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万見
- EMDB-14120: Human RZZ kinetochore corona complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14120
タイトルHuman RZZ kinetochore corona complex.
マップデータComposite map from focussed refinement maps
試料
  • 複合体: RZZ complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein zwilch homolog
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Centromere/kinetochore protein zw10 homolog
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to kinetochore involved in kinetochore assembly / RZZ complex / Dsl1/NZR complex / kinetochore microtubule / centromeric DNA binding / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of exit from mitosis / protein localization to kinetochore / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / mitotic metaphase chromosome alignment ...protein localization to kinetochore involved in kinetochore assembly / RZZ complex / Dsl1/NZR complex / kinetochore microtubule / centromeric DNA binding / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / regulation of exit from mitosis / protein localization to kinetochore / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Golgi organization / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / lipid droplet / bioluminescence / meiotic cell cycle / generation of precursor metabolites and energy / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / small GTPase binding / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / protein transport / actin cytoskeleton / protein-containing complex assembly / cell division / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RZZ complex, subunit Zw10 / RZZ complex, subunit KNTC1/ROD, C-terminal / Centromere/kinetochore Zw10 N-terminal / Rough deal protein C-terminal region / RZZ complex, subunit Zwilch / RZZ complex, subunit zwilch / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Centromere/kinetochore protein zw10 homolog / Kinetochore-associated protein 1 / Protein zwilch homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Raisch T / Ciossani G / d'Amico E / Cmetowski V / Carmignani S / Maffini S / Merino F / Wohlgemuth S / Vetter IR / Raunser S / Musacchio A
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Structure of the RZZ complex and molecular basis of Spindly-driven corona assembly at human kinetochores.
著者: Tobias Raisch / Giuseppe Ciossani / Ennio d'Amico / Verena Cmentowski / Sara Carmignani / Stefano Maffini / Felipe Merino / Sabine Wohlgemuth / Ingrid R Vetter / Stefan Raunser / Andrea Musacchio /
要旨: In metazoans, a ≈1 megadalton (MDa) multiprotein complex comprising the dynein-dynactin adaptor Spindly and the ROD-Zwilch-ZW10 (RZZ) complex is the building block of a fibrous biopolymer, the ...In metazoans, a ≈1 megadalton (MDa) multiprotein complex comprising the dynein-dynactin adaptor Spindly and the ROD-Zwilch-ZW10 (RZZ) complex is the building block of a fibrous biopolymer, the kinetochore fibrous corona. The corona assembles on mitotic kinetochores to promote microtubule capture and spindle assembly checkpoint (SAC) signaling. We report here a high-resolution cryo-EM structure that captures the essential features of the RZZ complex, including a farnesyl-binding site required for Spindly binding. Using a highly predictive in vitro assay, we demonstrate that the SAC kinase MPS1 is necessary and sufficient for corona assembly at supercritical concentrations of the RZZ-Spindly (RZZS) complex, and describe the molecular mechanism of phosphorylation-dependent filament nucleation. We identify several structural requirements for RZZS polymerization in rings and sheets. Finally, we identify determinants of kinetochore localization and corona assembly of Spindly. Our results describe a framework for the long-sought-for molecular basis of corona assembly on metazoan kinetochores.
履歴
登録2022年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2022年5月11日-
現状2022年5月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7qpg
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7qpg
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_14120.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map from focussed refinement maps
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大0.0 - 3.6767004
平均 (標準偏差)0.003982301 (±0.050687198)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 540.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.81.81.8
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.000540.000540.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean0.0003.6770.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14120_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_14120_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map from global Non-uniform refinement

ファイルemd_14120_additional_1.map
注釈Map from global Non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally filtered map

ファイルemd_14120_additional_2.map
注釈Locally filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RZZ complex

全体名称: RZZ complex
要素
  • 複合体: RZZ complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein zwilch homolog
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Centromere/kinetochore protein zw10 homolog

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超分子 #1: RZZ complex

超分子名称: RZZ complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: Protein zwilch homolog

