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- EMDB-13934: S.c. Condensin core in DNA- and ATP-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13934
タイトルS.c. Condensin core in DNA- and ATP-bound state
マップデータdeepEMhancer processed cryoEM map S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state
試料
  • 複合体: ATP- and DNA- bound Sc Condensin core complex
    • DNA: DNA (35-MER)
    • DNA: DNA (35-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードSMC-motor protein / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / DNA secondary structure binding / maintenance of rDNA / rDNA chromatin condensation / nucleophagy ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / DNA secondary structure binding / maintenance of rDNA / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / synaptonemal complex assembly / condensed chromosome, centromeric region / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation / condensed chromosome / histone binding / double-stranded DNA binding / cell division / chromatin binding / chromatin / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Condensin subunit 1 / Condensin complex subunit 1, N-terminal / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1, N-term / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Smc2, ATP-binding cassette domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein ...Condensin subunit 1 / Condensin complex subunit 1, N-terminal / Condensin subunit 1/Condensin-2 complex subunit D3 / Condensin complex subunit 1, C-terminal / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1, N-term / non-SMC mitotic condensation complex subunit 1 / Smc2, ATP-binding cassette domain / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Condensin complex subunit 2 / Structural maintenance of chromosomes protein 2 / Condensin complex subunit 1 / Structural maintenance of chromosomes protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物) / Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Lecomte L / Hassler M / Haering C / Eustermann S
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)681365European Union
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: A hold-and-feed mechanism drives directional DNA loop extrusion by condensin.
著者: Indra A Shaltiel / Sumanjit Datta / Léa Lecomte / Markus Hassler / Marc Kschonsak / Sol Bravo / Catherine Stober / Jenny Ormanns / Sebastian Eustermann / Christian H Haering /
要旨: Structural maintenance of chromosomes (SMC) protein complexes structure genomes by extruding DNA loops, but the molecular mechanism that underlies their activity has remained unknown. We show that ...Structural maintenance of chromosomes (SMC) protein complexes structure genomes by extruding DNA loops, but the molecular mechanism that underlies their activity has remained unknown. We show that the active condensin complex entraps the bases of a DNA loop transiently in two separate chambers. Single-molecule imaging and cryo-electron microscopy suggest a putative power-stroke movement at the first chamber that feeds DNA into the SMC-kleisin ring upon adenosine triphosphate binding, whereas the second chamber holds on upstream of the same DNA double helix. Unlocking the strict separation of "motor" and "anchor" chambers turns condensin from a one-sided into a bidirectional DNA loop extruder. We conclude that the orientation of two topologically bound DNA segments during the SMC reaction cycle determines the directionality of DNA loop extrusion.
履歴
登録2021年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13934.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer processed cryoEM map S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.015490817 - 2.0477026
平均 (標準偏差)0.0012713348 (±0.025289714)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13934_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened cryoEM map S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state

ファイルemd_13934_additional_1.map
注釈unsharpened cryoEM map S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local resolution filtered and sharpened cryoEM map S.c....

ファイルemd_13934_additional_2.map
注釈local resolution filtered and sharpened cryoEM map S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryoEM half map 1 S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state

ファイルemd_13934_half_map_1.map
注釈cryoEM half map 1 S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryoEM half map 1 S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state

ファイルemd_13934_half_map_2.map
注釈cryoEM half map 1 S.c. Condensin in DNA- and ATP-bound state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ATP- and DNA- bound Sc Condensin core complex

全体名称: ATP- and DNA- bound Sc Condensin core complex
要素
  • 複合体: ATP- and DNA- bound Sc Condensin core complex
    • DNA: DNA (35-MER)
    • DNA: DNA (35-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Condensin complex subunit 1
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: ATP- and DNA- bound Sc Condensin core complex

超分子名称: ATP- and DNA- bound Sc Condensin core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 645 kDa/nm

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分子 #1: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 1
詳細: 50-mer DNA ligand (sequence below) was modelled as poly-dA due to missing sequence register 5'-GTTGACAGTG TCGCAACCTG CACAGGCAAG CTGCTGAGTC TGGTGTAGAC-3'
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.615376 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)

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分子 #2: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 2
詳細: 50-mer DNA ligand (sequence below) was modelled as poly-dT due to missing sequence register. 5'-GTCTACACCAGACTCAGCAGCTTGCCTGTGCAGGTTGCGACACTGTCAAC-3'
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.164683 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)

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分子 #3: Structural maintenance of chromosomes protein 4

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: ATPase deficient Walker B motif mutant central coiled-coil region results in faulty sequence alignment as it was not build in the structure To circumvent this technical problem, we had to ...詳細: ATPase deficient Walker B motif mutant central coiled-coil region results in faulty sequence alignment as it was not build in the structure To circumvent this technical problem, we had to delete the sequence corresponding to the coiled coil regions. This error needs to be corrected in communication with the pdb curator.,ATPase deficient Walker B motif mutant central coiled-coil region results in faulty sequence alignment as it was not build in the structure To circumvent this technical problem, we had to delete the sequence corresponding to the coiled coil regions. This error needs to be corrected in communication with the pdb curator.,ATPase deficient Walker B motif mutant central coiled-coil region results in faulty sequence alignment as it was not build in the structure To circumvent this technical problem, we had to delete the sequence corresponding to the coiled coil regions. This error needs to be corrected in communication with the pdb curator.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae CEN.PK113-7D (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 167.716125 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSDSPLSKRQ KRKAAQEPEL SLDQGDAEEE SQVENRVNLS ENTPEPDLPA LEASYSKSYT PRKLVLSSGE NRYAFSQPTN STTTSLHVP NLQPPKTSSR GRDHKSYSQS PPRSPGRSPT RRLEL(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
MSDSPLSKRQ KRKAAQEPEL SLDQGDAEEE SQVENRVNLS ENTPEPDLPA LEASYSKSYT PRKLVLSSGE NRYAFSQPTN STTTSLHVP NLQPPKTSSR GRDHKSYSQS PPRSPGRSPT RRLEL(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)YDSHQSSS KQQSRLFINE LVLENFKSYA GKQVVGP FH TSFSAVVGPN GSGKSNVIDS MLFVFGFRAN KMRQDRLSDL IHKSEAFPSL QSCSVAVHFQ YVIDESSGTS RIDEEKPG L IITRKAFKNN SSKYYINEKE SSYTEVTKLL KNEGIDLDHK RFLILQGEVE NIAQMKPKAE KESDDGLLEY LEDIIGTAN YKPLIEERMG QIENLNEVCL EKENRFEIVD REKNSLESGK ETALEFLEKE KQLTLLRSKL FQFKLLQSNS KLASTLEKIS SSNKDLEDE RMKFQESLKK VDEIKAQRKE IKDRISSCSS KEKTLVLERR ELEGTRVSLE ERTKNLVSKM EKAEKTLKST K HSISEAEN MLEELRGQQT EHETEIKDLT QLLEKERSIL DDIKLSLKDK TKDISAEIIR HEKELEPWDL QLQEKESQIQ LA ESELSLL EETQAKLKKN VETLEEKILA KKTHKQELQD LILDLKKKLN SLKDERSQGE KNFTSAHLKL KEMQKVLNAH RQR AMEARS SLSKAQNKSK VLTALSRLQK SGRINGFHGR LGDLGAIDDS FDIAISTACP RLDDVVVDTV ECAQHCIDYL RKNK LGYAR FILLDRLRQF NLQPISTPEN VPRLFDLVKP KNPKFSNAFY SVLRDTLVAQ NLKQANNVAY GKKRFRVVTV DGKLI DISG TMSGGGNHVA KGLMKLGTNQ SDKVDDYTPE EVDKIERELS ERENNFRVAS DTVHEMEEEL KKLRDHEPDL ESQISK AEM EADSLASELT LAEQQVKEAE MAYVKAVSDK AQLNVVMKNL ERLRGEYNDL QSETKTKKEK IKGLQDEIMK IGGIKLQ MQ NSKVESVCQK LDILVAKLKK VKSASKKSGG DVVKFQKLLQ NSERDVELSS NELKVIEEQL KHTKLALAEN DTNMTETL N LKVELKEQSE QLKEQMEDME ESINEFKSIE IEMKNKLEKL NSLLTYIKSE ITQQEKGLNE LSIRDVTHTL GMLDDNKMD SVKEDVKNNQ ELDQEYRSCE TQDESEIKDD ETSCDNYHPM NVDETSDEVS RGIPRLSEDE LRELDVELIE SKINELSYYV EETNVDIGV LEEYARRLAE FKRRKLDLNN AVQKRDEVKE QLGILKKKRF DEFMAGFNII SMTLKEMYQM ITMGGNAELE L VDSLDPFS EGVTFSVMPP KKSWRNITNL SGGEKTLSSL ALVFALHKYK PTPLYVMDQI DAALDFRNVS IVANYIKERT KN AQFIVIS LRNNMFELAQ QLVGVYKRDN RTKSTTIKNI DILNRTRIPG LINGATGWSH PQFEKAGGGS GGGSGGGSWS HPQ FEKGGG SGGGSGGGSW SHPQFEK

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 4, Structural maintenance of chromosomes protein 4

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分子 #4: Structural maintenance of chromosomes protein 2

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: ATPase deficient Walker B motif mutant / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 134.124891 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKVEELIIDG FKSYATRTVI TDWDPQFNAI TGLNGSGKSN ILDAICFVLG IASMSTVRAS SLQDLIYKRG QAGVTKASVT IVFDNTDKS NSPIGFTNSP QISVTRQVVL GGTSKYLING HRAPQQSVLQ LFQSVQLNIN NPNFLIMQGK ITKVLNMKPS E ILSLIEEA ...文字列:
MKVEELIIDG FKSYATRTVI TDWDPQFNAI TGLNGSGKSN ILDAICFVLG IASMSTVRAS SLQDLIYKRG QAGVTKASVT IVFDNTDKS NSPIGFTNSP QISVTRQVVL GGTSKYLING HRAPQQSVLQ LFQSVQLNIN NPNFLIMQGK ITKVLNMKPS E ILSLIEEA AGTKMFEDRR EKAERTMSKK ETKLQENRTL LTEEIEPKLE KLRNEKRMFL EFQSTQTDLE KTERIVVSYE YY NIKHKHT SIRETLENGE TRMKMLNEFV KKTSEEIDSL NEDVEEIKLQ KEKELHKEGT ISKLENKENG LLNEISRLKT SLS IKVENL NDTTEKSKAL ESEIASSSAK LIEKKSAYAN TEKDYKMVQE QLSKQRDLYK RKEELVSTLT TGISSTGAAD GGYN AQLAK AKTELNEVSL AIKKSSMKME LLKKELLTIE PKLKEATKDN ELNVKHVKQC QETCDKLRAR LVEYGFDPSR IKDLK QRED KLKSHYYQTC KNSEYLKRRV TNLEFNYTKP YPNFEASFVH GVVGQLFQID NDNIRYATAL QTCAGGRLFN VVVQDS QTA TQLLERGRLR KRVTIIPLDK IYTRPISSQV LDLAKKIAPG KVELAINLIR FDESITKAME FIFGNSLICE DPETAKK IT FHPKIRARSI TLQGDVYDPE GTLSGGSRNT SESLLVDIQK YNQIQKQIET IQADLNHVTE ELQTQYATSQ KTKTIQSD L NLSLHKLDLA KRNLDANPSS QIIARNEEIL RDIGECENEI KTKQMSLKKC QEEVSTIEKD MKEYDSDKGS KLNELKKEL KLLAKELEEQ ESESERKYDL FQNLELETEQ LSSELDSNKT LLHNHLKSIE SLKLENSDLE GKIRGVEDDL VTVQTELNEE KKRLMDIDD ELNELETLIK KKQDEKKSSE LELQKLVHDL NKYKSNTNNM EKIIEDLRQK HEFLEDFDLV RNIVKQNEGI D LDTYRERS KQLNEKFQEL RKKVNPNIMN MIENVEKKEA ALKTMIKTIE KDKMKIQETI SKLNEYKRET LVKTWEKVTL DF GNIFADL LPNSFAKLVP CEGKDVTQGL EVKVKLGNIW KESLIELSGG QRSLIALSLI MALLQFRPAP MYILDQVDAA LDL SHTQNI GHLIKTRFKG SQFIVVSLKE GMFANANRVF RTRFQDGTSV VSIM

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 2

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分子 #5: Condensin complex subunit 2

分子名称: Condensin complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 92.721219 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTTQLRYENN DDDERVEYNL FTNRSTMMAN FEEWIKMATD NKINSRNSWN FALIDYFYDL DVLKDGENNI NFQKASATLD GCIKIYSSR VDSVTTETGK LLSGLAQRKT NGASNGDDSN GGNGEGLGGD SDEANIEIDP LTGMPISNDP DVNNTRRRVY N RVLETTLV ...文字列:
MTTQLRYENN DDDERVEYNL FTNRSTMMAN FEEWIKMATD NKINSRNSWN FALIDYFYDL DVLKDGENNI NFQKASATLD GCIKIYSSR VDSVTTETGK LLSGLAQRKT NGASNGDDSN GGNGEGLGGD SDEANIEIDP LTGMPISNDP DVNNTRRRVY N RVLETTLV EFETIKMKEL DQELIIDPLF KKALVDFDEG GAKSLLLNTL NIDNTARVIF DASIKDTQNV GQGKLQRKEE EL IERDSLV DDENEPSQSL ISTRNDSTVN DSVISAPSME DEILSLGMDF IKFDQIAVCE ISGSIEQLRN VVEDINQAKD FIE NVNNRF DNFLTEEELQ AAVPDNAEDD SDGFDMGMQQ ELCYPDENHD NTSHDEQDDD NVNSTTGSIF EKDLMAYFDE NLNR NWRGR EHWKVRNFKK ANLVNKESDL LEETRTTIGD TTDKNTTDDK SMDTKKKHKQ KKVLEIDFFK TDDSFEDKVF ASKGR TKID MPIKNRKNDT HYLLPDDFHF STDRITRLFI KPAQKMSLFS HRKHTRGDVS SGLFEKSTVS ANHSNNDIPT IADEHF WAD NYERKEQEEK EKEQSKEVGD VVGGALDNPF EDDMDGVDFN QAFEGTDDNE EASVKLDLQD DEDHKFPIRE NKVTYSR VS KKVDVRRLKK NVWRSINNLI QEHDSRKNRE QSSNDSETHT EDESTKELKF SDIIQGISKM YSDDTLKDIS TSFCFICL L HLANEHGLQI THTENYNDLI VNYEDLATTQ AASLVGGGHH RPHHGGHHHH HHGGRIFYPY DVPDYAGYPY DVPDYAGSY PYDVPNYAAG H

UniProtKB: Condensin complex subunit 2

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分子 #6: Condensin complex subunit 1

分子名称: Condensin complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 133.116766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSGFSLSEYL TKFQTTDRES YPRLQDPSRE LNVIIDQLAV SPEQIDASPD SLEALIDLCH DFPHLTPKLQ TQLSYLISSS LSNLSKDIK ANLSSNVNFT EIGGLIPQWK RHLEEYGYLI QVLLTFLQDE LHKVSSQSTN LNRSAKNSKN DSANVELFKR D CNQMENLL ...文字列:
MSGFSLSEYL TKFQTTDRES YPRLQDPSRE LNVIIDQLAV SPEQIDASPD SLEALIDLCH DFPHLTPKLQ TQLSYLISSS LSNLSKDIK ANLSSNVNFT EIGGLIPQWK RHLEEYGYLI QVLLTFLQDE LHKVSSQSTN LNRSAKNSKN DSANVELFKR D CNQMENLL ESITKLLEIN LSKIFQTTPE KDLFIGLFTR PLFVLLEIEP VTKVSSLKMF IQRILAMCVK NHGQSSSIQS SL MTNLTYF LHLSVFNAEL LKLLNDEYNY PQLTEDILKE ISTRVFNAKD TTGPKAISNF LIKLSELSPG IMLRQMNLVI TLL NNSSIT LRCSVVEACG NIVAELAQDP QTMEHYKQQI AVLIELLEER FQDSNPYVRT KAIQGCSKIC DLSSKFNKSK AKFT SLAVR SLQDRSSLVR RNSVKLLSKL LLKHPFKAIH GSQLRLSEWE EYLKGSESQL NSTLKKVESQ ETLNDTIERS LIEEE VEQD EGQCRTELEG SFNKSAELSR IENEVENINA TNTSVLMKLK LMIVYYKDAI SFIKEIHKSI ELISNLLFSK NRNEVL ESM DFLVLADAFD IELSEFGIKK MLHLVWMKGT NDEGTSISVH LIECYKQLFL TAPDSCNMQE KAAHIAKNLI NLSIGAS IA DLASLEQLLG MMYEQKLIDQ HVINILWAIY NSASKASMQK EQNVNNRDSE KGFSKEQIHG SIIILGMLSL ADNEIALK G LESLLNIGLG AVGLKDLTLC RYSCLALERM VPKRSTIITK AINQELEDVA VKKLYAIIIN YTKDNEYYPM CEQALSALF TISSKPDILA TDLIREKTMM TFGKPEEEDS ILSLEQSSRV VSLSQLLFIV GQVAIKTLVY LEKCEAEFKK RKIEAETRNG KVKNQGADV TNTTQDNGGD KELEMIGGTN EDDFTDAIQF VKENELLFGE KSILGKFCPI VEEIVSNSSR FSDPMLQRTA T LCLEKLMC LSSKYCEKSL PLLITVMEKS PDPTIRSNAV LGLGDMAVCF NNLVDENTDY LYRRLHDENL MVQRTCLMTV TF LILAGQV KVKGQLGEMA KCLDNPDQGI SDMCRLFFTE LASKDNAIYN GFIDIFSNLS SDDLLGKESF KKIIKFLLTF IDK ERHQKQ LNEKLVGRLR KCETQKQWDD IAFVLNNLPY KNEDVTALLE QGFKVVSAKE

UniProtKB: Condensin complex subunit 1

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分子 #7: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.645 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMHepesHepes
1.0 mMDTTDithiothreitol
5.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 2 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6544 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 91522
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 66205
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 95000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6yvu


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7qen:
S.c. Condensin core in DNA- and ATP-bound state

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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