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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / carbohydrate transmembrane transporter activity / : / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Botte M / Ni D / Schenck S / Zimmermann I / Chami M / Bocquet N / Egloff P / Bucher D / Trabuco M / Cheng RKY ...Botte M / Ni D / Schenck S / Zimmermann I / Chami M / Bocquet N / Egloff P / Bucher D / Trabuco M / Cheng RKY / Brunner JD / Seeger MA / Stahlberg H / Hennig M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of a LptDE transporter in complex with Pro-macrobodies offer insight into lipopolysaccharide translocation. 著者: Mathieu Botte / Dongchun Ni / Stephan Schenck / Iwan Zimmermann / Mohamed Chami / Nicolas Bocquet / Pascal Egloff / Denis Bucher / Matilde Trabuco / Robert K Y Cheng / Janine D Brunner / ...著者: Mathieu Botte / Dongchun Ni / Stephan Schenck / Iwan Zimmermann / Mohamed Chami / Nicolas Bocquet / Pascal Egloff / Denis Bucher / Matilde Trabuco / Robert K Y Cheng / Janine D Brunner / Markus A Seeger / Henning Stahlberg / Michael Hennig / ![]() ![]() 要旨: Lipopolysaccharides are major constituents of the extracellular leaflet in the bacterial outer membrane and form an effective physical barrier for environmental threats and for antibiotics in Gram- ...Lipopolysaccharides are major constituents of the extracellular leaflet in the bacterial outer membrane and form an effective physical barrier for environmental threats and for antibiotics in Gram-negative bacteria. The last step of LPS insertion via the Lpt pathway is mediated by the LptD/E protein complex. Detailed insights into the architecture of LptDE transporter complexes have been derived from X-ray crystallography. However, no structure of a laterally open LptD transporter, a transient state that occurs during LPS release, is available to date. Here, we report a cryo-EM structure of a partially opened LptDE transporter in complex with rigid chaperones derived from nanobodies, at 3.4 Å resolution. In addition, a subset of particles allows to model a structure of a laterally fully opened LptDE complex. Our work offers insights into the mechanism of LPS insertion, provides a structural framework for the development of antibiotics targeting LptD and describes a highly rigid chaperone scaffold to enable structural biology of challenging protein targets. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 89 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 308.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 308.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ommMC ![]() 7omtC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88308 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacro...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacro...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of N. gonorhoeae LptDE in complex with ProMacrobodies タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: LPS-assembly protein LptD
分子 | 名称: LPS-assembly protein LptD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 87.65693 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MARLFSLKPL VLSLGFCFGT HCAADTVAAE EADGRVAEGG AQGASESAQA SDLTLGSTCL FCSNESGSPE RTEAAVQGSG EASVPEDYT RIVADRMEGQ SKVKVRAEGS VIIERDGAVL NTDWADYDQS GDTVTVGDRF ALQQDGTLIR GETLTYNLDQ Q TGEAHNVR ...文字列: MARLFSLKPL VLSLGFCFGT HCAADTVAAE EADGRVAEGG AQGASESAQA SDLTLGSTCL FCSNESGSPE RTEAAVQGSG EASVPEDYT RIVADRMEGQ SKVKVRAEGS VIIERDGAVL NTDWADYDQS GDTVTVGDRF ALQQDGTLIR GETLTYNLDQ Q TGEAHNVR METEQGGRRL QSVSRTAEML GEGRYKLTET QFNTCSAGDA GWYVKAASVE ADRGKGIGVA KHAAFVFGGV PL FYTPWAD FPLDGNRKSG LLVPSVSAGS DGVSLSVPYY FNLAPNFDAT FAPGIIGERG ATFDGQIRYL RPDYSGQTDL TWL PHDKKS GRNNRYQAKW QHRHDISDTL QAGVDFNQVS DSGYYRDFYG GEEIAGNVNL NRRVWLDYGG RAAGGSLNAG LSVQ KYQTL ANQSGYKDEP YAIMPRLSAD WHKNAGRAQI GVSAQFTRFS HDGRQDGSRL VVYPGIKWDF SNSWGYVRPK LGLHA TYYS LDSFGGKASR SVGRVLPVVN IDGGTTFERN TRLFGGGVVQ TIEPRLFYNY IPAKSQNDLP NFDSSESSFG YGQLFR ENL YYGNDRINAA NSLSTAVQSR ILDGATGEER FRAGIGQKFY FKDDAVMLDG SVGKNPRSRS DWVAFASGGI GGRFTLD SS IHYNQNDKRA EHYAVGAGYR PAPGKVLNAR YKYGRNEKIY LQADGSYFYD KLSQLDLSAQ WPLTRNLSAV VRYNYGFE A KKPIEMLAGA EYKSSCGCWG AGVYAQRYVT GENTYKNAVF FSLQLKDLSS VGRNPAGRMD VAVPGYIPAH SLSAGRNKR P |
-分子 #2: LPS-assembly lipoprotein LptE
分子 | 名称: LPS-assembly lipoprotein LptE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.499066 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNKIFLTAAA LVLGACGFHL KGADGISPPL TYRSWHIEGG QALQFPLETA LYQASGRVDD AAGAQMTLRI DSVSQNKETY TVTRAAVIN EYLLILTVEA QVLKRGEPVG KPMTVSVRRI LDYADNEILG KQEEEETLWA EMRQDVAEQI VRRLTFLKAE H HHHHH |
-分子 #3: ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein
分子 | 名称: ProMacrobody 21,Maltodextrin-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 56.714457 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF PVKYEHMYWY RQAPGKEREW VAAINSAGNE THYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC NVKDIGWWAA YDYWGQGTQV TVPPLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK L EEKFPQVA ...文字列: GPSQVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF PVKYEHMYWY RQAPGKEREW VAAINSAGNE THYADSVKGR FTISRDNAKN TVYLQMNSL KPEDTAVYYC NVKDIGWWAA YDYWGQGTQV TVPPLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK L EEKFPQVA ATGDGPDIIF WAHDRFGGYA QSGLLAEITP DKAFQDKLYP FTWDAVRYNG KLIAYPIAVE ALSLIYNKDL LP NPPKTWE EIPALDKELK AKGKSALMFN LQEPYFTWPL IAADGGYAFK YENGKYDIKD VGVDNAGAKA GLTFLVDLIK NKH MNADTD YSIAEAAFNK GETAMTINGP WAWSNIDTSK VNYGVTVLPT FKGQPSKPFV GVLSAGINAA SPNKELAKEF LENY LLTDE GLEAVNKDKP LGAVALKSYE EELAKDPRIA ATMENAQKGE IMPNIPQMSA FWYAVRTAVI NAASGRQTVD EALKD AQTP GSGGGSAWSH PQFEKGGGSG GGSGGSAWSH PQFEKA |
-分子 #4: ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein
分子 | 名称: ProMacrobody 51,Maltodextrin-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 56.86159 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPSQVQLVES GGGSVQAGGS LRLSCAASGS ISSITYLGWF RQAPGKEREG VAALATYYGH TYYADSVKGR FTVSLDNAKN TVYLQMNSL KPEDTALYYC AAAYSGIWTP LGVWATYEYW GQGTQVTVPP LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT V EHPDKLEE ...文字列: GPSQVQLVES GGGSVQAGGS LRLSCAASGS ISSITYLGWF RQAPGKEREG VAALATYYGH TYYADSVKGR FTVSLDNAKN TVYLQMNSL KPEDTALYYC AAAYSGIWTP LGVWATYEYW GQGTQVTVPP LVIWINGDKG YNGLAEVGKK FEKDTGIKVT V EHPDKLEE KFPQVAATGD GPDIIFWAHD RFGGYAQSGL LAEITPDKAF QDKLYPFTWD AVRYNGKLIA YPIAVEALSL IY NKDLLPN PPKTWEEIPA LDKELKAKGK SALMFNLQEP YFTWPLIAAD GGYAFKYENG KYDIKDVGVD NAGAKAGLTF LVD LIKNKH MNADTDYSIA EAAFNKGETA MTINGPWAWS NIDTSKVNYG VTVLPTFKGQ PSKPFVGVLS AGINAASPNK ELAK EFLEN YLLTDEGLEA VNKDKPLGAV ALKSYEEELA KDPRIAATME NAQKGEIMPN IPQMSAFWYA VRTAVINAAS GRQTV DEAL KDAQTPGSGG GSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184206 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |