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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13129 | ||||||||||||||||||
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タイトル | RNA Polymerase II dimer (Class 1) | ||||||||||||||||||
マップデータ | Sharpened and local resolution filtered map | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Polymerase / Dimer / Complex / TRANSCRIPTION | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex ...: / : / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / organelle membrane / RNA polymerase III activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II, core complex / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / ribonucleoside binding / fibrillar center / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nuclear speck / nucleotide binding / DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Sus scrofa domesticus (ブタ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Aibara S / Dienemann C | ||||||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Structure of an inactive RNA polymerase II dimer. 著者: Shintaro Aibara / Christian Dienemann / Patrick Cramer / 要旨: Eukaryotic gene transcription is carried out by three RNA polymerases: Pol I, Pol II and Pol III. Although it has long been known that Pol I can form homodimers, it is unclear whether and how the two ...Eukaryotic gene transcription is carried out by three RNA polymerases: Pol I, Pol II and Pol III. Although it has long been known that Pol I can form homodimers, it is unclear whether and how the two other RNA polymerases dimerize. Here we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a mammalian Pol II dimer at 3.5 Å resolution. The structure differs from the Pol I dimer and reveals that one Pol II copy uses its RPB4-RPB7 stalk to penetrate the active centre cleft of the other copy, and vice versa, giving rise to a molecular handshake. The polymerase clamp domain is displaced and mobile, and the RPB7 oligonucleotide-binding fold mimics the DNA-RNA hybrid that occupies the cleft during active transcription. The Pol II dimer is incompatible with nucleic acid binding as required for transcription and may represent an inactive storage form of the polymerase. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13129.map.gz | 304.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13129-v30.xml emd-13129.xml | 32.9 KB 32.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13129_fsc.xml | 16 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13129.png | 109.2 KB | ||
マスクデータ | emd_13129_msk_1.map | 347.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13129.cif.gz | 8.6 KB | ||
その他 | emd_13129_additional_1.map.gz emd_13129_additional_2.map.gz emd_13129_half_map_1.map.gz emd_13129_half_map_2.map.gz | 202.8 MB 299.1 MB 276.8 MB 276.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13129 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13129 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened and local resolution filtered map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.817 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13129_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local resolution filtered map
ファイル | emd_13129_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local resolution filtered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened and local resolution filtered symmetry expanded map
ファイル | emd_13129_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened and local resolution filtered symmetry expanded map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_13129_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_13129_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RNA Polymerase II dimer
+超分子 #1: RNA Polymerase II dimer
+分子 #1: RPB1
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
+分子 #4: RNA polymerase II subunit D
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
+分子 #10: RPB10
+分子 #11: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
+分子 #12: RNA polymerase II subunit K
+分子 #13: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |