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- EMDB-13026: Cryo-EM structure of the ATV RNAP Inhibitory Protein (RIP) bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13026
タイトルCryo-EM structure of the ATV RNAP Inhibitory Protein (RIP) bound to the DNA-binding channel of the host's RNA polymerase
マップデータPost-process map obtained from Relion 3.0
試料
  • 複合体: Complex of archaeal RNA-polymerase with the ATV inhibitory protein RIP
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host transcription / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription ...symbiont-mediated suppression of host transcription / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 ...RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / RNA polymerase Rpo13 subunit HTH domain / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / HRDC domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit E/RPC8 / S1 domain profile. / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNAP inhibitory protein ...DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1C / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo6 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo7 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNAP inhibitory protein / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo12 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo13 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) / Acidianus two-tailed virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Pilotto S / Fouqueau T / Lukoyanova N / Sheppard C / Lucas-Staat S / Diaz-Santin LM / Matelska D / Prangishvili D / Cheung ACM / Werner F
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust207446/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of RNA polymerase inhibition by viral and host factors.
著者: Simona Pilotto / Thomas Fouqueau / Natalya Lukoyanova / Carol Sheppard / Soizick Lucas-Staat / Luis Miguel Díaz-Santín / Dorota Matelska / David Prangishvili / Alan C M Cheung / Finn Werner /
要旨: RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution ...RNA polymerase inhibition plays an important role in the regulation of transcription in response to environmental changes and in the virus-host relationship. Here we present the high-resolution structures of two such RNAP-inhibitor complexes that provide the structural bases underlying RNAP inhibition in archaea. The Acidianus two-tailed virus encodes the RIP factor that binds inside the DNA-binding channel of RNAP, inhibiting transcription by occlusion of binding sites for nucleic acid and the transcription initiation factor TFB. Infection with the Sulfolobus Turreted Icosahedral Virus induces the expression of the host factor TFS4, which binds in the RNAP funnel similarly to eukaryotic transcript cleavage factors. However, TFS4 allosterically induces a widening of the DNA-binding channel which disrupts trigger loop and bridge helix motifs. Importantly, the conformational changes induced by TFS4 are closely related to inactivated states of RNAP in other domains of life indicating a deep evolutionary conservation of allosteric RNAP inhibition.
履歴
登録2021年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月25日-
マップ公開2021年8月25日-
更新2021年10月13日-
現状2021年10月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
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  • 原子モデル: PDB-7oq4
  • 表面レベル: 0.019
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7oq4
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_13026.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-process map obtained from Relion 3.0
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大-0.10906489 - 0.19450761
平均 (標準偏差)0.00018650922 (±0.0037748057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 314.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.100314.100314.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ332332332
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1090.1950.000

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添付データ

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ハーフマップ: Half1 map obtained from 3D refinement in Relion...

ファイルemd_13026_half_map_1.map
注釈Half1 map obtained from 3D refinement in Relion 3.0. The A/pix has been corrected later during post-processing.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half2 map obtained from 3D refinement in Relion...

ファイルemd_13026_half_map_2.map
注釈Half2 map obtained from 3D refinement in Relion 3.0. The A/pix has been corrected later during post-processing.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of archaeal RNA-polymerase with the ATV inhibitory protein RIP

全体名称: Complex of archaeal RNA-polymerase with the ATV inhibitory protein RIP
要素
  • 複合体: Complex of archaeal RNA-polymerase with the ATV inhibitory protein RIP
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit A'ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Bポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit A''ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Dポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Eポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase, subunit Fポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase, subunit Gポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Hポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Kポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Lポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Nポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit Pポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Conserved proteinConservation
    • タンパク質・ペプチド: RNAP inhibitory protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER

+
超分子 #1: Complex of archaeal RNA-polymerase with the ATV inhibitory protein RIP

超分子名称: Complex of archaeal RNA-polymerase with the ATV inhibitory protein RIP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
詳細: The RNA polymerase was incubated with a 10-fold excess of RIP for 5 min at 338 K followed by cross-linking with BS3
分子量実験値: 421 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit A'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit A' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 99.929055 KDa
配列文字列: MSEKIIRGVK FGVLSPNEIR QMSVTAIITS EVYDEDGTPI EGGVMDPKLG VIEPGQKCPV CGNTLAGCPG HFGHIELIKP VIHIGYVKH IYDFLRSTCW RCGRIKIKEQ DLERYKRIYN AIKLRWPSAA RRLVEYIKKI SIKNLECPHC GEKQFKIKLE K PYNFNEER ...文字列:
MSEKIIRGVK FGVLSPNEIR QMSVTAIITS EVYDEDGTPI EGGVMDPKLG VIEPGQKCPV CGNTLAGCPG HFGHIELIKP VIHIGYVKH IYDFLRSTCW RCGRIKIKEQ DLERYKRIYN AIKLRWPSAA RRLVEYIKKI SIKNLECPHC GEKQFKIKLE K PYNFNEER NGSIVKLSPS EIRDRLERIP DSDVELLGYD PKSSRPEWMI LTVLPVPPIT IRPSITIESG IRAEDDLTHK LV DIIRLNE RLKESIEAGA PQLIIEDLWD LLQYHVATYF DNEIPGLPPA KHRSGRPLRT LAQRLKGKEG RFRGNLSGKR VDF SARTVI SPDPNLSIDE VGIPYTIARM LTVPERVTNI NIERIRQYII NGPDKWPGAN YVIKPDGRRI DLRYVKDRKE LASS ITAGY VVERHLVDGD VVLFNRQPSL HRISMMAHKV RVLPGRTFRL NLLDCPPYNA DFDGDEMNLH VPQSEEAIAE ARELM LVHK NIITPRYGGP IIGGGQDYIS GAYLLSVKTT LLTVEEVATI LGVTDFVGEL GEPAILAPKP YYTGKQVISL FLPKDF NFH GPANISKGPR ACKDEICPHD SFIVIKNGLL LEGVFDKKAI GNQQPESMLH WSIREYGTEY GKWLMDNVFK MFIRFLE MR GFTMTLEDIT IPDEAQNEIT TKIKEGYSQV DEYIRKFNEG QLEPIPGRTI EESLESYILD TLDKLRKVAG EIATKYLD P FNNVYIMAIT GARGSELNIT QMTALLGQQS VRGERIRRGY RERTLSLFKY GDIAPEARGF VKNSFMRGLS PYEMFFHAA GGREGLVDTA VKTSQSGYMQ RRLINALSDL RIEYDGTVRS LYGDIVQVVY GDDAVHPMYS AHSKSVNVNR VIERVIGWKR

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit B

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 126.647102 KDa
配列文字列: MLDTESRWAI AESFFKTRGL VRQHLDSFND FLRNKLQQVI YEQGEIVTEV PGLKIKLGKI RYEKPSIRET DKGPMREITP MEARLRNLT YSSPIFLSMI PVENNIEGEP IEIYIGDLPI MLKSVADPTS NLPIDKLIEI GEDPKDPGGY FIVNGSEKVI I AQEDLATN ...文字列:
MLDTESRWAI AESFFKTRGL VRQHLDSFND FLRNKLQQVI YEQGEIVTEV PGLKIKLGKI RYEKPSIRET DKGPMREITP MEARLRNLT YSSPIFLSMI PVENNIEGEP IEIYIGDLPI MLKSVADPTS NLPIDKLIEI GEDPKDPGGY FIVNGSEKVI I AQEDLATN RVLVDYGKSG SNITHVAKVT SSAAGYRVQV MIERLKDSTI QISFATVPGR IPFAIIMRAL GFVTDRDIVY AV SLDPQIQ NELLPSLEQA SSITSAEEAL DFIGNRVAIG QKRENRIQKA EQVIDKYFLP HLGTSPEDRK KKGYYLASAV NKI LELYLG RREPDDKDHY ANKRVRLAGD LFTSLFRVAF KAFVKDLVYQ LEKSKVRGRR LSLTALVRAD IITERIRHAL ATGN WVGGR TGVSQLLDRT NWLSMLSHLR RVVSSLARGQ PNFEARDLHG TQWGRMCPFE TPEGPNSGLV KNLALLAQVS VGINE SVVE RVAYELGVVS VEDVIRRISE QNEDVEKYMS WSKVYLNGRL LGYYEDGKEL AKKIRESRRQ GKLSDEVNVA YIATDY LNE VHINCDAGRV RRPLIIVNNG TPLVDTEDIK KLKNGEITFD DLVKQGKIEF IDAEEEENAY VALNPQDLTP DHTHLEI WP SAILGIIASI IPYPEHNQSP RNTYQSAMAK QSLGLYASNY QIRTDTRAHL LHYPQMPLVQ TRMLGVIGYN DRPAGANA I LAIMSYTGYN MEDSIIMNKS SIERGMYRST FFRLYSTEEV KYPGGQEDKI ITPEAGVKGY KGKDYYRLLE DNGVVSPEV EVKGGDVLIG KVSPPRFLQE FKELSPEQAK RDTSIVTRHG ENGIVDLVLI TETLEGNKLV KVRVRDLRIP EIGDKFATRH GQKGVVGIL IDQVDMPYTA KGIVPDIILN PHALPSRMTI GQIMEAIGGK YAALSGKPVD ATPFLETPKL QEMQKEILKL G HLPDSTEV VYDGRTGQKL KSRILFGIVY YQKLHHMVAD KMHARARGPV QILTRQPTEG RAREGGLRFG EMERDCLIGF GT AMLIKDR LLDNSDKAVV YICDQCGYVG WYDRSKNRYV CPVHGDKSVL HPVTVSYAFK LLIQELMSMV ISPRLILGEK VNL GGASNE

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit A''

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit A'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 44.50743 KDa
配列文字列: MIDEKLKGYI DKRLNEIKDK IPDKLHEDLR AAIMDINGVE LTEEDIDRII DLTIREYQQS LIEPGEAIGV VTAQSVGEPG TQMTLRTFH FAGIRELNVT LGLPRLIEIV DARKVPSTPM MTIYLTDEYK TDKDKALDIA RRIEYTRVEN VVSSVSVDIS N MSITLQFD ...文字列:
MIDEKLKGYI DKRLNEIKDK IPDKLHEDLR AAIMDINGVE LTEEDIDRII DLTIREYQQS LIEPGEAIGV VTAQSVGEPG TQMTLRTFH FAGIRELNVT LGLPRLIEIV DARKVPSTPM MTIYLTDEYK TDKDKALDIA RRIEYTRVEN VVSSVSVDIS N MSITLQFD QEMLKDKGVS IEEIKKIITK LKLGEIRIED NDEYSFTIYF EKIDSIMALF KMREKILNTK IKGVKGIKRA IV QKKGDEY VIITDGSNLE GIMNVTGVDI NKIQTNNIHE VEEVLGIEAA RELISREIKK VLEEQGLDVD MRHIVLVSDI MTR TGDIRQ IGRHGVTGEK SSVLARAAFE VTVKHLLDAA ARGEREEFKG VIENIIIGQP IRLGTGIVEL TMKPNMR

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit D

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 29.858752 KDa
配列文字列: MPISLIERNG LRLRLVLENY PLEFVNSIRR ASILYVPVMA VDEVYFIENN SPLYDEILAH RLALVPFVSD EALEHYRPPE ECAECKENC DGCYNRVYLD VEAKDQPLMI YSRDLKSEDQ MITPVSGAIP IVLLGSKQKI SLEARLRLGY GKEHIKYSPV S VSIVRYYP ...文字列:
MPISLIERNG LRLRLVLENY PLEFVNSIRR ASILYVPVMA VDEVYFIENN SPLYDEILAH RLALVPFVSD EALEHYRPPE ECAECKENC DGCYNRVYLD VEAKDQPLMI YSRDLKSEDQ MITPVSGAIP IVLLGSKQKI SLEARLRLGY GKEHIKYSPV S VSIVRYYP KVTVLGNCEK AVEVCPEGVF AMENNKLVVK NELSCILCEE CLKYCAGSVS IESVENKFIL EIESVGSLKP ER ILIEASK SLLRKLSELK SKLEAGK

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit E

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 20.49675 KDa
配列文字列:
MFKLVRAKGI VRIPPEYFGQ SVDEIAIKIL RQEYQEKLIK DIGVVLGIVN AKASEEGFII FGDGATYHEV EFDMLVYTPI IHEVIEGEV SQVDNYGVYV NMGPVDGLVH ISQITDDNLK FDSNRGILIG EKSKKSIQKG DRVRAMIISA SMSSGRLPRI A LTMKQPYL GKIEWINQEI AKASK

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase, subunit F

分子名称: DNA-directed RNA polymerase, subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 13.070987 KDa
配列文字列:
MSYSLKTIEE HFVPYSIAKK YIKELIDTGS SSNLIQKTFD YLNSISRCDE DSASKIMKEL EEIVKREDVR AVLASICPTT VEEVRSVLV IDPSTIYSTE QIQKIIEIIK KYVES

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase, subunit G

分子名称: DNA-directed RNA polymerase, subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 15.292758 KDa
組換発現生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
配列文字列:
MKEMMQGTCK ISSIEKGALK NLYVVKMDCD NDLKIEFDIT KELSIFSKDE EVTFIISREK PEYSEKDFCA HGYLFLERQQ EDGSFIDEI SLYGLIVKIL SKNGLINSKL FKMMDHVYYC VKKKAHHHHH H

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit H

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 9.477059 KDa
配列文字列:
MRSSSKKKID ISNHELVPKH EILQLEEAYK LVKELGIKPE QLPWIRASDP VAKSIGAKPG DIIKITRKSP FTGESVTYRY VITG

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit K

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 10.25199 KDa
配列文字列:
MTIDKINEIF KENWKNKLTK YEIARIISAR ALQLSMGALP LIDTSNLKSD DVISIAEEEL KRGVLPITIR RIYPNGQVEL ISVRKIENR

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit L

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 10.061791 KDa
配列文字列:
MEIKVIKEEQ NYLELQIDGE EHTIGNLLKG MLLKVPGVKF AAYSLPHPLI TSITIKILTD GSISAREALI KAIELAENYA NLFIDEVKK I

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit N

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 7.673108 KDa
配列文字列:
MIIPIRCFTC GAVVADKWEP FSNRVMGGED PEKVLTELGV NRYCCRRMLL SHVNIIREII HYTRPI

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerase subunit P

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 5.662912 KDa
配列文字列:
MAKYRCGKCW KELDDDQLKT LPGVRCPYCG YRIIYMVRKP TVKIVKAI

+
分子 #13: Conserved protein

分子名称: Conserved protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性)
分子量理論値: 12.331662 KDa
配列文字列:
MSEDDSKKEP EPEETEAEIK HEEISREEDD EGGEFSTVTI SDIEMLLKDT EIWDKLLRNE LSIEEAKKMF DDVARSYSKA DKKKRRVEK KPKKGKVTKK SDEEEE

+
分子 #14: RNAP inhibitory protein

分子名称: RNAP inhibitory protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: Residual sequence from the thrombin cleavage site at the C-terminus of RIP (LVPR)
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acidianus two-tailed virus (ウイルス)
分子量理論値: 17.321936 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MKNMLHPQKY ETHVLDDLME FYEGVIGYPE IDLRLAGEEA WLKGVNPELA EAVKKIIKTI RRYLEGSPYD GSEKPIPRYI IAEIFSQIA PEVQLLVNAL DTEGKYGFLK HIKKLNLNSL AMLSKNYNEN DKLWKELENE GYVYLELVPR

+
分子 #15: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #17: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.06 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
200.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
100.0 microMZnSO4zinc sulphate
10.0 % w/vC3H8O3glycerolグリセリン
5.0 mMC4H10O2S2dithiothreitolジチオトレイトール

詳細: DTT was added fresh before the incubation of the two species
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: after glow discharged, the grid was coated with graphene oxide
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 94 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blotting force: -10 blotting time: 2 sec wait time: 0 sec.
詳細The sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細sample holder was tilted of -30 degrees for the entire data collection
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-45 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2130 / 平均電子線量: 45.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 600640
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: 2D classification
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 75000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: 3D reconstruction
詳細: The classification provided two classes of identical maps, splitting the particles equally in the two classes. For that, the particles of both classes have been pooled together for the final reconstruction
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0) / ソフトウェア - 詳細: 3D reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
ソフトウェア - 詳細: 3D refinement, followed by three cycles of CTF refinement and post processing
使用した粒子像数: 151237
詳細The movie-stacks were aligned and summed using MotionCor2 within Relion 3.0
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7oh0


3faj

chain_id: A
詳細The C-terminal tail of RIP was manually built in Coot after the first refinement run.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 81.4405 / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7oq4:
Cryo-EM structure of the ATV RNAP Inhibitory Protein (RIP) bound to the DNA-binding channel of the host's RNA polymerase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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