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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14248 | |||||||||
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タイトル | Chlamydomonas reinhardtii TSP9 mutant small Photosystem I complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Klaiman D / Schwartz T / Nelson N | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
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引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2023 タイトル: Structure of Photosystem I Supercomplex Isolated from a Cytochrome b6f Temperature-Sensitive Mutant. 著者: Tom Schwartz / Mariia Fadeeva / Daniel Klaiman / Nathan Nelson / 要旨: The unicellular green alga, , has been widely used as a model system to study photosynthesis. Its possibility to generate and analyze specific mutants has made it an excellent tool for mechanistic ...The unicellular green alga, , has been widely used as a model system to study photosynthesis. Its possibility to generate and analyze specific mutants has made it an excellent tool for mechanistic and biogenesis studies. Using negative selection of ultraviolet (UV) irradiation-mutated cells, we isolated a mutant (TSP9) with a single amino acid mutation in the Rieske protein of the cytochrome b6f complex. The W143R mutation in the petC gene resulted in total loss of cytochrome b6f complex function at the non-permissive temperature of 37 °C and recovery at the permissive temperature of 25 °C. We then isolated photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII) supercomplexes from cells grown at the non-permissive temperature and determined the PSI structure with high-resolution cryogenic electron microscopy. There were several structural alterations compared with the structures obtained from wild-type cells. Our structural data suggest that the mutant responded by excluding the Lhca2, Lhca9, PsaL, and PsaH subunits. This structural alteration prevents state two transition, where LHCII migrates from PSII to bind to the PSI complex. We propose this as a possible response mechanism triggered by the TSP9 phenotype at the non-permissive temperature. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14248.map.gz | 208.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14248-v30.xml emd-14248.xml | 41.9 KB 41.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14248_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14248.png | 35.9 KB | ||
その他 | emd_14248_half_map_1.map.gz emd_14248_half_map_2.map.gz | 179.3 MB 179.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14248 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14248 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14248_validation.pdf.gz | 970.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14248_full_validation.pdf.gz | 969.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14248_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14248_validation.cif.gz | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14248 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14248 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7r3kMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 226.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14248_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14248_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : C. reinhardtii Photosystem I supercomplex
+超分子 #1: C. reinhardtii Photosystem I supercomplex
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
+分子 #11: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #12: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic (Lhca4)
+分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #18: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #19: CHLOROPHYLL A
+分子 #20: PHYLLOQUINONE
+分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #22: BETA-CAROTENE
+分子 #23: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #24: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #25: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #26: CALCIUM ION
+分子 #27: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
+分子 #28: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...
+分子 #29: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #30: LAURIC ACID
+分子 #31: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #32: CHLOROPHYLL B
+分子 #33: SPHINGOSINE
+分子 #34: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #35: DIACYL GLYCEROL
+分子 #36: PALMITIC ACID
+分子 #37: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #38: ERGOSTEROL
+分子 #39: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 1.0 kPa / 詳細: Harrick Plasma cleaner PDC-32G-2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. |
詳細 | Chlorophyll concentration was provided |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 13173 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 57.74 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 9.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |