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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1302 | |||||||||
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タイトル | RF3 induces ribosomal conformational changes responsible for dissociation of class I release factors. | |||||||||
マップデータ | This is the map of a ribosome. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of translational termination / translation release factor activity, codon nonspecific / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / translational termination / maintenance of translational fidelity / GDP binding / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao H / Zhou Z / Rawat U / Huang C / Bouakaz L / Wang C / Liu Y / Zavialov A / Gursky R / Sanyal S ...Gao H / Zhou Z / Rawat U / Huang C / Bouakaz L / Wang C / Liu Y / Zavialov A / Gursky R / Sanyal S / Ehrenberg M / Frank J / Song H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2007 タイトル: RF3 induces ribosomal conformational changes responsible for dissociation of class I release factors. 著者: Haixiao Gao / Zhihong Zhou / Urmila Rawat / Chenhui Huang / Lamine Bouakaz / Chernhoe Wang / Zhihong Cheng / Yuying Liu / Andrey Zavialov / Richard Gursky / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / ...著者: Haixiao Gao / Zhihong Zhou / Urmila Rawat / Chenhui Huang / Lamine Bouakaz / Chernhoe Wang / Zhihong Cheng / Yuying Liu / Andrey Zavialov / Richard Gursky / Suparna Sanyal / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / Haiwei Song / 要旨: During translation termination, class II release factor RF3 binds to the ribosome to promote rapid dissociation of a class I release factor (RF) in a GTP-dependent manner. We present the crystal ...During translation termination, class II release factor RF3 binds to the ribosome to promote rapid dissociation of a class I release factor (RF) in a GTP-dependent manner. We present the crystal structure of E. coli RF3*GDP, which has a three-domain architecture strikingly similar to the structure of EF-Tu*GTP. Biochemical data on RF3 mutants show that a surface region involving domains II and III is important for distinct steps in the action cycle of RF3. Furthermore, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the posttermination ribosome bound with RF3 in the GTP form. Our data show that RF3*GTP binding induces large conformational changes in the ribosome, which break the interactions of the class I RF with both the decoding center and the GTPase-associated center of the ribosome, apparently leading to the release of the class I RF. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1302.map.gz | 7.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1302-v30.xml emd-1302.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1302.gif | 48.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1302 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1302 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1302_validation.pdf.gz | 315.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1302_full_validation.pdf.gz | 315.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1302_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1302 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1302 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1302.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is the map of a ribosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E.coli 70s ribosomal release complex bound with RF3
全体 | 名称: E.coli 70s ribosomal release complex bound with RF3 |
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要素 |
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-超分子 #1000: E.coli 70s ribosomal release complex bound with RF3
超分子 | 名称: E.coli 70s ribosomal release complex bound with RF3 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3 |
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-超分子 #1: 70s
超分子 | 名称: 70s / タイプ: complex / ID: 1 / 詳細: E.coli / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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-分子 #1: RF3
分子 | 名称: RF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: E.coli / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E.coli |
-分子 #2: tRNA
分子 | 名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 2 / 詳細: Hybrid P/E / 分類: OTHER / Structure: OTHER / Synthetic?: No |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: E.coli |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: Polymix |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo |
グリッド | 詳細: Quanti-foil grids coated with a thin carbon layer |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. Rapid-freezing in liquid ethane |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
日付 | 2002年1月30日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 49696 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correctionn of 3D map |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER package / 使用した粒子像数: 45000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 2avy Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: RSRef, TNT |
詳細 | Protocol: Rigid Body. Real-space refinement using RSRef. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-2o0f: PDB-3dg5: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: 2aw4 Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: RSRef, TNT |
詳細 | Protocol: Rigid Body. Real-space refinement using RSRef. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-2o0f: PDB-3dg5: |