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- EMDB-13191: Staphylococcus aureus ribosome in complex with Sal(B) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13191
タイトルStaphylococcus aureus ribosome in complex with Sal(B)
マップデータconsensus map
試料
  • 複合体: Staphylococcus ribosome in complex with Sal(B)
    • タンパク質・ペプチド: x 48種
    • RNA: x 5種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / : / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / : / Ribosomal protein L31 signature. ...Ribosomal protein L31 type B / Type-1 KH domain profile. / : / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / : / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / : / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL14 ...Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L29 / 50S ribosomal protein L34 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS9 / 50S ribosomal protein L32 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein bL31B / : / 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein bS20
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus lentus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nicholson D / Ranson NA / O'Neill AJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust203743/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Sal-type ABC-F proteins: intrinsic and common mediators of pleuromutilin resistance by target protection in staphylococci.
著者: Merianne Mohamad / David Nicholson / Chayan Kumar Saha / Vasili Hauryliuk / Thomas A Edwards / Gemma C Atkinson / Neil A Ranson / Alex J O'Neill /
要旨: The first member of the pleuromutilin (PLM) class suitable for systemic antibacterial chemotherapy in humans recently entered clinical use, underscoring the need to better understand mechanisms of ...The first member of the pleuromutilin (PLM) class suitable for systemic antibacterial chemotherapy in humans recently entered clinical use, underscoring the need to better understand mechanisms of PLM resistance in disease-causing bacterial genera. Of the proteins reported to mediate PLM resistance in staphylococci, the least-well studied to date is Sal(A), a putative ABC-F NTPase that-by analogy to other proteins of this type-may act to protect the ribosome from PLMs. Here, we establish the importance of Sal proteins as a common source of PLM resistance across multiple species of staphylococci. Sal(A) is revealed as but one member of a larger group of Sal-type ABC-F proteins that vary considerably in their ability to mediate resistance to PLMs and other antibiotics. We find that specific sal genes are intrinsic to particular staphylococcal species, and show that this gene family is likely ancestral to the genus Staphylococcus. Finally, we solve the cryo-EM structure of a representative Sal-type protein (Sal(B)) in complex with the staphylococcal 70S ribosome, revealing that Sal-type proteins bind into the E site to mediate target protection, likely by displacing PLMs and other antibiotics via an allosteric mechanism.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Sal-type ABC-F proteins: intrinsic and common mediators of pleuromutilin resistance by target protection in staphylococci
著者: Mohamad M / Nicholson D / Saha CK / Hauryliuk V / Edwards TA / Atkinson GC / Ranson NA / O'Neill AJ
履歴
登録2021年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月2日-
マップ公開2022年2月2日-
更新2022年3月9日-
現状2022年3月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7p48
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈consensus map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.065 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.47836396 - 0.9345043
平均 (標準偏差)0.0008689617 (±0.017136304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 445.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z416416416
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z445.120445.120445.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS416416416
D min/max/mean-0.4780.9350.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13191_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_13191_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 30S body map (after multibody refinement)

ファイルemd_13191_additional_1.map
注釈30S body map (after multibody refinement)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 30S head map (after multibody refinement)

ファイルemd_13191_additional_2.map
注釈30S head map (after multibody refinement)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_13191_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_13191_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Staphylococcus ribosome in complex with Sal(B)

全体名称: Staphylococcus ribosome in complex with Sal(B)
要素
  • 複合体: Staphylococcus ribosome in complex with Sal(B)
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: P-site tRNA
    • タンパク質・ペプチド: ABC-F type ribosomal protection protein
    • RNA: mRNA
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: LSU ribosomal protein L27P
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31 type B
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Staphylococcus ribosome in complex with Sal(B)

超分子名称: Staphylococcus ribosome in complex with Sal(B) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#53

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.944937 KDa
配列文字列:
MRVNVTLACT ECGDRNYITT KNKRNNPERI EMKKYCPRLN KYTLHRETK

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.454642 KDa
配列文字列:
MVKRTYQPNK RKHSKVHGFR KRMSTKNGRK VLARRRRKGR KVLSA

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.722368 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGA AKRVKRTASG QLKRSRAFTS HLFANKSTKQ KRQLRKARLV SKSDMKRVKQ LLAYKK

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIKRK GKVMVICENP KHKQRQG

+
分子 #6: ABC-F type ribosomal protection protein

分子名称: ABC-F type ribosomal protection protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus lentus (バクテリア)
分子量理論値: 66.070578 KDa
組換発現生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
配列文字列: MLFLFEEKPL EIENKQLIKR LSFHIEDHEH LALIGVNGIG KSTLLHHIHK NELIDTAMME QDLSKHDDID VMDYVMSAYP KLVELRKDL SDIDSLNSYI ELDGYNVENN IIIEGNKLGL SSTHFEQKIG TLSGGEQTKV SFLKVILSDA PLLLIDQPTN H MDKEMKVW ...文字列:
MLFLFEEKPL EIENKQLIKR LSFHIEDHEH LALIGVNGIG KSTLLHHIHK NELIDTAMME QDLSKHDDID VMDYVMSAYP KLVELRKDL SDIDSLNSYI ELDGYNVENN IIIEGNKLGL SSTHFEQKIG TLSGGEQTKV SFLKVILSDA PLLLIDQPTN H MDKEMKVW LIKAFKSEQR AILFVSHDRE FLNETPDAIL ELTKDGATRY SGHYDDYKNQ KDIEIETEKL KYEKEQKEQK AI EESIKKY KEWYQRAAQK ASVRSPYAQK QLSKLAKRFK SKEHQLNRKL EESKSDNPLE ENKSFSIENN EFKSHYLVRF ENV SFSYKS REIFKDTYFE IKRNQTVIIE GKNGSGKSTL IQLILGNLLP MSGAVKKHPD LDIGYFSQDF QNLNPNNSVL EEVM DIENM MITDARTILA SFYFDKSRMN DKVRQLSMGE KCRLQFVKLY FSNPHILILD QPTNYFDISM QEKIIQLIQS FNGAV IIVS HDEIFKDEIR DQVWKIENCK LIHENVSINT PIDAESMKDE LKILEQYTDE RNKETDFGGD YKDHDGDYKD HDIDYK DDD DK

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 30.087984 KDa
配列文字列: MAIKKYKPIT NGRRNMTSLD FAEITKTTPE KSLLKPLPKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGINAKVDS IQYDPNRSA NIALVVYADG EKRYIIAPKG LEVGQIVESG AEADIKVGNA LPLQNIPVGT VVHNIELKPG KGGQIARSAG A SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPIT NGRRNMTSLD FAEITKTTPE KSLLKPLPKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGINAKVDS IQYDPNRSA NIALVVYADG EKRYIIAPKG LEVGQIVESG AEADIKVGNA LPLQNIPVGT VVHNIELKPG KGGQIARSAG A SAQVLGKE GKYVLIRLRS GEVRMILSTC RATIGQVGNL QHELVNVGKA GRSRWKGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR AP IGRPSPM SPWGKPTLGK KTRRGKKSSD KLIVRGRKK

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.760256 KDa
配列文字列: MTKGILGRKI GMTQVFGENG ELIPVTVVEA KENVVLQKKT VEVDGYNAIQ VGFEDKKAYK KDAKSNKYAN KPAEGHAKKA DAAPKRFIR EFRNVDVDAY EVGQEVSVDT FVAGDVIDVT GVSKGKGFQG AIKRHGQSRG PMSHGSHFHR APGSVGMASD A SRVFKGQK ...文字列:
MTKGILGRKI GMTQVFGENG ELIPVTVVEA KENVVLQKKT VEVDGYNAIQ VGFEDKKAYK KDAKSNKYAN KPAEGHAKKA DAAPKRFIR EFRNVDVDAY EVGQEVSVDT FVAGDVIDVT GVSKGKGFQG AIKRHGQSRG PMSHGSHFHR APGSVGMASD A SRVFKGQK MPGRMGGNTV TVQNLEVVQV DTENKVILVK GNVPGPKKGL VEIRTSIKKG NK

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.495697 KDa
配列文字列: MANYDVLKLD GTKSGSIELS DAVFGIEPNN SVLFEAINLQ RASLRQGTHA VKNRSAVSGG GRKPWKQKGT GRARQGTIRA PQWRGGGIV FGPTPRSYAY KMPKKMRRLA LRSALSFKAQ ENGLTVVDAF NFEAPKTKEF KNVLSTLEQP KKVLVVTENE D VNVELSAR ...文字列:
MANYDVLKLD GTKSGSIELS DAVFGIEPNN SVLFEAINLQ RASLRQGTHA VKNRSAVSGG GRKPWKQKGT GRARQGTIRA PQWRGGGIV FGPTPRSYAY KMPKKMRRLA LRSALSFKAQ ENGLTVVDAF NFEAPKTKEF KNVLSTLEQP KKVLVVTENE D VNVELSAR NIPGVQVTTA QGLNVLDITN ADSLVITEAA AKKVEEVLG

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 20.296637 KDa
配列文字列:
MNRLKEKFNT EVTENLMKKF NYSSVMEVPK IDKIVVNMGV GDAVQNSKVL DNAVEELELI TGQKPLVTKA KKSIATFRLR EGMPIGAKV TLRGERMYEF LDKLISVSLP RVRDFQGVSK KAFDGRGNYT LGVKEQLIFP EIDYDKVSKV RGMDIVIVTT A NTDEEARE LLANFGMPFR K

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 19.81858 KDa
配列文字列:
MSRVGKKIID IPSDVTVTFD GNHVTVKGPK GELSRTLNER MTFKQEENTI EVVRPSDSKE DRTNHGTTRA LLNNMVQGVS QGYVKVLEL VGVGYRAQMQ GKDLILNVGY SHPVEIKAEE NITFSVEKNT VVKVEGISKE QVGALASNIR SVRPPEPYKG K GIRYQGEY VRRKEGKTGK

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.359427 KDa
配列文字列:
MRQTFMANES NIERKWYVID AEGQTLGRLS SEVASILRGK NKVTYTPHVD TGDYVIVINA SKIEFTGNKE TDKVYYRHSN HPGGIKSIT AGELRRTNPE RLIENSIKGM LPSTRLGEKQ GKKLFVYGGA EHPHAAQQPE NYELRG

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.157342 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKNATPGG VVKKGDVVKA VIVRTKSGVR RNDGSYIKFD ENACVIIRD DKGPRGTRIF GPVARELREG NFMKIVSLAP EVL

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.62889 KDa
配列文字列:
MKLHELKPAE GSRKERNRVG RGVATGNGKT SGRGHKGQKA RSGGGVRPGF EGGQLPLFRR LPKRGFTNIN RKEYAIVNLD QLNKFEDGT EVTPALLVES GVVKNEKSGI KILGNGSLDK KLTVKAHKFS ASAAEAIDAK GGAHEVI

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.274049 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR RQHRPKTTGR SKGGNYVTFG EFGLQATTTS WITSRQIESA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HTPYTKKPLE VRMGAGKGA VEGWIAVVKP GRILFEVAGV SEEVAREALR LASHKLPVKT KFVKREELGG ETNES

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.771773 KDa
配列文字列:
MGYRKLGRTS DQRKAMLRDL ATSLIISERI ETTEARAKEV RSVVEKLITL GKKGDLASRR NAAKTLRNVE ILNEDETTQT ALQKLFGEI AERYTERQGG YTRILKQGPR RGDGAESVII ELV

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.124093 KDa
配列文字列:
MISKIDKNKV RLKRHARVRT NLSGTAEKPR LNVYRSNKHI YAQIIDDNKG VTLAQASSKD SDIATTATKV ELATKVGEAI AKKAADKGI KEIVFDRGGY LYHGRVKALA EAARESGLEF

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.392771 KDa
配列文字列:
MTNHKLIEAV TKSQLRTDLP SFRPGDTLRV HVRIIEGTRE RIQVFEGVVI KRRGGGVSET FTVRKISSGV GVERTFPLHT PKIEKIEVK RRGKVRRAKL YYLRSLRGKA ARIQEIR

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.720295 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RARRKKTIKL AKGYFGSKHT LYKVAKQQVM KSGQYAFRDR RQRKRDFRKL WITRINAAAR QHEMSYSRLM NGLKKAGID INRKMLSEIA ISDEKAFAQL VTKAKDALK

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.354081 KDa
配列文字列:
MFAIIETGGK QIKVEEGQEI FVEKLDVNEG DTFTFDKVLF VGGDSVKVGA PTVEGATVTA TVNKQGRGKK ITVFTYKRRK NSKRKKGHR QPYTKLTIDK INA

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.857922 KDa
配列文字列:
MEAKAVARTI RIAPRKVRLV LDLIRGKNAA EAIAILKLTN KASSPVIEKV LMSALANAEH NYDMNTDELV VKEAYANEGP TLKRFRPRA QGRASAINKR TSHITIVVSD GKEEAKEA

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.625398 KDa
配列文字列:
MEARDILKRP VITEKSSEAM AEDKYTFDVD TRVNKTQVKM AVEEIFNVKV ASVNIMNYKP KKKRMGRYQG YTNKRRKAIV TLKEGSIDL FN

