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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12963 | |||||||||
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タイトル | Structure of the outer-membrane core complex (outer ring) from a conjugative type IV secretion system | |||||||||
マップデータ | The structure of the outer-membrane core complex (outer ring) from a conjugative type IV secretion system | |||||||||
試料 |
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キーワード | Type IV secretion system / F plasmid / outer-membrane core complex / conjugation / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Pilus assembly TraK / Type-F conjugative transfer system secretin TraK / TraK protein / Type IV conjugative transfer system protein TraV / Type IV conjugative transfer system lipoprotein (TraV) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Type-F conjugative transfer system secretin TraK / Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) / Salmonella enterica subsp. salamae serovar 58:l,z13,z28:z6 (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Amin H / Ilangovan A / Costa TRD | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Architecture of the outer-membrane core complex from a conjugative type IV secretion system. 著者: Himani Amin / Aravindan Ilangovan / Tiago R D Costa / 要旨: Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double ...Conjugation is one of the most important processes that bacteria utilize to spread antibiotic resistance genes among bacterial populations. Interbacterial DNA transfer requires a large double membrane-spanning nanomachine called the type 4 secretion system (T4SS) made up of the inner-membrane complex (IMC), the outer-membrane core complex (OMCC) and the conjugative pilus. The iconic F plasmid-encoded T4SS has been central in understanding conjugation for several decades, however atomic details of its structure are not known. Here, we report the structure of a complete conjugative OMCC encoded by the pED208 plasmid from E. coli, solved by cryo-electron microscopy at 3.3 Å resolution. This 2.1 MDa complex has a unique arrangement with two radial concentric rings, each having a different symmetry eventually contributing to remarkable differences in protein stoichiometry and flexibility in comparison to other OMCCs. Our structure suggests that F-OMCC is a highly dynamic complex, with implications for pilus extension and retraction during conjugation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12963.map.gz | 391.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12963-v30.xml emd-12963.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12963_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12963.png | 63.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12963.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12963 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12963_validation.pdf.gz | 663.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12963_full_validation.pdf.gz | 662.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12963_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12963_validation.cif.gz | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12963 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The structure of the outer-membrane core complex (outer ring) from a conjugative type IV secretion system | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Outer-membrane core complex (outer ring)
全体 | 名称: Outer-membrane core complex (outer ring) |
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要素 |
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-超分子 #1: Outer-membrane core complex (outer ring)
超分子 | 名称: Outer-membrane core complex (outer ring) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
-分子 #1: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV
分子 | 名称: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 20.92865 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKITLLLAG SALLLSGCAG VKSSFDCDAT TSDTCMTMTK ANQLARDKAA KQAGKPAAGG LPSLVNLPAT SAVEVPSASR SAVTPPSGT RTVSTTPPVS AGTSAGVNTN TTTSTLTPRP VAGTPVTTTP SSVAYRPVVS VVTPTPSCQN VRCDNPGTVH P QRSRDQIA ...文字列: MKKITLLLAG SALLLSGCAG VKSSFDCDAT TSDTCMTMTK ANQLARDKAA KQAGKPAAGG LPSLVNLPAT SAVEVPSASR SAVTPPSGT RTVSTTPPVS AGTSAGVNTN TTTSTLTPRP VAGTPVTTTP SSVAYRPVVS VVTPTPSCQN VRCDNPGTVH P QRSRDQIA TVWIAPWVDS DNAFHQPGRV SFVVSPADWV LPARVN UniProtKB: Type IV conjugative transfer system lipoprotein TraV |
-分子 #2: TraB
分子 | 名称: TraB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 1.128233 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: PGMMDSQEFS |
-分子 #3: Type-F conjugative transfer system secretin TraK
分子 | 名称: Type-F conjugative transfer system secretin TraK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. salamae serovar 58:l,z13,z28:z6 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 23.312551 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AQSPATISLP QGGQFRLSIS NTDPNMIFIP GDKVTAITAP GGMLADKRLT TAGGVLFTSV ATRTFTIFVE TALGQTFSVV ATPVKGEGR VYRLMSAEPP SRPETRKWET AQAYEKLLIS LNRAVLTGDI PDGYGEVKPL SDGIRLPGGF SVTPLKAWAG D QLRADRYE ...文字列: AQSPATISLP QGGQFRLSIS NTDPNMIFIP GDKVTAITAP GGMLADKRLT TAGGVLFTSV ATRTFTIFVE TALGQTFSVV ATPVKGEGR VYRLMSAEPP SRPETRKWET AQAYEKLLIS LNRAVLTGDI PDGYGEVKPL SDGIRLPGGF SVTPLKAWAG D QLRADRYE LRNANTWGVA LREQDFWKPG VRAVMFDNNA QTLMGGGRMT VTVIRGNG UniProtKB: Type-F conjugative transfer system secretin TraK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |