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- EMDB-14003: Specific features and methylation sites of a plant ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14003
タイトルSpecific features and methylation sites of a plant ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: 40S head ribosomal subunit
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 6種
キーワードSolanum lycopersicum / cytosolic ribosome / 80S / plant / rRNA / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase activity / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit ...MAP kinase activity / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / protein kinase C binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / intracellular signal transduction / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SPARK domain / SPARK / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal ...SPARK domain / SPARK / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S16 / Protein kinase domain-containing protein / KH type-2 domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7 domain-containing protein ...40S ribosomal protein S29 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S16 / Protein kinase domain-containing protein / KH type-2 domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein uS7 domain-containing protein / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S28 / Small ribosomal subunit protein eS17
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Amunts A / Cottilli P
資金援助European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107European Union
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure and rRNA modification sites of a plant ribosome.
著者: Patrick Cottilli / Yuzuru Itoh / Yuko Nobe / Anton S Petrov / Purificación Lisón / Masato Taoka / Alexey Amunts /
要旨: Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to ...Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to changing environmental cues via the deposition of chemical modifications into rRNA. Here, we present the structure of a plant ribosome from tomato and a quantitative mass spectrometry analysis of its rRNAs. The study reveals fine features of the ribosomal proteins and 71 plant-specific rRNA modifications, and it re-annotates 30 rRNA residues in the available sequence. At the protein level, isoAsp is found in position 137 of uS11, and a zinc finger previously believed to be universal is missing from eL34, suggesting a lower effect of zinc deficiency on protein synthesis in plants. At the rRNA level, the plant ribosome differs markedly from its human counterpart with respect to the spatial distribution of modifications. Thus, it represents an additional layer of gene expression regulation, highlighting the molecular signature of a plant ribosome. The results provide a reference model of a plant ribosome for structural studies and an accurate marker for molecular ecology.
履歴
登録2021年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14003.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0197
最小 - 最大-0.15170632 - 0.3395055
平均 (標準偏差)-0.0009627114 (±0.0035361608)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 448.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_14003_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_14003_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_14003_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : 40S head ribosomal subunit

全体名称: 40S head ribosomal subunit
要素
  • 複合体: 40S head ribosomal subunit
    • RNA: 18S rRNA head
    • タンパク質・ペプチド: KH type-2 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_S7 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: S10_plectin domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S head ribosomal protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: 40S head ribosomal protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 40S head ribosomal protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: 40S head ribosomal protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal_S10 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S head ribosomal protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29
    • タンパク質・ペプチド: Mitogen-activated protein kinase
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
    • RNA: tRNA
    • RNA: mRNA
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: 1,4-DIAMINOBUTANE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: 40S head ribosomal subunit

超分子名称: 40S head ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)

+
分子 #1: 18S rRNA head

分子名称: 18S rRNA head / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 582.941625 KDa
配列文字列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUGUCU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGU AAGUAUGAAC AA AUUCAGA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU AUCUACU AC U(OMC) ...文字列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAU(A2M)UG CUUGUCU(OMC)AA AGAUUAAGCC AUGCAUGUGU AAGUAUGAAC AA AUUCAGA CUGUGAAACU GCGAAUGGCU CAU(PSU)AAAUCA G(PSU)UAUAGUUU G(PSU)U(OMU)GAUGGU AUCUACU AC U(OMC)GGAUAACC GUAGUAAUUC UAG(A2M)GCUAAU ACGUGCAACA AACCCCGACU UCUGGAAGGG AUGCAUUUA (PSU)UAGAUAAAA GGUCGACGCG GGCUCUGCCC GUUGCUGC(OMG)A UGAUUCA(PSU)GA (PSU)AACUCGACG GAUC GCACG GCCAUCGUGC CGGCGACGCA UCA(PSU)UCAAA(PSU) UUCUGCCCUA UCAACUUUCG AUGGUAGGAU AGUGGCC UA CCAUGGUGGU GACGGG(PSU)GAC GGAGAAUUAG GGUUCGA(PSU)UC CGGAGA(OMG)GGA GCCUGAGAAA CGGCUA CCA CAU(OMC)CAAGGA AGGCAGCAGG CGCGC(A2M)AAUU ACCCAA(PSU)CCU GACACGGGGA GGU(A2M)GUGA (OMC) AAUAAAUAAC AAUACCGGGC UCUAUGAGUC UGGUAAUUGG AAUGAGUACA AUCUAAAUCC CUUAACGAGG (A2M) UCCAUUGG AGGGCAAGUC UGGUGCCAGC AGCCGCGG(OMU)A A(PSU)UCCAGCUC CAAUA(OMG)CGUA A(PSU)UUAA GUU G(OMU)UGCAGUU(A2M) AAAAGCUCGU AG(PSU)UGGACUU UGGGAUGGGC CGGCCGGUCC GCCCUAGGUG UGCAC CGGU CGUCUCGUCC CUUCUGUCGG CGAUGCGCUC CUGGCCUUAA UUGGCCGGGU CGUGCCUCCG GCGCUGUUAC U(PSU) UGAAGAA A(PSU)UAGAGUGC UCAAAGCAAG CCUACGCUCU GUAUACAUU(A2M) GCAUGGGA(PSU)A ACAUUAUAGG A UUUCGGUC CUAUUACGUU GGCCUUCGGG AUCGGAGUAA UGAUUAACAG GGACAGUCGG GGGCAUUCGU AUUUCAUAGU CA GAGGUGA AAU(PSU)CUUGGA UUUAUGAAAG ACGAACAACU GCGAAAGCAU (PSU)(PSU)GCCAAGGA UGUUUUCAUU A AUCAAGA(A2M) CGAAAGUUGG GGGCUCGAAG ACGA(PSU)CAGAU ACCG(OMU)CCUAG UCUCAACCA(PSU) AAACGA UGC CGACCAGGGA UCGGCGGAUG UUGCUUUUAG GACUCCGCCG GCACCUUAUG AGAAAUCAAA GUUUUUGGG(PSU) UCC GGGGGG AGUA(PSU)GGUCG CAAGGCUGAA ACUUAAAGGA AUUGACGGAA GGGCACCACC AGGAGUGGAG CC(PSU)GCG GC(PSU) UAAUU(PSU)GAC(I2T) CAACACGGGG AAACU(PSU)ACCA GG(PSU)(OMC)CAGACA UAGUAAGGAU UGA CAGACU GAGAGCUCUU UCUUGAUUC(OMU) A(OMU)GGGUGG(OMU)G (OMG)UGCAUGGC(4AC) GUUCUUAGU(PSU) GGUGGAGCG A(PSU)UUG(PSU)CUGG (PSU)UAAUUCCGU UAACGA(A2M)CGA GACCUCAGCC UGCUAACUAG CUAUG CGGA GGUAUCCCUU CGCGGCCAGC U(OMU)CUUAGAGG GACUACGGCC UUUUAGGCCG CGGAAGUUUG AGGCAAUAAC A (OMG)GUCUGUG AUGCCC(OMU)UAG AUGUUCUGGG CCGCACGCGC GCUACACUGA UGUA(PSU)UCAAC GAGCUUAUAG CCUUGGCCG ACAGGCCCGG GUAAUCUUUG AAAUU(PSU)CA(PSU)C GUGAUGGGGA UAGAUCAUUG CAAUUGU(PSU)G GUCUUCAACG (A2M)G(7MG)AAUUCCU AGUAAGCGCG AGUCAUCAGC UCGCGUUGAC UACGUCCCUG CCCUU(PSU)GU A CACACCG(OMC)CC GUCGCUCCUA CCGAUUGAAU GAUCCGGUGA AAUGUUCGGA UCGCGGCGAC GUGGGCGGUU CGCUG CCCG CGACGUCGCG AGAAGUCCAU UGAACCUUAU CAUUUAGAGG A(A2M)GGAGAAGU CGUA(6MZ)CAAGG UUUCGUAG G UG(MA6)(MA6)CCUGCG GAAGGAUCAU UG

GENBANK: GENBANK: OK073663.1

+
分子 #15: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 4.470731 KDa
配列文字列:
AGGCUGAUAA CCUA

+
分子 #16: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 16 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 895.596 Da
配列文字列:
AUC

+
分子 #2: KH type-2 domain-containing protein

分子名称: KH type-2 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 26.828357 KDa
配列文字列: MAKQSVQMSK KRKFVADGVF FAELNEVLTR ELAEDGYSGV EVRVTPMRTE IIIRATRTQN VLGDKGRRIR ELTSVVQKRF NFDENTVEL YAEKVNNRGL CAIAQAESLR YKLLGGLAVR RACYGVLRFI MESGAKGCEV IVSGKLRAQR AKSMKFKDGY M ISSGQPVK ...文字列:
MAKQSVQMSK KRKFVADGVF FAELNEVLTR ELAEDGYSGV EVRVTPMRTE IIIRATRTQN VLGDKGRRIR ELTSVVQKRF NFDENTVEL YAEKVNNRGL CAIAQAESLR YKLLGGLAVR RACYGVLRFI MESGAKGCEV IVSGKLRAQR AKSMKFKDGY M ISSGQPVK EYIDSAVRHV LLRQGVLGIK VKIMLDWDPK GKQGPTTPLP DLVTIHPPKE EEEYLRLPVA APVEIDPPIV V

UniProtKB: KH type-2 domain-containing protein

+
分子 #3: Ribosomal_S7 domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_S7 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 23.686199 KDa
配列文字列: MEEASVVAVD NQKPQQEKPH TDVLLFNRWS YDGVQIADMS VEDYITATAN KHPTYMPHTA GRYQAKRFRK AQCPIVERLT NSLMMHGRN NGKKLMAVRI IKHAMEIIHL LTDQNPIQVI VDAVINSGPR EDATRIGSAG VVRRQAVDIS PLRRVNQAIY L LTTGARES ...文字列:
MEEASVVAVD NQKPQQEKPH TDVLLFNRWS YDGVQIADMS VEDYITATAN KHPTYMPHTA GRYQAKRFRK AQCPIVERLT NSLMMHGRN NGKKLMAVRI IKHAMEIIHL LTDQNPIQVI VDAVINSGPR EDATRIGSAG VVRRQAVDIS PLRRVNQAIY L LTTGARES AFRNIKTIAE CLADELINAA KGSSNSYAIK KKDEIERVAK ANR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7 domain-containing protein

+
分子 #4: S10_plectin domain-containing protein

分子名称: S10_plectin domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 19.882539 KDa
配列文字列:
MIIPEKNRRE ISKYLFQEGV CFAKKDYNLA KHPNIDVPNL QVIKLMQSFK SKEYVRETFA WMHYYWYLTN DGIEFLRTYL NLPSEIVPA TLKKSAKPLG RPMGGPPGDR PRGPPRFEGD RPRFGDRDGY RAGPRGPPGE FGGEKGGAPA DYQPAFRGGG G RPGFGRGA GGFGGAPPSS SS

UniProtKB: Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein

+
分子 #5: 40S head ribosomal protein uS19

分子名称: 40S head ribosomal protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 17.352471 KDa
配列文字列:
MAEVEADVAT GQPRKRTFKK FSYRGVDLDS LLDMSTDELV KLYPARPRRR FQRGLKRKPM ALIKKLRKAK REAPQGEKPE VVRTHLRNM IIVPEMIGSV IGIYNGKTFN QIEVKPEMIS HYLAEFSISY KPVKHGRPGI GATHSSRFIP LK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S15

+
分子 #6: 40S head ribosomal protein uS9

分子名称: 40S head ribosomal protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 16.805812 KDa
配列文字列:
MQAAPATVES VQCFGRKKTA VAVTHCKRGR GLIKINGVPI ELVQPEILRY KAFEPILLLG RHRFAGVDMR IRVKGGGHTS QIYAIRQSI AKALVAFYQK YVDEQQKKEI KDILIRYDRT LLVADPRRCE PKKFGGRGAR SRFQKSYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S16

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S17

分子名称: 40S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 16.251941 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK KSSRQVIERY YSKMTLDFHT NKKILEEVAI IPSKRLRNKI AGFSTHLMKR IQKGPVRGIS LKLQEEERER RMDFVPDES AIKTDLIEVD KETLDMLSAL GMSDLPGVVK QAAEPQAVAA LPSYGRGGGG FGRKY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #8: 40S head ribosomal protein uS13

分子名称: 40S head ribosomal protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 17.574461 KDa
配列文字列:
MSLVANEEFQ HILRVQNTNV DGKQKIMFAL TSIKGIGRRF ANIACKKADI DMNKRAGELT AAELDSLMVV VANPRQFKIP DWFLNRQKD YKDGKFSQVT SNALDMKLRD DLERLKKIRN HRGLRHYWGL RVRGQHTKTT GRRGKTVGVS KKR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S18

+
分子 #9: 40S head ribosomal protein eS19

分子名称: 40S head ribosomal protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 16.056355 KDa
配列文字列:
MEPARSVKDV SPHDFVKAYA AHLKRSGKLE LPEWTDIVKT GKLKELAPYD PDWYYIRAAS MARKIYLRGG IGVGGFRRIY GGNQRNGSR PRHFCKSSGS VARHILQQLQ TMNIIDFDPK GGRRITSNGQ RDLDQVAGRI SAAN

UniProtKB: 40S ribosomal protein S19

+
分子 #10: Ribosomal_S10 domain-containing protein

分子名称: Ribosomal_S10 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 13.735125 KDa
配列文字列:
MAAYAAMKPT KPGLEEPAEM IHKIRITLSS KNVKNLEKVC ADLVRGAKDK RLRVKGPVRM PTKVLNITTR KSPCGEGTNT WDRFELRVH KRVIDLFSSP DVVKQITSIT IEPGVEVEVT IAES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein

+
分子 #11: 40S head ribosomal protein eS28

分子名称: 40S head ribosomal protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 7.551849 KDa
配列文字列:
MESVTKHAIV IKIMGRTGSR GQVTQVRVKF LDDQNRFIMR NVKGPVREGD ILTLLESERE ARRLR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S28

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S29

分子名称: 40S ribosomal protein S29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 6.455581 KDa
配列文字列:
MGHSNIWNAH PKNYGPGSRT CRVCGNPHAI IRKYGLMCCR QCFRSNAKEI GFIKYR

UniProtKB: 40S ribosomal protein S29

+
分子 #13: Mitogen-activated protein kinase

分子名称: Mitogen-activated protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mitogen-activated protein kinase
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 35.993617 KDa
配列文字列: MSQESLVLRG TMKAHTDWVT AIATPIDNSD MIVTSSRDKS IIVWSLTKDG SQYGVPRRRL TGHGHFVEDV VLSSDGMFAL SGSWDGELR LWDLQAGTTA RRFVGHTKDV LSVAFSVDNR QIVSASRDKT IKLWNTLGEC KYTIQEQDSH SDWVSCVRFS P NNLQPTIV ...文字列:
MSQESLVLRG TMKAHTDWVT AIATPIDNSD MIVTSSRDKS IIVWSLTKDG SQYGVPRRRL TGHGHFVEDV VLSSDGMFAL SGSWDGELR LWDLQAGTTA RRFVGHTKDV LSVAFSVDNR QIVSASRDKT IKLWNTLGEC KYTIQEQDSH SDWVSCVRFS P NNLQPTIV SGSWDRTVKI WNLTNCKLRS TLAGHSGYVN TVAVSPDGSL CASGGKDGVI LLWDLAEGKK LYSLDAGSII HT LCFSPNR YWLCAATESS IKIWDLESKS IVVDLKVDLK QESEMFGTAA TDSKTKVIYC TSLSWSADGS TLFSGYTDGL IRV WGIGRY

UniProtKB: Protein kinase domain-containing protein

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
分子量理論値: 11.995226 KDa
配列文字列:
MAPKKEKAPP PSSKPAKSGG GKQKKKKWSK GKQKEKVNNM VLFDKGTYDK LITEAPKYKL ITPSVLSDRL RISGSLARKA IRELMAKGL IRMVSAHASQ QIYTRATNT

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #17: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 10 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #18: 1,4-DIAMINOBUTANE

分子名称: 1,4-DIAMINOBUTANE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: PUT
分子量理論値: 88.151 Da
Chemical component information

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン

+
分子 #19: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 28 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #20: beta-D-glucopyranose

分子名称: beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: BGC
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BGC:
beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス

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分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #22: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 225 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3883

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 335806
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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