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.561504 KDa
配列文字列:
MHIKKGDNVK VIAGKDKGKE GKVIATLPKK DRVVVEGVNI MKKHQKPTQL NPEGGILETE AAIHVSNVQL LDPKTNEPTR VGYKFVDGK KVRIAKKSGE EIKSNN

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 24.098998 KDa
配列文字列: MRMASLKSII RQGKQTRSDL KQLRKSGKVP AVVYGYGTKN VSVKVDEVEF IKVIREVGRN GVIELGVGSK TIKVMVADYQ FDPLKNQIT HIDFLAINMS EERTVEVPVQ LVGEAVGAKE GGVVEQPLFN LEVTATPDNI PEAIEVDITE LNINDSLTVA D VKVTGDFK ...文字列:
MRMASLKSII RQGKQTRSDL KQLRKSGKVP AVVYGYGTKN VSVKVDEVEF IKVIREVGRN GVIELGVGSK TIKVMVADYQ FDPLKNQIT HIDFLAINMS EERTVEVPVQ LVGEAVGAKE GGVVEQPLFN LEVTATPDNI PEAIEVDITE LNINDSLTVA D VKVTGDFK IENDSAESVV TVVAPTEEPT EEEIEAMEGE QQTEEPEVVG ESKEDEEKTE E

+
分子 #28: LSU ribosomal protein L27P

分子名称: LSU ribosomal protein L27P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.334798 KDa
配列文字列:
MLKLNLQFFA SKKGVSSTKN GRDSESKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGVVKFERK GRDKKQVSV YAVAE

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.995289 KDa
配列文字列:
MGKQCFVTGR KASTGNRRSH ALNSTKRRWN ANLQKVRILV DGKPKKVWVS ARALKSGKVT RV

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.105266 KDa
配列文字列:
MKAKEIRDLT TSEIEEQIKS SKEELFNLRF QLATGQLEET ARIRTVRKTI ARLKTVARER EIEQSKANQ

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.565683 KDa
配列文字列:
MAKLQITLTR SVIGRPETQR KTVEALGLKK TNSSVVVEDN PAIRGQINKV KHLVTVEEK

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L31 type B

分子名称: 50S ribosomal protein L31 type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 14.311188 KDa
配列文字列:
MKQGIHPEYH QVIFLDTTTN FKFLSGSTKT SSEMMEWEDG KEYPVIRLDI SSDSHPFYTG RQKFAAADGR VERFNKKFGL NQTTNIVIV KLSASYNGIV DSFLFISVVR VYTYDCVQRS DSIPCC

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.544663 KDa
配列文字列:
MAVPKRRTSK TRKNKRRTHF KISVPGMTEC PNCGEYKLSH RVCKNCGSYN GEEVVSK

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 26.588031 KDa
配列文字列: MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAYNFLKQV SEDGGQVLFV GTKKQAQESV KSEAERAGQ FYINQRWLGG LLTNYKTISK RIKRISEIEK MEEDGLFEVL PKKEVVELKK EYDRLIKFLG GIRDMKSMPQ A LFVVDPRK ...文字列:
MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAYNFLKQV SEDGGQVLFV GTKKQAQESV KSEAERAGQ FYINQRWLGG LLTNYKTISK RIKRISEIEK MEEDGLFEVL PKKEVVELKK EYDRLIKFLG GIRDMKSMPQ A LFVVDPRK ERNAIAEARK LNIPIVGIVD TNCDPDEIDY VIPANDDAIR AVKLLTAKMA DAILEGQQGV LMKK

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 24.143867 KDa
配列文字列: MGQKINPIGL RVGIIRDWEA KWYAEKDFAS LLHEDLKIRK FIDNELKEAS VSHVEIERAA NRINIAIHTG KPGMVIGKGG SEIEKLRNK LNALTDKKVH INVIEIKKVD LDARLVAENI ARQLENRASF RRVQKQAITR AMKLGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEQYS ...文字列:
MGQKINPIGL RVGIIRDWEA KWYAEKDFAS LLHEDLKIRK FIDNELKEAS VSHVEIERAA NRINIAIHTG KPGMVIGKGG SEIEKLRNK LNALTDKKVH INVIEIKKVD LDARLVAENI ARQLENRASF RRVQKQAITR AMKLGAKGIK TQVSGRLGGA D IARAEQYS EGTVPLHTLR ADIDYAHAEA DTTYGKLGVK VWIYRGEVLP TKNTSGGGK

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.051416 KDa
配列文字列: MARFRGSNWK KSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGQHGPNQ RKKLSEYGLQ LREKQKLRYL YGMTERQFRN TFDIAGKKFG VHGENFMIL LASRLDAVVY SLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGKRVDIP SYSVKPGQTI SVREKSQKLN IIVESVEINN F VPEYLNFD ...文字列:
MARFRGSNWK KSRRLGISLS GTGKELEKRP YAPGQHGPNQ RKKLSEYGLQ LREKQKLRYL YGMTERQFRN TFDIAGKKFG VHGENFMIL LASRLDAVVY SLGLARTRRQ ARQLVNHGHI LVDGKRVDIP SYSVKPGQTI SVREKSQKLN IIVESVEINN F VPEYLNFD ADSLTGTFVR LPERSELPAE INEQLIVEYY SR

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 17.770512 KDa
配列文字列:
MARREEETKE FEERVVTINR VAKVVKGGRR FRFTALVVVG DKNGRVGFGT GKAQEVPEAI KKAVEAAKKD LVVVPRVEGT TPHTITGRY GSGSVFMKPA APGTGVIAGG PVRAVLELAG ITDILSKSLG SNTPINMVRA TIDGLQNLKN AEDVAKLRGK T VEELYN

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.613146 KDa
配列文字列:
MRTYEVMYIV RPNIEEDAKK ALVERFNGIL ATEGAEVLEA KDWGKRRLAY EINDFKDGFY NIVRVKSDNN KATDEFQRLA KISDDIIRY MVIREDEDK

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 17.826555 KDa
配列文字列:
MPRKGSVPKR DVLPDPIHNS KLVTKLINKI MLDGKRGTAQ RILYSAFDLV EQRSGRDALE VFEEAINNIM PVLEVKARRV GGSNYQVPV EVRPERRTTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEDR LANEILDAAN NTGGAVKKRE DTHKMAEANK AFAHYRW

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 14.854315 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADM LTRVRNANMV RHEKLELPAS NIKKEIAEIL KSEGFIKNVE YVEDDKQGVL RLFLKYGQND ERVITGLKRI SKPGLRVYA KASEMPKVLN GLGIALVSTS EGVITDKEAR KRNVGGEIIA YVW

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 14.642725 KDa
配列文字列:
MAQVEYRGTG RRKNSVARVR LVPGEGNITV NNRDVREYLP FESLILDLNQ PFDVTETKGN YDVLVNVHGG GFTGQAQAIR HGIARALLE ADPEYRGSLK RAGLLTRDPR MKERKKPGLK AARRSPQFSK R

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.598503 KDa
配列文字列:
MAKQKIRIRL KAYDHRVIDQ SAEKIVETAK RSGADVSGPI PLPTEKSVYT IIRAVHKYKD SREQFEQRTH KRLIDIVNPT PKTVDALMG LNLPSGVDIE IKL

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.907978 KDa
配列文字列:
MARKQVSRKR RVKKNIENGV AHIRSTFNNT IVTITDEFGN ALSWSSAGAL GFKGSKKSTP FAAQMASETA SKSAMEHGLK TVEVTVKGP GPGRESAIRA LQSAGLEVTA IRDVTPVPHN GCRPPKRRRV

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.813574 KDa
配列文字列:
MGLKSEERRT YHMPTINQLV RKPRQSKIKK SDSPALNKGF NSKKKKFTDL NSPQKRGVCT RVGTMTPKKP NSALRKYARV RLSNNIEIN AYIPGIGHNL QEHSVVLVRG GRVKDLPGVR YHIVRGALDT SGVDGRRQGR SLYGTKKPKN

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.747919 KDa
配列文字列:
MARIAGVDIP REKRVVISLT YIYGIGTSTA QKILEEANVS ADTRVKDLTD DELGRIREVV DGYKVEGDLR RETNLNIKRL MEISSYRGI RHRRGLPVRG QKTKNNARTR KGPVKTVANK KK

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.317769 KDa
配列文字列:
MAKTSMVAKQ QKKQKYAVRE YTRCERCGRP HSVYRKFKLC RICFRELAYK GQIPGVRKAS W

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.63433 KDa
配列文字列:
MAISQERKNE IIKEYRVHET DTGSPEVQIA VLTAEINAVN EHLRTHKKDH HSRRGLLKMV GRRRHLLNYL RSKDIQRYRE LIKSLGIRR

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.253886 KDa
配列文字列:
MAVKIRLTRL GSKRNPFYRI VVADARSPRD GRIIEQIGTY NPTSANAPEI KVDEALALKW LNDGAKPTDT VHNILSKEGI MKKFDEQKK AK

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.196888 KDa
配列文字列:
MSERNDRKVY VGKVVSDKMD KTITVLVETY KTHKLYGKRV KYSKKYKTHD ENNSAKLGDI VKIQETRPLS ATKRFRLVEI VEESVII

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.332018 KDa
配列文字列:
MAGGPRRGGR RRKKVCYFTA NGITHIDYKD TELLKRFISE RGKILPRRVT GTSAKYQRML TTAIKRSRHM ALLPYVKEEQ

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.31934 KDa
配列文字列:
MCGLKLHAHN KKGGAQMARS IKKGPFVDEH LMKKVEAQEG SEKKQVIKTW SRRSTIFPNF IGHTFAVYDG RKHVPVYVTE DMVGHKLGE FAPTRTFKGH VADDKKTRR

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.039472 KDa
配列文字列:
MANIKSAIKR VKTTEKAEAR NISQKSAMRT AVKNAKTAVS NNADNKNELV SLAVKLVDKA AQSNLIHSNK ADRIKSQLMT ANK

+
分子 #5: P-site tRNA

分子名称: P-site tRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.544002 KDa
配列文字列:
GCGGGAUGGA GCAGUUCGGU AGCUCGUCGG GCUCAUAACC CGAAGGUCGG UGGUUCAAAU CCGCCUCCCG CAA

+
分子 #7: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 935.62 Da
配列文字列:
AUG

+
分子 #8: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 946.022188 KDa
配列文字列: UUAAGUUAUU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG AAGCCGAUGA AGGACGUUAC UAACGACGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAA GUAAGCUUUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAG CAUGAGUUAU GUCAUGUUAU CGAUAUGUGA A UACAUAGC ...文字列:
UUAAGUUAUU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG AAGCCGAUGA AGGACGUUAC UAACGACGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAA GUAAGCUUUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAG CAUGAGUUAU GUCAUGUUAU CGAUAUGUGA A UACAUAGC AUAUCAGAAG GCACACCCGG AGAACUGAAA CAUCUUAGUA CCCGGAGGAA GAGAAAGAAA AUUCGAUUCC CU UAGUAGC GGCGAGCGAA AUGGGAAGAG CCCAAACCAA CAAGCUUGCU UGUUGGGGUU GUAGGACACU CUAUACGGAG UUA CAAAGG ACGACAUUAG ACGAAUCAUC UGGAAAGAUG AAUCAAAGAA GGUAAUAAUC CUGUAGUCGA AAAUGUUGUC UCUC UUGAG UGGAUCCUGA GUACGACGGA GCACGUGAAA UUCCGUCGGA AUCUGGGAGG ACCAUCUCCU AAGGCUAAAU ACUCU CUAG UGACCGAUAG UGAACCAGUA CCGUGAGGGA AAGGUGAAAA GCACCCCGGA AGGGGAGUGA AAUAGAACCU GAAACC GUG UGCUUACAAG UAGUCAGAGC CCGUUAAUGG GUGAUGGCGU GCCUUUUGUA GAAUGAACCG GCGAGUUACG AUUUGAU GC AAGGUUAAGC AGUAAAUGUG GAGCCGUAGC GAAAGCGAGU CUGAAUAGGG CGUUUAGUAU UUGGUCGUAG ACCCGAAA C CAGGUGAUCU ACCCUUGGUC AGGUUGAAGU UCAGGUAACA CUGAAUGGAG GACCGAACCG ACUUACGUUG AAAAGUGAG CGGAUGAACU GAGGGUAGCG GAGAAAUUCC AAUCGAACCU GGAGAUAGCU GGUUCUCUCC GAAAUAGCUU UAGGGCUAGC CUCAAGUGA UGAUUAUUGG AGGUAGAGCA CUGUUUGGAC GAGGGGCCCC UCUCGGGUUA CCGAAUUCAG ACAAACUCCG A AUGCCAAU UAAUUUAACU UGGGAGUCAG AACAUGGGUG AUAAGGUCCG UGUUCGAAAG GGAAACAGCC CAGACCACCA GC UAAGGCC CCAAAAUAUA UGUUAAGUGG AAAAGGAUGU GGCGUUGCCC AGACAACUAG GAUGUUGGCU UAGAAGCAGC CAU CAUUUA AAGAGUGCGU AAUAGCUCAC UAGUCGAGUG ACACUGCGCC GAAAAUGUAC CGGGGCUAAA CAUAUUACCG AAGC UGUGG AUUGUCCUUU GGACAAUGGU AGGAGAGCGU UCUAAGGGCG UUGAAGCAUG AUCGUAAGGA CAUGUGGAGC GCUUA GAAG UGAGAAUGCC GGUGUGAGUA GCGAAAGACG GGUGAGAAUC CCGUCCACCG AUUGACUAAG GUUUCCAGAG GAAGGC UCG UCCGCUCUGG GUUAGUCGGG UCCUAAGCUG AGGCCGACAG GCGUAGGCGA UGGAUAACAG GUUGAUAUUC CUGUACC AC CUAUAAUCGU UUUAAUCGAU GGGGGGACGC AGUAGGAUAG GCGAAGCGUG CGAUUGGAUU GCACGUCUAA GCAGUAAG G CUGAGUAUUA GGCAAAUCCG GUACUCGUUA AGGCUGAGCU GUGAUGGGGA GAAGACAUUG UGUCUUCGAG UCGUUGAUU UCACACUGCC GAGAAAAGCC UCUAGAUAGA AAAUAGGUGC CCGUACCGCA AACCGACACA GGUAGUCAAG AUGAGAAUUC UAAGGUGAG CGAGCGAACU CUCGUUAAGG AACUCGGCAA AAUGACCCCG UAACUUCGGG AGAAGGGGUG CUCUUUAGGG U UAACGCCC AGAAGAGCCG CAGUGAAUAG GCCCAAGCGA CUGUUUAUCA AAAACACAGG UCUCUGCUAA ACCGUAAGGU GA UGUAUAG GGGCUGACGC CUGCCCGGUG CUGGAAGGUU AAGAGGAGUG GUUAGCUUCU GCGAAGCUAC GAAUCGAAGC CCC AGUAAA CGGCGGCCGU AACUAUAACG GUCCUAAGGU AGCGAAAUUC CUUGUCGGGU AAGUUCCGAC CCGCACGAAA GGCG UAACG AUUUGGGCAC UGUCUCAACG AGAGACUCGG UGAAAUCAUA GUACCUGUGA AGAUGCAGGU UACCCGCGAC AGGAC GGAA AGACCCCGUG GAGCUUUACU GUAGCCUGAU AUUGAAAUUC GGCACAGCUU GUACAGGAUA GGUAGGAGCC UUUGAA ACG UGAGCGCUAG CUUACGUGGA GGCGCUGGUG GGAUACUACC CUAGCUGUGU UGGCUUUCUA ACCCGCACCA CUUAUCG UG GUGGGAGACA GUGUCAGGCG GGCAGUUUGA CUGGGGCGGU CGCCUCCUAA AAGGUAACGG AGGCGCUCAA AGGUUCCC U CAGAAUGGUU GGAAAUCAUU CAUAGAGUGU AAAGGCAUAA GGGAGCUUGA CUGCGAGACC UACAAGUCGA GCAGGGUCG AAAGACGGAC UUAGUGAUCC GGUGGUUCCG CAUGGAAGGG CCAUCGCUCA ACGGAUAAAA GCUACCCCGG GGAUAACAGG CUUAUCUCC CCCAAGAGUU CACAUCGACG GGGAGGUUUG GCACCUCGAU GUCGGCUCAU CGCAUCCUGG GGCUGUAGUC G GUCCCAAG GGUUGGGCUG UUCGCCCAUU AAAGCGGUAC GCGAGCUGGG UUCAGAACGU CGUGAGACAG UUCGGUCCCU AU CCGUCGU GGGCGUAGGA AAUUUGAGAG GAGCUGUCCU UAGUACGAGA GGACCGGGAU GGACAUACCU CUGGUGUACC AGU UGUCGU GCCAACGGCA UAGCUGGGUA GCUAUGUGUG GACGGGAUAA GUGCUGAAAG CAUCUAAGCA UGAAGCCCCC CUCA AGAUG AGAUUUCCCA ACUUCGGUUA UAAGAUCCCU CAAAGAUGAU GAGGUUAAUA GGUUCGAGGU GGAAGCAUGG UGACA UGUG GAGCUGACGA AUACUAAUCG AUCGAAGACU UAAUCAA

+
分子 #9: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 36.974945 KDa
配列文字列:
UCUGGUGACU AUAGCAAGGA GGUCACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUC CUUAGCGUCG AUGGUAGUCG AACUUACGU UCCGCUAGAG UAGAACGUUG CCAGGC

+
分子 #34: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 500.724594 KDa
配列文字列: AUGGAGAGUU UGAUCCUGGC UCAGGAUGAA CGCUGGCGGC GUGCCUAAUA CAUGCAAGUC GAGCGAACGG ACGAGAAGCU UGCUUCUCU GAUGUUAGCG GCGGACGGGU GAGUAACACG UGGAUAACCU ACCUAUAAGA CUGGGAUAAC UUCGGGAAAC C GGAGCUAA ...文字列:
AUGGAGAGUU UGAUCCUGGC UCAGGAUGAA CGCUGGCGGC GUGCCUAAUA CAUGCAAGUC GAGCGAACGG ACGAGAAGCU UGCUUCUCU GAUGUUAGCG GCGGACGGGU GAGUAACACG UGGAUAACCU ACCUAUAAGA CUGGGAUAAC UUCGGGAAAC C GGAGCUAA UACCGGAUAA UAUUUUGAAC CGCAUGGUUC AAAAGUGAAA GACGGUCUUG CUGUCACUUA UAGAUGGAUC CG CGCUGCA UUAGCUAGUU GGUAAGGUAA CGGCUUACCA AGGCAACGAU GCAUAGCCGA CCUGAGAGGG UGAUCGGCCA CAC UGGAAC UGAGACACGG UCCAGACUCC UACGGGAGGC AGCAGUAGGG AAUCUUCCGC AAUGGGCGAA AGCCUGACGG AGCA ACGCC GCGUGAGUGA UGAAGGUCUU CGGAUCGUAA AACUCUGUUA UUAGGGAAGA ACAUAUGUGU AAGUAACUGU GCACA UCUU GACGGUACCU AAUCAGAAAG CCACGGCUAA CUACGUGCCA GCAGCCGCGG UAAUACGUAG GUGGCAAGCG UUAUCC GGA AUUAUUGGGC GUAAAGCGCG CGUAGGCGGU UUUUUAAGUC UGAUGUGAAA GCCCACGGCU CAACCGUGGA GGGUCAU UG GAAACUGGAA AACUUGAGUG CAGAAGAGGA AAGUGGAAUU CCAUGUGUAG CGGUGAAAUG CGCAGAGAUA UGGAGGAA C ACCAGUGGCG AAGGCGACUU UCUGGUCUGU AACUGACGCU GAUGUGCGAA AGCGUGGGGA UCAAACAGGA UUAGAUACC CUGGUAGUCC ACGCCGUAAA CGAUGAGUGC UAAGUGUUAG GGGGUUUCCG CCCCUUAGUG CUGCAGCUAA CGCAUUAAGC ACUCCGCCU GGGGAGUACG ACCGCAAGGU UGAAACUCAA AGGAAUUGAC GGGGACCCGC ACAAGCGGUG GAGCAUGUGG U UUAAUUCG AAGCAACGCG AAGAACCUUA CCAAAUCUUG ACAUCCUUUG ACAACUCUAG AGAUAGAGC(N) UUCCCCUUCG GGGGACAAA GUGACAGGUG GUGCAUGGUU GUCGUCAGCU CGUGUCGUGA GAUGUUGGGU UAAGUCCCGC AACGAGCGCA A CCCUUAAG CUUAGUUGCC AUCAUUAAGU UGGGCACUCU AAGUUGACUG CCGGUGACAA ACCGGAGGAA GGUGGGGAUG AC GUCAAAU CAUCAUGCCC CUUAUGAUUU GGGCUACACA CGUGCUACAA UGGACAAUAC AAAGGGCAGC GAAACCGCGA GGU CAAGCA AAUCCCAUAA AGUUGUUCUC AGUUCGGAUU GUAGUCUGCA ACUCGACUAC AUGAAGCUGG AAUCGCUAGU AAUC GUAGA UCAGCAUGCU ACGGUGAAUA CGUUCCCGGG UCUUGUACAC ACCGCCCGUC ACACCACGAG AGUUUGUAAC ACCCG AAGC CGGUGGAGUA ACCUUUUAGG AGCUAGCCGU CGAAGGUGGG ACAAAUGAUU GGGGUGAAGU CGUAACAAGG UAGCCG UAU CGGAAGGUGC GGCUGGAUCA CCUCCUU

+
分子 #54: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 54 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #55: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 55 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #56: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 56 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59889
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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