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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of encapsulin from Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
![]() | LocSpiral map | |||||||||
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![]() | encapsulin / cfp29 / nanocompartment / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / peptidase activity / defense response to bacterium / 29 kDa antigen, Cfp29![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.29 Å | |||||||||
![]() | Lewis CJ / Berger C | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Encapsulins in mycobacteria: from single particle to in situ 著者: Lewis CJ / Berger C / Gao Y / Lopez-Iglesias C / Peters PJ / Ravelli RBG | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 41.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 237.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 40.4 MB 170.7 MB 170.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7p1tMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | LocSpiral map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: relion postprocess masked
ファイル | emd_13164_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | relion postprocess masked | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap
ファイル | emd_13164_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap
ファイル | emd_13164_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis
全体 | 名称: encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis |
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要素 |
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-超分子 #1: encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis
超分子 | 名称: encapsulin shell from Mycobacterium tuberculosis / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1.729 MDa |
-分子 #1: 29 kDa antigen, Cfp29
分子 | 名称: 29 kDa antigen, Cfp29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 28.863346 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP ...文字列: MNNLYRDLAP VTEAAWAEIE LEAARTFKRH IAGRRVVDVS DPGGPVTAAV STGRLIDVKA PTNGVIAHLR ASKPLVRLRV PFTLSRNEI DDVERGSKDS DWEPVKEAAK KLAFVEDRTI FEGYSAASIE GIRSASSNPA LTLPEDPREI PDVISQALSE L RLAGVDGP YSVLLSADVY TKVSETSDHG YPIREHLNRL VDGDIIWAPA IDGAFVLTTR GGDFDLQLGT DVAIGYASHD TD TVRLYLQ ETLTFLCYTA EASVALSH UniProtKB: 29 kDa antigen, Cfp29 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 163000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |