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万見
- PDB-7q1y: X-ray structure of human A2ML1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q1y
タイトルX-ray structure of human A2ML1
要素Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / protease inhibitor / thioester protein / A2M family
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endopeptidase activity / peptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 ...Alpha-2-macroglobulin, TED domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Andersen, G.R. / Zarantonello, A. / Enghild, J.J. / Nielsen, N.S.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of human A2ML1 elucidate the protease-inhibitory mechanism of the A2M family.
著者: Nadia Sukusu Nielsen / Alessandra Zarantonello / Seandean Lykke Harwood / Kathrine Tejlgård Jensen / Katarzyna Kjøge / Ida B Thøgersen / Leif Schauser / Jesper Lykkegaard Karlsen / Gregers ...著者: Nadia Sukusu Nielsen / Alessandra Zarantonello / Seandean Lykke Harwood / Kathrine Tejlgård Jensen / Katarzyna Kjøge / Ida B Thøgersen / Leif Schauser / Jesper Lykkegaard Karlsen / Gregers R Andersen / Jan J Enghild /
要旨: A2ML1 is a monomeric protease inhibitor belonging to the A2M superfamily of protease inhibitors and complement factors. Here, we investigate the protease-inhibitory mechanism of human A2ML1 and ...A2ML1 is a monomeric protease inhibitor belonging to the A2M superfamily of protease inhibitors and complement factors. Here, we investigate the protease-inhibitory mechanism of human A2ML1 and determine the structures of its native and protease-cleaved conformations. The functional inhibitory unit of A2ML1 is a monomer that depends on covalent binding of the protease (mediated by A2ML1's thioester) to achieve inhibition. In contrast to the A2M tetramer which traps proteases in two internal chambers formed by four subunits, in protease-cleaved monomeric A2ML1 disordered regions surround the trapped protease and may prevent substrate access. In native A2ML1, the bait region is threaded through a hydrophobic channel, suggesting that disruption of this arrangement by bait region cleavage triggers the extensive conformational changes that result in protease inhibition. Structural comparisons with complement C3/C4 suggest that the A2M superfamily of proteins share this mechanism for the triggering of conformational change occurring upon proteolytic activation.
履歴
登録2021年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
B: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,34513
ポリマ－318,6792
非ポリマー4,66611
水00
1
A: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,1287
ポリマ－159,3391
非ポリマー2,7896
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alpha-2-macroglobulin-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,2176
ポリマ－159,3391
非ポリマー1,8785
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)320.150, 320.150, 321.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 20 through 1454 or resid 1455...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 20 through 1454 or resid 1455...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUGLUA1 - 1374
d_12ens_1NAGNAGC
d_13ens_1NAGNAGC
d_14ens_1NAGNAGD
d_15ens_1NAGNAGD
d_16ens_1NAGNAGE
d_21ens_1LEUGLUB1 - 1374
d_22ens_1NAGNAGG
d_23ens_1NAGNAGG
d_24ens_1NAGNAGH
d_25ens_1NAGNAGH
d_26ens_1NAGNAGI

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.481093916746, 0.87651557369, 0.0164040345329), (-0.875117217623, 0.481271091388, -0.050477638751), (-0.0521392240911, 0.00992903187662, 0.998590464423)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.481093916746, 0.87651557369, 0.0164040345329), (-0.875117217623, 0.481271091388, -0.050477638751), (-0.0521392240911, 0.00992903187662, 0.998590464423)
ベクター: 53.8693994422, -96.0146051904, 53.0019772841)

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要素

#1: タンパク質 Alpha-2-macroglobulin-like protein 1 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 9


分子量: 159339.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: A2ML1, CPAMD9 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A8K2U0
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Potassium phosphate dibasic, 10 % PEG 3350 pH 9.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.276→211 Å / Num. obs: 43680 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 58.7 % / Biso Wilson estimate: 291.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.301 / Net I/σ(I): 8.75
反射 シェル解像度: 4.276→4.38 Å / Num. unique obs: 2976 / CC1/2: 0.261 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: densities from EM map

解像度: 4.4→49.37 Å / SU ML: 0.8564 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.4333
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2764 1846 4.6 %
Rwork0.238 38317 -
obs0.2397 40163 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 342.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.4→49.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21458 0 307 0 21765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006622257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.880930261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05123505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00743856
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.06078180
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.29253181221 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.4-4.520.51491410.45152916X-RAY DIFFRACTION99.61
4.52-4.650.43261400.4012924X-RAY DIFFRACTION99.38
4.65-4.80.37111400.34962894X-RAY DIFFRACTION99.74
4.8-4.970.3621410.31962956X-RAY DIFFRACTION99.77
4.97-5.170.34941410.312899X-RAY DIFFRACTION99.97
5.17-5.410.35851410.30312931X-RAY DIFFRACTION99.93
5.41-5.690.29181420.27222941X-RAY DIFFRACTION99.81
5.69-6.050.27431410.26162942X-RAY DIFFRACTION100
6.05-6.510.28491420.24392956X-RAY DIFFRACTION100
6.51-7.170.24891420.23632946X-RAY DIFFRACTION99.97
7.17-8.20.26711440.23562978X-RAY DIFFRACTION99.97
8.2-10.320.261430.19252981X-RAY DIFFRACTION99.94
10.32-49.370.24681480.21523053X-RAY DIFFRACTION99.56
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.9677129522 Å / Origin y: -128.11154011 Å / Origin z: 8.14432767071 Å
111213212223313233
T3.48075747143 Å2-0.0577930593949 Å20.00466986493858 Å2-3.15617487073 Å2-0.0311870315197 Å2--3.07734584623 Å2
L0.989493662313 °20.360799278825 °2-0.406039912325 °2-0.413518290021 °2-0.20166522035 °2--0.139874205197 °2
S0.0855408444035 Å °-0.19394686712 Å °0.0471306937201 Å °0.1638342886 Å °-0.176081754573 Å °-0.150252416193 Å °-0.205735653827 Å °0.102892619371 Å °-7.90949007151E-6 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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