNAPP ASPLLPADCD VKLNVKPLDP AKGFVRISAV FESIVDSTKN KLTIEADIA NETKERRISV GEGMVSVGDF SHTFSFEGSV VNLFYYRSDA VRRNVPNPIY MQGRQFHDIL MKVPLDNNDL I DTWEGTVK ...文字列:
MALFGSNDVT TAHSDYEIVL EGGSSSWGKV KARAKVNAPP ASPLLPADCD VKLNVKPLDP AKGFVRISAV FESIVDSTKN KLTIEADIA NETKERRISV GEGMVSVGDF SHTFSFEGSV VNLFYYRSDA VRRNVPNPIY MQGRQFHDIL MKVPLDNNDL I DTWEGTVK AIGSTGAFND WIRDFWFIGP AFTALNEGGQ RISRIEVNGL NTESGPKGPV GVSRWRFSHG GSGMVDSISR WA ELFPSDK LNRPAQVEAG FRSDSQGIEV KVDGEFPGVS VDAGGGLRRI LNHPLIPLVH HGMVGKFNNF NVDAQLKVVL PKG YKIRYA APQYRSQNLE EYRWSGGAYA RWVEHVCKGG VGQFEILYAQ

+
分子 #6: Bacteriochlorophyll A isomer

分子名称: Bacteriochlorophyll A isomer / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: GS0
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-GS0:
Bacteriochlorophyll A isomer

+
分子 #7: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #8: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 72 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #9: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-...

分子名称: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: F39
分子量理論値: 895.299 Da
Chemical component information

ChemComp-F39:
[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate

+
分子 #10: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #11: [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(...

分子名称: [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: IKV
分子量理論値: 731.052 Da
Chemical component information

ChemComp-IKV:
[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-propyl] hexadecanoate

+
分子 #12: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #13: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #14: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 10 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5769 pixel / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4791019
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 481095
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

3eni

,

5v8k

)
精密化温度因子: 60
得られたモデル

PDB-7z6q:
Cryo-EM structure of the whole photosynthetic complex from the green sulfur bacteria

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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