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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of an a-carboxysome RuBisCO enzyme at 2.9 A resolution | |||||||||
![]() | Cryo-EM map of an a-carboxysome RuBisCO enzyme at 2.9 A resolution (D4 symmetry) | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Mann D / Evans SL / Bergeron JRC | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Single-particle cryo-EM analysis of the shell architecture and internal organization of an intact α-carboxysome. 著者: Sasha L Evans / Monsour M J Al-Hazeem / Daniel Mann / Nicolas Smetacek / Andrew J Beavil / Yaqi Sun / Taiyu Chen / Gregory F Dykes / Lu-Ning Liu / Julien R C Bergeron / ![]() ![]() ![]() 要旨: Carboxysomes are proteinaceous bacterial microcompartments that sequester the key enzymes for carbon fixation in cyanobacteria and some proteobacteria. They consist of a virus-like icosahedral shell, ...Carboxysomes are proteinaceous bacterial microcompartments that sequester the key enzymes for carbon fixation in cyanobacteria and some proteobacteria. They consist of a virus-like icosahedral shell, encapsulating several enzymes, including ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase (RuBisCO), responsible for the first step of the Calvin-Benson-Bassham cycle. Despite their significance in carbon fixation and great bioengineering potentials, the structural understanding of native carboxysomes is currently limited to low-resolution studies. Here, we report the characterization of a native α-carboxysome from a marine cyanobacterium by single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM). We have determined the structure of its RuBisCO enzyme, and obtained low-resolution maps of its icosahedral shell, and of its concentric interior organization. Using integrative modeling approaches, we have proposed a complete atomic model of an intact carboxysome, providing insight into its organization and assembly. This is critical for a better understanding of the carbon fixation mechanism and toward repurposing carboxysomes in synthetic biology for biotechnological applications. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 35.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7yyoMC ![]() 8cmyC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of an a-carboxysome RuBisCO enzyme at 2.9 A resolution (D4 symmetry) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : RuBisCO
全体 | 名称: RuBisCO![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: RuBisCO
超分子 | 名称: RuBisCO / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 52.526531 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSKKYDAGVK EYRDTYWTPD YVPLDTDLLA CFKCTGQEGV PKEEVAAAVA AESSTGTWST VWSELLVDLD FYKGRCYRIE DVPGDKEAF YAFIAYPLDL FEEGSVTNVL TSLVGNVFGF KALRHLRLED IRFPMAFIKT CPGPPNGICV ERDRMNKYGR P LLGCTIKP ...文字列: MSKKYDAGVK EYRDTYWTPD YVPLDTDLLA CFKCTGQEGV PKEEVAAAVA AESSTGTWST VWSELLVDLD FYKGRCYRIE DVPGDKEAF YAFIAYPLDL FEEGSVTNVL TSLVGNVFGF KALRHLRLED IRFPMAFIKT CPGPPNGICV ERDRMNKYGR P LLGCTIKP KLGLSGKNYG RVVYECLRGG LDFTKDDENI NSQPFQRWQN RFEFVAEAVA LAQQETGEKK GHYLNCTAAT PE EMYERAE FAKELGQPII MHDYITGGFT ANTGLSKWCR KNGMLLHIHR AMHAVIDRHP KHGIHFRVLA KCLRLSGGDQ LHT GTVVGK LEGDRQTTLG FIDQLRESFI PEDRSRGNFF DQDWGSMPGV FAVASGGIHV WHMPALVAIF GDDSVLQFGG GTHG HPWGS AAGAAANRVA LEACVKARNA GREIEKESRD ILMEAAKHSP ELAIALETWK EIKFEFDTVD KLDVQ |
-分子 #2: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
分子 | 名称: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.967611 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MPFKSTVGDY QTVATLETFG FLPPMTQDEI YDQIAYIIAQ GWSPLIEHVH PSRSMATYWS YWKLPFFGEK DLGVIVSELE ACHRAYPDH HVRLVGYDAY TQSQGACFVV FEGR |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: CAP |
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分子量 | 理論値: 356.115 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CAP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |