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万見
- EMDB-13146: Human mitochondrial Lon protease with substrate in the ATPase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13146
タイトルHuman mitochondrial Lon protease with substrate in the ATPase domain
マップデータComposite map of human mitochondrial LonP1
試料
  • 複合体: Composite map of human mitochondrial LonP1
    • タンパク質・ペプチド: Lon protease homolog, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide from human mitochondrial transcription factor A (TFAM)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードProtease / Mitochondria / AAA+ / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidation-dependent protein catabolic process / response to aluminum ion / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase La / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial DNA metabolic process / : / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins ...oxidation-dependent protein catabolic process / response to aluminum ion / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase La / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial DNA metabolic process / : / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid / insulin receptor substrate binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / chaperone-mediated protein complex assembly / response to hormone / DNA polymerase binding / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / proteolysis involved in protein catabolic process / mitochondrion organization / protein catabolic process / ADP binding / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / single-stranded RNA binding / mitochondrial matrix / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lon protease homologue, chloroplastic/mitochondrial / : / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain ...Lon protease homologue, chloroplastic/mitochondrial / : / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lon protease homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Valentin Gese G / Shahzad S
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A dual allosteric pathway drives human mitochondrial Lon
著者: Valentin Gese G / Shahzad S / Pardo-Hernandez C / Wramstedt A / Falkenberg M / Hallberg M
履歴
登録2021年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7p09
  • 表面レベル: 4.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7p09
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of human mitochondrial LonP1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 600 pix.
= 392.4 Å		0.65 Å/pix.
x 600 pix.
= 392.4 Å		0.65 Å/pix.
x 600 pix.
= 392.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.3 / ムービー #1: 4.3
最小 - 最大-15.64781 - 46.896652000000003
平均 (標準偏差)0.04460557 (±0.6836022)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 392.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6540.6540.654
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.400392.400392.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-15.64846.8970.045

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添付データ

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追加マップ: Human mitochondrial LonP1 protease, ATPase domain focus

ファイルemd_13146_additional_1.map
注釈Human mitochondrial LonP1 protease, ATPase domain focus
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human mitochondrial LonP1 protease, Lan domain focus

ファイルemd_13146_additional_2.map
注釈Human mitochondrial LonP1 protease, Lan domain focus
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Human mitochondrial LonP1 protease, protease domain focus

ファイルemd_13146_additional_3.map
注釈Human mitochondrial LonP1 protease, protease domain focus
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Composite map of human mitochondrial LonP1

全体名称: Composite map of human mitochondrial LonP1
要素
  • 複合体: Composite map of human mitochondrial LonP1
    • タンパク質・ペプチド: Lon protease homolog, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide from human mitochondrial transcription factor A (TFAM)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Composite map of human mitochondrial LonP1

超分子名称: Composite map of human mitochondrial LonP1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Composite map of three maps refined with a focus on the Lan domains, the ATPase domains and the protease domains, respectively
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 591 KDa

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分子 #1: Lon protease homolog, mitochondrial

分子名称: Lon protease homolog, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase La
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.673164 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMGFWEASSR GGGAFSGGED ASEGGAEEGA GGAGGSAGAG EGPVITALTP MTIPDVFPHL PLIAITRNPV FPRFIKIIEV KNKKLVELL RRKVRLAQPY VGVFLKRDDS NESDVVESLD EIYHTGTFAQ IHEMQDLGDK LRMIVMGHRR VHISRQLEVE P EEPEAENK ...文字列:
SMGFWEASSR GGGAFSGGED ASEGGAEEGA GGAGGSAGAG EGPVITALTP MTIPDVFPHL PLIAITRNPV FPRFIKIIEV KNKKLVELL RRKVRLAQPY VGVFLKRDDS NESDVVESLD EIYHTGTFAQ IHEMQDLGDK LRMIVMGHRR VHISRQLEVE P EEPEAENK HKPRRKSKRG KKEAEDELSA RHPAELAMEP TPELPAEVLM VEVENVVHED FQVTEEVKAL TAEIVKTIRD II ALNPLYR ESVLQMMQAG QRVVDNPIYL SDMGAALTGA ESHELQDVLE ETNIPKRLYK ALSLLKKEFE LSKLQQRLGR EVE EKIKQT HRKYLLQEQL KIIKKELGLE KDDKDAIEEK FRERLKELVV PKHVMDVVDE ELSKLGLLDN HSSEFNVTRN YLDW LTSIP WGKYSNENLD LARAQAVLEE DHYGMEDVKK RILEFIAVSQ LRGSTQGKIL CFYGPPGVGK TSIARSIARA LNREY FRFS VGGMTDVAEI KGHRRTYVGA MPGKIIQCLK KTKTENPLIL IDEVDKIGRG YQGDPSSALL ELLDPEQNAN FLDHYL DVP VDLSKVLFIC TANVTDTIPE PLRDRMEMIN VSGYVAQEKL AIAERYLVPQ ARALCGLDES KAKLSSDVLT LLIKQYC RE SGVRNLQKQV EKVLRKSAYK IVSGEAESVE VTPENLQDFV GKPVFTVERM YDVTPPGVVM GLAWTAMGGS TLFVETSL R RPQDKDAKGD KDGSLEVTGQ LGEVMKESAR IAYTFARAFL MQHAPANDYL VTSHIHLHVP EGATPKDGPS AGCTIVTAL LSLAMGRPVR QNLAMTGEVS LTGKILPVGG IKEKTIAAKR AGVTCIVLPA ENKKDFYDLA AFITEGLEVH FVEHYREIFD IAFPD

UniProtKB: Lon protease homolog, mitochondrial

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分子 #2: Unknown peptide from human mitochondrial transcription factor A (TFAM)

分子名称: Unknown peptide from human mitochondrial transcription factor A (TFAM)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 954.168 Da
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: This is a combined map from three focused refienements. The Lan domain, the ATPase domain and the protease domain focused maps with a 0.143 FSC resolution of 7.4, 2.7 and 2.75 angstroms.
使用した粒子像数: 152455
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3m6a


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7p09:
Human mitochondrial Lon protease with substrate in the ATPase domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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