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- EMDB-13976: Cytochrome bcc-aa3 supercomplex (respiratory supercomplex III2/IV... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13976
タイトルCytochrome bcc-aa3 supercomplex (respiratory supercomplex III2/IV2) from Corynebacterium glutamicum (stigmatellin and azide bound)
マップデータphenix density modified map
試料
  • 複合体: cytochrome bcc-aa3 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 22種
キーワードsupercomplex / respiratory chain / cytochrome bcc-aa3 supercomplex / proton translocation / bioenergetics / membrane protein / electron transport / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine biosynthetic process / aerobic electron transport chain / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / : / respiratory electron transport chain ...thiamine biosynthetic process / aerobic electron transport chain / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / : / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Neocarzinostatin-like / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Neocarzinostatin-like / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiamine biosynthesis protein X / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / Uncharacterized protein ...Thiamine biosynthesis protein X / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / Uncharacterized protein / Hypothetical membrane protein / Hypothetical membrane protein / Cytochrome c oxidase subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kao W-C / Hunte C
資金援助 ドイツ, フランス, 5件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)BIOSS EXC-294 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CIBSS EXC-2189 Project ID 390939984 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Project-ID 403222702 / SFB 1381 ドイツ
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-01 フランス
German Research Foundation (DFG)SCHI 871/11-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for safe and efficient energy conversion in a respiratory supercomplex.
著者: Wei-Chun Kao / Claire Ortmann de Percin Northumberland / Tat Cheung Cheng / Julio Ortiz / Alexandre Durand / Ottilie von Loeffelholz / Oliver Schilling / Martin L Biniossek / Bruno P Klaholz / Carola Hunte /
要旨: Proton-translocating respiratory complexes assemble into supercomplexes that are proposed to increase the efficiency of energy conversion and limit the production of harmful reactive oxygen species ...Proton-translocating respiratory complexes assemble into supercomplexes that are proposed to increase the efficiency of energy conversion and limit the production of harmful reactive oxygen species during aerobic cellular respiration. Cytochrome bc complexes and cytochrome aa oxidases are major drivers of the proton motive force that fuels ATP generation via respiration, but how wasteful electron- and proton transfer is controlled to enhance safety and efficiency in the context of supercomplexes is not known. Here, we address this question with the 2.8 Å resolution cryo-EM structure of the cytochrome bcc-aa (III-IV) supercomplex from the actinobacterium Corynebacterium glutamicum. Menaquinone, substrate mimics, lycopene, an unexpected Q site, dioxygen, proton transfer routes, and conformational states of key protonable residues are resolved. Our results show how safe and efficient energy conversion is achieved in a respiratory supercomplex through controlled electron and proton transfer. The structure may guide the rational design of drugs against actinobacteria that cause diphtheria and tuberculosis.
履歴
登録2021年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13976.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13976.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 53 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈phenix density modified map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.85 Å/pix.
x 330 pix.
= 281.49 Å		0.85 Å/pix.
x 238 pix.
= 203.014 Å		0.85 Å/pix.
x 177 pix.
= 150.981 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.853 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-1.5738282 - 2.6414466
平均 (標準偏差)-0.000000000000493 (±0.11413642)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin171201125
サイズ238177330
Spacing330238177
セルA: 281.49 Å / B: 203.01399 Å / C: 150.981 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : cytochrome bcc-aa3 supercomplex

全体名称: cytochrome bcc-aa3 supercomplex
要素
  • 複合体: cytochrome bcc-aa3 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211
    • タンパク質・ペプチド: Hypothetical membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)
    • タンパク質・ペプチド: Hypothetical membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Thiamine biosynthesis protein X
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-(undecanoyloxymethyl)oxan-2-yl]oxy-cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{R})-10-methyldodecanoate
  • リガンド: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: STIGMATELLIN A
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: LYCOPENE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: HEME-AS
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: AZIDE ION
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: PALMITIC ACID
  • リガンド: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hexadecanoyloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{S})-10-methylhenicosanoate
  • リガンド: OXYGEN MOLECULE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: cytochrome bcc-aa3 supercomplex

超分子名称: cytochrome bcc-aa3 supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13 / 詳細: Cofactor-containing respiratory supercomplex
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

+
分子 #1: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 45.232207 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MSNNNDKQYT TQELNAMSNE DLARLGTELD DVTIAYRKER FPIANDPAEK RAARAVTFWL VLGIIGGLGF LATYIFWPWE YKAHGDEGL LAYTLYTPML GITSGLCILS LGFAVVLYVK KFIPEEIAVQ RRHDGPSEEV DRRTIVALLN DSWQTSTLGR R KLIMGLAG ...文字列:
MSNNNDKQYT TQELNAMSNE DLARLGTELD DVTIAYRKER FPIANDPAEK RAARAVTFWL VLGIIGGLGF LATYIFWPWE YKAHGDEGL LAYTLYTPML GITSGLCILS LGFAVVLYVK KFIPEEIAVQ RRHDGPSEEV DRRTIVALLN DSWQTSTLGR R KLIMGLAG GGAVLAGLTI IAPMGGMIKN PWNPKEGPMD VQGDGTLWTS GWTLVENDVK VYLGRDTAAI AESHTDATGE HW STTGVSR LVRMRPEDLA AASMETVFPL PAEMVNDGAE YDPAKDVYEH QMHSVHGPRN AVMLIRLRTA DAEKVIEREG QES FHYGDY YAYSKICTHI GCPTSLYEAQ TNRILCPCHQ SQFDALHYGK PVFGPAARAL PQLPITVDEE GYLIAAGNFI EPLG PAFWE RKS

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

+
分子 #2: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
分子量理論値: 59.863699 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MSLATVGNNL DSRYTMASGI RRQINKVFPT HWSFMLGEIA LYSFIVLLLT GVYLTLFFDP SITKVIYDGG YLPLNGVEMS RAYATALDI SFEVRGGLFI RQMHHWAALL FVVSMLVHML RIFFTGAFRR PREANWIIGV VLIILGMAEG FMGYSLPDDL L SGVGLRIM ...文字列:
MSLATVGNNL DSRYTMASGI RRQINKVFPT HWSFMLGEIA LYSFIVLLLT GVYLTLFFDP SITKVIYDGG YLPLNGVEMS RAYATALDI SFEVRGGLFI RQMHHWAALL FVVSMLVHML RIFFTGAFRR PREANWIIGV VLIILGMAEG FMGYSLPDDL L SGVGLRIM SAIIVGLPII GTWMHWLIFG GDFPSDLMLD RFYIAHVLII PAILLGLIAA HLALVWYQKH TQFPGAGRTE NN VIGIRIM PLFAVKAVAF GLIVFGFLAL LAGVTTINAI WNLGPYNPSQ VSAGSQPDVY MLWTDGAARV MPAWELYLGN YTI PAVFWV AVMLGILVVL LVTYPFIERK FTGDDAHHNL LQRPRDVPVR TSLGVMALVF YILLTVSGGN DVYAMQFHVS LNAM TWIGR IGLIVGPAIA YFITYRLCIG LQRSDREVLE HGIETGIIKQ MPNGAFIEVH QPLGPVDDHG HPIPLPYAGA AVPKQ MNQL GYAEVETRGG FFGPDPEDIR AKAKEIEHAN HIEEANTLRA LNEANIERDK NEGKN

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

+
分子 #3: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 29.89885 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MAKPSAKKVK NRRKVRRTVA GALALTIGLS GAGILATAIT PDAQVATAQR DDQALISEGK DLYDVACITC HGVNLQGVED RGPSLVGVG EGAVYFQVHS GRMPILRNEA QAERKAPRYT EAQTLAIAAY VAANGGGPGL VYNEDGTLAM EELRGENYDG Q ITSADVAR ...文字列:
MAKPSAKKVK NRRKVRRTVA GALALTIGLS GAGILATAIT PDAQVATAQR DDQALISEGK DLYDVACITC HGVNLQGVED RGPSLVGVG EGAVYFQVHS GRMPILRNEA QAERKAPRYT EAQTLAIAAY VAANGGGPGL VYNEDGTLAM EELRGENYDG Q ITSADVAR GGDLFRLNCA SCHNFTGRGG ALSSGKYAPN LDAANEQEIY QAMLTGPQNM PKFSDRQLSA DEKKDIIAFI KS TKETPSP GGYSLGSLGP VAEGLFMWVF GILVLVAAAM WIGSRS

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 66.340164 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MTAVAPRVDG HVAPQRPEPT GHARKGSKAW LMMTTTDHKQ LGIMYIIMSF SFFFLGGLMA LLIRAELFTP GLQFLSNEQF NQLFTMHGT VMLLLYGTPI VWGFANYVLP LQIGAPDVAF PRLNAFGFWI TTVGGVAMLT GFLTPGGAAD FGWTMYSPLS D AIHSPGLG ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 36.811105 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: CEVAPPGGVL GDFLRMGWPD GITPEAVAMG NFWSWVWVAA WIIGIIMWGL FLTAIFAWGA KRAEKRGEGE FPKQLQYNVP LELVLTIVP IIIVMVLFFF TVQTQDKVTA LDKNPEVTVD VTAYQWNWKF GYSEIDGSLA PGGQDYQGSD PERQAAAEAS K KDPSGDNP ...文字列:
CEVAPPGGVL GDFLRMGWPD GITPEAVAMG NFWSWVWVAA WIIGIIMWGL FLTAIFAWGA KRAEKRGEGE FPKQLQYNVP LELVLTIVP IIIVMVLFFF TVQTQDKVTA LDKNPEVTVD VTAYQWNWKF GYSEIDGSLA PGGQDYQGSD PERQAAAEAS K KDPSGDNP IHGNSKSDVS YLEFNRIETL GTTDEIPVMV LPVNTPIEFN LASADVAHSF WVPEFLFKRD AYAHPEANKS QR VFQIEEI TEEGAFVGRC AEMCGTYHAM MNFELRVVDR DSFAEYISFR DSNPDATNAQ ALEHIGQAPY ATSTSPFVSD RTA TRDGEN TQSNA

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 22.457217 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列: MTSAVGNTGM AAPQRVAALN RPNMVSVGTI VFLSQELMFF AGLFAMYFVS RANGLANGSW GEQTDHLNVP YALLITVILV SSSVTCQFG VFAAERGDVY GLRKWFLVTI ILGSIFVIGQ GYEYITLVGH GLTIQSSVYG SAFFITTGFH ALHVIAGVMA F VVVLMRIH ...文字列:
MTSAVGNTGM AAPQRVAALN RPNMVSVGTI VFLSQELMFF AGLFAMYFVS RANGLANGSW GEQTDHLNVP YALLITVILV SSSVTCQFG VFAAERGDVY GLRKWFLVTI ILGSIFVIGQ GYEYITLVGH GLTIQSSVYG SAFFITTGFH ALHVIAGVMA F VVVLMRIH KSKFTPAQAT AAMVVSYYWH FVDVVWIGLF ITIYFIQ

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 15.557285 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MKSSAKLMYG PTVFMAAMAV IYIFATMHVS DGGSVKGVEW VGSVALVLSA GLTLMLGVYL HFTEVRVDVL PEDWEEAEVA DKAGTLGFF SPSSIWPAAM SGAVGFLAFG VVYFHYWMIA VGLMLLIFTI TKLNLQYGVP KEKH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

+
分子 #8: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949

分子名称: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 16.954213 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
CSAGQITQTS SQVAAVDGNQ AGSANDPVLV RDVTVHLTTD GEAGVKFTAI NQDTSHTSHT LESVTVDGEE VELDDAEPIE RNCSLVADI QSELDLIEEP EVGCIQHVAT SLENPGFAYG GVVPVEFVFD TGAITIDATV SAPVLESGVE NREVGGDTAE A SHH

UniProtKB: Uncharacterized protein Cgl2664/cg2949

+
分子 #9: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211

分子名称: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
分子量理論値: 16.385588 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MAGSSHTIEP EIYRGVSTLD EPSAAWGWHG LKRNTIQLAG WISVLFMLGY NFGNHKGHVE TIWLLVITAL LVIGLLIHLF EPKLSQVRT ITSRNKPVGH VEPDWTYDQA TLTGTWGNLT DSQLRSVNIE PSRVAHLRAA DSAKELDN

UniProtKB: Uncharacterized membrane protein Cgl2017/cg2211

+
分子 #10: Hypothetical membrane protein

分子名称: Hypothetical membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 12.14416 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MNTMSSAKKK PAPERMHYIK GYVPVAYSSP HSSLERSATW LGMGFLLTAL AGVGAVLFAV GANSVGQQQE HWVLYSIIGV VFAVVCTVL GTVLIIKGRA PYNRYVKETG RTQ

UniProtKB: Hypothetical membrane protein

+
分子 #11: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC)

分子名称: Actinobacterial supercomplex, subunit C (AscC) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 8.373271 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MFPEFERMYD MANVEKKHFV DPAWPEHNPA DGHVVTELIS KVAGASSPWG DDKEFPVSAE ETGYVHPYTR INR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #12: Hypothetical membrane protein

分子名称: Hypothetical membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 6.628905 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
MYMGKSFALL VLGAIILAGG VWYTIEVGYS VMAIVAALIM AAGGGIITWG LAVAADVNSP TSHKI

UniProtKB: Hypothetical membrane protein

+
分子 #13: Thiamine biosynthesis protein X

分子名称: Thiamine biosynthesis protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025
分子量理論値: 17.152379 KDa
組換発現生物種: Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
配列文字列:
CSPPHQQDSP VQRTNEILTT SQNPTSASST STSSATTTSS APVEEDVEIV VSPAALVDGE QVTFEISGLD PEGGYYAAIC DSVANPGNP VPSCTGEMAD FTSQAWLSNS QPGATVEIAE DGTATVELEA TATGTGLDCT TQACVAKVFG DHTEGFRDVA E VPVTFAAA

UniProtKB: Thiamine biosynthesis protein X

+
分子 #14: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #15: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S...

分子名称: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3- ...名称: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-(undecanoyloxymethyl)oxan-2-yl]oxy-cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{R})-10-methyldodecanoate
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: IZL
分子量理論値: 1.677798 KDa
Chemical component information

ChemComp-IZL:
[(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-[[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxymethyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-3,4,5-tris(oxidanyl)-6-(undecanoyloxymethyl)oxan-2-yl]oxy-cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{R})-10-methyldodecanoate

+
分子 #16: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3...

分子名称: (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 4 / 式: 9YF
分子量理論値: 853.112 Da
Chemical component information

ChemComp-9YF:
(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate

+
分子 #17: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 4 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #18: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 17 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #19: STIGMATELLIN A

分子名称: STIGMATELLIN A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: SMA
分子量理論値: 514.65 Da
Chemical component information

ChemComp-SMA:
STIGMATELLIN A

+
分子 #20: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #21: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 16 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #22: LYCOPENE

分子名称: LYCOPENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 2 / 式: LYC
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-LYC:
LYCOPENE / リコペン

+
分子 #23: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #24: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #25: HEME-AS

分子名称: HEME-AS / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 4 / 式: HAS
分子量理論値: 920.954 Da
Chemical component information

ChemComp-HAS:
HEME-AS

+
分子 #26: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #27: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

+
分子 #28: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #29: AZIDE ION

分子名称: AZIDE ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: AZI
分子量理論値: 42.02 Da
Chemical component information

ChemComp-AZI:
AZIDE ION / アザイド

+
分子 #30: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 4 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #31: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 6 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #32: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

+
分子 #33: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S...

分子名称: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hexadecanoyloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6- ...名称: [(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hexadecanoyloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{S})-10-methylhenicosanoate
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: IX7
分子量理論値: 1.387749 KDa
Chemical component information

ChemComp-IX7:
[(2~{R})-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hexadecanoyloxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-undecanoyloxy-propyl] (10~{S})-10-methylhenicosanoate

+
分子 #34: OXYGEN MOLECULE

分子名称: OXYGEN MOLECULE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: OXY
分子量理論値: 31.999 Da
Chemical component information

ChemComp-O2:
OXYGEN MOLECULE

+
分子 #35: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 416 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2833 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 431154
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
詳細: Reported by cisTEM, part-FSC using the 0.143 cut-off.
使用した粒子像数: 200424
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7qhm:
Cytochrome bcc-aa3 supercomplex (respiratory supercomplex III2/IV2) from Corynebacterium glutamicum (stigmatellin and azide bound)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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