+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14174 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TMEM106B filaments with Fold I from Alzheimer's disease (case 1) | |||||||||
マップデータ | Sharpened map of TMEM106B filaments with Fold I from Alzheimer's disease (case 1) | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / lysosomal transport / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / lysosomal transport / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane / ATPase binding / lysosome / endosome / lysosomal membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Lovestam S / Schweighauser M / Scheres SHW | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Age-dependent formation of TMEM106B amyloid filaments in human brains. 著者: Manuel Schweighauser / Diana Arseni / Mehtap Bacioglu / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Yang Shi / Yang Yang / Wenjuan Zhang / Abhay Kotecha / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Grace I ...著者: Manuel Schweighauser / Diana Arseni / Mehtap Bacioglu / Melissa Huang / Sofia Lövestam / Yang Shi / Yang Yang / Wenjuan Zhang / Abhay Kotecha / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Grace I Hallinan / Kathy L Newell / Airi Tarutani / Shigeo Murayama / Masayuki Miyazaki / Yuko Saito / Mari Yoshida / Kazuko Hasegawa / Tammaryn Lashley / Tamas Revesz / Gabor G Kovacs / John van Swieten / Masaki Takao / Masato Hasegawa / Bernardino Ghetti / Maria Grazia Spillantini / Benjamin Ryskeldi-Falcon / Alexey G Murzin / Michel Goedert / Sjors H W Scheres / 要旨: Many age-dependent neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's and Parkinson's, are characterized by abundant inclusions of amyloid filaments. Filamentous inclusions of the proteins tau, amyloid- ...Many age-dependent neurodegenerative diseases, such as Alzheimer's and Parkinson's, are characterized by abundant inclusions of amyloid filaments. Filamentous inclusions of the proteins tau, amyloid-β, α-synuclein and transactive response DNA-binding protein (TARDBP; also known as TDP-43) are the most common. Here we used structure determination by cryogenic electron microscopy to show that residues 120-254 of the lysosomal type II transmembrane protein 106B (TMEM106B) also form amyloid filaments in human brains. We determined the structures of TMEM106B filaments from a number of brain regions of 22 individuals with abundant amyloid deposits, including those resulting from sporadic and inherited tauopathies, amyloid-β amyloidoses, synucleinopathies and TDP-43 proteinopathies, as well as from the frontal cortex of 3 individuals with normal neurology and no or only a few amyloid deposits. We observed three TMEM106B folds, with no clear relationships between folds and diseases. TMEM106B filaments correlated with the presence of a 29-kDa sarkosyl-insoluble fragment and globular cytoplasmic inclusions, as detected by an antibody specific to the carboxy-terminal region of TMEM106B. The identification of TMEM106B filaments in the brains of older, but not younger, individuals with normal neurology indicates that they form in an age-dependent manner. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14174.map.gz | 48.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-14174-v30.xml emd-14174.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14174_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14174.png | 37.4 KB | ||
その他 | emd_14174_half_map_1.map.gz emd_14174_half_map_2.map.gz | 98.3 MB 98.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14174 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14174 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14174_validation.pdf.gz | 885.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_14174_full_validation.pdf.gz | 884.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14174_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14174_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14174 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14174 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14174.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map of TMEM106B filaments with Fold I from Alzheimer's disease (case 1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.727 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map 2 of TMEM106B filaments with Fold...
ファイル | emd_14174_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 of TMEM106B filaments with Fold I from Alzheimer's disease (case 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of TMEM106B filaments with Fold...
ファイル | emd_14174_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 of TMEM106B filaments with Fold I from Alzheimer's disease (case 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TMEM106B
全体 | 名称: TMEM106B |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: TMEM106B
超分子 | 名称: TMEM106B / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transmembrane protein 106B
分子 | 名称: Transmembrane protein 106B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: human (ヒト) |
分子量 | 理論値: 31.142295 KDa |
配列 | 文字列: MGKSLSHLPL HSSKEDAYDG VTSENMRNGL VNSEVHNEDG RNGDVSQFPY VEFTGRDSVT CPTCQGTGRI PRGQENQLVA LIPYSDQRL RPRRTKLYVM ASVFVCLLLS GLAVFFLFPR SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS V EVENITAQ ...文字列: MGKSLSHLPL HSSKEDAYDG VTSENMRNGL VNSEVHNEDG RNGDVSQFPY VEFTGRDSVT CPTCQGTGRI PRGQENQLVA LIPYSDQRL RPRRTKLYVM ASVFVCLLLS GLAVFFLFPR SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS V EVENITAQ VQFSKTVIGK ARLNNISIIG PLDMKQIDYT VPTVIAEEMS YMYDFCTLIS IKVHNIVLMM QVTVTTTYFG HS EQISQER YQYVDCGRNT TYQLGQSEYL NVLQPQQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |