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- EMDB-13850: Structure of TEV cleaved A2ML1 dimer (A2ML1-TT dimer) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13850
タイトルStructure of TEV cleaved A2ML1 dimer (A2ML1-TT dimer)
マップデータTEV cleaved A2ML1-TT dimer
試料
  • 細胞: A2ML1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase inhibitor activity / regulation of endopeptidase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / : ...Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Nielsen NS / Zarantonello A / Andersen GR
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of human A2ML1 elucidate the protease-inhibitory mechanism of the A2M family.
著者: Nadia Sukusu Nielsen / Alessandra Zarantonello / Seandean Lykke Harwood / Kathrine Tejlgård Jensen / Katarzyna Kjøge / Ida B Thøgersen / Leif Schauser / Jesper Lykkegaard Karlsen / Gregers ...著者: Nadia Sukusu Nielsen / Alessandra Zarantonello / Seandean Lykke Harwood / Kathrine Tejlgård Jensen / Katarzyna Kjøge / Ida B Thøgersen / Leif Schauser / Jesper Lykkegaard Karlsen / Gregers R Andersen / Jan J Enghild /
要旨: A2ML1 is a monomeric protease inhibitor belonging to the A2M superfamily of protease inhibitors and complement factors. Here, we investigate the protease-inhibitory mechanism of human A2ML1 and ...A2ML1 is a monomeric protease inhibitor belonging to the A2M superfamily of protease inhibitors and complement factors. Here, we investigate the protease-inhibitory mechanism of human A2ML1 and determine the structures of its native and protease-cleaved conformations. The functional inhibitory unit of A2ML1 is a monomer that depends on covalent binding of the protease (mediated by A2ML1's thioester) to achieve inhibition. In contrast to the A2M tetramer which traps proteases in two internal chambers formed by four subunits, in protease-cleaved monomeric A2ML1 disordered regions surround the trapped protease and may prevent substrate access. In native A2ML1, the bait region is threaded through a hydrophobic channel, suggesting that disruption of this arrangement by bait region cleavage triggers the extensive conformational changes that result in protease inhibition. Structural comparisons with complement C3/C4 suggest that the A2M superfamily of proteins share this mechanism for the triggering of conformational change occurring upon proteolytic activation.
履歴
登録2021年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2022年11月2日-
現状2022年11月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13850.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TEV cleaved A2ML1-TT dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 331.264 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 331.264 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 331.264 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.647 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.12158364 - 0.24434075
平均 (標準偏差)-6.1909705e-05 (±0.005409431)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 331.264 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_13850_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_13850_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A2ML1

全体名称: A2ML1
要素
  • 細胞: A2ML1
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: A2ML1

超分子名称: A2ML1 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: TEV cleaved and dimerized
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1

分子名称: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 159.339281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELPNYLVTLP ARLNFPSVQK VCLDLSPGYS DVKFTVTLET KDKTQKLLEY SGLKKRHLHC ISFLVPPPAG GTEEVATIRV SGVGNNISF EEKKKVLIQR QGNGTFVQTD KPLYTPGQQV YFRIVTMDSN FVPVNDKYSM VELQDPNSNR IAQWLEVVPE Q GIVDLSFQ ...文字列:
ELPNYLVTLP ARLNFPSVQK VCLDLSPGYS DVKFTVTLET KDKTQKLLEY SGLKKRHLHC ISFLVPPPAG GTEEVATIRV SGVGNNISF EEKKKVLIQR QGNGTFVQTD KPLYTPGQQV YFRIVTMDSN FVPVNDKYSM VELQDPNSNR IAQWLEVVPE Q GIVDLSFQ LAPEAMLGTY TVAVAEGKTF GTFSVEEYVL PKFKVEVVEP KELSTVQESF LVKICCRYTY GKPMLGAVQV SV CQKANTY WYREVEREQL PDKCRNLSGQ TDKTGCFSAP VDMATFDLIG YAYSHQINIV ATVVEEGTGV EANATQNIYI SPQ MGSMTF EDTSNFYHPN FPFSGKIRVR GHDDSFLKNH LVFLVIYGTN GTFNQTLVTD NNGLAPFTLE TSGWNGTDVS LEGK FQMED LVYNPEQVPR YYQNAYLHLR PFYSTTRSFL GIHRLNGPLK CGQPQEVLVD YYIDPADASP DQEISFSYYL IGKGS LVME GQKHLNSKKK GLKASFSLSL TFTSRLAPDP SLVIYAIFPS GGVVADKIQF SVEMCFDNQV SLGFSPSQQL PGAEVE LQL QAAPGSLCAL RAVDESVLLL RPDRELSNRS VYGMFPFWYG HYPYQVAEYD QCPVSGPWDF PQPLIDPMPQ GHSSQRS II WRPSFSEGTD LFSFFRDVGL KILSNAKIKK PVDCSHRSPE YSTAMGAGGG HPEAFESSTP LHQAEDSQVR QYFPETWL W DLFPIGNSGK EAVHVTVPDA ITEWKAMSFC TSQSRGFGLS PTVGLTAFKP FFVDLTLPYS VVRGESFRLT ATIFNYLKD CIRVQTDLAK SHEYQLESWA DSQTSSCLCA DDAKTHHWNI TAVKLGHINF TISTKILDSN EPCGGQKGFV PQKGRSDTLI KPVLVKPEG VLVEKTHSSL LCPKGKVASE SVSLELPVDI VPDSTKAYVT VLGDIMGTAL QNLDGLVQMP SGCGEQNMVL F APIIYVLQ YLEKAGLLTE EIRSRAVGFL EIGYQKELMY KHSNGSYSAF GERDGNGNTW LTAFVTKCFG QAQKFIFIDP KN IQDALKW MAGNQLPSGC YANVGNLLHT AMKGGVDDEV SLTAYVTAAL LEMGKDVDDP MVSQGLRCLK NSATSTTNLY TQA LLAYIF SLAGEMDIRN ILLKQLDQQA IISGESIYWS QKPTPSSNAS PWSEPAAVDV ELTAYALLAQ LTKPSLTQKE IAKA TSIVA WLAKQHNAYG GFSSTQDTVV ALQALAKYAT TAYMPSEEIN LVVKSTENFQ RTFNIQSVNR LVFQQDTLPN VPGMY TLEA SGQGCVYVQT VLRYNILPPT NMKTFSLSVE IGKARCEQPT SPRSLTLTIH TSYVGSRSSS NMAIVEVKML SGFSPM EGT NQLLLQQPLV KKVEFGTDTL NIYLDELIKN TQTYTFTISQ SVLVTNLKPA TIKVYDYYLP DEQATIQYSD PCE

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 174680
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 詳細: stochastic gradient descent
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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