分子名称: Protein zwilch homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.293805 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MWERLNCAAE DFYSRLLQKF NEEKKGIRKD PFLYEADVQV QLISKGQPNP LKNILNENDI VFIVEKVPLE KEETSHIEEL QSEETAISD FSTGENVGPL ALPVGKARQL IGLYTMAHNP NMTHLKINLP VTALPPLWVR CDSSDPEGTC WLGAELITTN N SITGIVLY ...文字列:
MWERLNCAAE DFYSRLLQKF NEEKKGIRKD PFLYEADVQV QLISKGQPNP LKNILNENDI VFIVEKVPLE KEETSHIEEL QSEETAISD FSTGENVGPL ALPVGKARQL IGLYTMAHNP NMTHLKINLP VTALPPLWVR CDSSDPEGTC WLGAELITTN N SITGIVLY VVSCKADKNY SVNLENLKNL HKKRHHLSTV TSKGFAQYEL FKSSALDDTI TASQTAIALD ISWSPVDEIL QI PPLSSTA TLNIKVESGE PRGPLNHLYR ELKFLLVLAD GLRTGVTEWL EPLEAKSAVE LVQEFLNDLN KLDGFGDSTK KDT EVETLK HDTAAVDRSV KRLFKVRSDL DFAEQLWCKM SSSVISYQDL VKCFTLIIQS LQRGDIQPWL HSGSNSLLSK LIHQ SYHGT MDTVSLSGTI PVQMLLEIGL DKLKKDYISF FIGQELASLN HLEYFIAPSV DIQEQVYRVQ KLHHILEILV SCMPF IKSQ HELLFSLTQI CIKYYKQNPL DEQHIFQLPV RPTAVKNLYQ SEKPQKWRVE IYSGQKKIKT VWQLSDSSPI DHLNFH KPD FSELTLNGSL EERIFFTNMV TCSQVHFK

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分子 #2: Kinetochore-associated protein 1

分子名称: Kinetochore-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 279.805562 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAHHHHHHSS GVSKGEEDNM AIIKEFMRFK VHMEGSVNGH EFEIEGEGEG RPYEGTQTAK LKVTKGGPLP FAWDILSPQF MYGSKAYVK HPADIPDYLK LSFPEGFKWE RVMNFEDGGV VTVTQDSSLQ DGEFIYKVKL RGTNFPSDGP VMQKKTMGWE A SSERMYPE ...文字列:
MAHHHHHHSS GVSKGEEDNM AIIKEFMRFK VHMEGSVNGH EFEIEGEGEG RPYEGTQTAK LKVTKGGPLP FAWDILSPQF MYGSKAYVK HPADIPDYLK LSFPEGFKWE RVMNFEDGGV VTVTQDSSLQ DGEFIYKVKL RGTNFPSDGP VMQKKTMGWE A SSERMYPE DGALKGEIKQ RLKLKDGGHY DAEVKTTYKA KKPVQLPGAY NVNIKLDITS HNEDYTIVEQ YERAEGRHST GG MDELYKL EVLFQGPGSW NDIELLTNDD TGSGYLSVGS RKEHGTALYQ VDLLVKISSE KASLNPKIQA CSLSDGFIIV ADQ SVILLD SICRSLQLHL VFDTEVDVVG LCQEGKFLLV GERSGNLHLI HVTSKQTLLT NAFVQKANDE NRRTYQNLVI EKDG SNEGT YYMLLLTYSG FFCITNLQLL KIQQAIENVD FSTAKKLQGQ IKSSFISTEN YHTLGCLSLV AGDLASEVPV IIGGT GNCA FSKWEPDSSK KGMTVKNLID AEIIKGAKKF QLIDNLLFVL DTDNVLSLWD IYTLTPVWNW PSLHVEEFLL TTEADS PSS VTWQGITNLK LIALTASANK KMKNLMVYSL PTMEILYSLE VSSVSSLVQT GISTDTIYLL EGVCKNDPKL SEDSVSV LV LRCLTEALPE NRLSRLLHKH RFAEAESFAI QFGLDVELVY KVKSNHILEK LALSSVDASE QTEWQQLVDD AKENLHKI Q DDEFVVNYCL KAQWITYETT QEMLNYAKTR LLKKEDKTAL IYSDGLKEVL RAHAKLTTFY GAFGPEKFSG SSWIEFLNN EDDLKDIFLQ LKEGNLVCAQ YLWLRHRANF ESRFDVKMLE SLLNSMSASV SLQKLCPWFK NDVIPFVRRT VPEGQIILAK WLEQAARNL ELTDKANWPE NGLQLAEIFF TAEKTDELGL ASSWHWISLK DYQNTEEVCQ LRTLVNNLRE LITLHRKYNC K LALSDFEK ENTTTIVFRM FDKVLAPELI PSILEKFIRV YMREHDLQEE ELLLLYIEDL LNRCSSKSTS LFETAWEAKA MA VIACLSD TDLIFDAVLK IMYAAVVPWS AAVEQLVKQH LEMDHPKVKL LQESYKLMEM KKLLRGYGIR EVNLLNKEIM RVV RYILKQ DVPSSLEDAL KVAQAFMLSD DEIYSLRIID LIDREQGEDC LLLLKSLPPA EAEKTAERVI IWARLALQEE PDHS KEGKA WRMSVAKTSV DILKILCDIQ KDNLQKKDEC EEMLKLFKEV ASLQENFEVF LSFEDYSNSS LVADLREQHI KAHEV AQAK HKPGSTPEPI AAEVRSPSME SKLHRQALAL QMSKQELEAE LTLRALKDGN IKTALKKCSD LFKYHCNADT GKLLFL TCQ KLCQMLADNV PVTVPVGLNL PSMIHDLASQ AATICSPDFL LDALELCKHT LMAVELSRQC QMDDCGILMK ASFGTHK DP YEEWSYSDFF SEDGIVLESQ MVLPVIYELI SSLVPLAESK RYPLESTSLP YCSLNEGDGL VLPVINSISA LLQNLQES S QWELALRFVV GSFGTCLQHS VSNFMNATLS EKLFGETTLV KSRHVVMELK EKAVIFIREN ATTLLHKVFN CRLVDLDLA LGYCTLLPQK DVFENLWKLI DKAWQNYDKI LAISLVGSEL ASLYQEIEMG LKFRELSTDA QWGIRLGKLG ISFQPVFRQH FLTKKDLIK ALVENIDMDT SLILEYCSTF QLDCDAVLQL FIETLLHNTN AGQGQGDASM DSAKRRHPKL LAKALEMVPL L TSTKDLVI SLSGILHKLD PYDYEMIEVV LKVIERADEK ITNININQAL SILKHLKSYR RISPPVDLEY QYMLEHVITL PS AAQTRLP FHLIFFGTAQ NFWKILSTEL SEESFPTLLL ISKLMKFSLD TLYVSTAKHV FEKKLKPKLL KLTQAKSSTL INK EITKIT QTIESCLLSI VNPEWAVAIA ISLAQDIPEG SFKISALKFC LYLAERWLQN IPSQDEKREK AEALLKKLHI QYRR SGTEA VLIAHKLNTE EYLRVIGKPA HLIVSLYEHP SINQRIQNSS GTDYPDIHAA AKEIAEVNEI NLEKVWDMLL EKWLC PSTK PGEKPSELFE LQEDEALRRV QYLLLSRPID YSSRMLFVFA TSTTTTLGMH QLTFAHRTRA LQCLFYLADK ETIESL FKK PIEEVKSYLR CITFLASFET LNIPITYELF CSSPKEGMIK GLWKNHSHES MAVRLVTELC LEYKIYDLQL WNGLLQK LL GFNMIPYLRK VLKAISSIHS LWQVPYFSKA WQRVIQIPLL SASCPLSPDQ LSDCSESLIA VLECPVSGDL DLIGVARQ Y IQLELPAFAL ACLMLMPHSE KRHQQIKNFL GSCDPQVILK QLEEHMNTGQ LAGFSHQIRS LILNNIINKK EFGILAKTK YFQMLKMHAM NTNNITELVN YLANDLSLDE ASVLITEYSK HCGKPVPPDT APCEILKMFL SGLS

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分子 #3: Centromere/kinetochore protein zw10 homolog

分子名称: Centromere/kinetochore protein zw10 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.940336 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASFVTEVLA HSGRLEKEDL GTRISRLTRR VEEIKGEVCN MISKKYSEFL PSMQSAQGLI TQVDKLSEDI DLLKSRIESE VRRDLHVST GEFTDLKQQL ERDSVVLSLL KQLQEFSTAI EEYNCALTEK KYVTGAQRLE EAQKCLKLLK SRKCFDLKIL K SLSMELTI ...文字列:
MASFVTEVLA HSGRLEKEDL GTRISRLTRR VEEIKGEVCN MISKKYSEFL PSMQSAQGLI TQVDKLSEDI DLLKSRIESE VRRDLHVST GEFTDLKQQL ERDSVVLSLL KQLQEFSTAI EEYNCALTEK KYVTGAQRLE EAQKCLKLLK SRKCFDLKIL K SLSMELTI QKQNILYHLG EEWQKLIVWK FPPSKDTSSL ESYLQTELHL YTEQSHKEEK TPMPPISSVL LAFSVLGELH SK LKSFGQM LLKYILRPLA SCPSLHAVIE SQPNIVIIRF ESIMTNLEYP SPSEVFTKIR LVLEVLQKQL LDLPLDTDLE NEK TSTVPL AEMLGDMIWE DLSECLIKNC LVYSIPTNSS KLQQYEEIIQ STEEFENALK EMRFLKGDTT DLLKYARNIN SHFA NKKCQ DVIVAARNLM TSEIHNTVKI IPDSKINVPE LPTPDEDNKL EVQKVSNTQY HEVMNLEPEN TLDQHSFSLP TCRIS ESVK KLMELAYQTL LEATTSSDQC AVQLFYSVRN IFHLFHDVVP TYHKENLQKL PQLAAIHHNN CMYIAHHLLT LGHQFR LRL APILCDGTAT FVDLVPGFRR LGTECFLAQM RAQKGELLER LSSARNFSNM DDEENYSAAS KAVRQVLHQL KRLGIVW QD VLPVNIYCKA MGTLLNTAIS EVIGKITALE DISTEDGDRL YSLCKTVMDE GPQVFAPLSE ESKNKKYQEE VPVYVPKW M PFKELMMMLQ ASLQEIGDRW ADGKGPLAAA FSSSEVKALI RALFQNTERR AAALAKIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 191979
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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