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万見
- EMDB-13544: HsPepT2 bound to Ala-Phe in the inward facing partially occluded ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13544
タイトルHsPepT2 bound to Ala-Phe in the inward facing partially occluded conformation
マップデータpost processed in Phenix. Used for refinement
試料
  • 複合体: Human PepT2
    • 複合体: ALA-PHE
      • タンパク質・ペプチド: ALA-PHE
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 15 member 2
キーワードHsPepT2 / PepT2 / Peptide transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tripeptide import across plasma membrane / dipeptide transport / Proton/oligopeptide cotransporters / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / antibacterial innate immune response / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway ...tripeptide import across plasma membrane / dipeptide transport / Proton/oligopeptide cotransporters / peptidoglycan transport / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / antibacterial innate immune response / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / peptide transport / xenobiotic transport / renal absorption / transport across blood-brain barrier / monoatomic ion transport / phagocytic vesicle membrane / protein transport / apical plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oligopeptide transporter / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Alpha/beta knot methyltransferases / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 15 member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Killer M / Wald J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural snapshots of human PepT1 and PepT2 reveal mechanistic insights into substrate and drug transport across epithelial membranes.
著者: Maxime Killer / Jiri Wald / Joanna Pieprzyk / Thomas C Marlovits / Christian Löw /
要旨: The uptake of peptides in mammals plays a crucial role in nutrition and inflammatory diseases. This process is mediated by promiscuous transporters of the solute carrier family 15, which form part of ...The uptake of peptides in mammals plays a crucial role in nutrition and inflammatory diseases. This process is mediated by promiscuous transporters of the solute carrier family 15, which form part of the major facilitator superfamily. Besides the uptake of short peptides, peptide transporter 1 (PepT1) is a highly abundant drug transporter in the intestine and represents a major route for oral drug delivery. PepT2 also allows renal drug reabsorption from ultrafiltration and brain-to-blood efflux of neurotoxic compounds. Here, we present cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of human PepT1 and PepT2 captured in four different states throughout the transport cycle. The structures reveal the architecture of human peptide transporters and provide mechanistic insights into substrate recognition and conformational transitions during transport. This may support future drug design efforts to increase the bioavailability of different drugs in the human body.
履歴
登録2021年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pmy
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13544.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13544.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈post processed in Phenix. Used for refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-25.424634999999999 - 43.631298000000001
平均 (標準偏差)0.00000000000502 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.600217.600217.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-25.42543.6310.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13544_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイルemd_13544_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13544_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_13544_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human PepT2

全体名称: Human PepT2
要素
  • 複合体: Human PepT2
    • 複合体: ALA-PHE
      • タンパク質・ペプチド: ALA-PHE
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 15 member 2

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超分子 #1: Human PepT2

超分子名称: Human PepT2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: ALA-PHE

超分子名称: ALA-PHE / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 15 member 2

分子名称: Solute carrier family 15 member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: HsPepT2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.861125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNPFQKNESK ETLFSPVSIE EVPPRPPSPP KKPSPTICGS NYPLSIAFIV VNEFCERFSY YGMKAVLILY FLYFLHWNED TSTSIYHAF SSLCYFTPIL GAAIADSWLG KFKTIIYLSL VYVLGHVIKS LGALPILGGQ VVHTVLSLIG LSLIALGTGG I KPCVAAFG ...文字列:
MNPFQKNESK ETLFSPVSIE EVPPRPPSPP KKPSPTICGS NYPLSIAFIV VNEFCERFSY YGMKAVLILY FLYFLHWNED TSTSIYHAF SSLCYFTPIL GAAIADSWLG KFKTIIYLSL VYVLGHVIKS LGALPILGGQ VVHTVLSLIG LSLIALGTGG I KPCVAAFG GDQFEEKHAE ERTRYFSVFY LSINAGSLIS TFITPMLRGD VQCFGEDCYA LAFGVPGLLM VIALVVFAMG SK IYNKPPP EGNIVAQVFK CIWFAISNRF KNRSGDIPKR QHWLDWAAEK YPKQLIMDVK ALTRVLFLYI PLPMFWALLD QQG SRWTLQ AIRMNRNLGF FVLQPDQMQV LNPLLVLIFI PLFDFVIYRL VSKCGINFSS LRKMAVGMIL ACLAFAVAAA VEIK INEMA PAQPGPQEVF LQVLNLADDE VKVTVVGNEN NSLLIESIKS FQKTPHYSKL HLKTKSQDFH FHLKYHNLSL YTEHS VQEK NWYSLVIRED GNSISSMMVK DTESRTTNGM TTVRFVNTLH KDVNISLSTD TSLNVGEDYG VSAYRTVQRG EYPAVH CRT EDKNFSLNLG LLDFGAAYLF VITNNTNQGL QAWKIEDIPA NKMSIAWQLP QYALVTAGEV MFSVTGLEFS YSQAPSS MK SVLQAAWLLT IAVGNIIVLV VAQFSGLVQW AEFILFSCLL LVICLIFSIM GYYYVPVKTE DMRGPADKHI PHIQGNMI K LETKKTKL

UniProtKB: Solute carrier family 15 member 2

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分子 #2: ALA-PHE

分子名称: ALA-PHE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 236.267 Da
配列文字列:
AF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 81.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 454149
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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